취득세·보유세

취득세 감면을 잘못 받아 추징되면 과소신고가산세도 내야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 취득세 감면 요건이 안 되는데 감면세액을 빼고 신고했다면 산출세액을 맞게 적었더라도 과소신고가산세를 내야 합니다. 대법원은 2015년 말 지방세기본법 개정 뒤로 과소신고가산세의 기초가 산출세액이 아니라 납부세액이라고 판단했습니다. 지금은 감면 신청 때 구청과 주고받은 공문이 있는지부터 확인하십시오.

추징된다고 가산세가 모두 정당한 것은 아닙니다. 감면을 신청할 때 과세관청과 주고받은 자료에 따라 납부지연가산세는 정당한 사유로 빠질 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

물류회사 F사는 2023년 항만공사와 국가 소유 부지를 30년간 빌리는 임대차계약을 맺고, 그 위에 물류창고를 지어 2024년 사용승인을 받았습니다. F사는 물류단지에서 물류사업에 직접 쓰는 물류시설용 부동산이라며 취득세 감면을 적용해 신고·납부했습니다. 그런데 구청은 2025년 그 지역이 물류단지가 아니라는 이유로 감면분 취득세와 과소신고가산세, 납부지연가산세를 추징했고, 소송 중에는 부지를 사업시행자에게서 취득하지 않고 빌렸을 뿐이라는 사유도 더했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

감면을 잘못 적용해 신고하면 과소신고가산세가 붙나요?

붙습니다. 과세표준에 세율을 곱한 산출세액은 정확히 신고했더라도, 적용될 수 없는 감면세액을 빼서 납부할 세액을 적게 신고했다면 과소신고가산세 요건을 충족합니다. 과소신고가산세는 신고하여야 할 납부세액보다 적게 신고한 금액의 100분의 10입니다.

2015. 12. 29. 지방세기본법 개정 전에는 신고불성실가산세의 기초가 산출세액이어서, 산출세액만 맞게 신고하면 감면 판단을 그르쳐도 가산세를 부과할 수 없다는 대법원 판결이 있었습니다. 개정 뒤에는 기초가 납부세액으로 바뀌었고, 대법원은 그 옛 판결이 이 사건에는 맞지 않는다고 밝혔습니다. 2026. 10. 4. 기준 현행 「지방세기본법」도 납부세액을 기초로 정합니다.

납부지연가산세는 피할 수 있나요?

정당한 사유가 있으면 피할 수 있습니다. 납세자가 의무를 이행하지 않은 데 정당한 사유가 있으면 가산세를 부과하지 않습니다. 이 사건에서 원심은 취득세와 지방교육세 납부지연에 정당한 사유가 있다고 보았고, 대법원도 그 판단은 정당하다고 했습니다.

대법원은 과소신고가산세 부분만 다시 심리하라고 원심으로 돌려보냈고, 본세와 납부지연가산세 부분은 원심 결론을 유지했습니다. 가산세는 종류마다 요건과 면제 사유가 따로 판단됩니다.

빌린 땅에 지은 물류창고도 취득세 감면을 받나요?

받지 못합니다. 물류시설용 부동산 감면은 물류단지개발사업 시행자로부터 토지를 취득하고, 그 토지에 신축하거나 증축한 건축물을 대상으로 합니다. 대법원은 토지 취득이 감면의 전제이고, 토지 취득일 전에 지은 건축물을 포함한다는 괄호 부분에도 같은 전제가 적용된다고 보았습니다.

그래서 사업시행자에게서 부지를 빌려 창고만 새로 지은 경우는 감면 대상인 물류시설용 부동산이 아닙니다. 현행 감면율은 수도권 여부와 인구감소지역 여부에 따라 취득세의 100분의 35에서 100분의 75까지로 나뉘지만, 토지 취득이 없으면 어느 구간도 적용되지 않습니다.

소송 중에 구청이 추징 사유를 바꿔도 되나요?

