세금

가짜 세금계산서로 매입세액을 공제받았다면 부가세 제척기간은 10년인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

아니요, 사실과 다른 세금계산서로 매입세액을 공제받았다는 사정만으로 부가가치세 제척기간이 10년이 되지는 않습니다. 발급자가 그 매출세액을 내지 않아 세수가 줄어든다는 점까지 알았어야 합니다. 거래가 가공거래로 인정되더라도 5년 도과 주장은 따로 할 수 있습니다.

아니요, 사실과 다른 세금계산서로 매입세액을 공제받았다는 사정만으로 부가가치세 제척기간이 10년이 되지는 않습니다. 발급자가 그 매출세액을 내지 않아 세수가 줄어든다는 점까지 알았어야 합니다. 거래가 가공거래로 인정되더라도 5년 도과 주장은 따로 할 수 있습니다.

가짜 세금계산서를 받았는데 왜 바로 10년이 아닌가요?

대법원이 10년 제척기간에 요건을 하나 더 요구하기 때문입니다. 받은 쪽이 허위 세금계산서로 공제받는다는 사실을 아는 것만으로는 부족합니다. 발급자가 매출세액을 빼고 신고하거나, 낸 뒤 경정청구로 돌려받는 등으로 납부의무를 면탈해야 합니다. 그리고 받은 쪽이 그 결과를 알았어야 합니다.

대법원은 이를 「결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다」고 표현했습니다. 2013두19516 판결이 이 기준을 판결요지로 밝혔고 2016두52811, 2019두31730 판결이 따랐습니다. 2021두33371, 2022두32825 판결도 같은 기준을 되풀이했습니다.

모두 구 국세기본법 사안입니다. 현행 국세기본법 제26조의2 제2항 제2호도 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우를 10년으로 정합니다. 부정행위에는 조세범 처벌법 제3조 제6항의 거짓 증빙 수취와 세금계산서 조작이 들어 있습니다. 그래도 대법원 기준에 따라 세수 감소의 인식이 따로 필요하다고 볼 수 있습니다.

거래처가 그 세금계산서의 부가세를 냈다면 어떻게 되나요?

발급자가 매출세액을 신고·납부했다면 10년 적용이 어렵습니다. 2021두33371 사건의 원고는 산업용 고무제품 제조업체였습니다. 동종 업체들과 컨베이어벨트 입찰에 참여해 낙찰자가 만든 제품을 순차로 거쳐 공급하는 형식을 취했습니다. 세무서는 이를 가공거래로 보고 2018년에 2008년 제1기부터 2013년 제1기까지의 부가가치세를 부과했습니다.

원심은 거래회사들이 원고에게 발행한 세금계산서대로 부가가치세를 신고·납부했다고 보았습니다. 이후 경정청구로 돌려받으려 한 시도도 없었습니다. 그래서 원고에게 세수 감소의 인식이 있었다고 보기 어렵고, 처분은 5년이 지난 뒤여서 위법하다고 판단했습니다. 원심 판단을 대법원이 수긍했고 이 부분 피고의 상고는 기각되었습니다.

2019두31730 사건도 비슷합니다. 명의상 공급자는 받은 대금으로 매출세액을 모두 냈습니다. 대법원은 원고가 공급가액의 3~5% 상당 부가가치세액을 감액받은 사정만으로 인식을 인정하기 어렵다고 보았습니다. 세무서가 나중에 그 공급자에게 해 준 환급도 신고 당시의 인식 판단에는 영향이 없다고 했습니다.

부가세가 5년이면 법인세와 가산세도 5년인가요?

아닙니다. 세목과 가산세마다 따로 따집니다. 2021두33371 사건에서 부가가치세는 5년으로 끝났지만 법인세는 결론이 달랐습니다. 대법원은 원고가 담합 이익을 나누려고 실제 거래를 가장한 허위 회계장부를 작성해 온 점에서 적극적 은닉의도를 추단했습니다. 그래서 법인세에는 10년을 적용해야 한다며 2009~2012 사업연도 법인세 부분을 파기환송했습니다.

2022두32825 판결도 같은 구조입니다. 사실과 다른 세금계산서로 법인세를 허위 신고한 행위는 10년이 맞다고 보았습니다. 반면 부가가치세는 발급자의 면탈과 그 인식을 심리하지 않았다며 파기환송했습니다.

가산세도 나누어 봅니다. 2019두31730 판결은 같은 인식 요건을 40% 부정과소신고가산세에도 적용해 그 부분은 부과될 수 없다고 보았습니다. 세금계산서 가산세의 기간은 「명의위장 세금계산서로 나온 가산세, 5년 지났으면 다툴 수 있나요?」에서 설명했습니다.

