부가가치세

거래처가 세금계산서를 늦게 줘서 환급이 깎였다면 배상받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

세금계산서를 늦게 받았다는 사정만으로 환급 감액분을 배상받기는 어렵습니다. 매입세액은 공급시기가 속한 과세기간에 공제받아야 하기 때문입니다. 대법원 2023다253790 판결과 늦게 받은 세금계산서의 1년 안 경정청구 방법을 정리했습니다.

거래처가 세금계산서를 늦게 발급했다는 사정만으로 환급 감액분을 전부 배상받기는 어렵습니다. 매입세액은 공급시기가 속한 과세기간에 공제받아야 하는데, 다른 과세기간에 넣어 감액됐다면 그 손해는 잘못된 신고에서 생긴 것으로 보기 때문입니다. 늦게 받은 세금계산서라도 공제받을 길이 남아 있으니, 소송부터 서두를 필요는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨 회사는 2025. 7. 시공사로부터 신축 건물을 넘겨받고 사용승인을 받았습니다. 시공사는 잔금이 남았다며 세금계산서를 미루다가 2026. 3. 9.에야 공급가액 30억 원의 세금계산서를 발급했습니다. A씨 회사는 이를 2026년 제1기 신고에 넣어 환급을 신청했지만, 세무서는 사실과 다른 세금계산서라며 환급세액에서 3억 원과 가산세를 깎았습니다. A씨는 시공사가 제때 발급하지 않아 생긴 손해이니 시공사에 배상을 청구할 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

세금계산서는 언제 발급해야 하나요?

원칙적으로 재화나 용역의 공급시기에 발급해야 합니다. 건설 용역은 역무 제공이 끝난 때가 공급시기가 되는 경우가 많고, 이 사안에서는 건물 사용승인일이 공급시기였습니다. 월 합계로 발급하거나 거래사실이 확인되는 경우에는 공급일이 속한 달의 다음 달 10일까지 발급할 수 있습니다. 그러나 잔금을 다 받을 때까지 기다려도 된다는 규정은 없습니다.

이 사안에서 시공사는 대금을 다 받지 못했으니 그때 발급하면 된다고 다퉜습니다. 그러나 원심은 세금계산서 발급의무가 대금지급의무와 대가 관계에 있는 채무가 아니라고 보았고, 대법원도 이 판단에 잘못이 없다고 했습니다. 대금이 밀렸다고 세금계산서를 붙잡고 있을 수는 없다는 뜻입니다.

공급자가 확정신고기한까지 발급하지 않으면 공급가액의 2퍼센트, 발급시기는 지났지만 확정신고기한 안에 발급하면 1퍼센트의 가산세가 공급자에게 붙습니다.

대법원은 어떻게 판단했나요?

도급인은 공급시기가 2020. 7. 23.인 공사 용역의 세금계산서를 2021. 3. 30.에 받아 2021년 제1기 환급신고에 넣었습니다. 과세관청은 사실과 다른 세금계산서라며 환급세액에서 해당 세액과 10퍼센트 가산세를 감액했습니다. 도급인은 수급인의 지연발급 때문에 생긴 손해라며 배상을 청구했고, 원심은 이를 받아들였습니다.

대법원은 원심을 파기했습니다. 이 매입세액은 2020년 제2기 매출세액에서 공제될 수 있을 뿐 2021년 제1기에서는 공제될 수 없었습니다. 감액처분은 도급인이 공급시기와 다른 과세기간에 환급신고를 했기 때문이라는 것입니다. 대법원은 “위 처분과 피고의 세금계산서 지연발급 또는 사실과 다른 세금계산서 발급 사이에 상당인과관계가 있다고 볼 수 없다.”라고 판단했습니다.

