법인세·소득세

해외 관계회사와의 거래가격이 정상가격이 아니라며 과세됐다면 소송에서 무엇을 다투나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

이전가격 과세는 과세관청이 비교 가능한 업체를 고르고 의미 있는 차이를 조정해 정상가격을 적법하게 산출했다는 점을 먼저 증명해야 합니다. 그 증명이 서면 회사 가격이 정상가격 범위 안이라는 점은 납세자가 보여야 합니다. 2011두6127, 2012두1747, 2024두54065 등 대법원 판례로 소송 쟁점을 정리했습니다.

해외 관계회사와의 거래가격이 업계 평균과 다르다는 사정만으로 이전가격 과세가 정당해지지는 않습니다. 대법원은 과세관청이 비교대상을 제대로 골랐는지, 의미 있는 차이를 조정했는지를 먼저 따지고, 그 관문을 넘은 뒤에야 납세자에게 반대 사정을 증명하라고 요구합니다.

이런 상담이 많습니다

A씨가 대표인 B사는 독일 모회사 그룹 계열사에서 산업용 센서를 수입해 국내 제조업체에 팝니다. 2025. 6. 지방국세청은 B사의 2021~2023 사업연도 영업이익률이 비교대상업체보다 낮다며 거래순이익률방법으로 정상가격을 다시 계산해 약 38억원을 익금에 산입하고, 이를 모회사에 대한 배당으로 소득처분했습니다. 비교대상업체 6곳 중 4곳은 생활용품 유통업체였습니다. 2026. 8. 조세심판원에서 청구가 기각되자, A씨는 법원에서 무엇을 다툴 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

정상가격이 맞다는 증명은 누가 하나요?

원칙적으로 과세관청입니다. 대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결은 과세관청이 납세자에게 요구해 모은 자료로 가장 합리적인 산출방법을 고르고, 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 차이는 합리적으로 조정해야 하며, 정상가격이 그 과정을 거쳐 적법하게 산출됐다는 점은 과세관청이 증명해야 한다고 했습니다. 유동화전문회사들이 국외 특수관계 법인에 지급한 유동화사채 이자를 국내 유동화증권 발행이자율과 비교한 사건인데, 발행형식·만기·신용보강·기초자산 등의 차이가 지나치게 커 그 조정이 합리적이지 않다는 원심 판단이 유지됐습니다. 비교대상에 독립 사업자 사이의 국내거래가 포함될 수 있다는 점도 같은 판결에서 밝혔습니다.

대법원 2025. 2. 20. 선고 2024두56436 판결도 같은 법리를 적용했습니다. 내국법인이 스위스 자회사 주식을 다른 스위스 자회사에 현물출자하자, 세무서는 출자주식의 장부가액 약 756억원을 정상가격으로 보고 차액 약 198억원을 익금에 산입했습니다. 법원은 그 금액이 취득 당시 대가를 환산한 취득원가에 불과해 거래의 실질과 관행에 비추어 합리적인 방법으로 산출한 가격이 아니라고 보았습니다.

비교대상업체가 우리 회사와 다르면 과세가 취소되나요?

차이가 본질적이고 이익률에 큰 영향을 준다면 그렇습니다. 대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결에서 미국 모회사가 전액 출자한 국내 다단계판매회사는 매출 절반 이상이 건강보조식품이었는데, 비교대상업체 4곳 중 3곳은 의류나 화장품을 일반 도·소매로 파는 회사였고 나머지 1곳은 환율 변동의 영향을 거의 받지 않았습니다. 대법원은 상품이나 거래단계의 차이가 현저해 위험·자산 등 다른 요소의 차이를 낳고 그것이 영업이익률에 중대한 영향을 미친다면, 합리적 조정 없이 산출한 가격은 적법한 정상가격이 아니라고 보아 이전가격 과세 부분을 취소한 원심을 유지했습니다.

