부가가치세

공사대금 소송이 끝난 뒤에 받은 세금계산서로 매입세액공제를 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 공사대금이 계약으로 정해진 상태에서 공사가 끝났고 잔대금 정산만 다툰 것이라면 공급시기는 공사 완료일이므로, 그 과세기간 확정신고기한 다음 날부터 1년이 지난 뒤 판결 후에 받은 세금계산서의 매입세액은 공제되지 않습니다. 국세청은 2023년 12월 22일 회신(사전-2023-법규부가-0785)에서 정산 다툼은 공급가액이 확정되지 않은 경우가 아니라고 보았습니다. 지금은 공사 완료일과 세금계산서 발급일 사이가 확정신고기한 다음 날부터 1년 안인지부터 세어 보십시오.

소송 중이라고 해서 세금계산서 발급을 미뤄야 하는 것은 아닙니다. 계약으로 정해진 대가가 있다면 분쟁 중에도 공급시기 기준으로 세금계산서를 주고받을 수 있고, 판결로 금액이 달라지면 수정세금계산서로 맞추면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

기계설비 업체 A사는 2023년 8월 공동도급 파트너인 B사와 B사 몫의 공사를 대신 맡는 공사대행계약을 맺었습니다. 계약금액은 3억원이었고 공사는 2024년 5월 30일 준공됐습니다. 잔대금 정산을 두고 다툼이 생겨 B사가 2024년 11월 소송을 냈고, 2025년 8월 판결이 확정됐습니다. B사는 판결 확정 뒤인 2025년 11월에야 A사 앞으로 3억원의 세금계산서를 발급했습니다. A사는 판결로 금액이 정리됐으니 이제 받은 세금계산서로 매입세액공제를 받을 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 공사대금 분쟁 뒤 발급된 세금계산서를 어떻게 해석했나요?

매입세액을 공제할 수 없다고 보았습니다. 국세청은 사전-2023-법규부가-0785(2023. 12. 22.)에서, 공사대행계약으로 용역의 대가가 정해진 상태에서 공급이 완료됐으나 잔대금 정산 분쟁으로 법원의 확정판결을 받은 사안에 대해, 용역의 공급시기는 역무 제공이 완료된 준공일이고 그 과세기간의 확정신고기한 다음 날부터 1년이 지난 후 발급받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서여서 공제되지 않는다고 답했습니다. 판단 이유는 이렇습니다. 계약 때 대가를 정하지 않았거나 산정 기준이 불분명하거나 대가 지급의무 자체를 다투는 경우에는 공급가액이 확정되는 때, 곧 판결 확정일이 공급시기가 되지만, 대가가 계약으로 정해져 있고 공사가 끝난 뒤 정산만 다투는 것은 그런 경우가 아니라는 것입니다. 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이므로, 계약서에 대가가 없었거나 산정 기준이 불분명했거나 대가 지급의무 자체를 다툰 경우라면 결론이 달라질 수 있습니다.

공사 용역의 공급시기는 언제인가요?

원칙은 역무의 제공이 완료되는 때입니다. 2026. 10. 6. 기준 현행 「부가가치세법」은 용역의 공급시기를 역무의 제공이 완료되는 때 또는 시설물·권리 등 재화가 사용되는 때로 정하고, 공사라면 준공일이 여기에 해당합니다. 세금계산서는 이 공급시기에 발급해야 합니다.

예외는 역무 제공 완료 시점이나 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우입니다. 이때는 역무 제공이 완료되고 공급가액이 확정되는 때가 공급시기입니다. 국세청은 대가 약정이 없거나 산정 기준이 불분명하거나 대가 지급의무 존부를 다투는 경우를 여기에 넣고, 판결로 대가가 확정되면 판결 확정일을 공급시기로 봅니다. 하자나 공사 지연에 따른 손해배상, 별도 추가공사 대금을 두고 다투는 것은 이미 정해진 대가의 정산 문제여서 예외에 들어가지 않습니다.

늦게 받은 세금계산서는 어디까지 공제되나요?

확정신고기한까지 받았으면 공제되고, 그 뒤라도 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이면 수정신고서·경정청구서를 세금계산서와 함께 내거나 거래사실이 확인되어 경정되는 경우에 공제됩니다. 회신 사안에서는 2022년 5월 30일 준공분의 확정신고기한 다음 날이 2022년 7월 26일이고 1년이 되는 날이 2023년 7월 26일인데, 세금계산서는 2023년 11월 22일 발급되어 기한을 넘겼습니다.

지연수취 허용 기간은 그동안 넓어져 왔습니다. 2016년 1월 1일 이후 확정신고기한까지, 2019년 2월 12일 이후 확정신고기한 다음 날부터 6개월, 2022년 2월 15일 이후 공급받는 분부터 1년입니다. 회신 사안은 2022년 2월 15일 이후 공급분이어서 1년 기준이 적용됐습니다.