판결은 구 시행령의 예외 규정도 근거로 들었습니다. 확정신고기한 뒤에 받은 세금계산서라도 일정 기간 안에 받았다면 수정신고와 경정청구로 공제받을 수 있다는 규정입니다. 판결 당시 6개월이던 기간은 현행 시행령에서 1년으로 늘었고, 법리는 현행 법령에서도 같습니다.

늦게 받은 세금계산서로 공제받으려면 어떻게 하나요?

공급시기가 속한 과세기간을 기준으로 수정신고나 경정청구를 해야 합니다. 현행 시행령은 확정신고기한 다음 날부터 1년 안에 발급받았고, 과세표준수정신고서와 경정청구서를 세금계산서와 함께 내면 공제를 인정합니다. 거래사실이 확인되어 세무서장이 결정이나 경정을 하는 경우도 같습니다.

이미 다른 과세기간에 넣어 신고했다면 그 신고분은 바로잡고, 공급시기가 속한 과세기간에 다시 반영해야 합니다. 감액 통지만 보고 공급자와 다투다 기한을 넘기는 일이 없어야 합니다. 이 경우에도 공급가액의 0.5퍼센트 가산세가 붙을 수 있습니다. 1년이 지나 발급받으면 공제받기 어려워지므로, 그때는 공급자에게 손해배상을 묻는 문제가 실제로 남습니다. 공사대금 소송이 길어질 때의 공제 문제는 「공사대금 소송이 끝난 뒤에 받은 세금계산서로 매입세액공제를 받을 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

늦게 받은 세금계산서 대응 순서

• 공급시기 확인 - 계약서, 사용승인일, 준공일로 용역 제공이 끝난 날을 먼저 정합니다.
• 과세기간 대조 - 세금계산서를 공급시기가 속한 과세기간에 넣었는지 신고서를 확인합니다.
• 1년 기한 계산 - 그 과세기간 확정신고기한 다음 날부터 1년 안에 발급받았는지 셉니다.
• 수정신고·경정청구 - 기한 안이면 세금계산서를 붙여 해당 과세기간을 바로잡습니다.
• 배상 청구 검토 - 공제받을 길이 막힌 손해만 따로 계산해 공급자에게 청구할지 판단합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 용역의 공급시기가 언제인지와 세금계산서를 받은 날이 1년 안인지, 어느 과세기간에 신고했는지에 따라 공제와 배상 가능성이 달라집니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 매입세액 불공제와 경정청구, 세금계산서를 둘러싼 손해배상 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 잔금을 못 받았다는 이유로 세금계산서 발급을 미뤄도 되나요?
  미룰 수 없습니다. 세금계산서는 공급시기에 발급해야 하고, 대금지급과 맞바꾸는 관계로 보지 않습니다. 확정신고기한까지 발급하지 않으면 공급자에게 2퍼센트 가산세가 붙습니다.
• 공급시기가 속한 과세기간 확정신고기한은 언제인가요?
  일반과세자는 과세기간이 끝난 후 25일 안에 확정신고를 합니다. 제1기는 1월부터 6월까지, 제2기는 7월부터 12월까지이므로 각각 7월 25일, 다음 해 1월 25일이 기준이 됩니다.
• 1년이 지나서 세금계산서를 받았다면 공제받을 방법이 없나요?
  시행령의 1년 예외에는 해당하지 않아 공제받기 어렵습니다. 이때는 공급자의 지연발급으로 공제 기회를 잃은 것이므로, 그 손해를 배상 청구할 수 있는지 따져 볼 여지가 있습니다.
• 늦게 받은 세금계산서로 공제받으면 가산세가 붙나요?
  붙을 수 있습니다. 시행령 예외에 따라 공제받는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 공급가액의 0.5퍼센트 가산세가 매입자에게 붙습니다.
• 경정청구는 언제까지 할 수 있나요?
  법정신고기한이 지난 후 5년 안에 할 수 있습니다. 다만 늦게 받은 세금계산서의 공제는 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 안이어야 한다는 요건을 따로 갖춰야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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