법인세·소득세

새로 세운 비영리재단도 후원자에게 기부금영수증을 줄 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.01 갱신

민법상 비영리재단법인은 설립허가만으로는 부족하고, 국세청장의 추천을 받아 재정경제부장관이 공익법인등으로 지정·고시해야 세액공제가 되는 기부금영수증을 발급할 수 있습니다. 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 바목이 지정 요건과 지정기간(원칙 3년)을 정하고, 지정은 매 분기별로 합니다. 지금은 정관에 잔여재산 귀속 조항과 모금액 공개 조항이 들어 있는지부터 확인하십시오.

사회복지법인, 어린이집, 학교, 의료법인처럼 시행령이 직접 열거한 법인은 따로 지정 절차를 밟지 않아도 공익법인등에 해당합니다. 지정 절차가 필요한 것은 일반 비영리법인입니다.

이런 상담이 많습니다

2026년 2월 주무관청 허가를 받아 장학 재단법인을 세운 이사장 A씨는 첫 모금 행사에서 후원자들로부터 기부금영수증을 달라는 요청을 받았습니다. 법인 등기와 고유번호증은 있으니 영수증을 바로 발급해도 되는지, 발급했다가 문제가 생기지 않는지 걱정이 됐습니다. 모금 목표액은 연 5,000만원이었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

비영리재단이 기부금영수증을 발급하려면 무엇이 필요하나요?

재정경제부장관의 공익법인등 지정·고시가 필요합니다. 2026. 10. 1. 기준 현행 「법인세법 시행령」은 주무관청 허가로 설립된 비영리법인이 국세청장의 추천을 받아 재정경제부장관이 지정·고시한 경우에만 그 법인에 낸 기부금을 일반기부금으로 봅니다. 개인 후원자가 연말정산에서 공제받는 기부금도 이 범위를 그대로 따릅니다.

개인 후원자의 기부금 세액공제는 공제대상 기부금 합계의 100분의 15(1천만원 초과분은 100분의 30)입니다. 후원자는 기부금명세서에 법인이 발급한 기부금영수증을 붙여 공제를 신청하므로, 지정 전에 발급한 영수증으로는 공제가 되지 않습니다.

공익법인등 지정 요건은 무엇인가요?

시행령이 정한 요건을 모두 갖춰야 합니다. 민법상 비영리법인이라면 아래 항목을 정관과 운영 기록으로 보여 줘야 합니다.

• 공익 목적 - 정관상 수입을 회원이 아닌 공익을 위해 쓰고 사업의 직접 수혜자가 불특정 다수여야 합니다.
• 잔여재산 귀속 - 해산 시 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 유사 목적의 비영리법인에 귀속시키는 조항이 정관에 있어야 합니다.
• 홈페이지 공개 - 홈페이지를 열고 연간 모금액과 활용실적을 공개한다는 조항이 정관에 있어야 합니다.
• 선거운동 금지 - 지정 연도와 직전 연도에 법인·대표자 명의로 특정 정당·특정인을 위한 선거운동을 한 사실이 없어야 합니다.
• 재지정 제한 - 지정이 취소된 적이 있으면 취소일부터 3년이 지나야 합니다.

지정되면 얼마 동안 유효하고 무엇을 지켜야 하나요?

지정기간은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년이고, 기간이 끝난 뒤 2년 안에 재지정되면 6년입니다. 지정기간이 끝나면 다시 추천신청서류를 내고 새로 지정받아야 합니다.

지정기간 동안에는 기부금 모금액과 활용실적을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 법인 홈페이지와 국세청 홈페이지에 공개하고, 수익사업 지출을 뺀 지출액의 100분의 80 이상을 고유목적사업에 써야 합니다. 이를 어기면 국세청장이 지정 취소를 요청하고 재정경제부장관이 취소할 수 있습니다.

