부가가치세

공사 중인 겸영 사업장 공통매입세액, 공급가액과 면적 중 무엇으로 나누나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

기존 사업장에서 영업을 이어 가며 시설을 고쳐 짓는다면 공통매입세액은 공급가액 비율로 나눕니다. 예정사용면적 비율은 공사 부분이 분리·독립되어 공급가액이 없을 때 씁니다. 대법원 2016두51788 판결과 현행 시행령 제81조로 기준과 경정청구 방법을 정리했습니다.

기존 사업장에서 영업을 계속하면서 시설을 고쳐 짓는 중이라면 원칙대로 그 과세기간의 공급가액 비율로 나눕니다. 예정사용면적 비율은 공사 부분이 기존 사업과 분리·독립되어 있어 공급가액을 기준으로 삼을 수 없을 때 쓰는 기준입니다. 면적 비율이 더 유리하다는 이유만으로 바로 경정청구서부터 낼 필요는 없고, 공사와 기존 사업의 관계를 먼저 정리해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

A법인은 한 부지에서 면세인 병원과 과세인 주차장·상가 임대를 함께 운영합니다. 2024. 3.부터 환자를 다른 동으로 옮겨 진료를 이어 가며 낡은 별관을 헐고 새로 짓는 공사를 시작했습니다. 공사비 매입세액은 매 기수 면세공급가액 비율(약 45%)만큼 불공제로 신고해 왔습니다. 2026. 8. 새 별관의 설계도면상 면세 용도 면적은 12%라며 면적 비율로 다시 계산하면 환급이 크다는 말을 들었습니다. A법인 대표는 지금이라도 면적 비율로 경정청구를 할 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

공통매입세액은 원래 어떤 기준으로 나누나요?

먼저 실지 귀속에 따라 나누고, 구분할 수 없는 부분만 그 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액 비율로 나눕니다. 그 비율만큼은 면세사업 관련 매입세액이 되어 공제받지 못합니다.

예외도 있습니다. 면세공급가액이 총공급가액의 5퍼센트 미만이면 공통매입세액 전부를 공제합니다. 다만 공통매입세액이 5백만원 이상이면 이 예외를 쓸 수 없습니다. 과세기간 중 공통매입세액이 5만원 미만인 경우도 전부 공제합니다. 예정신고 때는 예정신고기간 비율로 나누고 확정신고 때 정산합니다.

전부 불공제로 신고한 경우는 「과세·면세 겸업인데 공통매입세액을 전부 불공제로 신고했다면 경정청구로 돌려받을 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

대법원은 가락시장 현대화 공사의 매입세액을 어떻게 판단했나요?

농수산물 도매시장을 운영하는 지방공사가 면세인 시장관리사업과 과세인 임대·주차장업을 함께 하면서, 시장 부지를 3단계로 나누어 재건축했습니다. 1단계 공사 중에도 상인들을 다른 부지로 옮겨 영업을 이어 갔습니다. 공사는 처음에 1단계 공사비 매입세액을 사업장 전체 공급가액 비율(43~47%)로 나누어 신고했다가, 1단계 건물의 예정사용면적 비율(7.76%)로 나누어야 한다며 경정청구를 했습니다.

대법원은 공급가액 비율은 매입세액이 생긴 사업 부분과 공급가액이 생긴 사업 부분이 관련될 때 쓰는 것이라고 보았습니다. 그러면서 “그 각 사업 부분이 서로 분리·독립되어 있다면 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분할 것은 아니다.”라고 밝혔습니다. 관련 여부는 매입 경위와 목적, 운영 형태, 장소적 연관성, 업종 특성을 함께 봅니다. 이 사건 공사는 기존 사업의 영업 여건을 개선하려는 것이어서 별개 사업이 아니라고 보고, 면적 비율을 인정한 원심을 파기했습니다.

예정사용면적 비율은 언제 쓸 수 있나요?

그 과세기간에 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 한쪽 공급가액이 없을 때 씁니다. 이때는 매입가액 비율, 예정공급가액 비율 순서로 나누되, 건물을 새로 짓거나 취득해 예정면적을 구분할 수 있으면 예정사용면적 비율을 먼저 적용합니다.

