감면·공제

설비 대금을 두 해에 나눠 내면 통합투자세액공제는 어느 해에 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

설비 대금을 두 해에 나눠 냈다면 계약금을 낸 해부터 실제 지출한 금액만큼 해마다 통합투자세액공제를 받고, 투자를 마친 해에는 남은 잔금까지 모두 그해 투자금액으로 봅니다. 시행령은 실제 지출액과 작업진행률 계산액 중 큰 금액을 기준으로 합니다. 지금은 투자 개시일과 투자완료일을 계약서로 확정하십시오.

설비가 다 들어올 때까지 공제 신청을 미뤄 둘 필요는 없습니다. 계약금을 낸 해부터 실제로 지출한 금액만큼 그해에 공제를 받을 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

반도체 부품을 만드는 F법인은 2025년 10월 해외 장비업체와 생산설비 매매계약을 맺고 계약금으로 전체 대금의 20%를 냈습니다. 중도금과 잔금은 2026년에 장비가 들어와 설치를 마치면 내기로 했고, 설치 완료 뒤 성능 검수를 거쳐 마지막 10%는 2027년 초에 지급하기로 했습니다. F법인은 2025 사업연도에 계약금만큼 공제를 받을 수 있는지, 2027년에 낼 잔금은 어느 해 투자금액으로 보는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

설비 대금을 두 해에 나눠 내면 투자금액은 어떻게 나누나요?

투자를 시작한 과세연도부터 투자완료일이 속하는 과세연도까지 해마다 실제로 지출한 금액을 기준으로 그해 투자금액을 정하고, 투자를 마친 해에는 아직 내지 않은 금액까지 전부 그해 투자금액으로 봅니다. 시행령은 해당 과세연도까지 실제 지출한 금액과 작업진행률로 계산한 금액 중 큰 금액에서 이전 연도에 공제받은 투자금액을 빼도록 정합니다. 기계를 사 오는 방식의 투자에도 이 계산식이 그대로 적용됩니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「조세특례제한법 시행령」 제21조 제7항도 같은 계산식을 두고 있습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 기계설비를 수입하거나 매매계약으로 사들이는 경우에도 투자 개시시기가 속하는 과세연도부터 투자완료일이 속하는 과세연도까지 시행령 계산식으로 산정한 금액을 해당 과세연도 투자금액으로 보고, 투자가 완료되면 지출하지 않은 금액 전부를 완료 연도 투자금액으로 본다고 회신했습니다(서면-2023-법규법인-4013, 2024. 7. 25.). 질의 법인은 메모리·시스템 반도체 제조업체로, 계약에 따라 기계설비 대금을 2개 과세연도에 걸쳐 지급했습니다.

국세청은 법이 투자 방식을 가리지 않고 투자가 이루어지는 과세연도마다 공제하도록 정하고 있으므로, 재화를 사는 방식도 같은 계산식을 쓰는 것이 문언에 맞다고 보았습니다. 이 계산식은 투자완료 연도에만 공제하면 실제 돈을 낸 시기와 세금이 줄어드는 시기가 어긋나는 문제를 보완하려고 둔 것이라서, 계약금을 먼저 내는 구매 방식에도 같은 필요가 있다는 점도 들었습니다.

이 회신은 매매계약에 따라 대금을 나눠 낸 사실관계를 전제로 합니다. 자체 제작이나 건설 방식이면 투자 개시시기를 따지는 기준이 달라 결론이 달라질 수 있습니다.

투자는 언제 시작된 것으로 보나요?

매매계약으로 사들이는 경우에는 계약금이나 대가의 일부를 지급한 때가 투자 개시시기입니다. 계약금을 내기 전에 설비를 먼저 넘겨받았다면 실제로 인수한 때입니다. 제작을 맡겨 발주하면 최초로 주문서를 보낸 때, 수입 승인이 필요하면 승인을 얻은 때, 타인에게 건설을 맡기면 실제 착공한 때를 기준으로 합니다.

단순 예시 계산으로, 장비 대금 100억원 중 2025년 10월 계약금 20억원을 냈다면 2025 사업연도 투자금액은 20억원입니다. 2026년에 70억원을 내고 설치가 끝났다면, 2027년 초에 낼 잔금 10억원까지 합한 80억원이 2026 사업연도 투자금액이 됩니다.

투자 완료 뒤 남은 잔금은 언제 공제받나요?