공익법인등 지정 대응 순서

• 정관 점검 - 공익 목적, 잔여재산 귀속, 홈페이지 공개 조항이 있는지 봅니다. 없으면 주무관청의 정관변경 허가부터 받습니다.
• 홈페이지 개설 - 모금액·활용실적 공개 화면과 공익위반 제보 연결을 만듭니다. 추천 요건에 들어갑니다.
• 추천신청서 제출 - 분기 마지막 달의 전전달 10일까지 국세청장에게 냅니다. 결산서가 3년 치가 없으면 가능한 결산서와 월별 수입·지출 내역서를 붙입니다.
• 지정 고시 확인 - 재정경제부장관의 고시일과 지정기간 시작일을 확인합니다. 그 전 기부금은 공제 대상이 아닙니다.
• 사후 의무 관리 - 매년 4개월 안의 공개, 80% 고유목적 지출, 전용계좌 사용을 관리합니다. 위반은 지정 취소로 이어집니다.

여기까지는 일반 기준이고, 설립 3년 미만이거나 수익사업을 함께 하는 법인이라면 결산서와 정관 원문을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 공익법인의 지정 취소·과세처분 불복과 세무 검토의견서 작성을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 지정 전에 받은 후원금도 공제가 되나요?
  원칙적으로 되지 않습니다. 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 단서는 바목에 따라 지정·고시된 법인에 대한 기부금을 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 3년간 지출한 것으로 한정합니다. 지정 연도 1월 1일 전에 낸 기부금은 공제 대상이 아니므로 후원자에게 미리 알리는 것이 좋습니다.
• 추천은 주무관청이 하나요, 국세청이 하나요?
  현행 규정상 국세청장이 합니다. 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 바목은 국세청장(주사무소 관할 세무서장 포함)의 추천을 받아 재정경제부장관이 지정하도록 정하고, 국세청장은 법인의 신청을 받아 추천해야 합니다. 주무관청 추천으로 안내된 예전 자료는 현행과 다릅니다.
• 지정 신청은 언제든 할 수 있나요?
  지정은 매 분기별로 합니다. 법인세법 시행규칙 제18조의3은 추천을 받으려는 법인이 해당 분기 마지막 달의 전전달 10일까지 국세청장에게 서류를 내고, 국세청장은 분기 마지막 달의 직전 달 10일까지 재정경제부장관에게 추천서를 내도록 정합니다.
• 설립한 지 1년밖에 안 됐는데 신청할 수 있나요?
  할 수 있습니다. 법인세법 시행규칙 제18조의3 제2항 제3호는 설립기간이 3년이 지나지 않은 법인은 제출 가능한 결산서, 해당 연도 예산서, 신청 직전 월까지의 월별 수입·지출 내역서를 내도록 합니다. 결산서가 없다는 이유만으로 신청이 막히지는 않습니다.
• 모금액 공개를 안 하면 어떻게 되나요?
  지정이 취소될 수 있습니다. 법인세법 시행령 제39조 제5항 제3호는 모금액과 활용실적을 사업연도 종료일부터 4개월 이내에 홈페이지와 국세청 홈페이지에 공개하도록 하고, 제8항은 의무 위반 시 국세청장이 지정 취소를 요청하도록 정합니다. 취소되면 3년 동안 다시 지정받을 수 없습니다.
• 종교법인도 따로 지정받아야 하나요?
  받지 않아도 됩니다. 법인세법 시행령 제39조 제1항 제1호 마목은 종교의 보급 등을 목적으로 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체장의 허가를 받아 설립한 비영리법인과 그 소속 단체를 직접 공익법인등으로 열거합니다. 바목의 지정 절차는 그 밖의 일반 비영리법인에 적용됩니다.
• 후원자는 무엇을 내야 공제받나요?
  기부금명세서에 법인이 발급한 기부금영수증을 붙여 내야 합니다. 소득세법 시행규칙 제58조 제1항 제5호가 이를 정하고, 원천징수의무자가 기부금을 일괄징수한 경우에는 영수증 첨부를 생략할 수 있습니다. 세액공제율은 소득세법 제59조의4 제4항에 따라 100분의 15이고 1천만원 초과분은 100분의 30입니다.

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