양도소득세

가정어린이집을 따로 사는 딸이 운영하면 거주주택 비과세를 못 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 거주주택을 파는 날 현재 어린이집을 같은 세대가 아닌 사람이 운영하고 있으면 장기어린이집 거주주택 비과세 특례를 적용받지 못합니다. 국세청은 2024년 7월 18일 회신에서 별도세대가 운영하는 어린이집은 특례상 장기어린이집이 아니라고 보았고, 2022년 5월 해석에서는 동일 세대원 운영이면 적용된다고 보았습니다. 지금은 어린이집 인가증과 고유번호증 명의가 양도일 기준으로 같은 세대원인지부터 확인하십시오.

어린이집 운영기간 5년을 다 채우기 전에 거주주택을 팔아도 특례는 적용됩니다. 양도일 현재 세대원이 고유번호를 받아 운영 중이면 되고, 나중에 5년을 못 채우면 그때 차액을 신고·납부하는 구조입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2013년부터 살고 있는 아파트 한 채와 2015년에 사서 가정어린이집으로 쓰는 아파트 한 채를 갖고 있습니다. 어린이집은 2015년부터 2023년까지 A씨가 직접 인가를 받아 운영했고, 2023년 가을부터는 결혼해 따로 사는 딸이 인가를 새로 받아 운영하고 있습니다. A씨는 2026년 안에 살던 아파트를 8억원에 팔면서 어린이집은 주택 수에서 빼고 1세대 1주택 비과세를 받을 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 별도세대가 어린이집을 운영하는 경우를 어떻게 해석했나요?

거주주택을 양도하는 날 현재 장기어린이집을 같은 세대가 아닌 사람이 운영하고 있다면 거주주택 비과세 특례를 적용받을 수 없다고 보았습니다. 국세청은 2024년 7월 18일 서면질의 회신(서면-2024-부동산-0079, 부동산납세과-1184)에서, 2009년부터 주거용으로 쓰는 아파트와 2011년부터 가정어린이집으로 쓰는 아파트를 보유한 1세대가 2011년부터 2019년까지는 직접 운영하다가 2019년 이후 별도세대가 운영하는 사안에 대해, 양도일 현재 동일세대원이 아닌 자가 운영하는 경우에는 시행령 제155조 제20항의 거주주택 비과세를 적용받을 수 없다고 답했습니다. 회신은 이유를 따로 적지 않았습니다. 시행령은 장기어린이집을 1세대의 구성원이 인가를 받고 고유번호를 부여받아 운영하는 어린이집으로 정하고, 거주주택 양도일 현재 장기어린이집을 운영하고 있을 것을 요구합니다. 이 회신은 별도세대가 운영권을 넘겨받은 사실관계를 전제로 한 것이므로, 같은 세대원인 배우자나 함께 사는 자녀가 운영하는 경우에는 결론이 다릅니다.

국세청은 앞선 2022년 5월 16일 회신(서면-2021-부동산-6426)에서는 본인 소유 주택에서 배우자가 가정어린이집을 운영한 사안에 대해, 장기어린이집을 동일 세대원이 운영하는 경우에도 거주주택 특례를 적용할 수 있다고 보았습니다. 두 해석을 나란히 놓으면 운영자가 「같은 세대인지」가 결론을 가릅니다. 세대 분리 여부는 주민등록과 실제 생계를 같이하는지로 판단합니다.

거주주택 특례에서 장기어린이집은 어떤 요건을 갖춰야 하나요?

2026. 10. 6. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 장기어린이집과 그 밖의 1주택을 소유한 1세대가 거주주택을 양도하는 경우 국내에 1개의 주택만 소유한 것으로 보아 비과세 규정을 적용하되, 거주주택과 장기어린이집이 각각 다음 요건을 갖춰야 한다고 정합니다.

• 거주주택 - 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 합니다. 이전에 민간임대주택으로 등록했거나 어린이집으로 쓴 사실이 있는 주택이면 직전거주주택 양도일 이후 기간분만 비과세됩니다.
• 장기어린이집 - 양도일 현재 소득세법 제168조에 따라 고유번호를 부여받고 장기어린이집을 운영하고 있어야 합니다.
• 장기어린이집의 범위 - 1세대의 구성원이 영유아보육법 제13조 제1항의 인가를 받거나 같은 법 제24조 제2항의 위탁을 받고 고유번호를 받은 뒤 5년 이상 어린이집으로 사용한 주택으로서, 어린이집으로 쓰지 않게 된 날부터 6개월이 지나지 않은 주택입니다.
• 운영기간 미충족 - 5년 요건을 채우기 전에 거주주택을 양도해도 장기어린이집으로 보아 특례를 적용합니다. 다만 그 뒤 요건을 채우지 못하면 사유 발생일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 차액을 신고·납부해야 합니다.

어린이집 운영자를 바꾸기 전에 무엇을 확인해야 하나요?

