세금

과세·면세 겸업 사업자의 공통매입세액은 어떻게 나누나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

겸업 사업자의 매입세액은 먼저 실제 쓰임에 따라 과세분과 면세분으로 나눕니다. 어느 쪽인지 구분할 수 없는 공통매입세액만 면세공급가액 비율로 나눕니다. 면세 비율만큼은 공제되지 않고 나머지가 공제됩니다. 면세 비율이 5% 미만이거나 공통매입세액이 아주 적으면 나누지 않고 전액 공제하는 예외가 있습니다.

겸업 사업자의 매입세액은 먼저 실제 쓰임에 따라 과세분과 면세분으로 나눕니다. 어느 쪽인지 구분할 수 없는 공통매입세액만 면세공급가액 비율로 나눕니다. 면세 비율만큼은 공제되지 않고 나머지가 공제됩니다. 면세 비율이 5% 미만이거나 공통매입세액이 아주 적으면 나누지 않고 전액 공제하는 예외가 있습니다.

공통매입세액은 어떤 순서로 나누나요?

첫 단계는 실지귀속입니다. 매입 하나하나를 어느 사업에 썼는지 따지는 단계입니다. 과세사업에만 쓰는 매입은 전액 공제하고, 면세사업에만 쓰는 매입은 전액 불공제합니다. 예를 들어 병원과 건강기능식품 판매를 함께 하는 사업자라면, 판매용 상품 매입은 과세분, 진료용 의료기기 매입은 면세분입니다.

둘째 단계는 구분할 수 없는 공통매입세액의 안분입니다. 본사 사무실 임차료, 공용 전산 장비, 회계 용역비처럼 두 사업에 함께 쓰여 어느 쪽인지 나눌 수 없는 매입이 대상입니다. 실지귀속으로 나눌 수 있는데도 편의상 공통으로 묶어 안분하면, 과세 전용 매입의 일부를 스스로 포기하는 결과가 됩니다. 이 공통매입세액에 그 과세기간의 총공급가액 대비 면세공급가액 비율을 곱한 금액이 면세사업 관련 매입세액으로 불공제됩니다.

면세공급가액에는 면세사업 공급가액만 들어가는 것이 아닙니다. 면세사업과 관련해 받았으나 과세표준에 들어가지 않는 국고보조금·공공보조금 같은 금액도 포함됩니다. 보조금을 받는 면세사업이 있다면 그만큼 면세 비율이 높아집니다. 인원 수 등 다른 기준으로 나누는 경우는 시행규칙이 따로 정합니다.

계산은 어떻게 하나요?

과세기간 총공급가액 10억원 가운데 면세공급가액이 3억원이고, 공통매입세액이 2,000만원이라고 해 보겠습니다. 면세 비율은 30%이므로 면세사업 관련 매입세액은 600만원입니다. 이 600만원은 불공제하고 나머지 1,400만원만 매출세액에서 공제합니다.

예정신고 때는 예정신고기간의 비율을 씁니다. 1월부터 3월까지 면세 비율이 40%였다면 그 기간 공통매입세액에 40%를 적용합니다. 그리고 확정신고 때 6개월 전체 비율로 다시 계산해 예정신고 때 불공제한 금액과의 차이를 정산합니다. 정산 결과 공제액이 늘면 추가 공제, 줄면 그만큼 더 냅니다. 예를 들어 예정신고 때 40%를 불공제했는데 6개월 전체 비율이 30%였다고 해 보겠습니다. 그 차이 10%포인트만큼을 확정신고 때 추가로 공제받습니다. 정산은 6개월 전체 공통매입세액에 전체 비율을 곱한 뒤 예정신고 때 불공제한 금액을 빼는 방식입니다.

이 안분은 과세기간마다 반복됩니다. 상반기와 하반기의 면세 비율이 다르면 같은 성격의 공통매입이라도 공제율이 달라집니다. 면세 비율이 과세기간마다 달라지면 공제액도 달라집니다. 다만 감가상각자산은 나중에 면세 비율이 취득 때보다 5퍼센트 이상 바뀌면 이미 공제한 매입세액을 다시 계산합니다.

안분하지 않고 전액 공제받는 경우도 있나요?

네, 두 가지 경우는 공통매입세액 전액을 공제합니다. 첫째, 그 과세기간 총공급가액 가운데 면세공급가액이 5% 미만인 경우입니다. 다만 공통매입세액이 500만원 이상이면 이 예외가 적용되지 않습니다. 둘째, 그 과세기간 공통매입세액이 5만원 미만인 경우입니다.

