허가가 늦으면 재산 이전을 미뤄야 하나요?

그럴 필요는 없습니다. 국세청은 허가 지연으로 잔여재산을 통합 공익법인에 먼저 넘긴 뒤 청산절차가 끝나기 전에 주무관청 허가를 얻으면 증여세가 과세되지 않는다고 회신했습니다. 다만 허가 신청서와 지연 통보 등 경위를 보여 줄 서류를 남겨 두어야 합니다.

잔여재산을 어디에 넘겨야 증여세가 없나요?

국가·지방자치단체, 또는 해당 공익법인과 같거나 주무부장관이 유사하다고 인정한 공익법인에 귀속시켜야 합니다. 이 범위 밖으로 잔여재산을 넘기면 공익법인이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세가 부과됩니다.

유사한 공익법인은 누가 판단하나요?

2019. 2. 12. 시행령 개정 뒤로는 주무부장관이 유사하다고 인정한 공익법인이어야 합니다. 회신 당시에는 같거나 유사한 공익법인이면 된다고만 정해져 있었습니다. 목적사업이 완전히 같지 않다면 주무부장관의 인정 서류를 받아 두어야 합니다.

청산이 끝날 때까지 허가를 못 받으면요?

회신은 청산절차가 끝나기 전에 허가를 얻는 경우를 전제로 합니다. 허가 없이 청산이 끝나거나 허가가 거부되면 같은 결론을 기대하기 어렵습니다. 민법상 처분되지 않은 잔여재산은 국고에 귀속되므로 청산종결 등기 일정을 허가 일정에 맞춰야 합니다.

정관에 귀속처가 있으면 허가가 필요한가요?

민법상 정관으로 귀속권리자를 지정했다면 재산은 그곳에 귀속되고, 주무관청 허가는 정관에 지정이 없을 때 필요한 절차입니다. 세법상으로는 그 귀속처가 같거나 주무부장관이 유사하다고 인정한 공익법인 등이어야 증여세가 나오지 않습니다.

이 규정은 지금 몇 조인가요?

회신은 당시 상속세 및 증여세법 제48조 제2항 제6호를 근거로 했습니다. 현행법에서는 제48조 제2항 제8호가 대통령령으로 정하는 바에 따라 운용하지 않는 경우를 즉시 증여세 사유로 두고, 시행령 제38조 제8항 제1호가 잔여재산 귀속을 정합니다.

잔여재산 이전으로 증여세가 고지되면요?

고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 이의신청은 선택 절차입니다. 통합 재단의 정관상 목적사업, 허가 신청과 지연 경위, 청산종결 전 허가 사실을 날짜순으로 정리해 내는 것이 출발점입니다.

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증여세

공익법인 통합 때 허가 전에 잔여재산을 넘기면 증여세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, 해산하는 공익법인이 잔여재산을 통합 공익법인에 먼저 넘기고 청산절차가 끝나기 전에 주무관청 허가를 받으면 증여세가 나오지 않습니다. 국세청은 세법이 잔여재산을 같거나 비슷한 공익법인에 귀속시킬 것만 요구할 뿐 허가 시점을 요건으로 두지 않았다고 보았습니다. 지금은 비슷한 공익법인이면 주무부장관의 유사 인정을 받았는지부터 확인해야 합니다.

그 자리에서

해산을 결의하기 전에 정관에 잔여재산을 받을 곳이 적혀 있는지부터 확인하십시오. 정관에 지정이 없으면 이사나 청산인이 주무관청의 허가를 얻어 법인 목적과 비슷한 목적을 위해 재산을 처분해야 하고, 처분되지 않은 재산은 국고로 갑니다.

허가가 늦어진다는 이유로 해산등기와 재산 이전을 모두 멈출 필요는 없습니다. 국세청은 잔여재산을 먼저 넘긴 뒤 청산절차가 끝나기 전에 허가를 받아도 증여세를 매기지 않는다고 보았습니다.

이런 상담이 많습니다

같은 지방자치단체가 출연한 문화·장학 분야 재단 세 곳이 2025년 한 재단으로 통합하기로 했습니다. 두 재단은 2025년 3월 이사회에서 해산을 의결했고, 남는 재단은 정관을 바꿔 두 재단의 사업을 그대로 이어받기로 했습니다. 6월에 각 주무관청에 사업예산 이관 허가를 신청했지만 처리가 늦어졌고, 두 재단은 7월 해산등기를 마친 뒤 잔여재산을 통합 재단으로 넘겼습니다. 허가는 연말 청산종결 전에 나올 예정이라, 재단들은 먼저 넘긴 재산에 증여세가 나오는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

허가 전에 잔여재산을 넘기면 증여세가 나오나요?

아니요, 해산하는 공익법인이 잔여재산을 통합 공익법인에 먼저 넘기고 청산절차가 끝나기 전에 주무관청 허가를 받으면 증여세가 과세되지 않습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「상속세 및 증여세법」은 공익법인이 사업을 끝낼 때 남은 재산을 정해진 곳에 귀속시키지 않으면 즉시 증여세를 부과합니다. 그 정해진 곳은 국가·지방자치단체, 또는 해당 공익법인과 같거나 주무부장관이 비슷하다고 인정한 공익법인입니다.

재단 통합 잔여재산 이전 일정(단순 예시)

2025. 3.
두 재단 이사회 해산 의결
2025. 6.
주무관청에 사업예산 이관 허가 신청, 처리 지연
2025. 7.
해산등기 후 잔여재산을 통합 재단으로 이전
청산종결 전
주무관청 허가 취득 시 증여세 과세 안 됨

위 사례처럼 통합 재단이 해산 재단의 사업을 그대로 이어받는다면, 잔여재산은 같은 목적의 공익법인에 귀속된 것으로 볼 수 있습니다. 허가 시점이 재산 이전보다 늦었다는 사정만으로 과세 요건이 생기지는 않습니다.

