부가가치세

세금계산서를 확정신고기한이 지나서 받았다면 매입세액공제를 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

확정신고기한이 지나 받은 세금계산서도 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 안이고 경정청구서나 수정신고서와 함께 내면 매입세액을 공제받을 수 있습니다. 대신 받은 쪽에도 공급가액의 0.5% 가산세가 붙고, 1년을 넘기면 실제 거래였더라도 공제받지 못하므로 경정청구 5년과 혼동하지 않아야 합니다.

거래처가 세금계산서를 미루는 일은 생각보다 흔합니다. 세금계산서를 늦게 받았다는 이유만으로 매입세액이 모두 사라지는 것은 아닙니다. 다만 언제 받았는지에 따라 공제 여부와 가산세가 달라지고, 1년이라는 마지막 선을 넘기면 실제 거래였더라도 공제받지 못합니다. 그래서 늦게라도 받을 수 있는 시점을 정확히 계산해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

인테리어업을 하는 일반과세자 C씨는 2025. 11. 20. 자재업체에서 공급가액 2,000만원의 자재를 사고 대금을 모두 보냈지만, 업체는 세금계산서를 차일피일 미뤘습니다. C씨는 매입세액 없이 2025년 제2기 확정신고를 마쳤고, 업체는 2026. 9. 15.에야 작성 연월일을 2025. 11. 20.로 한 세금계산서를 보내왔습니다. C씨는 지금이라도 매입세액 200만원을 공제받을 수 있는지, 불이익은 없는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

받은 시점에 따라 공제 여부가 어떻게 달라지나요?

세금계산서는 공급시기에 발급하는 것이 원칙이고, 월합계나 거래일 작성 방식이면 다음 달 10일까지 발급할 수 있습니다. 이 기한 안에 받았다면 정상 수취이므로 공제에 아무 문제가 없습니다.

그 기한을 넘겼지만 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 받았다면 공제됩니다. 다만 받은 쪽에도 공급가액의 0.5% 가산세가 붙습니다.

확정신고기한이 지난 뒤 받았다면 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 안이어야 합니다. 그리고 수정신고서나 경정청구서와 함께 세금계산서를 내거나, 세무서가 거래사실을 확인해 경정하는 경우에만 공제됩니다. 이때도 0.5% 가산세가 붙습니다.

C씨 거래의 2025년 제2기 확정신고기한은 1. 25.이 일요일이어서 2026. 1. 26.이었습니다. 2026. 9. 15. 발급분은 그 다음 날부터 1년 안이므로 경정청구로 공제받을 수 있습니다. 2027. 1. 26.을 넘겨 받았다면 공제받지 못했을 것입니다.

받은 세금계산서의 작성 연월일도 확인해야 합니다. 작성 연월일은 필요적 기재사항이므로, 업체가 실제 거래일 대신 발급한 날짜를 적어 보냈다면 사실과 다르게 적힌 세금계산서가 되어 어느 과세기간에 공제할지부터 다툼이 생길 수 있습니다. 이런 경우에는 실제 거래일로 다시 발급해 달라고 요청하는 편이 안전합니다.

수정신고와 경정청구 중 무엇을 내야 하나요?

빠진 매입세액을 넣으면 세금이 줄어드므로 대개 경정청구를 냅니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 할 수 있지만, 늦게 받은 세금계산서의 공제는 발급일 기준 1년이라는 별도 제한이 붙어 있으므로 이 기간을 먼저 봐야 합니다.

같은 과세기간에 빠뜨린 매출도 있다면 수정신고서에 매입세액을 함께 반영합니다. 세무서는 경정청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다. 받아들여지면 C씨는 매입세액 200만원에서 가산세 10만원을 뺀 190만원을 돌려받게 됩니다.

세금계산서를 늦게 끊어 준 업체는 어떻게 되나요?

공급자는 발급시기를 지나 확정신고기한까지 발급하면 공급가액의 1%, 확정신고기한까지 발급하지 않으면 2% 가산세를 냅니다. C씨 거래처는 확정신고기한 뒤에 발급했으므로 2% 대상이고, 매출을 신고에서 빠뜨렸다면 과소신고가산세와 납부지연가산세도 따로 검토됩니다.