예를 들어 면세 비율이 3%이고 공통매입세액이 400만원이면 전액 공제됩니다. 같은 3%라도 공통매입세액이 600만원이면 5% 미만 예외가 적용되지 않아 18만원을 불공제해야 합니다. 큰 설비를 산 과세기간에는 이 500만원 기준을 넘기 쉬우니 주의해야 합니다. 5만원 미만 예외는 과세기간 전체 공통매입세액 합계로 따지므로 실제로 적용되는 경우는 많지 않습니다.

면세 비율 5%를 따질 때도 국고보조금 등을 더한 면세공급가액으로 계산합니다. 보조금 때문에 5% 기준을 넘는 경우가 있으니 함께 확인해야 합니다.

아직 매출이 없거나 한쪽 매출만 있으면 어떻게 하나요?

과세사업이나 면세사업의 공급가액이 없어 비율을 구할 수 없는 경우에는 순서대로 다른 기준을 씁니다. 먼저 공통매입가액을 뺀 총매입가액 대비 면세사업 관련 매입가액 비율을 씁니다. 그것도 어렵다면 총예정공급가액 대비 면세 예정공급가액 비율, 그다음 총예정사용면적 대비 면세 예정사용면적 비율을 씁니다.

건물이나 구축물을 새로 짓거나 사서 과세·면세 예정 면적을 구분할 수 있다면 예정사용면적 비율을 가장 먼저 씁니다. 이후 실제 사용면적이 확정되는 과세기간에 다시 정산합니다. 그 사이 공급가액이 생기더라도 면적이 확정되기 전까지는 면적 기준을 계속 씁니다. 공사 중인 겸영 건물의 안분 쟁점은 「공사 중인 겸영 사업장 공통매입세액, 공급가액과 면적 중 무엇으로 나누나요?」에서 자세히 다룹니다.

공통매입세액 안분 대응 순서

• 실지귀속 구분 - 과세 전용, 면세 전용, 공통 매입을 계정별로 나눕니다.
• 면세공급가액 집계 - 면세 공급가액에 관련 보조금까지 더해 비율을 구합니다.
• 예외 확인 - 면세 비율 5% 미만, 공통매입세액 5만원 미만 예외를 확인합니다.
• 예정·확정 정산 - 예정신고 비율로 안분하고 확정신고 때 과세기간 전체 비율로 정산합니다.
• 신축 건물 면적 관리 - 예정 면적 기준을 썼다면 사용면적 확정 시점에 정산합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 실지귀속 구분과 면세공급가액 범위, 건물 면적 확정 시점에 따라 공제받을 매입세액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 겸영 사업자의 공통매입세액 안분 검토와 세무조사·경정청구 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공통매입세액 안분은 사업장별로 하나요?
  원칙적으로 사업장별로 그 과세기간의 공급가액 비율을 적용합니다. 전기통신사업자와 한국철도공사는 실지귀속이 어려운 재화·용역에 한해 전 사업장 기준으로 안분할 수 있습니다.
• 면세 비율이 매 과세기간 달라지면 예전 공제액도 고치나요?
  일반 매입은 해당 과세기간 비율로 끝납니다. 다만 감가상각자산은 면세 비율이 취득 때보다 5퍼센트 이상 바뀌면 이미 공제한 세액을 확정신고 때 다시 계산합니다.
• 국고보조금을 받으면 왜 면세 비율이 올라가나요?
  시행령이 그렇게 정하고 있기 때문입니다. 면세사업과 관련해 받았지만 과세표준에 들어가지 않는 국고보조금·공공보조금은 면세공급가액에 더해 비율을 계산합니다.
• 공통매입세액을 안분하지 않고 전액 공제했다가 적발되면 어떻게 되나요?
  면세분 매입세액을 과다공제한 것이 되어 추징과 함께 과소신고 가산세, 납부지연 가산세가 붙습니다. 빨리 수정신고하면 과소신고 가산세가 감면됩니다.
• 공통으로 쓰던 자산을 팔면 과세표준은 어떻게 하나요?
  과세·면세사업에 함께 쓰던 재화를 공급하면 과세표준을 따로 계산하는 규정이 있습니다. 직전 과세기간 공급가액 비율 등을 기준으로 과세분만 과세하는 방식입니다.
• 예정신고 때 안분을 빠뜨리면 확정신고 때 고치면 되나요?
  확정신고 때 과세기간 전체 비율로 정산하므로 결과적으로 바로잡힙니다. 다만 예정신고분 과소신고에 대한 가산세 문제는 남을 수 있으니 감면 규정을 함께 확인합니다.

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