소송 중에는 세금계산서를 어떻게 처리해야 하나요?

계약금액 기준으로 공급시기에 발급받아 두는 것이 안전합니다. 세금계산서는 공급시기에 발급하는 것이 원칙이고, 판결로 대가가 줄거나 늘면 그 사유가 생긴 때에 수정세금계산서를 발급받아 매입세액을 조정하면 됩니다. 상대방이 발급을 거부하면 거래사실 확인 자료를 갖추어 세무서의 경정을 통해 공제받는 길이 남지만, 이 역시 1년 안에 발급일이 있어야 합니다.

공사대금 분쟁 세금계산서 대응 순서

• 계약서의 대가 조항 확인 - 공사대행계약서에 금액과 산정 기준이 적혀 있는지 봅니다. 정해진 대가가 있으면 준공일이 공급시기입니다.
• 준공일과 확정신고기한 계산 - 준공일이 속한 과세기간의 확정신고기한 다음 날부터 1년이 되는 날을 적어 둡니다. 이 날이 공제 가능 발급의 마지막 날입니다.
• 분쟁 중 세금계산서 요구 - 소송과 별도로 계약금액 기준 세금계산서 발급을 서면으로 요구하고 그 기록을 남깁니다. 발급 거부 시 경정 절차의 근거가 됩니다.
• 판결 후 수정세금계산서 - 판결로 금액이 바뀌면 수정세금계산서를 받아 차액을 조정합니다. 기한 안에 본 세금계산서가 있어야 가능합니다.
• 불공제 통지 대응 - 이미 불공제 처분을 받았다면 대가 미확정 사유가 있었는지 검토해 90일 안에 심판청구로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 계약서에 금액이 없었거나 산정 기준이 불분명했거나 대가 지급의무 자체가 소송의 쟁점이었다면 소장·판결문·계약서를 함께 보고 공급시기를 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 매입세액 불공제 처분에 대한 심판청구와 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 판결 확정일이 공급시기가 되는 경우는 언제인가요?
  계약 때 대가를 정하지 않았거나 산정 기준이 불분명하거나 대가 지급의무의 존부 자체를 다투어, 역무 제공 완료 시점을 공급시기로 볼 수 없는 경우입니다. 이때는 역무 제공이 완료되고 공급가액이 확정되는 때가 공급시기이고, 판결로 대가가 확정되면 판결 확정일이 그 시점입니다. 정해진 대가의 정산 다툼은 여기에 들어가지 않습니다.
• 공사가 끝난 날은 어떻게 정하나요?
  용역의 공급시기는 역무의 제공이 완료되는 때이고, 공사라면 준공일이 기준입니다. 준공확인서, 사용승인일, 인수인계서 같은 문서로 확인합니다. 회신 사안에서는 2022년 5월 30일 준공일을 공급시기로 보았습니다.
• 확정신고기한이 지난 뒤 받은 세금계산서는 모두 불공제인가요?
  아닙니다. 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이고, 수정신고서·경정청구서를 세금계산서와 함께 제출하거나 거래사실이 확인되어 세무서장이 결정·경정하는 경우에는 공제됩니다. 1년을 넘긴 발급분만 사실과 다른 세금계산서로 보아 공제되지 않습니다.
• 1년은 어느 날부터 세나요?
  공급시기가 속한 과세기간의 확정신고기한 다음 날부터 셉니다. 확정신고는 과세기간이 끝난 후 25일 이내에 하므로 상반기 공급분은 7월 26일, 하반기 공급분은 이듬해 1월 26일부터 1년입니다. 회신 사안은 2022년 7월 26일부터 2023년 7월 26일까지였습니다.
• 소송 중인데 세금계산서를 미리 받아도 되나요?
  됩니다. 세금계산서는 공급시기에 발급하는 것이 원칙이므로 계약금액 기준으로 발급받아 두고, 판결로 대가가 바뀌면 수정세금계산서로 조정합니다. 상대방이 발급을 거부하면 서면으로 요구한 기록을 남겨 두어야 거래사실 확인을 통한 경정 공제를 주장할 수 있습니다.
• 불공제 처분을 받으면 어떻게 다투나요?
  처분 통지를 받은 날부터 90일 이내에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 계약에 대가가 없었거나 대가 지급의무 자체를 다투어 공급시기가 판결 확정일이라는 사정이 있으면 그 자료로 다툽니다. 심판 결정에 불복하면 행정소송으로 이어집니다.
• 공제 대상인데 신고에서 빠뜨렸다면요?
  법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 다만 세금계산서 발급일 자체가 확정신고기한 다음 날부터 1년을 넘겼다면 경정청구를 해도 공제되지 않으므로, 발급일부터 먼저 확인해야 합니다.

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