업체가 끝내 발급하지 않으면 매입자가 직접 세금계산서를 발행하는 길이 있습니다. 공급시기가 속하는 과세기간 종료일부터 1년 안에 관할 세무서장에게 거래사실 확인을 신청해야 하고, 거래 1건의 공급대가가 5만원 이상이어야 하며, 거래사실은 신청인이 증명해야 합니다.

1년이 지나 받았다면 방법이 없나요?

발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년을 넘으면 거래가 실제로 있었더라도 이 규정으로는 공제받을 수 없습니다. 매입자발행세금계산서 신청기간도 과세기간 종료일부터 1년이라 대부분 함께 지나갑니다. 이때 남는 문제는 공제받지 못한 부가가치세 부담을 거래처와 어떻게 나눌지로, 계약상 세금계산서 발급 의무와 대금 지급 조건을 따져 보아야 합니다.

세무조사 과정에서 세무서가 거래사실을 확인해 경정하는 경우에도 공제 요건은 같습니다. 세금계산서 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 안이어야 하므로, 조사 중에 뒤늦게 세금계산서를 받아 내더라도 이 기간이 지났다면 공제를 주장하기 어렵습니다.

늦게 받은 세금계산서 대응 순서

• 기한 계산 - 공급시기, 해당 과세기간 확정신고기한, 그 다음 날부터 1년이 되는 날을 달력으로 확인합니다.
• 세금계산서 확보 - 업체에 실제 거래일을 작성 연월일로 한 세금계산서를 요청하고, 거부하면 매입자발행을 준비합니다.
• 거래 증빙 정리 - 계약서, 이체 내역, 납품 확인서로 거래사실을 정리합니다.
• 경정청구 제출 - 세금계산서와 매입처별 세금계산서합계표를 경정청구서와 함께 관할 세무서에 냅니다.
• 2개월 결과 확인 - 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지 전이라도 불복할 수 있습니다.
• 거부 시 심판청구 - 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공급시기를 언제로 보는지, 세금계산서 발급일과 확정신고기한의 선후, 거래사실을 증명할 자료에 따라 공제 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 매입세액 공제 경정청구와 경정청구 거부에 대한 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 세금계산서를 늦게 받아도 공제되나요?
  공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 받았다면 공제됩니다. 그 뒤에 받았더라도 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 안이고 경정청구서나 수정신고서와 함께 내면 공제됩니다.
• 늦게 받으면 받은 쪽도 가산세를 내나요?
  발급기한을 넘겨 받은 세금계산서로 공제받으면 받은 쪽에도 공급가액의 0.5% 가산세가 붙습니다. 예를 들어 공급가액 2,000만원이면 10만원으로, 공제받는 매입세액 200만원보다 훨씬 적습니다.
• 경정청구 5년 안이면 언제든 되나요?
  아닙니다. 확정신고기한이 지난 뒤 받은 세금계산서는 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 안이어야 공제됩니다. 경정청구 기간 5년이 남아 있어도 이 1년을 넘기면 공제받지 못합니다.
• 업체가 끝까지 세금계산서를 안 끊어 주면요?
  공급시기가 속하는 과세기간 종료일부터 1년 안에 관할 세무서장에게 거래사실 확인을 신청해 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있습니다. 거래 1건 공급대가가 5만원 이상이어야 하고 거래사실은 신청인이 증명합니다.
• 늦게 끊어 준 업체는 어떤 가산세를 내나요?
  발급시기가 지난 뒤 확정신고기한까지 발급했다면 공급가액의 1%, 확정신고기한까지 발급하지 않았다면 2%입니다. 매출을 신고에서 빠뜨렸다면 과소신고가산세와 납부지연가산세도 따로 붙습니다.
• 경정청구를 했는데 세무서가 답이 없으면요?
  세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다. 그때까지 아무 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지 전이라도 이의신청이나 심판청구를 할 수 있습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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