감면·공제

설비를 지으며 낸 건설자금이자와 시운전비도 투자세액공제 투자금액에 넣을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

설비 취득에 직접 대응하는 부분만 넣을 수 있습니다. 대법원은 투자세액공제의 투자금액을 법인세법상 취득가액과 같게 보지 않고, 설비 취득에 직접 대응해 지출한 비용으로 한정했습니다. 그래서 건설자금이자와 시운전비는 공제대상 설비에 대응하는 몫만 인정되고, 취득에 간접적으로만 기여한 관리비 등은 빠집니다.

공장이나 생산라인을 직접 짓는 회사는 장부상 설비 원가에 이자, 시운전 비용, 공사 관리비까지 함께 올립니다. 회계와 법인세에서는 모두 취득가액이지만, 투자세액공제를 계산할 때도 그대로 쓸 수 있는 것은 아닙니다. 대법원이 공제대상 투자금액을 좁게 보았기 때문입니다. 다만 이자와 시운전비가 통째로 빠지는 것은 아니고, 설비에 대응하는 몫을 합리적으로 나눌 수 있으면 인정됩니다.

이런 상담이 많습니다

중견 제조업체 F사는 2022년부터 2023년까지 자동화 생산라인을 새로 지으면서 설비 매입·설치비 50억원 외에 차입금 이자 10억원, 시운전 인력 인건비 1억원, 본사 건설관리팀 인건비 2억원을 건설 중인 자산으로 처리했습니다. 처음 신고 때는 설비 매입·설치비만 공제 대상으로 넣었다가, 2026. 3. 나머지 13억원도 투자금액이라며 경정청구를 했습니다. 2026. 9. 세무서가 13억원 전부를 거부하자, F사는 이자와 시운전비는 인정받을 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

법인세법상 취득가액과 투자금액은 같은가요?

같지 않습니다. 법인세법은 직접 건설한 자산의 취득가액을 원재료비, 노무비, 설치비, 그 밖의 부대비용을 합한 금액으로 정합니다. 그러나 대법원은 조세특례제한법은 정책 목적의 세제지원을 위한 법률이어서 입법 목적이 다르므로, 두 법률의 비슷한 개념을 일치되게 해석할 필요가 없다는 원심 판단을 수긍했습니다.

판결은 투자세액공제가 정책적 목적을 위하여 상당한 특혜를 주는 제도이므로 목적에 맞는 범위에서 제한적으로 적용해야 한다고 했습니다. 그래서 "생산성향상시설의 취득에 직접적으로 대응하여 지출된 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야" 하고, 취득 과정에 부수적으로 들거나 간접적으로만 기여한 비용은 투자금액에 들어가지 않는다고 보았습니다.

직접 대응하는 비용인지는 무엇으로 판단하나요?

대법원은 세 가지를 함께 봅니다. 그 지출이 공제대상 설비를 취득하려는 의도에서 이루어졌는지, 그 지출이 없었다면 설비를 취득하기 어려웠을 만큼 필수적이었는지, 계약서와 회계자료 같은 믿을 만한 기초자료로 다른 목적의 지출과 객관적으로 구분되고 그 구분 기준이 합리적인지입니다.

세 번째 기준이 실무에서 가장 자주 문제 됩니다. 이자나 인건비는 여러 자산과 부서에 걸쳐 나오므로, 공제대상 설비 몫을 어떤 기준으로 나눴는지 설명하지 못하면 필수적인 비용이어도 인정받기 어렵습니다. 회사 전체 차입금 이자를 건설 중인 자산의 직접비 비율로 나눈다면, 그 비율이 담당자의 사후 추정이 아니라 평소 쓰는 회계 시스템 자료에서 나온 것임을 보여 주어야 합니다. 같은 설비 안에서도 안전설비처럼 공제대상이 아닌 부분이 섞여 있으면 그 몫을 다시 빼야 합니다.

건설자금이자와 시운전비는 얼마나 인정되나요?

판결 사안에서 회사는 발전설비를 지으며 쓴 건설자금이자, 시운전비, 건설소비 등을 투자금액이라며 경정청구했습니다. 법원은 건설자금이자와 시운전비 가운데 공제대상인 자동화 설비에 대응하는 부분만 투자금액으로 인정하고, 나머지 부분과 그 밖의 비용은 인정하지 않았습니다. 그 결과 거부처분 가운데 세액공제액 6,974,554,696원 부분만 취소되었습니다.