운영자가 세대를 달리하는 순간 그 어린이집은 특례상 장기어린이집이 아니게 되므로, 거주주택을 먼저 팔거나 운영자를 같은 세대로 유지한 뒤 양도해야 합니다. 자녀가 결혼이나 취업으로 세대를 분리하면서 인가를 넘겨받으면, 부모 세대 기준으로는 더 이상 세대원이 운영하는 어린이집이 아닙니다. 반대로 거주주택을 양도한 뒤에 운영자를 바꾸는 것은 양도일 현재 요건과 무관합니다. 어린이집을 아예 그만두는 경우에는 사용을 그만둔 날부터 6개월이 지나기 전에 거주주택을 양도해야 장기어린이집으로 인정받을 여지가 남습니다.

거주주택 특례 어린이집 대응 순서

• 운영자 확인 - 어린이집 인가증과 고유번호증의 명의가 양도일 현재 같은 세대원인지 확인합니다. 주민등록상 세대와 실제 생계가 다르면 그 근거를 정리합니다.
• 양도 순서 조정 - 운영자를 별도세대로 바꿀 계획이 있으면 거주주택 양도를 그 전에 끝냅니다. 이미 바꿨다면 같은 세대원 명의로 다시 인가받을 수 있는지 검토합니다.
• 거주기간 확인 - 거주주택의 주민등록 전입일부터 전출일까지 2년 이상인지 확인합니다.
• 특례 신고 - 과세표준신고서와 특례 신고서에 인가증 또는 위탁계약증서 사본을 붙여 제출합니다.
• 부인 시 불복 - 특례가 부인되어 과세되면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고, 신고한 뒤 요건이 확인되면 5년 안에 경정청구를 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 운영자가 바뀐 시점과 세대 분리 시점이 다르거나 어린이집을 폐원한 경우에는 인가증·주민등록·고유번호 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 1세대 1주택 비과세 특례 부인에 따른 양도소득세 경정청구와 과세처분 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 같은 집에 사는 자녀가 운영하면 특례가 되나요?
  가능성이 있습니다. 국세청은 2022년 5월 16일 회신(서면-2021-부동산-6426)에서 배우자가 운영한 사안에 대해 장기어린이집을 동일 세대원이 운영하는 경우에도 거주주택 특례를 적용할 수 있다고 보았습니다. 시행령도 1세대의 구성원이 인가를 받아 운영하는 어린이집을 장기어린이집으로 정하므로, 생계를 같이하는 세대원이면 운영자가 본인이 아니어도 됩니다.
• 어린이집을 5년 운영하기 전에 집을 팔아도 되나요?
  됩니다. 장기어린이집의 운영기간 요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도해도 장기어린이집으로 보아 특례를 적용합니다. 다만 그 뒤 5년을 채우지 못하게 되면 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 특례를 적용하지 않았을 때의 세액과의 차액을 양도소득세로 신고·납부해야 합니다.
• 어린이집을 폐원한 뒤 집을 팔면 어떻게 되나요?
  어린이집으로 사용하지 않게 된 날부터 6개월이 지나지 않은 주택까지만 장기어린이집에 해당합니다. 폐원 뒤 6개월 안에 거주주택을 양도해야 특례를 검토할 수 있고, 6개월이 지나면 어린이집 주택이 일반 주택으로 주택 수에 들어갑니다. 양도일 현재 운영 중이어야 한다는 요건과 함께 보아야 합니다.
• 거주주택은 몇 년 살아야 하나요?
  보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 합니다. 거주기간은 주민등록표 등본의 전입일부터 전출일까지로 계산합니다. 이전에 임대주택으로 등록했거나 어린이집으로 쓴 사실이 있는 거주주택이면 등록일 또는 운영개시일 이후의 거주기간으로 따집니다.
• 세대 분리는 무엇으로 판단하나요?
  1세대는 거주자와 배우자가 같은 주소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 단위입니다. 주민등록을 옮겼더라도 실제로 생계를 같이하면 같은 세대로 볼 수 있고, 반대로 함께 살아도 생계가 독립되어 있으면 다툼이 생깁니다. 자녀의 혼인·취업과 주민등록 전출일을 함께 확인해야 합니다.
• 특례를 받으려면 어떤 서류를 내나요?
  거주주택을 양도하는 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고서와 특례 신고서에 어린이집 관련 서류를 첨부해 납세지 관할 세무서장에게 제출합니다. 국공립어린이집은 위탁계약증서 사본이 필요하고, 세무서장은 어린이집 인가증을 행정정보 공동이용으로 확인합니다.
• 특례가 부인되어 세금이 나오면 어떻게 하나요?
  납부고지서를 받은 날부터 90일 이내에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 이미 과세로 신고했는데 특례 요건이 확인되면 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 합니다. 운영자의 세대 동일성과 거주기간이 쟁점이 되므로 주민등록과 인가증 자료를 먼저 갖춥니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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