부가가치세

구매확인서 받기 전에 영세율 세금계산서를 끊으면 가산세가 붙나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 구매확인서가 공급시기가 속한 과세기간이 끝난 뒤 25일 안에 발급된다면 그 전에 발급한 영세율 세금계산서에는 세금계산서 기재불성실가산세가 붙지 않습니다. 나머지 기재사항과 구매확인서로 거래사실이 확인되면 사실과 다른 세금계산서로 보지 않는다는 시행령 규정과 조세심판원 결정이 근거입니다. 지금 구매확인서 발급일이 기한 안인지부터 확인해 보십시오.

공급할 때 10% 세금계산서를 먼저 발급했다가 구매확인서를 받은 뒤 음의 표시 세금계산서와 0% 세금계산서를 다시 발급하는 절차를 꼭 거쳐야 하는 것은 아닙니다.

이런 상담이 많습니다

기계 제조업체 B사는 2025년 9월 30일 수출업체에 기계를 공급하면서 같은 날 영세율 전자세금계산서를 발급해 국세청에 전송했습니다. 수출업체가 신청한 구매확인서는 2025년 10월 17일에 발급되었고, B사는 그 영세율 세금계산서로 2025년 제2기 예정신고 때 조기환급을 신청했습니다. 그런데 세무서 담당자가 공급 당시에는 구매확인서가 없었으니 세금계산서 기재사항이 사실과 다르다며 가산세 이야기를 꺼내 상담을 요청했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

구매확인서 없이 영세율 세금계산서를 먼저 끊어도 되나요?

네, 구매확인서가 공급시기가 속한 과세기간이 끝난 뒤 25일 안에 실제로 발급된다면 공급시기에 발급한 영세율 세금계산서는 그대로 효력이 있고 세금계산서 기재불성실가산세 대상이 되지 않습니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법」은 구매확인서에 의해 공급하는 재화를 수출로 보아 영세율을 적용합니다.

영세율의 근거가 되는 구매확인서는 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 25일 안에 발급된 것이면 됩니다. 그날이 공휴일이나 토요일이면 바로 다음 영업일까지 늘어납니다. 공급하는 날 구매확인서가 손에 있어야 한다는 요건은 없습니다.

다만 이 방식은 구매확인서가 반드시 나온다는 전제에서만 안전합니다. 수출업체의 신청이 늦어지거나 거래가 바뀌면 이미 발급한 영세율 세금계산서가 근거를 잃습니다.

왜 기재불성실가산세를 적용하지 않나요?

세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오나 과실로 사실과 다르게 적혔더라도 나머지 기재사항으로 거래사실이 확인되면 사실과 다른 세금계산서로 보지 않기 때문입니다. 영세율 세금계산서에서 문제가 될 수 있는 기재사항은 부가가치세액 하나이고, 공급자·공급받는 자·공급가액·작성일은 모두 실제와 같습니다.

여기에 기한 안에 발급된 구매확인서가 더해지면 그 거래는 처음부터 영세율 대상 거래였던 것이 확인됩니다. 결과적으로 공급 당시 발급한 영세율 세금계산서는 거래사실과 일치하는 세금계산서가 되므로, 공급가액의 1퍼센트인 기재불성실가산세를 적용할 이유가 없습니다.

구매확인서가 나중에 발급되는 경우 원래는 10% 세금계산서를 발급했다가 수정세금계산서로 바꾸는 절차가 예정되어 있습니다. 처음부터 영세율로 발급한 것은 그 중간 절차를 생략한 것일 뿐 최종적으로 발급해야 할 세금계산서와 내용이 같습니다.

조세심판원은 이런 영세율 세금계산서를 어떻게 판단했나요?

조세심판원은 구매확인서 발급 전에 거래시기에 맞춰 영세율 세금계산서를 발급한 것은 일부 절차를 생략한 것에 불과하고, 그 세금계산서가 수정세금계산서의 역할을 한 것으로 볼 수 있다며 기재불성실가산세 부과를 잘못이라고 결정했습니다(조심2013중2318, 2013. 8. 19.). 이 사건에서 납세자는 가산세를 수정신고로 먼저 냈다가 경정청구로 돌려받는 길을 택했습니다.

이 결정은 구매확인서가 영세율 요건 기한 안에 발급된 사실관계를 전제로 합니다. 발급일이 기한을 넘겼다면 같은 결론을 기대하기 어렵습니다.

구매확인서가 끝내 25일 안에 나오지 않으면 어떻게 되나요?

