세금

세법개정으로 공익법인에서 빠지면 출연재산 보고도 끝나나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.19 갱신

끝나지 않을 수 있습니다. 2018년 시행령 개정의 경과조치가 끝나 공익법인에서 제외됐을 수 있습니다. 그래도 2020년 말 이전에 비과세로 출연받은 재산이 남았다면 납세협력의무를 계속 이행해야 합니다. 모든 지정취소 사유에 이 결론을 그대로 적용하는 것은 아닙니다.

끝나지 않을 수 있습니다. 2018년 시행령 개정의 경과조치가 끝나 공익법인에서 제외됐을 수 있습니다. 그래도 2020년 말 이전에 비과세로 출연받은 재산이 남았다면 납세협력의무를 계속 이행해야 합니다. 모든 지정취소 사유에 이 결론을 그대로 적용하는 것은 아닙니다.

공익법인이 아닌데 왜 예전 출연재산을 계속 보고하나요?

공익법인에서 제외됐다는 사실과 과거에 세금을 매기지 않은 재산의 사후관리가 끝났다는 사실은 다릅니다. 과거 출연재산을 공익목적에 쓰도록 한 조건까지 지위 변경으로 없어지는 것은 아닙니다.

2018년 상속세 및 증여세법 시행령 개정으로 공익법인의 범위가 달라졌습니다. 해당 개정 부칙은 종전 규정에 따라 공익법인이던 일정한 단체를 2020년 12월 31일까지 공익법인으로 보도록 했습니다. 이 경과조치가 끝난 법인의 과거 재산을 어떻게 관리할지가 문제입니다.

기획재정부는 이 사유로 공익법인에 해당하지 않게 됐다는 것만으로 출연재산에 증여세가 부과되지는 않는다고 해석했습니다. 다만 2020년 말 이전에 상속세 및 증여세법 제16조·제48조로 과세가액에 넣지 않은 재산은 다릅니다. 그런 출연재산이 있다면 제외된 뒤에도 공익법인의 의무를 지켜야 한다고 했습니다. 과거의 세제상 처리를 유지하면서 그에 연결된 사후관리만 중단할 수는 없습니다.

출연재산을 전부 사용하면 어느 해부터 의무가 끝나나요?

직접 공익목적사업에 전부 사용해 잔여 출연재산이 없어진 사업연도까지는 납세협력의무를 이행합니다. 그 다음 사업연도 귀속분부터 이행하지 않아도 된다는 것이 해당 회신의 구분입니다.

2022년 회신은 종전 법인세법 시행령상 지정기부금단체였던 법인을 다뤘습니다. 법령 개정 후 지정추천을 신청하지 않아 2021년부터 공익법인에서 빠진 경우입니다. 과거 출연재산을 계속 보유했다면 의무가 이어집니다. 제외된 날이나 지정추천을 신청하지 않은 날을 바로 의무 종료일로 삼지 않습니다.

반면 2020년 말 이전에 직접 공익목적사업에 전부 사용해 잔여 출연재산이 없었을 수 있습니다. 이때는 2020년 12월 31일이 속하는 사업연도의 의무까지 이행하면 됩니다. 그 이후 사업연도에는 이행하지 않아도 된다고 했습니다. 재산을 어느 해에 다 썼는지와 해당 법인의 사업연도 종료일이 함께 확인돼야 합니다.

이 설명은 회신이 다룬 공익법인으로서의 납세협력의무에 관한 것입니다. 수익사업에 관한 법인세 신고나 다른 법령의 회계·공시 의무까지 모두 없어진다는 뜻은 아닙니다.

통장 잔액이 없으면 출연재산을 모두 쓴 것인가요?

통장 잔액만으로 판단할 수 없습니다. 직접 공익목적사업에 실제 사용했다는 자료와 잔여 출연재산이 없다는 자료가 함께 필요합니다. 계좌를 바꾸거나 예금을 다른 금융상품으로 옮겼다는 사정만으로 사용 완료가 되지는 않습니다.

상속세 및 증여세법 시행령 제38조 제2항은 정관상 고유목적사업에 사용하는 것을 기준으로 삼습니다. 공익목적 사용으로 보지 않는 지출도 따로 구분합니다. 장부의 비용 계정에 기록됐다는 이유만으로 모두 같은 결론이 나는 것은 아닙니다. 시설을 취득한 경우에는 그 시설의 사용 목적과 실제 사용 상태까지 확인해야 합니다.

먼저 과거 출연재산의 종류·가액·사용처를 연결하십시오. 부동산을 매각했다면 매각대금의 행방을, 예금을 인출했다면 실제 지급 상대방과 사업 내용을 확인합니다. 공익사업에 쓴 금액과 다른 계좌나 자산으로 옮긴 금액을 같은 사용실적으로 처리하면 잔액 계산이 어긋납니다.

