법인세·소득세

공익법인이 의무 위반 가산세를 스스로 신고·납부하면 지정취소를 피할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

지정 기부금단체는 공익법인 의무 위반으로 사업연도별 1천만원 이상 상속세·증여세를 추징당하면 지정취소 요청 사유가 됩니다. 국세청은 세무서가 부과하기 전에 스스로 신고·납부한 세액은 추징에 들어가지 않는다고 봅니다. 다만 목적 외 사업이나 기부금 공개 의무 위반 같은 다른 지정취소 사유는 금액과 관계없이 따로 남습니다.

지정 기부금단체가 공익법인 의무를 어겨 사업연도별 1천만원 이상 상속세·증여세를 추징당하면 지정취소 요청 사유가 됩니다. 이 기준을 듣고 위반을 발견해도 신고를 미루는 단체가 있습니다. 그러나 국세청은 세무서가 부과하기 전에 스스로 신고하고 납부한 세액은 「추징당한 경우」에 들어가지 않는다고 봅니다. 위반을 먼저 바로잡는 쪽이 지정 유지에 유리할 수 있다는 뜻입니다.

이런 상담이 많습니다

지정 기부금단체인 사단법인 N은 2026. 7. 내부 점검에서 2024 사업연도에 전용계좌를 쓰지 않고 받은 기부금과, 출연자 친족이 이사 정원의 5분의 1을 넘은 기간이 있었다는 사실을 발견했습니다. 회계 담당자가 계산해 보니 두 가산세를 합해 1,300만원 정도가 됩니다. 2027년에 재지정 신청을 앞둔 N법인 대표는 지금 스스로 신고하고 내면 지정취소를 피할 수 있는지, 세무조사 통지가 온 뒤에 내면 어떻게 되는지 물으셨습니다.

(상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

1천만원 추징 기준에는 어떤 세금이 들어가나요?

국세청장은 지정 기부금단체가 다음 조항에 따라 사업연도별 1천만원 이상의 상속세나 증여세(가산세 포함)를 추징당하면 재정경제부장관에게 지정취소를 요청해야 합니다.

• 출연재산 용도 외 사용·미사용, 운용소득·매각대금 사용 기준 미달 등에 대한 증여세와 가산세
• 출연자와 그 친족 등에게 재산을 쓰게 한 경우의 증여세
• 출연자 측 이사 초과·임직원 경비, 특수관계 회사 주식 보유 초과, 광고·홍보 경비 가산세
• 외부 회계감사 미이행, 전용계좌 미사용·미신고, 결산서류 공시 불이행 가산세

외부전문가 세무확인 미이행 가산세와 출연재산 보고서 미제출 가산세는 이 목록에 없습니다. 같은 사업연도의 여러 항목을 합쳐 1천만원을 따지므로, 하나하나가 작아도 합계가 넘을 수 있습니다. 사례의 N법인은 두 항목 모두 목록에 있어 1,300만원이 추징되면 기준을 넘습니다.

여기서 1천만원은 가산세를 포함한 금액입니다. 출연재산 미사용처럼 증여세 본세가 나오는 위반은 본세에 가산세가 더해진 금액으로 따지므로, 위반 금액이 크지 않아도 기준을 넘기 쉽습니다. 반대로 고지서에 여러 사업연도의 세액이 한꺼번에 적혀 있다면 연도별로 나눠 보아야 합니다.

스스로 신고·납부한 세금도 추징에 들어가나요?

국세청은 공익법인이 가산세를 부과받기 전에 자진 신고하고 납부한 경우는 지정취소 요청 사유인 「추징당한 경우」에 해당하지 않는다고 봅니다. 시행령 문언도 「추징당한 경우」로 정하고 있어, 세무서의 결정이나 경정으로 부과된 세액을 기준으로 삼는 것으로 읽힙니다.

따라서 N법인이 세무서가 부과하기 전에 해당 가산세를 스스로 신고하고 내면 그 금액은 1천만원 계산에서 빠질 수 있습니다. 다만 의무 위반 사실 자체는 남습니다. 목적 외 사업이나 기부금 모금액 공개, 지출액 80% 사용 같은 의무 위반은 금액과 관계없이 별도의 지정취소 사유이므로 함께 점검해야 합니다.

세무조사가 시작된 뒤에 내면 어떻게 되나요?

세무조사 사전통지를 받은 뒤에 낸 세액이 「부과받기 전 자진 신고·납부」에 해당하는지는 문언상 분명하지 않습니다. 조사 결과에 따라 세무서가 경정해 고지한 세액이라면 추징으로 볼 가능성이 높습니다. 위반을 발견했다면 조사 통지 전에 바로잡는 것이 안전합니다. 이미 조사 통지를 받았다면 자진 납부 효과를 기대하기보다, 조사 과정에서 위반 범위와 사업연도별 금액이 부풀려지지 않도록 소명 자료를 준비하는 쪽에 무게를 두어야 합니다.