국세청은 사후 허가를 어떻게 해석했나요?

국세청은 잔여재산을 통합하는 공익법인에 귀속시키려고 주무관청에 허가를 신청했으나 허가가 늦어져, 잔여재산을 먼저 귀속시킨 뒤 청산절차가 끝나기 전에 허가를 얻는 경우에도 증여세가 과세되지 않는다고 답했습니다(사전-2016-법령해석재산-0282, 2016. 8. 16.). 질의는 세 공익법인 가운데 두 곳이 해산하고 한 곳이 정관을 바꿔 통합 법인이 되는 사안이었습니다.

사례집 검토내용은 민법상 잔여재산 귀속 규정이 공익법인에도 적용되지만, 세법은 잔여재산을 같거나 비슷한 공익법인에 귀속시키면 공익목적에 쓴 것으로 볼 뿐 주무관청 허가를 따로 요건으로 두지 않았다고 설명했습니다. 회신은 청산절차가 끝나기 전에 허가를 얻는다는 사실관계를 전제로 하므로, 청산이 끝나도록 허가를 받지 못하거나 허가가 거부되면 결론이 달라질 수 있습니다.

2019년 이후 무엇이 바뀌었나요?

회신 당시 시행령은 잔여재산을 같거나 유사한 공익법인에 귀속시키면 된다고만 정했지만, 2019. 2. 12. 개정으로 유사한 공익법인은 주무부장관이 유사하다고 인정한 곳으로 좁혀졌습니다. 그래서 지금은 목적이 비슷한 다른 공익법인에 잔여재산을 넘길 때 주무부장관의 인정을 받아 두어야 증여세를 피할 수 있습니다.

잔여재산 귀속처 요건 비교

귀속처	회신 당시	현행
국가·지방자치단체	가능	가능
같은 목적 공익법인	가능	가능
유사한 공익법인	가능	주무부장관 인정 필요
그 밖의 곳	즉시 증여세	즉시 증여세

출처 - 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 제8항 제1호

조문 번호도 바뀌었습니다. 회신은 당시 법 제48조 제2항 제6호를 근거로 했고, 현행법에서는 같은 내용이 제48조 제2항 제8호의 위임에 따른 시행령 규정으로 운영됩니다. 목적사업이 같은 공익법인에 넘기는 경우는 주무부장관 인정 문구가 붙지 않으므로, 통합 재단의 정관상 목적사업이 해산 재단과 같은지를 먼저 비교해 두는 것이 좋습니다.

정관에 잔여재산 귀속처가 정해져 있으면 어떻게 되나요?

정관에 잔여재산을 받을 곳이 지정돼 있으면 해산한 법인의 재산은 그곳에 귀속되고, 이 경우 민법상 주무관청 허가 절차는 필요하지 않습니다. 다만 세법상으로는 그 귀속처가 국가·지방자치단체, 또는 같거나 주무부장관이 유사하다고 인정한 공익법인이어야 증여세가 나오지 않습니다. 정관 지정처가 이 범위를 벗어나면 정관대로 넘겨도 과세 문제가 생길 수 있습니다.

공익법인 해산·통합 잔여재산 대응 순서

정관 확인 - 해산 재단과 통합 재단의 정관에서 잔여재산 귀속 조항과 목적사업을 나란히 비교합니다.
허가·인정 신청 - 정관 지정이 없으면 주무관청에 처분 허가를, 목적이 비슷한 공익법인이면 주무부장관의 유사 인정을 신청합니다.
이전 기록 보관 - 허가가 늦어져 재산을 먼저 넘긴다면 허가 신청서, 지연 통보, 이전일을 함께 보관합니다.
청산종결 전 허가 - 청산종결 등기 전에 허가를 받도록 일정을 관리합니다. 허가 없이 청산이 끝나면 회신의 전제가 무너집니다.
불복 검토 - 잔여재산 이전을 이유로 증여세가 고지되면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 통합 재단의 목적사업이 해산 재단과 다르거나 주무관청이 둘 이상이면 정관과 허가 서류를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 공익법인 사후관리 증여세 부과처분에 대한 조세불복과 소송을 수행합니다.

실무상 착안점

재단을 통합할 때는 주무관청 허가가 나올 때까지 해산등기와 재산 이전을 모두 멈춰야 한다고 생각하는 경우가 많습니다. 하지만 국세청은 청산이 끝나기 전에 허가를 받으면 먼저 넘긴 재산에도 증여세를 매기지 않는다고 보았습니다.

그래서 날짜 기록이 중요합니다. 해산 의결일, 허가 신청일, 지연 통보일, 해산등기일, 재산 이전일, 허가일, 청산종결일을 한 줄로 정리해 두어야 허가가 청산종결 전에 나왔다는 점을 보여 줄 수 있습니다.

세무조사에서 잔여재산 이전을 목적 외 귀속으로 보면, 다툼은 결국 정관상 목적사업 비교표와 주무관청 허가서로 돌아옵니다. 2019년 개정 뒤에는 주무부장관의 유사 인정 문서가 있는지가 첫 질문이 되므로, 허가와 인정을 함께 받아 두는 편이 안전합니다.

— 허진영 변호사 · 세금

이 상황에서 자주 묻는 것

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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2026.10.08 기준으로 조문을 확인했습니다.