세금

공익단체가 실비로 받은 용역 대가, 부가세 면세는 무엇을 기준으로 판단하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

공익단체의 실비 공급 면세 여부는 원칙적으로 개별 재화·용역의 공급을 기준으로 판단합니다. 대법원은 사업 분야별로 묶어 판단한 원심의 부가세 부분을 파기환송했습니다. 분야 전체가 과세라는 통지를 받았어도 그 결론을 그대로 받아들일 필요는 없습니다. 다만 면세로 신고한 분야에서도 과세될 계약이 나올 수 있습니다.

공익단체의 실비 공급 면세 여부는 원칙적으로 개별 재화·용역의 공급을 기준으로 판단합니다. 대법원은 사업 분야별로 묶어 판단한 원심의 부가세 부분을 파기환송했습니다. 분야 전체가 과세라는 통지를 받았어도 그 결론을 그대로 받아들일 필요는 없습니다. 다만 면세로 신고한 분야에서도 과세될 계약이 나올 수 있습니다.

대법원은 왜 사업 분야별로 묶어 판단하면 안 된다고 했나요?

과세 대상이 재화·용역의 공급이고 세금계산서도 공급할 때 발급하므로, 면세 여부도 공급 단위로 본다는 것입니다. 대법원 2022. 3. 17. 선고 2017두69908 판결은 환경관리공단(소송 중 한국환경공단이 승계) 사건입니다. 공단은 정부업무대행, 환경시설설치지원 등을 실비 공급으로 보고 부가세를 신고하지 않았습니다. 세무서는 2004년 제2기부터 2009년 제2기까지 부가세를 경정·고지했습니다.

원심은 사업을 4개 분야로 나누어 3개 분야는 면세, 환경시설설치지원사업은 과세라고 보았습니다. 대법원은 판결요지에서 「부가가치세 면세 여부는 원칙적으로 ‘개별적인 재화 또는 용역의 공급’을 기준으로 판단하여야 한다.」고 밝혔습니다. 같은 분야의 개별 사업도 계약 내용과 기간이 다르다고 했습니다. 환경시설설치지원사업도 많은 개별 사업에서 손실이 났고 이익은 일부에 몰려 있었습니다.

판단 단위의 잘못은 원고 공단과 피고 세무서장들이 모두 상고이유로 지적했습니다. 대법원은 양쪽 주장을 모두 받아들여 원심판결 중 부가세 부분만 파기환송했습니다. 법인세 부분의 나머지 상고는 기각했습니다. 환송 후에는 계약별로 다시 따지므로 면세로 본 분야에서도 과세될 계약이 나올 수 있습니다. 세무서도 부과제척기간 안에서는 이익이 난 계약을 따로 골라 과세할 수 있습니다. 그 기간은 원칙적으로 5년이고, 부가세를 아예 신고하지 않았다면 7년입니다.

실비로 공급했다는 것은 무엇으로 보여 주나요?

계약마다 받은 대가가 그 공급에 든 비용을 넘지 않았다는 원가 자료가 핵심입니다. 2017두69908 사건의 원심은 실비를 공급받은 자에게서 받은 대가가 공급에 필요한 비용을 넘지 않는 경우로 보았습니다. 대법원은 이 정의를 따로 문제 삼지 않고 판단 단위만 바로잡았습니다.

대법원 1997. 8. 26. 선고 96누17769 판결은 작업환경측정용역 사건입니다. 인건비, 장비감가상각비, 관리비 등을 고려해 책정한 수수료를 받았습니다. 원심은 이를 실비 공급으로 보아 면세라고 판단했고 대법원은 수긍했습니다. 대법원 2000. 7. 4. 선고 98두9301 판결은 시 주차시설관리공단 사건입니다. 공단은 수입금 전액을 시에 내고 운영경비를 받아 쓴 뒤 남은 돈을 반환했습니다. 대법원은 받은 돈이 용역의 대가이기는 하지만 실비 공급이어서 면세라고 보았습니다.

결국 계약별 원가계산서, 정산서, 남은 돈의 반환 기록이 증거가 됩니다. 대가 산정 방식이 비슷하다는 사정만으로 여러 계약을 묶어 설명하면 2017두69908 판결 기준과 맞지 않습니다. 보조금 명목으로 받은 돈이 공급 대가인지는 「지자체 박람회를 운영하고 받은 보조금도 부가세 과세표준에 들어가나요?」에서 설명했습니다.