지정기간이 끝난 뒤에 지정기간 중의 추징 사유가 드러나도 불이익이 있습니다. 국세청장은 지정기간 종료 후 3년간 그 단체를 추천하지 않고, 이미 재지정되었다면 그 지정의 취소를 요청해야 합니다. 재지정을 앞둔 단체일수록 이전 지정기간의 위반을 먼저 정리해야 합니다.

지정취소 통지를 받으면 무엇을 할 수 있나요?

국세청장은 취소를 요청하기 전에 단체에 지정취소 대상이라는 사실과 사유, 법적 근거를 통지해야 하고, 단체는 1개월 안에 의견을 낼 수 있습니다. 이때 자진 납부한 세액을 빼면 1천만원에 못 미친다는 점, 추징 근거가 목록에 없는 조항이라는 점, 사업연도를 잘못 합산했다는 점을 자료로 다툴 수 있습니다.

지정이 취소되면 취소된 날부터 3년이 지나야 다시 지정받을 수 있습니다. 취소 뒤에 받은 기부금은 기부자가 공익법인 기부금으로 공제받기 어렵고, 단체의 대외 신뢰에도 영향을 줍니다. 그래서 추징세액 자체를 과세전적부심사나 심판청구로 다투는 일이 지정 유지와 직결됩니다. 지정이나 취소 사실은 국세청장이 주무관청에도 통지하므로 설립허가 감독에도 영향이 갈 수 있습니다.

지정취소 대응 순서

• 위반 항목 점검 - 사업연도별로 전용계좌, 이사 구성, 주식 보유, 공시, 감사 의무 이행 여부를 확인합니다.
• 금액 계산 - 지정취소 목록에 있는 조항의 세액만 골라 사업연도별로 1천만원을 넘는지 계산합니다.
• 자진 신고·납부 - 세무서가 부과하기 전에 해당 가산세를 신고하고 내며, 신고일과 납부일 증빙을 남깁니다.
• 과세전적부심사 - 과세예고통지를 받으면 30일 안에 위반 여부와 세액 계산을 다툽니다.
• 의견 제출 - 지정취소 대상 통지를 받으면 1개월 안에 자진 납부분 제외와 계산 오류를 주장합니다.
• 행정소송 검토 - 지정이 취소되면 처분의 위법성을 따져 행정심판이나 취소소송을 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 위반 조항과 사업연도별 세액, 신고·납부 시점에 따라 지정취소 대상인지가 달라집니다. 법무법인 윤성은 기부금단체 추징세액 불복과 지정취소 다툼을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 1천만원 이상 추징되면 기부금단체 지정이 바로 취소되나요?
  바로 취소되지는 않습니다. 국세청장이 재정경제부장관에게 취소를 요청하기 전에 사유와 근거를 통지하고, 단체는 통지를 받은 날부터 1개월 안에 의견을 낼 수 있습니다. 취소 여부는 재정경제부장관이 정합니다.
• 스스로 신고하고 낸 가산세도 1천만원에 들어가나요?
  국세청은 부과받기 전에 자진 신고·납부한 가산세는 지정취소 사유인 「추징당한 경우」에 해당하지 않는다고 봅니다. 신고일과 납부일이 세무서 고지나 조사 통지보다 앞섰다는 증빙을 남겨 두십시오.
• 어떤 가산세가 1천만원 계산에 들어가나요?
  출연재산 관련 증여세와 가산세, 이사·주식·광고 가산세, 외부 회계감사·전용계좌·결산서류 공시 가산세가 들어갑니다. 세무확인 미이행이나 출연재산 보고서 미제출 가산세는 목록에 없습니다.
• 여러 해 위반을 한꺼번에 고지받으면 합쳐서 따지나요?
  1천만원 기준은 사업연도별로 따집니다. 여러 해 위반을 한 번에 고지받았더라도 연도별로 나눠 각각 1천만원 이상인지 확인해야 하며, 연도별로 기준에 못 미치면 이 사유로는 취소 대상이 아닙니다.
• 지정기간이 끝난 뒤 위반이 드러나면 어떻게 되나요?
  국세청장은 지정기간 종료 후 3년간 그 단체를 추천하지 않고, 이미 재지정되었다면 그 지정의 취소를 요청해야 합니다. 재지정 신청 전에 이전 지정기간의 위반을 정리해 두어야 합니다.
• 지정이 취소되면 언제 다시 지정받을 수 있나요?
  취소된 날부터 3년이 지나야 다시 지정받을 수 있습니다. 다만 정관 요건 같은 제5항 제1호 의무 위반만으로 취소된 경우에는 이 3년 제한이 적용되지 않으므로 요건을 다시 갖추면 바로 신청할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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