세금

특수관계인에게서 주식을 비싸게 사면 취득가액은 얼마로 잡나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

세법상 취득가액은 실제 지급한 금액이 아니라 시가로 잡습니다. 법인세법 시행령 제72조 제4항 제3호는 특수관계인에게서 고가로 산 자산의 시가초과액을 취득가액에 넣지 않는다고 정합니다. 초과액은 매도인에게 준 이익으로 따로 처리됩니다. 다만 차액이 3억원과 시가의 5%에 모두 못 미치면 적용되지 않습니다.

세법상 취득가액은 실제 지급한 금액이 아니라 시가로 잡습니다. 법인세법 시행령 제72조 제4항 제3호는 특수관계인에게서 고가로 산 자산의 시가초과액을 취득가액에 넣지 않는다고 정합니다. 초과액은 매도인에게 준 이익으로 따로 처리됩니다. 다만 차액이 3억원과 시가의 5%에 모두 못 미치면 적용되지 않습니다.

시가초과액은 장부에서 어떻게 처리되나요?

두 가지 조정이 함께 이루어집니다. 첫째, 장부에 올린 주식 취득가액에서 시가초과액을 뺍니다. 세법상 주식의 취득가액은 시가가 됩니다. 둘째, 같은 금액을 익금에 산입합니다. 특수관계인에게 그만큼 이익을 나눠 준 것으로 보기 때문입니다.

예를 들어 시가 10억원인 비상장주식을 대표에게서 15억원에 샀다고 해 보겠습니다. 세법상 취득가액은 10억원입니다. 초과액 5억원은 익금에 들어가고 대표 상여로 처분됩니다. 회사 장부에는 15억원으로 남아 있으므로 세무상 차이를 따로 관리해야 합니다.

산 해에는 두 조정이 같은 금액이어서 법인세가 바로 늘지는 않습니다. 대신 대표 상여 처분으로 대표의 근로소득세와 회사의 원천징수 의무가 그해에 생깁니다. 회사가 이 조정을 신고 때 반영하지 않으면 세무조사에서 원천징수 누락까지 함께 지적됩니다. 시가가 애매하다면 신고 전에 근거를 정리해 두는 편이 낫습니다.

이 처리는 비상장주식만이 아니라 부동산, 기계, 무형자산 등 모든 자산에 같습니다. 시행령 제88조 제1항 제1호의 고가매입이면 자산 종류를 가리지 않습니다. 신주를 시가보다 높게 인수한 경우의 시가초과액도 같은 조항에 따라 취득가액에서 빠집니다.

나중에 그 주식을 팔면 어떻게 되나요?

처분손익은 세법상 취득가액인 시가를 기준으로 계산합니다. 위 예에서 주식을 12억원에 팔면 장부상으로는 3억원 손실입니다. 세법상으로는 취득가액이 10억원이므로 2억원 이익입니다. 따라서 처분 사업연도에 그 차이를 다시 조정합니다.

결과적으로 시가초과액은 회사 비용으로 인정되지 않습니다. 산 해에는 법인세 영향이 없지만, 판 해에 장부상 손실 가운데 시가초과액만큼을 공제받지 못합니다. 법인세 부담은 처분 사업연도에 나타나는 셈입니다. 같은 금액에 대해 대표는 이미 상여로 소득세를 냈으므로, 회사와 대표 양쪽에서 세금이 생깁니다.

감가상각 자산이면 상각비도 시가 기준 취득가액으로 다시 계산합니다. 건물이나 기계를 고가로 샀다면 해마다 상각비 일부가 손금에서 빠집니다. 상각 범위를 계산할 때 세무상 취득가액을 따로 관리해야 하는 이유입니다.

합병이나 분할로 회사가 바뀌어도 이 차이는 이어집니다. 고가로 산 주식을 가진 회사를 다른 회사가 합병하면 합병법인이 세무상 취득가액 차이를 넘겨받아 관리해야 합니다. 자료가 끊기면 처분 단계에서 손익을 잘못 신고하기 쉽습니다.

어느 정도 비싸게 사야 적용되나요?

시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상일 때 적용됩니다. 둘 중 하나만 충족해도 됩니다. 위 예의 차액 5억원은 두 기준을 모두 넘습니다.

반대로 시가 10억원짜리를 10억4천만원에 샀다면 차액 4천만원은 3억원에도, 시가의 5%인 5천만원에도 못 미칩니다. 이 경우 고가매입으로 부인되지 않고, 실제 지급액 10억4천만원이 취득가액이 됩니다.