어떤 단체가 공익 목적 단체로 인정되나요?

현행 시행령은 주무관청의 허가·인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 공익 사업을 하는 단체를 요구합니다. 그 단체가 고유의 사업목적을 위해 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급해야 합니다. 공익 사업은 상속세 및 증여세법 시행령 제12조의 사업이거나 시행규칙이 정한 비영리법인의 공익 사업입니다.

96누17769 판결은 공익 목적 단체인지를 그 고유의 목적이 사회일반의 복리증진인지로 판단한다고 했습니다. 개별 업무가 특정인을 상대로 하는지로 판단할 것은 아니라고 했습니다. 일시적이면서 실비 공급이어야 하는 것도 아니고 어느 하나면 된다고 했습니다.

반대로 대법원 1996. 6. 14. 선고 95누14428 판결은 음악저작권협회를 공익 목적 단체로 보지 않았습니다. 특정 계층이나 업종 종사자만의 권리보호를 목적으로 하는 단체라는 이유였습니다. 다만 지금은 시행령 제45조 제5호가 지정된 저작권위탁관리업자의 실비 신탁관리 용역을 따로 면세합니다. 면세가 인정되면 관련 매입세액은 공제받지 못합니다. 과세 계약과 섞인 매입세액 안분은 「공사 중인 겸영 사업장 공통매입세액, 공급가액과 면적 중 무엇으로 나누나요?」에서 다루었습니다.

공익단체 실비 면세 다툼 대응 순서

• 처분 단위 확인 - 세무서가 사업 분야 전체를 묶어 과세했는지, 계약별로 따졌는지 세무조사 결과통지서와 납부고지서의 세액 산출 근거에서 확인합니다.
• 계약별 원가 정리 - 계약마다 받은 대가와 인건비·관리비 등 실제 비용을 대조한 표를 만들고, 손실 난 계약을 따로 표시합니다.
• 단체 요건 자료 - 주무관청 허가·등록 서류, 정관상 목적사업, 그 용역이 고유 사업목적에 속한다는 근거를 모읍니다.
• 불복 제기 - 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고, 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 냅니다.
• 환급 청구 - 면세 대상인데 부가세를 신고·납부한 과세기간은 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구합니다. 거래처의 매입세액 공제 문제도 함께 정리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 계약별 원가 구조와 단체의 설립 근거, 고유 사업목적과의 관계에 따라 면세 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 공익단체 부가가치세 면세 쟁점의 조세심판청구와 행정소송 대리를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공익단체가 무상으로 공급한 용역도 면세인가요?
  면세입니다. 시행령은 공익 목적 단체가 고유의 사업목적을 위해 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화·용역을 면세합니다. 일시적·실비·무상 가운데 하나에 해당하면 됩니다.
• 실비만 받았다면 애초에 부가세 과세 대상이 아닌가요?
  그렇지 않습니다. 실비변상에 불과한 액수라도 특별한 사정이 없으면 용역 공급과 대가관계가 있다고 본 대법원 판결이 있습니다. 그래서 과세 대상인지가 아니라 면세 요건을 갖췄는지를 따져야 합니다.
• 학술연구단체가 공급하는 용역은 기준이 다른가요?
  다릅니다. 학술 및 기술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 단체는 별도 호가 적용됩니다. 그 연구와 관련해 실비 또는 무상으로 공급하는 재화·용역이 면세되므로 연구와의 관련성이 요건입니다.
• 허가나 등록이 없는 법인이 실비만 받은 용역도 면세되나요?
  이 호의 면세는 받기 어렵습니다. 시행령은 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 공익 사업을 하는 단체를 요건으로 둡니다. 실비라는 사정만으로는 이 요건을 채우지 못합니다.
• 심판청구를 하면 부가세 납부가 멈추나요?
  멈추지 않는 것이 원칙입니다. 심판청구는 처분의 집행에 효력을 미치지 않습니다. 다만 중대한 손해를 막을 필요가 긴급하다고 인정되면 재결청이 집행정지를 결정할 수 있습니다.
• 면세로 정리되면 그동안 공제받은 매입세액은 어떻게 되나요?
  면세사업 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않습니다. 면세로 정리된 계약에 쓰인 매입세액은 공제 대상에서 빠질 수 있으므로 환급액과 함께 계산해 두어야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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