사례의 F사라면 이자 10억원을 설비와 건물 등 자산별 직접비 비율로 나눠 자동화 설비 몫을 계산하고, 시운전비는 실제 시운전을 맡은 인력의 인건비처럼 시운전에 직접 쓴 돈을 따로 떼어 냅니다. 직접비 비율이 60%라면 이자 가운데 6억원이 설비 몫이고, 시운전 인력 인건비 1억원을 더하면 주장할 투자금액은 57억원이 됩니다. 본사 건설관리팀 인건비는 취득에 간접적으로 기여한 비용으로 볼 가능성이 커 빠질 수 있습니다. 결국 13억원 전부를 다투기보다 인정 가능성이 높은 몫을 추려 심판청구 등으로 다투는 편이 실익이 있습니다. 청구 금액을 비용 항목별로 나눠 두면, 일부만 인정되더라도 그 몫을 따로 인정받기 쉽습니다.

지금의 통합투자세액공제에도 같은 기준이 적용되나요?

판결은 2017년까지 시행된 생산성향상시설 투자세액공제에 관한 것입니다. 지금의 통합투자세액공제도 투자금액의 뜻을 따로 정의하지 않고 계산 방법만 시행령에 맡기고 있어, 같은 기준으로 볼 수 있습니다. 시행령은 작업진행률로 계산한 금액과 실제로 지출한 금액 가운데 큰 금액에서 이전에 공제받은 금액 등을 빼도록 정하고 있으므로, 여러 해에 걸쳐 짓는 설비는 해마다 대응 비용을 나눠 관리해야 합니다. 대금을 두 해에 나눠 낸 경우는 「설비 대금을 두 해에 나눠 내면 통합투자세액공제는 어느 해에 받나요?」에서 자세히 설명했습니다.

공제를 받으려면 과세표준신고서와 함께 정해진 세액공제신청서를 내야 하므로, 경정청구 때도 다시 계산한 투자금액으로 신청서를 함께 갖춥니다.

투자세액공제 투자금액 경정청구 대응 순서

• 비용 분류 - 건설 중인 자산에 올린 비용을 설비 직접비, 이자, 시운전비, 관리비로 나눕니다.
• 배분 기준 정리 - 이자는 자산별 직접비 비율 등 합리적 기준으로, 시운전비는 시운전 인력과 소모품 기준으로 설비 몫을 계산합니다.
• 근거 자료 확보 - 계약서, 회계 시스템 자료, 시운전 일지와 인력 배치표를 모읍니다.
• 경정청구 - 법정신고기한부터 5년 안에 공제대상 설비 대응분만 추려 청구합니다.
• 불복 - 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등으로 배분 기준의 합리성을 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 이자와 인건비를 공제대상 설비에 어떤 기준으로 나눴는지, 그 기준을 회계자료로 증명할 수 있는지에 따라 인정 금액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 투자세액공제 경정청구와 거부처분에 대한 심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 장부상 설비 취득가액 전부를 투자세액공제 대상으로 할 수 있나요?
  그렇지 않습니다. 대법원은 투자세액공제의 투자금액을 법인세법상 취득가액과 같게 보지 않고, 공제대상 설비 취득에 직접 대응해 지출한 비용으로 한정했습니다. 부수적이거나 간접적인 비용은 빠집니다.
• 공사 기간 차입금 이자도 투자금액에 들어가나요?
  공제대상 설비에 대응하는 부분은 들어갈 수 있습니다. 판결 사안에서도 건설자금이자 가운데 자동화 설비 몫은 인정되었습니다. 다만 자산별 직접비 비율처럼 합리적이고 객관적인 배분 기준이 있어야 합니다.
• 시운전비는 어디까지 인정되나요?
  설비를 실제로 가동하려면 시운전이 필요하므로, 공제대상 설비의 시운전에 직접 쓴 비용은 인정될 수 있습니다. 시운전에 직접 관여하지 않은 인력의 인건비나 간접 경비는 빠질 가능성이 큽니다.
• 직접 대응 비용인지는 어떤 기준으로 보나요?
  설비 취득 의도로 지출했는지, 그 지출 없이는 설비 취득이 어려웠는지, 계약서와 회계자료로 다른 지출과 객관적으로 구분되고 그 구분 기준이 합리적인지를 종합해 판단합니다. 세 가지를 모두 자료로 보여 주어야 합니다.
• 지금 받는 통합투자세액공제에도 이 판결이 적용되나요?
  판결은 옛 생산성향상시설 공제에 관한 것이지만, 현행 통합투자세액공제도 투자금액을 따로 정의하지 않아 같은 기준으로 볼 수 있습니다. 투자금액 계산 방법은 시행령 제21조 제7항을 따릅니다.
• 공제를 덜 받았다면 언제까지 경정청구를 하나요?
  신고서에 적은 세액공제액이 받아야 할 금액보다 적다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 2개월 안에 답이 없거나 거부되면 심판청구 등으로 다툴 수 있고, 거부 통지 뒤 기한은 90일입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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