답변 내용대로 신고했다면 나중에 다르게 과세되어도 과소신고가산세는 부과되지 않고, 신고내용 확인과 감면 사후관리 대상에서 빠집니다. 다만 공제·감면세액 자체의 추징까지 막지는 못하고, 사실관계가 바뀌거나 세무조사 통지 뒤 신청한 경우에는 보호받지 못합니다. 지방국세청은 신청일부터 2개월 안에 답해야 합니다.
기한
컨설팅은 공제·감면 대상 거래를 시작하거나 그 의사결정을 한 날 이후 신청할 수 있고, 국세청은 신청일부터 2개월 안에 답변해야 합니다. 신고를 앞두고 있다면 답변을 받을 시간을 감안해 일찍 신청합니다.
중소기업 법인은 세액공제·감면을 받을 수 있는지, 얼마나 받는지, 어떤 서류가 필요한지를 지방국세청에 미리 서면으로 물을 수 있습니다. 답변대로 신고하면 과소신고가산세가 빠지고 사후 점검에서도 제외됩니다. 다만 세액 자체를 보증하지는 않고, 세무조사 통지를 받은 뒤에는 신청할 수 없습니다.
이런 상담이 많습니다
C씨는 금속가공 중소기업 대표입니다. 2026. 7. 기계장치 8억원을 들여왔는데, 설치 업체가 일부 설비를 시운전 후 넘겨받는 조건이어서 언제 투자한 것으로 보는지, 리스 형태로 들여온 1대도 통합투자세액공제 대상인지 확신이 없었습니다. 세무사는 국세청 공제·감면 컨설팅을 받아 보자고 했고, C씨는 2026. 10. 컨설팅을 받아 신고하면 나중에 추징이나 가산세가 없는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)
공제·감면 컨설팅은 누가 무엇을 물을 수 있나요?
신청할 수 있는 곳은 조세특례제한법상 중소기업(유예기간 중인 기업 포함)에 해당하는 법인입니다. 특정 거래나 행위에 대해 세액공제·감면 적용 여부, 공제·감면세액 계산, 제출서류와 절차를 물으면 본점 관할 지방국세청 법인세과가 서면으로 답합니다. 통합투자세액공제, 통합고용세액공제, 창업중소기업 감면, 중소기업 특별세액감면이 대표적입니다.
기계장치 8억원 투자 시 기본공제 예시
단위 원
기계장치 8억원 투자 시 기본공제 예시 (단위 원)
2026 사업연도 기계장치 투자액
800,000,000
×곱하기
중소기업 일반 자산 기본공제율
10%
=합계
기본공제 금액
80,000,000
추가공제와 최저한세는 반영하지 않았고, 리스·중고품 해당분은 빠질 수 있습니다.
단순 예시 계산
연구·인력개발비 세액공제는 이 컨설팅 대상이 아니고 별도의 사전심사 제도로 확인받습니다. 특정한 거래란 이미 시작했거나 시작될 것이 확인되는 거래이므로, 신청서에 거래 입증자료와 의사결정 입증자료를 함께 냅니다.
신청은 우편, 팩스, 홈택스, 방문으로 할 수 있고 법무법인·세무법인·회계법인 소속 대리인이 대신 낼 수도 있습니다. 사실 확인이 필요하면 출장일 3일 전에 통지하고 현장확인을 합니다. 담당 공무원은 업무 중 알게 된 과세정보를 목적 외로 쓰거나 누설하지 못하게 되어 있습니다. 다만 국세기본법이 과세정보 제공을 허용하는 예외에 해당하면 그 범위에서는 제공될 수 있습니다.
C씨 사례에서 중소기업의 일반 사업용 자산 기본공제율은 10%입니다. 8억원 전부가 공제 대상이면 기본공제는 8천만원이고, 리스 1대가 빠지면 그만큼 줄어듭니다. 리스에 의한 투자 중 대통령령으로 정하는 것과 중고품은 공제 대상이 아닙니다.
