양도소득세

공공기관 이전 특별공급 아파트, 입주 전에 다른 곳으로 옮기면 5년 특례가 안 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 특별공급으로 당첨됐더라도 새 아파트 잔금을 치르는 취득일에 그 이전 공공기관에 종사하지 않으면 5년 처분기한 특례를 받을 수 없습니다. 국세청은 분양권 당첨일이 아니라 주택을 취득하는 날을 기준으로 종사 여부를 본다고 회신했습니다. 지금은 새 아파트 잔금일 당시 재직·소속 기록부터 확인해야 합니다.

새 아파트를 취득한 뒤에도 옛집을 팔 때까지 그 기관에 계속 다녀야 하는 것은 아닙니다. 취득일에 종사자였다면 그 뒤 인사이동이나 이전 부서와 다른 근무지 배치가 있어도 특례 판단에 영향이 없다는 후속 해석이 있습니다.

이런 상담이 많습니다

B씨는 수도권에 아파트 한 채를 갖고 있고, 지방으로 옮겨 가는 공공기관에 다니던 2022년 이전 지역 아파트 특별공급에 당첨됐습니다. 2024년 다른 기관으로 전직했고, 새 아파트는 2025년 9월 준공돼 잔금을 치렀습니다. 옛집을 2028년쯤 팔 생각인데, 이전기관 종사자 5년 특례를 받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

공공기관 이전 종사자 특례는 무엇인가요?

수도권에 1주택을 가진 세대의 공공기관 종사자나 법인 임직원이, 기관·법인이 옮겨 간 시·군이나 연접한 시·군에서 다른 주택을 취득하면 옛집 처분기한을 3년에서 5년으로 늘려 주는 제도입니다. 이 세대는 옛집을 산 날부터 1년 이상 지난 뒤 새집을 사야 한다는 요건도 적용받지 않습니다. 대상은 수도권에 있던 공공기관이나 법인이 수도권 밖으로 이전하는 경우입니다. 옛집이 수도권에 있어야 하고, 새집은 이전한 시·군 또는 그와 연접한 시·군에 있어야 합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」 원문으로 확인한 요건입니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 새 주택을 취득할 당시 해당 공공기관에 종사하지 않았다면 이 특례가 적용되지 않는다고 회신했습니다(서면-2016-법령해석재산-3189, 2016. 7. 29.). 질의자는 2007년부터 2012년까지 이전 대상 공공기관에 다니며 이전 지역 아파트를 특별분양받았고, 인사이동으로 다른 지역에서 근무하다가 2014년 소유권이전등기를 마쳤습니다. 국세청은 특별분양으로 얻은 것은 분양권이므로 분양 시점이 아니라 주택을 취득하는 시점에 특례 요건을 갖췄는지 봐야 한다고 판단했습니다. 2014년 취득 당시 이전기관에 종사하지 않았으니 요건을 채우지 못했다는 결론입니다.

이 회신은 질의자가 밝힌 근무 이력을 전제로 한 해석입니다. 취득일 당시 파견·겸직 등으로 그 기관 소속이 남아 있었다면 판단이 달라질 수 있습니다.

새 아파트 취득일은 언제로 보나요?

분양받은 아파트의 취득일은 원칙적으로 잔금을 치른 날이고, 잔금을 치를 때까지 아파트가 완성되지 않았다면 완성된 날입니다. 그래서 당첨일이나 계약일에 기관에 다녔다는 것만으로는 부족하고, 이 날짜에 종사자였는지를 봅니다. 잔금 전에 소유권이전등기를 먼저 했다면 등기접수일이 취득일이 됩니다. 준공 후 잔금 납부일을 정할 때 재직 기간과 겹치는지 확인해 두어야 합니다.

취득 뒤 그 기관을 떠나면 특례가 없어지나요?

아니요, 새 주택 취득일에 종사자였다면 그 뒤 이전기관에 근무하지 않게 돼도 특례가 적용된다는 것이 국세청의 후속 해석입니다(서면-2023-법규재산-3968, 2024. 9. 6.). 이 사안의 질의자는 2017년 이전 지역 특별공급에 당첨돼 2021. 2. 새 주택 잔금을 치렀고, 같은 해 7월 일부 부서가 이전했지만 양도일까지 이전 부서에서 근무하지 않았습니다. 국세청은 이전 전에 종사자로서 이전 지역 주택을 취득했다면 이전 후 그 기관에서 일하지 않아도 5년 특례를 적용한다고 보았습니다. 두 해석을 합치면 기준은 취득일 하루입니다.

