증여세

오래전 출연받은 주식, 공익법인 이사 요건 미달이면 언제부터 가산세인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

2021년에 시작하는 사업연도부터입니다, 2008년 2월 22일 전에 출연받은 주식을 그대로 가진 공익법인이라도 출연자 측 이사가 5분의 1을 넘으면 그해부터 5% 초과보유 가산세 대상이 됩니다. 국세청은 2025년 3월 기획재정부 해석을 인용해 2020년 12월 22일 개정법 부칙에 따라 2021년 이후 개시 사업연도부터 이사 요건을 적용한다고 회신했습니다. 지금은 2021년 이후 각 사업연도의 이사 명부에서 출연자와 특수관계인이 몇 명인지부터 세어야 합니다.

2020년 이전 사업연도까지 거슬러 올라가 가산세를 계산할 필요는 없습니다. 개정법 부칙은 2021년 1월 1일 전에 시작한 사업연도에는 종전 규정을 적용한다고 정하고 있습니다.

이런 상담이 많습니다

한 재단법인은 1995년 설립 당시 출연자인 기업에서 계열사 두 곳의 주식 25%와 45%를 출연받아 지금까지 한 주도 팔지 않고 보유해 왔습니다. 2008년 개정 전 시행령 아래에서는 성실공익법인으로 인정되어 5% 초과 보유가 문제되지 않았습니다. 그런데 2013년 이후 이사 9명 가운데 3명이 출연자의 특수관계인으로 구성된 상태가 이어졌고, 2025년 세무서는 이사 요건 위반으로 성실공익법인 지위를 잃었다며 초과보유 주식에 대한 가산세를 부과하겠다고 알려 왔습니다. 재단은 2008년 전에 받은 주식인데 어느 해부터 가산세가 붙는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

2008년 2월 22일 개정 시행령 시행 전에 공익법인이 출연받거나 취득한 주식이라도, 주식 보유기준 5%를 넘겨 보유할 수 있는 공익법인인지 판정할 때 출연자 측 이사 5분의 1 요건은 2020년 12월 22일 개정 상속세 및 증여세법 시행 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다는 것이 결론입니다. 국세청은 기준-2023-법규법인-0141(2025. 3. 13.) 과세기준자문 회신에서 기획재정부 조세정책과-437(2025. 3. 13.) 해석을 참조하라고 답했고, 그 해석이 위 내용입니다. 판단 이유는 부칙 구조에 있습니다. 개정법 부칙 제3조는 제48조 제11항과 제49조 제1항 단서의 개정규정을 법 시행 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다고 정했고, 이사 요건을 담은 시행령 제41조의2 제3항 제1호는 별도 적용례가 없어 위임 법률의 부칙을 따릅니다. 부칙 제5조는 시행 전에 개시한 사업연도분에는 종전 규정을 적용한다고 하여, 2020년 이전 사업연도까지 소급하지 않는다는 점도 분명히 했습니다. 그래서 1994년에 출연받아 변동 없이 보유한 주식이라도 이사 요건을 채우지 못하면 2021년 사업연도부터 가산세를 부과할 수 있습니다.

이 회신은 1994년 출연 뒤 주식 변동이 없고 2012년 사업연도부터 이사 9명 중 3명이 출연자의 특수관계인이었다는 사실관계를 전제로 합니다. 이사 구성이 사업연도 중에 바뀌었거나 사망·사임 뒤 2개월 안에 교체한 경우에는 결론이 달라질 수 있습니다.

5%를 넘겨 주식을 보유할 수 있는 공익법인의 요건은 무엇인가요?

2026. 10. 7. 기준 현행 「상속세 및 증여세법」은 1996년 12월 31일 현재 같은 내국법인 주식을 5% 넘게 보유한 공익법인에게 1999년 또는 2001년 12월 31일까지 5% 이하로 줄이도록 하면서, 제48조 제11항 각 호의 요건을 갖춘 공익법인은 예외로 둡니다. 그 요건은 운용소득의 80% 이상을 직접 공익목적사업에 쓰는 것과 이사 구성 등 시행령이 정한 요건입니다.

• 운용소득 사용 - 운용소득의 80% 이상을 직접 공익목적사업에 사용해야 합니다.
• 이사 구성 - 출연자 또는 그 특수관계인이 이사 현원의 5분의 1을 넘지 않아야 합니다. 이사 현원이 5명 미만이면 5명으로 봅니다. 총 출연재산가액의 1%와 2천만원 중 적은 금액 이하를 출연한 사람은 출연자에서 뺍니다.
• 사망·사임 예외 - 이사의 사망이나 사임, 특수관계가 아니던 이사가 특수관계인이 된 경우에는 그날부터 2개월 안에 보충하거나 교체하면 요건을 계속 갖춘 것으로 봅니다.
• 그 밖의 요건 - 출연받은 재산을 출연자나 그 친족·특수관계인에게 임대차·소비대차·사용대차 등으로 쓰게 하지 않고(법 제48조 제3항), 특수관계 내국법인의 이익을 위해 정당한 대가 없이 광고·홍보를 하지 않아야 합니다(같은 조 제10항).
• 판정 단위 - 요건 충족 여부는 해당 사업연도 전체를 기준으로 판단합니다.