회신이 인정한 의무 종료를 적용하려면 정관, 계약서, 사업 집행자료, 계좌내역과 자산명세가 맞아야 합니다. 재산의 형태만 달라졌거나 직접 사용 여부를 설명할 수 없다면 보고 중단부터 결정하지 말고 잔여재산 대사를 먼저 마쳐야 합니다.

지정기간 만료나 허가취소에도 같은 결론을 적용하나요?

사유를 나누어야 합니다. 여기서 다루는 회신은 2018년 제도 개편과 경과조치에 따라 2021년부터 공익법인에 해당하지 않게 된 경우에 관한 것입니다. 의무 위반으로 지정을 취소당했거나 설립허가가 취소된 경우까지 같은 효과라고 단정할 수 없습니다.

지정기간 만료는 새로운 기부금의 공제 대상 여부에도 영향을 줍니다. 과거 출연재산에 대한 사후관리 의무가 남는다는 이유로 새 기부금에 대해서도 계속 세제상 혜택을 약속해서는 안 됩니다. 「공익법인 재지정 신청을 놓쳐 지정기간이 끝나면 그 사이 기부금은 어떻게 되나요?」에서 지정 공백 문제를 따로 확인할 수 있습니다.

납세협력의무가 이어진다고 하여 모든 서류를 동일하게 제출하는 것도 아닙니다. 출연재산 보고, 결산서류 공시, 외부전문가 세무확인 등 각 의무의 대상·예외·기준금액을 따로 점검해야 합니다. 「공익법인이 외부전문가 세무확인을 받지 않으면 가산세는 얼마인가요?」에서 그 의무의 대상과 가산세를 구별해 볼 수 있습니다.

공익법인 제외 후 출연재산 대응 순서

1. 과거 공익법인 해당 근거와 제외 사유를 확인합니다. 법령 개정에 따른 경과조치인지, 지정기간 만료나 제재에 따른 취소인지 구분합니다.
2. 2020년 말 이전의 출연재산 명세와 당시 과세가액 불산입 내역을 모읍니다. 새로 받은 재산과 섞지 않습니다.
3. 출연재산의 실제 사용 내역과 남은 재산을 사업연도별로 대사합니다. 이체·매각·자산 취득과 공익목적 사용을 구별합니다.
4. 잔여재산이 없어진 사업연도를 확정하고 그해 귀속 의무까지 이행했는지 확인합니다. 각 보고·공시의 대상과 기한도 따로 대조합니다.
5. 사후관리 의무와 별도로 새 기부금의 공제 대상 여부, 법인세 신고 등 남는 의무를 정리합니다.

보고를 중단할 근거는 공익법인 명단에서 빠졌다는 사실 하나로 완성되지 않습니다. 과거 출연재산이 어떤 사업에 언제 실제 사용됐는지, 제외 사유가 회신의 경과조치와 같은지가 결론을 가릅니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공익법인에서 빠지면 예전 출연재산에 바로 증여세가 나오나요?
  해당 회신의 법령 개정 사유만으로는 바로 부과되지 않는다고 해석했습니다. 다만 용도 외 사용 등 별도 사후관리 위반까지 없어지는 것은 아니므로 제외 사유와 실제 사용 내역을 나누어야 합니다.
• 2020년 말 전에 재산을 다 쓴 법인도 2021년 보고가 필요한가요?
  회신과 같은 사안에서 2020년 말에 이미 잔여재산이 없었다고 하겠습니다. 직접 공익목적사업에 전부 사용했다면 그해가 속하는 사업연도까지 의무를 이행합니다. 이후 사업연도에는 해당 납세협력의무를 이행하지 않아도 됩니다.
• 올해 재산을 다 쓰면 올해 귀속분도 생략할 수 있나요?
  아닙니다. 회신은 잔여 출연재산이 없어진 날이 속하는 사업연도까지 의무를 이행하도록 구분합니다. 실제 사용 완료 사실을 확인한 뒤 그 다음 사업연도 귀속분부터 적용 여부를 판단해야 합니다.
• 다른 재단에 송금한 돈도 모두 직접 사용인가요?
  송금 사실만으로 결론 내릴 수 없습니다. 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인에 출연하는 경우 등 시행령상 요건을 확인해야 합니다. 직접 공익목적사업에 효율적으로 쓰기 위한 출연인지와 잔여재산 상태도 보아야 합니다.
• 과거 재산의 사후관리를 하면 새 기부금영수증도 계속 발급할 수 있나요?
  그 이유만으로는 판단할 수 없습니다. 과거 재산의 사후관리와 새 기부금의 세제상 공제 요건은 별개입니다. 기부일의 지정 효력과 수령 단체의 해당 요건을 확인한 뒤 발급 여부를 결정해야 합니다.
• 보고를 중단할 때 가장 먼저 확보할 자료는 무엇인가요?
  공익법인 제외 근거, 과거 출연재산 명세, 사업연도별 실제 사용 자료와 잔여재산 대사표입니다. 지위 변경일만 적은 내부 결재문서로 실제 사용 완료와 마지막 의무 귀속 사업연도를 대신할 수 없습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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