면적 비율로 나누었다면 사용면적이 확정되는 과세기간까지 그 비율을 유지하고, 확정되는 기간의 확정신고 때 실제 면적 비율로 정산합니다. 판결이 적용한 구 시행령 제61조 제1항·제4항은 지금 시행령 제81조 제1항·제4항으로 옮겨졌고, 기본 구조는 현행 법령에서도 같습니다. 따라서 새 사업장을 따로 짓는 경우인지, 기존 사업장의 개선 공사인지가 결론을 가릅니다.

세무서가 면적 비율 환급분을 다시 거두어 가면 어떻게 하나요?

공급가액 비율로 다시 계산한 증액경정 고지를 받았다면, 고지를 받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구로 다툴 수 있습니다. 이때 쟁점은 공사 부분이 기존 사업과 분리·독립된 사업이었는지입니다. 공사 기간의 매출 자료, 사업계획서, 영업 이전 경위를 함께 내야 주장이 설득력을 얻습니다.

증액된 세액에는 과소신고가산세와 납부지연가산세가 붙을 수 있습니다. 해석이 갈렸다는 사정만으로 가산세를 면할 정당한 사유가 인정되기는 쉽지 않습니다. 증액경정 뒤에는 그 처분을 안 날부터 3개월 안에 경정청구로 다른 계산 오류를 함께 바로잡을 수도 있습니다(법정신고기한부터 5년 이내).

공통매입세액 안분 대응 순서

• 공사의 성격 정리 - 기존 사업 개선인지 새 사업장인지 사업계획서와 인허가 서류로 정리합니다.
• 영업 계속 여부 확인 - 공사 기간에 같은 사업장에서 과세·면세 매출이 계속 나왔는지 봅니다.
• 실지 귀속 분리 - 과세 전용·면세 전용으로 나눌 수 있는 매입을 먼저 떼어 냅니다.
• 비율 재계산 - 공급가액 비율과 면적 비율의 세액 차이를 기수별로 계산합니다.
• 경정청구와 정산 관리 - 5년 안에 청구하고, 사용면적 확정 기간의 정산 신고를 놓치지 않습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공사 부분이 기존 사업과 분리·독립된 사업인지, 공사 기간에 어떤 매출이 났는지에 따라 적용할 안분 기준과 환급액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 겸영 사업자의 공통매입세액 안분 검토와 부가가치세 경정청구, 조세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 면세 매출이 아주 적으면 공통매입세액을 전부 공제받을 수 있나요?
  면세공급가액이 총공급가액의 5퍼센트 미만이면 공통매입세액 전부를 공제합니다. 다만 그 과세기간 공통매입세액이 5백만원 이상이면 이 예외가 적용되지 않아 비율대로 나누어야 합니다.
• 새 건물을 짓는 동안 매출이 전혀 없으면 어떻게 나누나요?
  공급가액이 없는 과세기간에는 공급가액 비율을 쓸 수 없습니다. 이때 건물의 과세·면세 예정면적을 구분할 수 있으면 예정사용면적 비율을 먼저 적용하고, 사용면적이 확정되는 기간에 정산합니다.
• 면적 비율로 나눈 뒤 실제 용도가 달라지면 어떻게 되나요?
  사용면적이 확정되는 과세기간의 확정신고 때 실제 면세 사용면적 비율로 다시 계산해, 이미 공제한 세액과의 차이를 더하거나 빼서 정산합니다. 이 정산을 빠뜨리면 추징과 가산세 문제가 생길 수 있습니다.
• 과세 전용 시설 공사비도 공통매입세액으로 나누어야 하나요?
  아닙니다. 실지 귀속을 구분할 수 있는 매입세액은 그 귀속대로 처리합니다. 과세사업에만 쓰는 시설의 공사비라면 전액 공제 대상이 될 수 있으므로, 공통 부분과 전용 부분을 먼저 나누어야 합니다.
• 공통매입세액 경정청구는 몇 년 전 것까지 할 수 있나요?
  각 과세기간의 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 청구할 수 있습니다. 부가가치세는 과세기간이 끝난 뒤 25일이 확정신고기한이므로 기수마다 기한을 따로 계산해야 합니다.
• 공통매입세액 경정청구가 거부되면 어떻게 다투나요?
  거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 해야 합니다. 그 결정에도 불복하면 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 제기합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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