상장주식은 다릅니다. 시행령 제88조 제4항은 주권상장법인이 발행한 주식 거래에 이 기준금액을 적용하지 않습니다. 장외에서 상장주식을 시가보다 조금이라도 비싸게 사면 차액 전부가 문제 될 수 있습니다. 상장주식 시가는 그 거래일의 거래소 최종시세가액입니다.

매도인인 대표의 양도소득세는 어떻게 되나요?

대표가 받은 금액 중 시가 부분만 양도가액이 됩니다. 소득세법 제96조 제3항 제1호가 근거입니다. 특수관계법인에 팔아 상여나 배당으로 처분된 금액이 있으면 법인세법상 시가를 양도가액으로 봅니다. 위 예에서 대표의 양도가액은 10억원입니다.

시가초과액 5억원은 대표의 근로소득으로 과세됩니다. 양도소득세보다 세율이 높은 종합소득세 구간이 적용될 수 있어 대표 개인 부담이 커질 수 있습니다. 회사는 상여 처분된 금액에 대해 원천징수 의무도 집니다.

매도인이 주주이지만 임원이 아니면 배당으로 처분됩니다. 매도인이 다른 법인이면 기타 사외유출로 처분되고, 그 법인의 법인세 계산에 반영됩니다.

대표 쪽에서는 이미 낸 양도소득세가 문제 됩니다. 15억원 전부를 양도가액으로 신고했다면 시가 10억원 기준으로 다시 계산해야 합니다. 그 차액은 경정청구로 돌려받을 수 있는지 검토할 대상입니다.

고가매입 취득가액 대응 순서

• 시가 산정 - 거래 당시 시가를 제3자 거래가, 감정가액(주식 제외), 상증법 평가액 순서로 확인합니다.
• 기준금액 확인 - 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상인지 계산합니다.
• 세무조정 - 시가초과액을 취득가액에서 빼고 같은 금액을 익금에 산입합니다.
• 소득처분 - 매도인 지위에 따라 상여·배당·기타 사외유출로 처분하고 원천징수를 확인합니다.
• 사후 관리 - 처분이나 감가상각 때 세무상 취득가액 기준으로 다시 조정합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 거래 당시 시가를 어떻게 산정하느냐와 매도인의 지위에 따라 회사와 매도인의 세금이 달라집니다. 법무법인 윤성은 특수관계인 자산 매매의 시가 산정과 고가매입 과세 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 회사 장부의 취득가액도 시가로 고쳐야 하나요?
  회계 장부까지 고칠 의무는 없습니다. 세법상 취득가액만 시가로 보고 세무조정으로 차이를 관리합니다. 다만 차이 내역을 계속 관리해야 처분 때 오류가 없습니다.
• 시가보다 싸게 샀을 때도 취득가액을 바꾸나요?
  고가매입 규정은 적용되지 않습니다. 다만 법인이 특수관계인인 개인에게서 유가증권을 시가보다 싸게 사면 시가와 매입가액의 차액을 익금으로 봅니다. 이 규정은 3억원·5% 기준 없이 적용됩니다.
• 현물출자로 받은 자산을 비싸게 평가해도 같은가요?
  같습니다. 시가보다 높게 현물출자받은 경우도 제1호의 고가매입에 포함됩니다. 적격 요건을 갖춘 경우가 아니면 현물출자로 받은 자산의 취득가액은 시가입니다.
• 자기주식을 대표에게서 사는 경우도 적용되나요?
  적용됩니다. 자기주식도 회사가 취득하는 자산으로 보아 시가와 비교합니다. 상법 절차를 지켰는지와 별개로 가격이 시가를 넘으면 고가매입이 문제 됩니다.
• 시가 산정이 잘못됐다고 보면 언제까지 다툴 수 있나요?
  처분 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 해야 합니다. 회사는 소득금액변동통지 자체도 다툴 수 있습니다. 기한을 넘기면 시가를 다투기 어렵습니다.
• 여러 번 나눠 사면 기준금액은 건별로 보나요?
  법령은 거래별 시가와 거래가액 차액을 기준으로 정합니다. 다만 하나의 거래를 나눈 것으로 보이면 합산해 판단될 여지가 있습니다. 분할 거래의 이유를 남겨 두십시오.

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