국제조세조정법 시행 전 사건인 대법원 2001. 10. 23. 선고 99두3423 판결도 영화 배급회사가 국외 특수관계 회사에 지급한 영화 사용료에 대해, 비교 가능한 홍콩 배급사의 사용료율에 영화의 흥행 수준과 사용료 지급방식(흥행 연동인지 정액인지)이 크게 다른 국내 배급사의 사용료율을 섞어 산술평균한 것은 위법하다는 원심을 유지했습니다. 반면 비디오 사용료는 시장조건 차이를 조정하는 합리적 방법으로 보았습니다.

차이를 조정하지 않았다는 것만으로 과세가 틀린 것인가요?

그렇지는 않습니다. 대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두1747, 1754 판결에서 홍콩 본점 외국법인의 국내지점은 계열사 등에서 액체 화학제품을 사서 국내기업에 팔았고, 신고상 영업이익률은 -3.3%, -1.5%였습니다. 과세관청은 기초 화학제품 수입·판매업체 7곳을 비교대상으로 삼고 운전자본 등을 조정했습니다. 원심은 품목이 다르다며 처분을 취소했지만, 대법원은 거래순이익률방법은 품목이나 기능 차이의 영향이 적으므로 유사한 업체를 고르고 최선의 노력으로 확보한 자료로 합리적으로 산출했다면 품목·거래단계 차이를 따로 조정하지 않았다는 이유만으로 틀렸다고 단정할 수 없다며 파기했습니다.

대법원 2025. 10. 16. 선고 2024두54065 판결도 같은 기준으로 원심을 파기했습니다. 네덜란드 그룹의 국내 자회사가 의료장비를 수입해 판 사안에서 원심은 과세관청이 유지보수서비스 지원 거래를 따로 특정하지 않았다며 처분을 취소했지만, 대법원은 그런 별도 거래가 있었다고 보기 어렵고 해외 의료기기의 국내 독점판매권을 갖고 유상 유지보수로 수익을 내는 업체들을 비교대상으로 고른 것은 합리적 산출로 볼 여지가 충분하다고 했습니다. 같은 사건의 소형가전 부문은 판매 기능이 제한된 회사를 완전판매업체와 비교한 것이 위법하다는 원심 결론을 수긍했습니다.

납세자는 무엇을 증명해야 하나요?

과세관청이 합리적으로 정상가격을 산출했다면 그다음은 납세자 몫입니다. 99두3423 판결과 2012두1747 판결은 비교 가능한 독립 사업자 사이의 거래가격이 믿을 만한 수치로 여러 개 있어 정상가격 범위를 이루고, 회사 가격이 그 범위 안에 있다는 점은 납세자가 증명할 필요가 있다고 했습니다. 납세자에게 국제거래명세서 제출, 정상가격 산출방법 신고, 자료 비치 의무가 있으므로 과세관청이 그 범위를 스스로 찾아야 하는 것은 아니라는 이유입니다.

현행법은 자료 제출을 더 무겁게 다룹니다. 과세당국의 자료 제출 요구를 받으면 60일 안에 내야 하고, 부득이한 사유 없이 내지 않았다가 불복이나 상호합의 단계에서 내면 과세자료로 쓰지 않을 수 있습니다. 요구받은 정상가격 산출 자료를 내지 않으면 과세당국이 유사 사업자 자료 등으로 정상가격을 추정할 수도 있습니다.

정상가격을 찾기 어려운 거래는 어떻게 과세되나요?

이전가격 규정으로 풀기 어려운 거래는 법인세법의 부당행위계산 부인으로 다뤄질 수 있습니다. 대법원 2015. 11. 26. 선고 2014두335 판결은 내국법인이 국외 특수관계자와 함께 파생상품에 근거한 권리를 갖고 있다가 자기 몫을 행사하지 않고 상대방이 전부 행사하게 한 것을 자산의 무상이전에 준하는 부당행위계산 부인 대상으로 보았습니다. 경영권 이전이 따르는 주식거래의 가격은 주식 일부만 넘기는 거래의 정상가격으로 보기 어렵다고도 했습니다. 현행법은 상업적으로 합리적이지 않은 국제거래를 경제적 실질에 따라 없는 것으로 보거나 재구성할 수 있게 합니다. 조세피난처 법인을 이용한 소득 유보는 「해외 법인에 남겨 둔 이익이 배당으로 간주돼 과세됐다면 어떻게 다투나요?」에서 다룹니다.