가산세는 어떻게 계산되나요?

보유기준을 넘겨 보유하는 의결권 있는 주식에 대해 매년 말 현재 시가의 5%에 해당하는 금액을 공익법인이 낼 세액에 더해 부과합니다. 부과기간은 10년을 넘지 못합니다. 예를 들어 어느 사업연도 말 초과보유 주식의 시가가 100억원이면 그해 가산세는 5억원입니다. 이사 요건을 2021년 사업연도부터 채우지 못했다면 2021년 말부터 매년 말 시가로 계산이 이어집니다.

요건을 갖춘 공익법인은 사업연도 종료일부터 4개월 안에 의무이행 신고서를 관할 지방국세청장에게 내야 하고, 이 신고를 하지 않으면 자산총액의 1천분의 5에 해당하는 금액이 따로 가산됩니다.

공익법인 이사 요건 가산세 대응 순서

• 사업연도별 이사 명부 정리 - 2021년 이후 각 사업연도의 이사 현원과 출연자·특수관계인 이사 수를 적습니다. 5분의 1을 넘긴 해가 가산세 대상입니다.
• 출연자 범위 확인 - 총 출연재산가액의 1%와 2천만원 중 적은 금액 이하 출연자는 제외되므로, 출연자별 출연액을 확인합니다.
• 2개월 예외 검토 - 사망·사임이나 특수관계 발생 뒤 2개월 안에 교체한 기록이 있으면 그 사업연도는 요건을 갖춘 것으로 다툴 수 있습니다.
• 시가 산정 검토 - 매년 말 초과보유 주식의 시가 평가가 맞는지, 비상장주식이면 평가 방법을 확인합니다.
• 불복과 경정청구 - 2021년 전 사업연도분이 포함되었거나 계산에 다툼이 있으면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를, 이미 낸 세액은 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 정관상 이사 정수와 실제 현원, 특수관계 판정, 이사 교체 시점에 따라 결론이 달라지므로 이사회 회의록·등기부·출연자 명세를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 공익법인 주식 보유기준 위반 가산세 부과처분에 대한 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 2020년 이전 사업연도에도 가산세가 소급되나요?
  아니요, 2020년 12월 22일 개정법 부칙 제5조는 법 시행 전에 개시한 사업연도분에는 종전 규정을 적용한다고 정하고 있습니다. 이사 요건에 따른 가산세는 2021년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도분부터 부과할 수 있으므로, 그 전 사업연도분이 고지에 포함되었다면 다툴 수 있습니다.
• 이사 현원이 4명이면 몇 명까지 특수관계인이 가능한가요?
  이사 현원이 5명 미만이면 5명으로 보아 계산하므로, 출연자와 그 특수관계인인 이사는 1명까지만 가능합니다. 현원 9명이면 5분의 1인 1.8명을 넘지 않아야 하므로 1명까지입니다. 총 출연재산가액의 1%와 2천만원 중 적은 금액 이하를 출연한 사람은 출연자에서 제외됩니다.
• 이사가 갑자기 사임해 요건이 깨지면 어떻게 하나요?
  이사의 사망이나 사임, 특수관계가 아니던 이사가 특수관계인이 된 사유로 5분의 1을 넘게 되었다면 그날부터 2개월 안에 이사를 보충하거나 교체 임명하면 요건을 계속 갖춘 것으로 봅니다. 교체 시점을 이사회 회의록과 등기로 남겨야 합니다.
• 가산세는 얼마나 되나요?
  보유기준을 초과하는 의결권 있는 주식에 대해 매년 말 현재 시가의 5%에 해당하는 금액을 공익법인이 낼 세액에 더해 부과합니다. 부과기간은 10년을 넘지 못합니다. 초과보유 주식의 연말 시가가 100억원이면 그해 가산세는 5억원으로 계산됩니다.
• 운용소득 80% 요건도 함께 갖춰야 하나요?
  네, 5%를 넘겨 보유할 수 있는 공익법인이 되려면 운용소득의 80% 이상을 직접 공익목적사업에 사용하는 요건과 이사 구성 등 시행령 요건을 모두 갖춰야 합니다. 요건 충족 여부는 해당 사업연도 전체를 기준으로 판단하므로, 어느 하나라도 빠진 사업연도는 가산세 대상이 됩니다.
• 의무이행 신고는 언제까지 하나요?
  요건을 갖춘 공익법인은 사업연도 종료일부터 4개월 안에 의무이행 신고서와 관련 서류를 납세지 관할 지방국세청장에게 내야 합니다. 신고하지 않으면 사업연도 종료일 현재 자산총액의 1천분의 5에 해당하는 금액이 따로 가산되므로, 주식 보유기준 가산세와 별개로 신고 기한을 관리해야 합니다.
• 가산세 고지에는 언제까지 다퉈야 하나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 제기해야 합니다. 이미 낸 세액이 있다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 2021년 전 사업연도분 포함 여부, 이사 교체 기록, 시가 평가가 주된 다툼 지점입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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