증여세

공익법인 주식 한도, 다른 회사를 거쳐 가진 지분도 합치나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, 공익법인 주식 한도를 넘는지 볼 때 공익법인이 다른 회사를 거쳐 간접적으로 갖는 지분은 합치지 않습니다. 국세청은 법에 간접보유비율을 넣는 문구가 없고 공익법인이 그 의결권을 직접 행사할 수 없다는 이유로 이렇게 회신했습니다. 지금은 한도가 10%를 원칙으로 바뀌었으니 공익법인에 적용되는 비율부터 확인해야 합니다.

출연자 쪽 회사가 같은 회사 주식을 많이 갖고 있다는 이유만으로 출연 주식 전부가 한도를 넘는다고 걱정할 필요는 없습니다. 한도 계산에 들어가는 주식은 법에 적힌 세 가지뿐이고, 공익법인이 다른 회사를 거쳐 간접적으로 갖는 지분은 그 안에 없습니다.

이런 상담이 많습니다

C씨 가족은 지주회사 A법인 지분 95%를 갖고 있고, A법인은 다시 B법인 지분 14%를 갖고 있습니다. C씨는 2025년 장학재단을 세우면서 자신이 가진 A법인 주식 5%와 B법인 주식 5%를 함께 출연하려고 합니다. 재단 설립을 준비하던 담당자는 재단이 A법인을 통해 B법인 지분을 간접적으로 갖게 되므로 B법인 지분이 한도를 넘는 것으로 계산되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

다른 회사를 거쳐 가진 지분도 공익법인 주식 한도에 합치나요?

아니요, 공익법인이 출연받은 주식이 한도를 넘는지 볼 때 공익법인이 다른 법인을 통해 간접적으로 갖는 지분은 합치지 않습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「상속세 및 증여세법」은 출연받은 주식에 더할 주식을 세 가지로 정해 두었습니다.

• 공익법인이 이미 가진 주식 - 출연 당시 해당 공익법인이 보유하고 있는 같은 회사 주식입니다.
• 다른 공익법인에 출연한 주식 - 출연자와 그 특수관계인이 다른 공익법인에 출연한 같은 회사 주식입니다.
• 다른 공익법인이 가진 주식 - 출연자와 그 특수관계인에게서 재산을 출연받은 다른 공익법인이 보유한 같은 회사 주식입니다.

위 사례에서 재단이 A법인 주주가 되어 B법인에 간접적으로 영향을 미치더라도, 그 간접 지분은 이 세 가지 어디에도 들어가지 않습니다. 그래서 B법인 한도 계산에는 재단이 직접 출연받은 5%만 들어갑니다.

국세청은 간접보유 지분을 어떻게 해석했나요?

국세청은 공익법인이 출연받은 주식이 한도를 넘는지 판단할 때 공익법인이 간접소유하는 해당 법인 주식의 비율은 포함하지 않는다고 회신했습니다(서면-2015-법령해석재산-1394, 2016. 2. 5.). 질의는 출연자 가족과 A법인이 B법인 지분 99%를 갖고, 출연자 가족이 A법인 지분 95%를 가진 상태에서 A법인·B법인 주식을 5%씩 장학재단에 출연하는 사안이었습니다.

사례집 검토내용은 두 가지 이유를 들었습니다. 첫째, 세법은 간접보유비율을 넣어야 할 때 중소기업 독립성 기준이나 일감몰아주기 증여의제처럼 법령에 따로 적어 두는데, 공익법인 주식 한도 규정에는 그런 문구가 없습니다. 둘째, 공익법인은 A법인 주주로서 B법인에 간접적으로 영향을 줄 수는 있어도 B법인 의결권을 직접 행사하지는 못합니다. 이 회신은 공익법인이 B법인 주식을 직접 5%만 받는 사실관계를 전제로 하므로, 직접 보유분이 더 있으면 결론이 달라질 수 있습니다.

2021년 이후 공익법인 주식 한도는 어떻게 바뀌었나요?

회신 당시 한도는 5%, 성실공익법인은 10%였지만, 지금은 원칙이 10%이고 일부 공익법인은 20% 또는 5%가 적용됩니다. 2020. 12. 22. 법 개정으로 성실공익법인 구분이 없어지고 비율이 다시 짜였으며, 2021. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용됩니다.

• 10% - 일반적인 공익법인의 한도입니다.
• 20% - 출연받은 주식의 의결권을 행사하지 않고 자선·장학 또는 사회복지를 목적으로 하는 공익법인입니다.
• 5% - 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있거나, 운용소득 사용·이사 구성 등 법에서 정한 요건을 갖추지 못한 공익법인입니다.

간접보유분을 빼고 계산한다는 판단 방식은 비율이 바뀐 뒤에도 그대로입니다. 한도 계산에 더하는 주식의 범위를 정한 세 가지 항목은 개정 뒤에도 같기 때문입니다.

