취득세·보유세

차명주식을 실명으로 돌리거나 판결로 되찾으면 과점주주 취득세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

처음부터 실제 주인이었다면 원칙적으로 나오지 않습니다. 대법원은 98두7619 판결부터 실질주주의 명의 회복은 주식 취득이 아니라고 보았고, 조정으로 되찾은 경우(2014두10943)에도 같은 기준에 따른 원심을 유지했고, 이미 과점주주였던 경우의 지분 증가(2018두49376)도 실질 기준으로 판단했습니다. 다만 같은 논리로 차명분까지 합해 회사 체납세금의 제2차 납세의무를 질 수 있습니다.

남의 이름으로 올려 둔 주식을 실명으로 돌리거나 소송으로 되찾았다고 해서 모두 과점주주 취득세가 나오는 것은 아닙니다. 대법원은 1999년 판결 이후 여러 판결에서 실제 주인이 명의를 되찾은 것은 주식을 새로 취득한 것이 아니라는 태도를 이어 왔습니다. 결론을 가르는 것은 명의를 바꾼 방법이 아니라, 처음부터 그 주식의 주주권을 실제로 행사한 사람이 누구였는지 증명할 수 있느냐입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2010년 물류회사를 세우면서 자본금 2억원을 혼자 냈지만, 주주명부에는 A씨 40%, 직원 B씨 35%, 지인 C씨 25%로 올렸습니다. B씨가 2023년 퇴사하면서 자기 주식이라고 주장하자 A씨는 주주권 확인 소송을 냈고, 2025. 11. 승소 판결이 확정되었습니다. C씨 명의 주식은 소송 중 조정으로 A씨 소유임을 확인받았습니다. A씨가 2026. 2. 두 사람 명의 주식을 자기 앞으로 명의개서하자, 2026. 9. 구청은 A씨가 처음으로 발행주식 전부를 가진 과점주주가 되었다며 회사 공장 토지·건물 장부가액 전체에 대한 취득세를 고지했습니다. A씨는 판결과 조정으로 되찾은 것도 주식을 산 것으로 보는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

차명주식을 실명으로 돌리면 왜 주식 취득이 아닌가요?

대법원 1999. 12. 28. 선고 98두7619 판결이 출발점입니다. 원고들은 1989년 회사를 세우며 주금을 모두 냈지만 발기인 7명이 필요해 주식 상당 부분을 지인 명의로 올렸고, 세 차례 증자 때도 주금을 전부 내면서 30% 안팎만 자기 이름으로 두었습니다. 기업공개를 앞둔 1995년 차명 주식 120,450주를 원고 명의로 바꾸자 시청이 과점주주 취득세를 매겼습니다. 대법원은 명의자는 명의상 주주에 불과하고, 실질주주가 주주명부상 명의를 회복한 것은 주주로부터 주식을 취득한 경우가 아니라며 부과를 취소한 원심을 유지했습니다(상고기각).

이 판결은 부동산과의 차이도 짚었습니다. 부동산 명의신탁을 해지하고 소유권을 넘겨받는 것은 취득세 과세대상이지만, 과점주주 규정의 주식 취득은 그 자체가 취득세 과세대상이 아니어서 같은 선에서 볼 수 없다는 것입니다. 당시 구 지방세법(1997. 8. 30. 개정되기 전의 것) 제105조 제6항은 「주주로부터」 취득한 경우만 정했고, 현행 지방세법 제7조 제5항은 주식을 취득해 과점주주가 된 때로 넓혔지만 법원은 그 뒤에도 같은 논리를 씁니다.

판결이나 조정으로 되찾은 주식도 명의 회복으로 보나요?

볼 수 있습니다. 다만 판결문이나 조정조서가 있다는 것만으로 결론이 나지는 않습니다. 대법원 2017. 6. 15. 선고 2014두10943 판결 사안에서 망인은 2001년 회사 설립 자금 10억원을 동업자에게 보내 주금으로 납입하게 했는데, 주식은 망인과 동업자에게 90만 주씩, 동업자 측근에게 20만 주가 배정되었습니다. 분쟁 끝에 2009. 6. 16. 설립 당시 주식 200만 주가 모두 망인 소유임을 확인하는 조정에 갈음하는 결정이 확정되어 명의를 바꾸자, 과세관청은 110만 주를 새로 취득해 과점주주가 되었다며 취득세 약 6억 7,680만원을 매겼습니다.