컨설팅 답변대로 신고하면 어떤 보호를 받나요?
답변서를 신뢰하고 그 내용대로 거래를 이행하거나 세액공제·감면을 신청했다면, 답변 내용에 해당하는 부분은 나중에 다르게 과세되더라도 과소신고가산세를 부과하지 않습니다. 그 부분은 신고내용 확인과 감면법인 사후관리 대상에서도 빠집니다.
답변대로 신고한 경우와 그렇지 않은 경우
답변대로 신고
(유리)과소신고가산세 부과하지 않음
신고내용 확인·감면 사후관리 제외
공제세액 자체는 추징될 수 있음
사실관계 변경·부정확 서류
(불리)보호 적용 안 됨
과소신고가산세 10% 부과 대상
사후 점검 대상으로 돌아감
출처 - 법인세 공제·감면 컨설팅 사무처리규정 제16조
C씨의 공제 8천만원이 나중에 부인된다면 일반 과소신고가산세는 10%인 800만원입니다. 답변대로 신고했다면 이 가산세는 부과되지 않습니다. 그러나 공제세액 8천만원 자체와 납부지연가산세까지 면제한다는 규정은 없습니다.
컨설팅을 받아도 보호받지 못하는 경우는?
답변은 신청법인이 낸 사실관계를 전제로 합니다. 부정확한 서류를 냈거나, 실제 거래에서 사실관계가 바뀌거나 빠졌다면 보호가 적용되지 않습니다. 답변서에도 사실관계가 바뀌거나 새 사실이 생기면 다르게 과세될 수 있다고 적혀 있습니다.
스스로 점검해 보기
해당하는 문항이 있으면 그 할 일부터 챙겨 두세요. 혼자 하기 어려우면 변호사에게 맡기세요.
공제받은 뒤의 사후관리도 따로 남습니다. 통합투자세액공제를 받은 자산을 투자완료일부터 5년 안의 정해진 기간에 다른 목적으로 전용하면 공제세액에 이자상당가산액을 더해 납부해야 합니다. 컨설팅 답변은 신청 당시 거래에 대한 판단이므로 이후 전용까지 막아 주지 않습니다.
답변 내용에 오류가 발견되면 지방국세청은 즉시 공문으로 정정 답변을 하게 되어 있습니다. 정정 답변을 받았다면 아직 신고 전인지, 이미 답변대로 거래를 마쳤는지에 따라 대응이 달라지므로 받은 날짜와 거래 이행 시점을 함께 기록해 둡니다.
세무조사 통지를 받은 뒤에도 신청할 수 있나요?
신청할 수 없습니다. 신청 내용에 대해 세무조사 사전통지를 받았거나 결정·경정이 있는 경우, 과세예고통지·경정청구 결과통지·납부고지서와 관련된 사항, 불복이나 과세전적부심사가 진행 중인 사항은 반려됩니다. 조세회피 목적의 신청과 가정의 사실관계에 기초한 신청도 반려 대상입니다.
공제·감면 컨설팅 신청서가 반려되는 경우
반려 사유
실무상 의미
세무조사 사전통지를 받았거나 결정·경정이 있음 (핵심 행)
조사 중에는 의견서로 대응
과세예고통지·경정청구 결과통지·납부고지 관련
과세전적부심사·불복으로 다툼
불복이나 과세전적부심사가 진행 중
진행 중인 절차에서 다툼
가정의 사실관계, 조세회피 목적
실제 거래와 입증자료로 신청
14일 이내 보완 요구에 응하지 않음
보완 기한을 지켜야 함
과거 연도 공제는 경정청구를 하기 전까지 신청할 수 있습니다.
출처 - 법인세 공제·감면 컨설팅 사무처리규정 제8조 제3항, 제11조, 제13조
과거 사업연도에 공제·감면을 받지 못했다면 경정청구를 하기 전까지 컨설팅을 신청할 수 있습니다. 답변을 받은 뒤 경정청구를 내면 세무서와 다툴 여지가 줄어듭니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 해야 합니다.