기본적 사실관계가 같으면 됩니다. 처분청은 당초 처분사유와 기본적 사실관계의 동일성이 인정되는 범위에서 다른 사유를 추가하거나 변경할 수 있고, 처분 당시 적시한 구체적 사실을 바꾸지 않고 근거 법령만 추가하는 것은 새로운 사유의 추가로 보지 않습니다.

이 사건에서 물류단지가 아니라는 당초 사유와 부지를 취득하지 않고 빌렸다는 추가 사유는 부지를 빌려 건물을 지었다는 하나의 사실에 대한 법적 평가만 다르다고 보아 허용됐습니다.

취득세 감면 추징 가산세 대응 순서

• 감면 요건 재확인 - 토지를 시행자에게서 취득했는지, 물류단지로 지정된 지역인지 확인합니다. 감면 요건이 없으면 본세 다툼보다 가산세 다툼에 집중합니다.
• 신고 내역 확인 - 신고서의 산출세액, 감면세액, 납부세액을 확인합니다. 과소신고가산세는 납부세액 기준으로 계산됩니다.
• 정당한 사유 자료 수집 - 감면 신청 때 구청과 주고받은 공문, 사전 질의 회신, 담당자 안내를 모읍니다. 가산세 면제의 근거가 됩니다.
• 처분사유 비교 - 고지서의 사유와 소송에서 새로 나온 사유가 같은 사실에 관한 것인지 봅니다.
• 불복 기한 계산 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 냅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 감면 신청 전에 구청이 감면 가능하다고 회신했거나 다른 감면 조항이 함께 문제 되면 공문과 신고서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 취득세 부과처분 취소 심판청구와 소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 산출세액을 맞게 신고했으면 가산세가 없지 않나요?
  지금은 아닙니다. 대법원 2026. 4. 9. 선고 2025두35293 판결은 2015. 12. 29. 지방세기본법 개정 이후 과소신고가산세의 기초가 납부세액으로 바뀌어, 산출세액을 정당하게 신고했어도 감면세액을 잘못 적용해 납부세액을 적게 신고하면 과소신고가산세 요건을 충족한다고 판단했습니다.
• 예전 판례는 가산세를 못 매긴다고 하지 않았나요?
  대법원 2015. 5. 28. 선고 2014두12505 판결은 2010. 3. 31. 전부개정 전 구 지방세법이 신고불성실가산세의 기초를 산출세액으로 정하던 시기의 사안입니다. 대법원은 이번 판결에서 그 판결이 개정 후 사안에는 원용하기에 적절하지 않다고 밝혔습니다.
• 과소신고가산세는 얼마인가요?
  일반적인 과소신고는 과소신고한 납부세액 등의 100분의 10입니다. 사기나 그 밖의 부정한 행위로 과소신고했다면 그 부분은 100분의 40이 적용됩니다. 감면 요건을 잘못 판단한 것만으로는 보통 부정행위로 보지 않습니다.
• 납부지연가산세는 면제받을 수 있나요?
  납세자가 의무를 이행하지 않은 데 정당한 사유가 있으면 가산세를 부과하지 않습니다. 이 사건에서 원심은 납부지연에 정당한 사유가 있다고 보아 납부지연가산세 부과를 위법하다고 판단했고, 대법원도 이를 유지했습니다. 감면 신청 당시 과세관청과 주고받은 자료가 판단의 기초가 됩니다.
• 물류단지 안 땅을 빌려 창고를 지어도 감면되나요?
  감면되지 않습니다. 물류시설용 부동산은 물류단지개발사업 시행자로부터 취득하는 토지와 그 토지 취득일부터 5년 이내에 신축하거나 증축한 건축물입니다. 대법원은 토지 취득이 전제이므로 시행자에게서 부지를 임차해 지은 건축물은 감면 대상이 아니라고 보았습니다.
• 감면이 잘못된 걸 알았다면 지금 수정신고하면 되나요?
  법정신고기한이 지난 뒤 2년 이내에 수정신고하면 과소신고가산세가 기간에 따라 감면됩니다. 1개월 이내면 100분의 90, 6개월 이내면 100분의 50 등 일찍 할수록 감면 폭이 큽니다. 다만 구청이 경정할 것을 미리 알고 수정신고한 경우에는 감면되지 않습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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