법인세·소득세

공익법인 재지정 신청을 놓쳐 지정기간이 끝나면 그 사이 기부금은 어떻게 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

지정 기부금단체의 지정기간은 지정일이 속하는 해 1월 1일부터 3년이고, 끝난 뒤 2년 안에 재지정되면 재지정일이 속하는 해 1월 1일부터 6년입니다. 재지정이 다음 해로 넘어가면 그 사이 받은 기부금은 공제 대상에서 빠질 수 있어 분기별 신청 기한과 신청 분기 선택이 결과를 가릅니다.

지정 기부금단체의 지정에는 기간이 있습니다. 기간이 끝나면 저절로 연장되지 않고, 다시 신청해 새로 지정받아야 합니다. 이 사실을 놓치면 재지정을 받더라도 그 사이 받은 기부금이 공제 대상에서 빠질 수 있습니다. 문제는 지정기간이 끝난 해가 아니라 재지정이 다음 해로 넘어가는 경우입니다.

이런 상담이 많습니다

사단법인 P는 2023년에 지정받아 지정기간이 2025. 12. 31.에 끝났습니다. 담당자가 바뀌면서 이를 모른 채 2026년에도 후원금 1억 8천만원을 받고 기부금영수증을 발급해 왔습니다. 2026. 10. 5. 지정기간이 이미 끝났다는 사실을 알게 된 사무국장은, 지금 신청하면 2026년에 받은 후원금도 공제되는지, 이미 발급한 영수증은 어떻게 해야 하는지 물으셨습니다.

(상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

지정기간은 언제부터 언제까지인가요?

재정경제부장관이 지정·고시한 기부금단체에 낸 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년 동안 낸 것만 공제 대상입니다. 지정기간이 끝난 후 2년 안에 재지정되면 재지정일이 속하는 사업연도의 1월 1일부터 6년으로 늘어납니다.

여기서 기준은 재지정일입니다. 재지정일이 속하는 해의 1월 1일로만 거슬러 올라가므로, 지정기간이 끝난 다음 해 안에 재지정되어야 공백이 생기지 않습니다. P법인이 2026년 안에 재지정되면 2026. 1. 1.부터 6년이 되어 2026년 후원금도 공제 대상입니다.

재지정 신청은 언제까지 해야 하나요?

지정은 분기마다 하고, 추천 신청은 그 분기 마지막 달의 전전달 10일까지 국세청장이나 주사무소 관할 세무서장에게 냅니다. 4분기에 지정받으려면 10월 10일까지 신청해야 하고, 그 뒤 신청하면 다음 해 1분기 지정 대상이 됩니다.

신청을 받은 국세청장은 서류를 검토해 그 분기 마지막 달의 직전 달 10일까지 재정경제부장관에게 추천하고, 재정경제부장관이 지정해 고시합니다. 4분기라면 10월 신청, 11월 추천, 12월 고시 순서입니다. 신청만 해 두면 지정되는 것이 아니라 요건 검토를 통과해야 하므로, 서류 보완 요구에 대비해 마감일보다 일찍 내는 것이 좋습니다.

국세청은 신청 기한이 토요일, 일요일, 공휴일이면 그다음 날을 기한으로 봅니다. 2026년에는 10. 10.이 토요일, 10. 11.이 일요일이라 2026. 10. 12.까지 신청하면 4분기 지정을 받을 수 있습니다. 이날을 넘기면 다음 신청은 2027. 1. 10.이 일요일이라 2027. 1. 11.까지이고, 지정은 2027년 1분기에 이루어집니다.

재지정이 늦어지면 그 사이 기부금은 어떻게 되나요?

P법인이 2027년에 재지정되면 지정기간이 끝난 후 2년 안이므로 6년 기간을 받지만, 그 시작은 2027. 1. 1.입니다. 2026년 한 해 동안 받은 1억 8천만원은 지정기간 밖의 기부금이 되어 기부자가 공제를 받기 어렵습니다.

법원도 이 조항을 엄격하게 읽습니다. 4분기에 설립된 재단이 다음 해에 지정되자 설립 연도에 낸 기부금의 공제를 구한 사건에서, 지정일이 속하는 연도 전에 낸 기부금은 공제 대상이 아니라고 보았습니다(서울고등법원 2024. 2. 2. 선고 2023누57540 판결). 관련 규정상 4분기에 지정을 신청한 단체는 다음 해 1분기에야 지정된다는 점을 기부자도 충분히 예측할 수 있었다는 이유입니다.

공백 기간에 이미 발급한 영수증은 그대로 두면 기부자가 연말정산에서 공제를 받았다가 나중에 추징될 수 있습니다. 단체도 공제 대상이 아닌 기부금에 영수증을 발급한 문제를 안게 됩니다. 이 기간에 출연받은 재산에 증여세가 과세되는지도 문제 될 수 있으므로 함께 검토해야 합니다.