2026. 10. 1.부터 무엇이 바뀌었나요?

일반 일시적 2주택의 처분기한이 3년 하나에서 2년과 3년으로 나뉘었습니다. 2026. 9. 30. 개정 시행령은 옛집이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역 새집을 취득하면 2년, 그 밖에는 3년으로 정했고, 부칙은 2026. 8. 4. 이후 새집 취득과 2026. 10. 1. 이후 옛집 양도부터 적용하게 했습니다. 이전기관 종사자 특례 조문은 지금도 제1항 중 「3년」을 「5년」으로 본다고 쓰여 있습니다. 두 집이 모두 조정대상지역이라 2년 기한이 걸리는 경우까지 5년으로 늘어나는지는 문언만으로 분명하지 않으므로, 이 경우는 일정을 따로 따져야 합니다.

이전기관 종사자 5년 특례 대응 순서

• 재직 기록 확보 - 경력증명서, 인사발령 내역, 4대보험 자격 이력을 받습니다. 새 아파트 취득일에 그 기관 소속이었는지를 보여 줍니다.
• 취득일 확정 - 분양계약서, 잔금 납부 영수증, 사용승인일, 등기사항증명서를 모읍니다. 잔금일과 완성일 중 늦은 날을 확인합니다.
• 지역 요건 확인 - 옛집이 수도권에 있는지, 새집이 기관이 옮겨 간 시·군이나 연접 시·군에 있는지 봅니다.
• 처분 일정 수립 - 특례가 되면 새집 취득일부터 5년, 안 되면 3년(조건에 따라 2년) 안에 옛집을 팔도록 일정을 잡고, 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 합니다.
• 과세 후 대응 - 비과세가 부인돼 세금이 고지됐다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를, 세금을 낸 뒤라면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 휴직·파견·전적처럼 취득일 당시 소속이 애매한 경우에는 인사 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 1세대1주택 비과세 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 당첨 당시 직원이었으면 충분하지 않나요?
  아니요, 당첨으로 얻는 것은 분양권이므로 국세청은 당첨일이 아니라 주택을 취득하는 날 그 공공기관에 종사하는지를 봅니다. 취득일은 원칙적으로 잔금을 치른 날이고, 그때까지 아파트가 완성되지 않았다면 완성된 날입니다. 그 사이 전직이나 퇴직을 했다면 특례 요건을 채우지 못합니다.
• 잔금 뒤 퇴사해도 특례가 유지되나요?
  네, 새 주택 취득일에 종사자였다면 그 뒤 퇴사나 인사이동으로 이전기관에 근무하지 않게 돼도 5년 특례를 적용한다는 것이 국세청 후속 해석입니다. 2024. 9. 6. 회신 사안도 이전 부서에서 근무하지 않은 채 양도했지만 특례를 인정받았습니다. 취득일 당시 재직 증명은 꼭 남겨 둡니다.
• 옛집이 수도권 밖에 있어도 되나요?
  아니요, 이 특례는 수도권에 1주택을 소유한 세대에만 적용됩니다. 옛집이 수도권 밖에 있다면 공공기관 이전과 상관없이 일반 일시적 2주택 기준에 따라 새집 취득일부터 3년(조건에 따라 2년) 안에 옛집을 팔아야 합니다. 1년 간격 요건도 그대로 적용됩니다.
• 새집이 이전 도시 옆 시·군이어도 되나요?
  네, 새집이 기관이 옮겨 간 시·군뿐 아니라 그와 연접한 시·군에 있어도 특례 대상입니다. 이전 지역과 맞닿지 않은 다른 시·군의 집은 특례 대상이 아니므로, 새집 주소지가 어느 시·군에 속하는지 먼저 확인합니다. 옛집은 수도권에 있어야 합니다.
• 민간 회사가 지방으로 옮겨도 되나요?
  네, 수도권에 있던 법인이 수도권 밖으로 이전하는 경우 그 법인의 임원과 사용인이 구성하는 세대에도 같은 특례가 적용됩니다. 처분기한 5년과 1년 간격 요건 배제가 똑같이 적용됩니다. 옛집이 수도권에 있고 새집이 법인이 옮겨 간 시·군이나 연접 시·군에 있어야 한다는 요건도 같습니다.
• 특례가 부인돼 과세되면 어떻게 다투나요?
  세금이 고지됐다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 과세된 세금을 신고·납부한 뒤라면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 취득일 당시 소속을 보여 주는 인사 기록과 잔금 자료를 함께 제출합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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