구매확인서가 공급시기가 속한 과세기간 종료 후 25일이 지나도록 발급되지 않으면 그 거래는 영세율 대상이 아니므로 10% 세율로 다시 계산해야 합니다. 이때는 이미 발급한 영세율 세금계산서의 세율이 사실과 다르게 된 것이므로, 세율을 잘못 적용한 경우의 수정세금계산서를 발급하고 신고 내용을 고칩니다.

조기환급까지 받았다면 환급세액이 줄어드는 만큼 수정신고로 정리합니다. 세무조사 통지나 해명안내를 받은 뒤에는 착오를 이유로 한 수정발급이 제한되므로, 구매확인서가 나오지 않을 것 같으면 그 전에 처리하는 편이 낫습니다.

기재불성실가산세를 고지받았다면 어떻게 다투나요?

구매확인서가 기한 안에 발급됐는데도 기재불성실가산세가 고지됐다면 과세전적부심사나 심판청구로 다툴 수 있고, 이미 수정신고로 가산세를 냈다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구로 돌려받는 방법이 있습니다. 위 심판원 사건도 수정신고 납부 뒤 경정청구를 거친 경우였습니다.

다툴 때는 세금계산서 작성일·전송일, 구매확인서 발급일, 조기환급 신고서를 날짜 순으로 정리해 제출합니다. 이의신청은 필요할 때만 거치는 선택 절차입니다.

구매확인서 전 영세율 세금계산서 대응 순서

• 구매확인서 발급 일정 확인 - 수출업체가 구매확인서를 언제 신청해 언제 받을지 공급 전에 확인합니다. 과세기간 종료 후 25일이 마지막 기한입니다.
• 세금계산서 발급 - 일정이 확실하면 공급시기에 영세율 세금계산서를 발급하고, 불확실하면 10% 세금계산서를 발급했다가 구매확인서를 받은 뒤 수정발급합니다.
• 증빙 묶음 보관 - 세금계산서, 구매확인서, 계약서, 대금 입금 내역을 거래별로 묶어 둡니다.
• 조기환급 신청 - 영세율 조기환급을 신청할 때 구매확인서 발급일이 기한 안인지 다시 확인합니다.
• 가산세 지적 시 대응 - 기재불성실가산세가 지적되면 시행령 제108조 제3항과 심판원 결정을 근거로 과세전적부심사, 심판청구, 경정청구 중 단계에 맞는 절차를 고릅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 구매확인서 발급일과 공급시기, 신고 내용은 거래마다 다르므로 세금계산서와 구매확인서 원본을 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 세금계산서 관련 부가가치세 과세처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 구매확인서 25일 기한이 공휴일이면요?
  공급시기가 속한 과세기간이 끝난 뒤 25일이 되는 날이 공휴일이나 토요일이면 바로 다음 영업일까지 발급된 구매확인서도 영세율 근거로 인정됩니다. 연말 연휴가 끼면 날짜를 달력으로 다시 확인해 둡니다.
• 같은 과세기간 안에 구매확인서가 나오면요?
  공급일 뒤 같은 과세기간 안에 구매확인서가 발급되었다면 25일 기한보다도 앞선 것이므로 영세율 요건에 문제가 없습니다. 공급 당시 발급한 영세율 세금계산서를 그대로 두고 신고하면 됩니다.
• 조기환급을 받았는데 문제가 되나요?
  구매확인서가 기한 안에 발급되었다면 영세율 세금계산서에 따른 조기환급도 정상입니다. 다만 환급 심사 과정에서 구매확인서 발급일을 묻는 경우가 많으므로 발급 내역을 바로 낼 수 있게 준비해 둡니다.
• 가산세를 이미 냈다면 돌려받을 수 있나요?
  수정신고로 기재불성실가산세를 냈다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서가 거부하면 그 거부처분에 대해 심판청구로 다툴 수 있고, 실제로 그렇게 가산세를 돌려받은 심판 사례가 있습니다.
• 구매확인서가 안 나오면 언제 고쳐야 하나요?
  기한 안에 구매확인서가 나오지 않을 것이 분명해지면 세율을 잘못 적용한 수정세금계산서를 발급하고 신고를 고칩니다. 세무조사 통지나 해명안내를 받은 뒤에는 수정발급이 제한되므로 그 전에 처리합니다.
• 공급받는 수출업체도 문제가 되나요?
  공급받는 쪽은 영세율 세금계산서를 받아 매입세액이 0원이므로 공제받을 세액이 없습니다. 구매확인서가 끝내 발급되지 않아 10%로 고쳐지면 그때 받은 수정세금계산서로 매입세액을 공제받습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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