재지정 신청 때 무엇을 준비하나요?

재지정 신청에는 추천신청서와 설립허가서, 정관, 최근 3년간 결산서와 해당 사업연도 예산서가 필요합니다. 6년 지정기간을 받는 경우에는 5년간의 기부금 모집 사업계획서와 종전 지정기간의 공익활동보고서를 냅니다. 서류가 빠지거나 서식이 맞지 않으면 추천을 받지 못할 수 있습니다. 지정기간이 끝난 후 2년이 지나 지정되면 6년 연장을 받지 못해 기간이 3년이고, 이때는 3년 사업계획서와 의무이행준수 서약서를 냅니다. 설립 후 3년이 지나지 않은 법인은 제출 가능한 결산서와 월별 수입·지출 내역서로 대신합니다.

종전 지정기간 중에 1천만원 이상 추징이나 의무 위반 같은 지정취소 사유가 있었다면 국세청장은 지정기간 종료 후 3년간 추천하지 않습니다. 재지정을 신청하기 전에 이전 기간의 공시, 전용계좌, 기부금 공개 의무를 지켰는지 점검하십시오.

공익법인 재지정 대응 순서

• 지정기간 확인 - 고시된 지정일과 지정기간 종료일을 확인하고, 종료 다음 해 안에 재지정될 수 있는 분기를 찾습니다.
• 기한 계산 - 분기별 신청 기한이 주말·공휴일이면 다음 날로 계산하되, 가능한 한 앞선 분기에 신청합니다.
• 서류 준비 - 공익활동보고서와 5년 사업계획서, 결산서를 서식에 맞춰 갖춥니다.
• 공백 영수증 정리 - 지정기간 밖에 발급한 영수증을 추리고 기부자에게 공제 가능 여부를 안내합니다.
• 추천 배제 점검 - 종전 지정기간의 추징·의무 위반 여부를 확인하고 소명 자료를 준비합니다.
• 과세 대응 - 공백 기간 기부금이나 출연재산에 과세예고통지가 오면 30일 안에 과세전적부심사를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지정일과 재지정 분기, 공백 기간에 받은 기부금의 성격에 따라 기부자 공제와 단체 과세 문제가 달라집니다. 법무법인 윤성은 기부금단체 재지정 점검과 지정기간 공백에 따른 과세 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 지정 기부금단체의 지정기간은 얼마인가요?
  지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년입니다. 지정기간이 끝난 후 2년 안에 재지정되면 재지정일이 속하는 사업연도의 1월 1일부터 6년으로 늘어나므로, 재지정 시점을 잘 잡아야 합니다.
• 재지정 신청은 언제 하나요?
  지정은 분기마다 하고 신청은 그 분기 마지막 달의 전전달 10일, 즉 1월·4월·7월·10월 10일까지입니다. 국세청은 이 날이 토요일이나 공휴일이면 그다음 날을 기한으로 봅니다.
• 지정기간이 끝난 다음 해에 재지정되면 공백이 생기나요?
  지정기간이 끝난 다음 해 안에 재지정되면 그해 1월 1일부터 6년이 되어 공백이 생기지 않습니다. 그 해 마지막 신청 기한을 넘겨 그다음 해에 재지정되면 한 해 전체가 공백이 됩니다.
• 공백 기간에 받은 기부금도 나중에 공제되나요?
  법원은 지정일이 속하는 연도 전에 낸 기부금은 공제 대상이 아니라고 엄격하게 봅니다. 공백 기간 기부금은 공제를 받기 어려우므로 이미 발급한 영수증은 기부자에게 사실대로 알려야 합니다.
• 재지정 신청 때 따로 내야 하는 서류가 있나요?
  6년 지정기간을 받는 재지정 신청에는 5년간의 기부금 모집 사업계획서와 종전 지정기간의 공익활동보고서를 냅니다. 처음 지정 때 낸 의무이행준수 서약서는 3년 지정을 받을 때만 내는 서류입니다.
• 이전 지정기간에 위반이 있으면 재지정이 안 되나요?
  종전 지정기간에 1천만원 이상 추징 같은 지정취소 사유가 있었다면 국세청장은 지정기간 종료 후 3년간 추천하지 않습니다. 재지정 신청 전에 이전 기간의 공시·전용계좌 의무 이행을 점검하십시오.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 새로 세운 비영리재단도 후원자에게 기부금영수증을 줄 수 있나요?
• 설립허가 전 재단에 낸 기부금, 어느 사업연도에 손금으로 넣나요?
• 비영리 사단법인이 받은 후원금에도 증여세가 나오나요?
• 공익법인이 의무 위반 가산세를 스스로 신고·납부하면 지정취소를 피할 수 있나요?
• 기부금영수증을 기부자 가족 이름으로 발급하면 단체에 가산세가 나오나요?
• 과세전적부심사는 세무서와 국세청 중 어디에 내고, 결정은 언제 나오나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기