투자가 완료된 과세연도에 아직 지급하지 않은 금액은 모두 그 완료 연도 투자금액에 포함합니다. 잔금을 다음 해에 낸다고 해서 다음 해 공제로 넘어가지 않습니다. 따라서 투자완료일을 언제로 볼지, 곧 설치 완료일인지 검수 완료일인지가 공제 연도를 가릅니다. 검수 조건이 계약서에 어떻게 적혀 있는지 확인해 두어야 합니다.

통합투자세액공제 분할 지급 대응 순서

• 개시시기 확정 - 매매계약서와 계약금 송금 기록으로 투자 개시일을 정합니다. 계약금보다 인수가 먼저였다면 인수일입니다.
• 연도별 지출 정리 - 과세연도마다 실제 지급한 금액과 지급일을 표로 만듭니다. 작업진행률로 계산한 금액이 더 크면 그 금액을 씁니다.
• 완료일 확인 - 설치 완료일과 검수 완료일 중 투자완료일이 언제인지 계약 조건으로 확인하고, 그해 미지급 잔금을 포함합니다.
• 연도별 신청 - 각 과세연도 법인세 신고 때 그해 투자금액으로 세액공제신청서를 냅니다. 빠뜨린 연도는 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 합니다.
• 부인 시 불복 - 연도 귀속이 다르다며 공제가 부인되면 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다. 이의신청은 선택할 수 있는 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 투자완료일과 검수 조건, 제작·건설 방식이 섞인 계약이면 결론이 달라질 수 있으므로 계약서와 송금 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 경정청구 거부처분과 부과처분에 대한 조세불복과 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 계약금만 낸 해에도 공제를 받을 수 있나요?
  네, 매매계약으로 사들이는 설비는 계약금을 지급한 때가 투자 개시시기이므로 그해 실제 지출한 계약금만큼 투자금액으로 보아 공제를 받을 수 있습니다. 그해 법인세 신고 때 세액공제신청서를 내야 하고, 빠뜨렸다면 5년 안에 경정청구를 합니다.
• 잔금을 다음 해에 내면 다음 해 공제인가요?
  아니요, 투자가 완료된 과세연도에 아직 지급하지 않은 금액은 모두 그 완료 연도의 투자금액으로 봅니다. 잔금 지급일이 아니라 투자완료일이 기준이므로, 설치나 검수가 끝난 날이 속하는 연도에 잔금까지 포함해 공제를 신청해야 합니다.
• 계약금보다 장비를 먼저 받았다면요?
  계약금이나 대가의 일부를 내기 전에 설비를 먼저 인수했다면 실제로 인수한 때가 투자 개시시기입니다. 이 경우 인수한 해부터 투자가 시작된 것으로 보고 시행령 계산식에 따라 그해 투자금액을 정합니다.
• 수입 승인이 필요한 장비는 언제가 기준인가요?
  설비를 수입하면서 승인을 얻어야 하는 경우에는 계약금 지급이나 주문서 발송과 관계없이 수입승인을 얻은 때가 투자 개시시기입니다. 승인일이 속하는 과세연도부터 투자금액 계산이 시작되므로 승인서 날짜를 확인해 두어야 합니다.
• 작업진행률은 언제 쓰나요?
  시행령은 총투자금액에 작업진행률을 곱한 금액과 실제 지출한 금액 중 큰 금액을 기준으로 투자금액을 정합니다. 제작이나 건설처럼 진행률을 계산할 수 있는 투자라면 지출보다 진행이 앞선 해에 진행률 기준 금액으로 더 일찍 공제받을 수 있습니다.
• 직전 3년 평균은 어떻게 계산하나요?
  추가공제 기준인 3년간 연평균 투자금액은 해당 과세연도 개시일부터 거슬러 3년간 투자한 금액 합계를 3으로 나누고 사업연도 개월 수를 반영해 계산합니다. 대금을 나눠 낸 투자는 연도별 투자금액이 바뀌므로 평균 계산에도 영향을 줍니다.
• 공제 연도를 잘못 신청했으면 어떻게 하나요?
  잘못 신청한 연도는 수정신고나 경정청구로 바로잡고, 빠뜨린 연도는 법정신고기한이 지난 날부터 5년 안에 경정청구를 합니다. 과세관청이 먼저 부인해 고지했다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 설비를 지으며 낸 건설자금이자와 시운전비도 투자세액공제 투자금액에 넣을 수 있나요?
• 투자세액공제 받은 기계를 2년 안에 팔거나 임대하면 세금을 다시 내나요?
• 셀프빨래방 세탁기·건조기도 투자세액공제를 받을 수 있나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기