세수가 줄어드는 줄 몰랐다는 것은 무엇으로 보여 주나요?

발급자가 그 세금계산서의 매출세액을 실제로 냈다는 자료가 중심입니다. 거래처의 부가가치세 신고서와 납부 내역, 경정청구를 하지 않았다는 사정이 여기에 해당합니다. 형사기록이나 세무조사 결과통지서에 이 사실이 적혀 있을 수 있습니다.

공제받은 매입세액만큼의 돈을 발급자에게 실제로 지급했다는 자료도 쓰입니다. 2013두19516 사건의 원고는 종합건설업 면허를 빌리려고 허위 도급계약서를 썼다고 주장했습니다. 매입세액 상당액을 업체에 송금했다는 주장도 했습니다. 대법원은 원심이 이런 사정으로 인식 여부를 심리하지 않았다며 파기환송했습니다.

매출 누락처럼 다른 거래에서 생긴 사정은 섞지 않아야 합니다. 2019두31730 판결은 당사자와 목적물이 다른 매출 누락은 매입거래의 부정행위 판단에 고려할 수 없다고 보았습니다. 매입세액 불공제 자체를 다투는 기준은 「거래처가 명의를 빌린 업체였다면 받은 세금계산서 매입세액도 부인되나요?」에서 다루었습니다.

장기 제척기간 다툼 대응 순서

• 세목별 분리 - 고지서를 부가가치세 본세, 세금계산서 가산세, 법인세로 나누고 과세기간마다 확정신고기한 다음 날부터 5년이 지났는지 표시합니다.
• 발급자 납부 자료 확보 - 거래처의 부가가치세 신고·납부 사실과 경정청구 여부를 보여 주는 자료를 모읍니다.
• 대금 흐름 정리 - 매입세액 상당액을 지급한 내역과 거래 목적을 보여 주는 계약서·메일을 정리합니다.
• 심판청구 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 5년 도과를 주된 이유로 심판청구를 냅니다.
• 행정소송 - 기각되면 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 취소소송을 내고, 법인세 부분은 부정행위 해당 여부를 따로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 발급자의 매출세액 납부와 그 인식, 장부 처리에 따라 세목별 제척기간이 달라집니다. 법무법인 윤성은 가공거래 관련 부가가치세·법인세의 부과제척기간 다툼과 심판청구·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 세금계산서 수취로 형사 유죄가 확정됐다면 10년이 정해진 건가요?
  그렇지 않습니다. 2019두31730 사건의 원고는 세금계산서 수취로 유죄가 확정되었습니다. 그래도 대법원은 세수 감소의 인식을 인정하기 어렵다고 보았습니다. 일부 과세기간은 5년이 지났다며 원심판결을 파기환송했습니다.
• 실제 거래는 있었고 공급자 이름만 다른 경우에도 같은 기준인가요?
  같은 기준이 적용됩니다. 2019두31730 사건은 실제 공급자와 세금계산서상 공급자가 달랐던 사안입니다. 대법원은 이런 사실과 다른 세금계산서에도 같은 인식을 요구했습니다.
• 부가가치세 5년은 언제부터 세나요?
  과세기간이 끝난 뒤 25일인 확정신고기한의 다음 날부터 셉니다. 예정신고기한은 기산일을 정할 때 넣지 않습니다. 과세기간마다 만료일이 따로 정해집니다.
• 세금계산서 가산세는 본세와 같은 기간이 적용되나요?
  따로 계산합니다. 공급받지 않고 받은 세금계산서에는 공급가액의 3% 가산세가 있습니다. 부정행위로 이 가산세 부과대상이 되면 10년, 그렇지 않으면 5년이 적용됩니다.
• 거래처가 나중에 세무서에서 환급을 받았다면 불리해지나요?
  누가 환급을 만들었는지가 중요합니다. 발급자가 경정청구로 돌려받는 것은 면탈 방법의 하나로 판결에 적혀 있습니다. 반면 세무서가 사후에 스스로 한 환급은 신고 당시 인식에 영향이 없다고 보았습니다.
• 제척기간이 지난 처분인데 불복기간도 놓쳤다면 방법이 없나요?
  제척기간이 지난 뒤의 부과처분은 무효여서 무효확인소송으로 다툴 수 있습니다. 다만 10년이 적용되는지가 다투어지는 사건은 기간 안에 심판청구로 다투는 편이 안전합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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