공제·감면 컨설팅 대응 순서
대상 확인 - 중소기업 해당 여부와 받으려는 공제·감면 항목, 연구개발비 포함 여부를 먼저 나눕니다.
입증자료 준비 - 계약서, 세금계산서, 설치·검수 확인서, 이사회 결의 등 거래와 의사결정 자료를 모읍니다.
신청과 보완 - 신청서를 지방국세청 법인세과에 내고 14일 이내 보완 요구에 응합니다.
답변대로 신고 - 답변서의 금액과 항목대로 신고하고 답변서를 신고서와 함께 보관합니다.
다툼 대응 - 답변과 다른 과세예고통지를 받으면 변호사와 30일 안의 과세전적부심사를 검토합니다.
여기까지는 일반 기준이고, 신청서에 적은 거래 사실과 실제 이행 내용이 같은지에 따라 보호 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 중소기업의 세액공제·감면 사전 검토와 공제 부인에 대한 과세전적부심사·조세심판 청구를 수행합니다.
실무상 착안점
공제·감면 컨설팅은 「이 거래가 공제 대상인가」를 묻는 절차이므로 질문을 좁게 잡을수록 쓸모가 큽니다. 투자 시기, 리스 여부, 중고품 여부처럼 결론이 갈리는 사실을 하나씩 적어 두면 답변서가 그 쟁점을 정면으로 다루게 됩니다.
답변 뒤 계약 조건이 바뀌는 일이 흔합니다. 설비 인도 시기가 다음 해로 밀리거나 리스로 바꾸면 답변의 전제가 달라지므로, 변경이 생기면 그 부분은 다시 검토합니다.
세무조사 사전통지를 받은 뒤에는 이 제도를 쓸 수 없으므로, 공제 규모가 큰 해에는 신고 전에 신청해 두는 편이 낫습니다. 조사 중이라면 조사 담당자에게 의견서를 내는 쪽으로 방향을 바꿉니다.
— 허진영 변호사 · 세금
관련 수행 이력
법무법인 윤성은 중소기업의 통합투자·고용 세액공제와 창업중소기업 감면 사전 검토, 공제·감면이 부인된 사건의 과세전적부심사와 조세심판 청구를 수행해 왔습니다.
중소기업 세액공제·감면 자문
경정청구 대리
과세전적부심사 청구
조세심판 청구
이 상황에서 자주 묻는 것
조세특례제한법상 중소기업(유예기간 중인 기업 포함)에 해당하는 법인이 신청할 수 있습니다. 개인사업자나 중소기업이 아닌 법인은 대상이 아니고, 연구·인력개발비 세액공제는 별도의 사전심사로 확인받습니다.
답변서를 신뢰하고 그대로 신고했다면 답변 내용에 해당하는 부분의 과소신고가산세는 부과되지 않습니다. 공제·감면세액 자체는 추징될 수 있고, 납부지연가산세까지 면제한다는 규정은 없습니다.
신청 내용에 대해 세무조사 사전통지를 받았거나 결정·경정이 있으면 신청서는 반려됩니다. 과세예고통지나 경정청구 결과통지와 관련된 사항, 불복이 진행 중인 사항도 같습니다.
지방국세청은 신청일부터 2개월 안에 답변서로 서면 통지해야 합니다. 보완 요구를 받으면 14일 이내 기간 안에 보완해야 하고, 보완하지 않으면 반려될 수 있습니다.
거래를 시작한 사업연도에 공제·감면을 신청하지 못해 경정청구를 하려는 경우에는 경정청구를 하기 전까지 신청할 수 있습니다. 경정청구 기한인 법정신고기한 후 5년도 함께 확인합니다.
답변서 자체는 국세기본법상 불복 대상이 아닙니다. 답변과 다른 과세예고통지나 경정청구 거부가 있으면 그 처분에 대해 과세전적부심사나 심판청구로 다툽니다. 국세청은 답변 오류를 발견하면 정정 답변해야 합니다.
법무법인 윤성 × Lexle
허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록
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