간접보유분을 빼도 따로 확인할 것이 있나요?

네, 공익법인이 출연자와 특수관계에 있는 회사 주식을 많이 갖고 있으면 비율 한도와 별개로 가산세가 문제될 수 있습니다. 특수관계 회사 주식 가액이 공익법인 총재산가액의 30%(회계감사·전용계좌·결산서류 공시를 이행하면 50%)를 넘으면 가산세 대상입니다. 운용소득 사용·이사 구성 등 법에서 정한 요건을 갖춘 공익법인과 국가·지방자치단체가 세운 공익법인은 이 가산세에서 빠집니다. 위 사례처럼 A법인과 B법인 주식을 함께 받는다면 두 주식의 가액을 합쳐 재단 총재산과 비교해 보아야 합니다.

공익법인 주식 출연 한도 대응 순서

• 지분 구조도 작성 - 출연 대상 회사의 주주 명부와 출연자 가족·계열회사 지분을 한 장에 그립니다. 직접 지분과 간접 지분을 색으로 나눠 두면 계산이 빨라집니다.
• 합산 대상 확인 - 공익법인이 이미 가진 주식, 다른 공익법인에 출연한 주식, 다른 공익법인이 가진 주식만 더합니다. 간접 지분은 여기서 뺍니다.
• 적용 비율 확인 - 공익법인이 10%, 20%, 5% 중 어느 비율을 적용받는지 정관과 상호출자제한기업집단 해당 여부로 확인합니다.
• 증여세 신고 - 초과분이 있으면 증여받은 날이 속하는 달의 말일부터 3개월 안에 신고합니다. 초과분이 없으면 계산 근거를 보관합니다.
• 불복 검토 - 세무서가 간접 지분을 합산해 증여세를 고지하면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 출연 대상 회사가 공익법인과 특수관계에 있거나 여러 공익법인에 나눠 출연하는 경우에는 주주 명부와 정관을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 공익법인 출연 주식에 대한 증여세 부과처분의 조세불복과 소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 간접보유 지분은 왜 한도 계산에서 빠지나요?
  법은 출연받은 주식에 더할 주식을 공익법인이 이미 가진 주식, 출연자 측이 다른 공익법인에 출연한 주식, 그 다른 공익법인이 가진 주식 세 가지로 정해 두었습니다. 공익법인이 다른 회사를 거쳐 갖는 간접 지분은 이 목록에 없어서 더하지 않습니다.
• 지금 공익법인 주식 한도는 몇 %인가요?
  원칙은 해당 회사 의결권 있는 발행주식총수의 10%입니다. 출연받은 주식의 의결권을 행사하지 않고 자선·장학 또는 사회복지를 목적으로 하는 공익법인은 20%, 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있거나 법에서 정한 요건을 갖추지 못한 공익법인은 5%입니다.
• 성실공익법인 10% 기준은 아직 쓰나요?
  아니요, 2020. 12. 22. 법 개정으로 성실공익법인 구분이 없어졌습니다. 2021. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도분부터 10%를 원칙으로 하고 20%와 5% 예외를 두는 체계가 적용됩니다. 회신 당시의 5%·10% 구분은 그 전 사업연도에 해당합니다.
• 출연자 가족이 가진 같은 회사 주식은 더하나요?
  출연자 가족이 직접 가진 주식은 세 가지 합산 항목에 들어 있지 않습니다. 다만 출연자와 그 특수관계인이 같은 회사 주식을 다른 공익법인에 출연했거나, 그들에게서 출연받은 다른 공익법인이 같은 회사 주식을 가지고 있다면 그 주식은 더합니다.
• 한도를 넘으면 어떤 세금이 나오나요?
  출연받은 주식과 합산 대상 주식을 합한 것이 한도를 넘으면, 넘는 부분의 가액을 공익법인의 증여세 과세가액에 넣습니다. 한도 안의 부분은 그대로 과세가액에 들어가지 않습니다. 공익법인은 증여받은 날이 속하는 달의 말일부터 3개월 안에 신고해야 합니다.
• 한도 안이면 다른 가산세 걱정은 없나요?
  그렇지 않습니다. 특수관계에 있는 회사 주식의 가액이 공익법인 총재산가액의 30%를 넘으면 비율 한도와 별개로 가산세 대상입니다. 회계감사·전용계좌·결산서류 공시를 이행하면 기준이 50%이고, 법에서 정한 운용소득 사용 등 요건을 갖춘 공익법인은 대상에서 빠집니다.
• 세무서가 간접 지분을 합산해 과세하면요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 이의신청은 선택 절차입니다. 법이 정한 합산 항목에 간접 지분이 없다는 점과 국세청 서면-2015-법령해석재산-1394 회신을 함께 내세워 다툴 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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