이전가격 과세처분 소송 대응 순서

• 산출 구조 특정 - 세무조사결과통지서와 결정서에서 산출방법, 비교대상업체, 조정 항목을 표로 정리합니다.
• 비교가능성 반박 - 제품, 거래단계, 부담 위험, 환율 노출의 차이와 그 차이가 이익률에 미친 영향을 자료로 보입니다.
• 정상가격 범위 준비 - 독립 사업자 거래로 범위를 구성하고 회사 가격이 그 안에 있는지 계산합니다.
• 소득처분 함께 검토 - 국외특수관계인에 대한 배당처분과 그에 따른 원천징수 문제를 같이 다룹니다.
• 상호합의 병행 판단 - 법원 확정판결이 있으면 상호합의절차 개시가 제한될 수 있어 순서와 기한을 미리 정합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 비교대상업체가 어떤 기능과 위험을 가졌는지, 조사 단계에서 어떤 자료를 냈는지에 따라 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 이전가격 과세처분에 대한 심판청구와 취소소송 대리를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 이전가격 소송에서 정상가격은 누가 증명하나요?
  원칙적으로 과세관청입니다. 대법원 2011두6127 판결은 합리적인 산출방법을 고르고 중대한 차이를 조정해 정상가격을 적법하게 산출했다는 점을 과세관청이 증명해야 한다고 했습니다. 2024두56436 판결도 같은 법리로 처분을 취소한 원심을 유지했습니다.
• 비교대상업체가 우리와 업종이 다르면 과세가 취소되나요?
  차이가 본질적이고 영업이익률에 중대한 영향을 준다면 합리적 조정 없이는 적법한 정상가격이 아닙니다. 2012두23341 판결은 다단계 건강보조식품 판매회사를 일반 의류·화장품 유통업체와 비교한 과세를 취소한 원심을 유지했습니다.
• 과세관청이 품목 차이를 조정하지 않았다면 이길 수 있나요?
  그것만으로는 어렵습니다. 2012두1747 판결은 거래순이익률방법에서는 품목·거래단계 차이의 영향이 적어, 유사 업체를 골라 합리적으로 산출했다면 별도 조정이 없다는 이유만으로 틀렸다고 단정할 수 없다고 했습니다.
• 회사 가격이 정상가격 범위 안이라는 것은 누가 보여야 하나요?
  과세관청이 최선의 노력으로 확보한 자료로 합리적으로 산정했다면 납세자에게 증명의 필요가 넘어옵니다. 믿을 만한 독립 거래가격이 여러 개 있어 범위를 이루고 회사 가격이 그 안에 있다는 점을 보여야 합니다.
• 조사 때 못 낸 자료를 소송에서 내면 되나요?
  불리할 수 있습니다. 자료 제출 요구를 받으면 60일 안에 내야 하고, 부득이한 사유 없이 내지 않았다가 불복이나 상호합의 단계에서 내면 과세자료로 쓰지 않을 수 있습니다. 조사 단계에서 제출 여부를 정해야 합니다.
• 심판청구가 기각되면 언제까지 소송을 내야 하나요?
  결정의 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 내야 하고 이 기간은 불변기간입니다. 외국 과세와 이중과세가 문제되면 과세 사실을 안 날부터 3년 안에 상호합의절차를 신청할 수 있으나, 확정판결이 있으면 개시가 제한될 수 있습니다.
• 익금산입된 이전가격 조정액은 소득처분도 되나요?
  국외특수관계인으로부터 반환된 것이 확인되지 않으면 그 금액은 국외특수관계인에 대한 배당으로 처분하거나 출자로 조정합니다. 처분 내용에 따라 원천징수 문제가 생기므로 법인세 다툼과 함께 검토해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 해외 판매법인과 연말에 이전가격을 정산하면 세법상 손익으로 인정되나요?
• 해외 법인에 남겨 둔 이익이 배당으로 간주돼 과세됐다면 어떻게 다투나요?
• 조세소송과 조세 형사사건, 대법원은 쟁점마다 무엇을 기준으로 판단하나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기