제1심은 조정 결정은 당사자 사이의 이해 조절을 우선하므로 그 이유에 적힌 사실의 증명력은 제한적이라며 과세를 유지했습니다. 항소심은 인수대금 10억원을 실제로 낸 사람이 망인뿐이고 명의자들도 망인 소유를 인정했다는 사정을 들어 처분을 취소했고, 대법원은 이를 사실인정의 문제로 보아 과세관청의 상고를 기각했습니다. 판결·조정은 출발점일 뿐이고, 설립 당시 누가 돈을 냈는지를 별도 증거로 보여 주어야 합니다.

이미 과점주주였다면 명의를 되찾아도 지분이 늘어난 것인가요?

아닙니다. 대법원 2018. 11. 9. 선고 2018두49376 판결에서 대표이사인 원고는 설립과 증자 때 인수한 11,400주를 직원 명의로 두었다가 2015. 12. 30. 자기 앞으로 명의개서했습니다. 구청은 원고 지분이 40%에서 59%로, 특수관계인을 합한 지분이 81%에서 96.97%로 늘었다며 증가분 15.97%에 대한 취득세를 부과했고, 원심은 이를 적법하다고 했습니다. 대법원은 과점주주인지와 주식 비율이 늘었는지 모두 주주명부상 명의가 아니라 주주권을 실질적으로 행사하는 주식을 기준으로 판단해야 한다며 원심을 파기했습니다. 직원이 주주총회에 나오는 등 주주권을 행사한 증거가 전혀 없었으므로 명의개서 전후 원고의 비율은 같다는 것입니다.

대법원이 원심이 근거로 든 대법원 2017. 3. 23. 선고 2015다248342 전원합의체 판결을 이 사건 쟁점과 직접 관련이 없다고 본 점도 중요합니다. 그 전원합의체 판결은 회사가 누구를 주주로 대할지에 관한 법리이기 때문으로 볼 수 있습니다. 당시 구 지방세법 시행령(2015. 12. 31. 개정되기 전의 것) 제11조 제2항은 증가 전 5년 안의 최고비율과 비교했으나, 현행 조항은 5년 제한 없이 이전에 가졌던 최고비율과 비교합니다.

차명주식 때문에 오히려 회사 세금을 떠안을 수도 있나요?

그렇습니다. 실질주주라는 주장은 다른 장면에서 불리하게 돌아올 수 있습니다. 대법원 2003. 9. 26. 선고 2002두4723 판결에서 원고는 1991년 회사를 세우며 지분 60%를 출자했지만 주주 7명을 갖추려고 6%는 처, 1%는 다른 4명 명의로 두었습니다. 회사가 국세를 내지 못하자 세무서는 원고에게 제2차 납세의무를 지웠습니다. 대법원은 과점주주 중 주식을 가장 많이 소유한 자인지는 형식 기준과 함께 51% 이상 주식의 권리를 실질적으로 행사하는지로 판단한다며, 처 명의분을 포함한 51%의 실질 소유자로서 대표이사 선임과 주식 양도로 권리를 행사했다고 본 원심을 유지했습니다(상고기각).

차명 지분을 넘기기로 계약만 해 둔 경우도 마찬가지입니다. 대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두8418 판결에서 원고는 회사 주식 51%를 사서 일부를 처와 동생들 이름으로 두었고, 경영 분쟁 끝에 이 주식 전부를 주식을 팔았던 사람에게 되팔기로 계약했지만 대금은 일부만 받고 명의변경 서류는 넘기지 않았습니다. 대법원은 그 정도로는 주주 지위를 실질적으로 잃었다고 보기 어렵고, 과점주주의 권리 행사는 현실적인 행사가 아니라 납세의무 성립일에 주주권을 행사할 수 있는 지위면 충분하다고 보았습니다. 그래서 차명분까지 합한 비율로 원고에게, 배우자인 처에게는 자기 명의 비율로 제2차 납세의무를 인정한 원심을 유지했습니다(상고기각).

당시 구 국세기본법(1998. 12. 28. 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제2호는 51% 이상 과점주주 중 가장 많이 소유한 자 등에게 책임을 지웠고, 현행 국세기본법 제39조 제2호는 50% 초과 지분으로 경영에 지배적 영향력을 행사하는 자에게, 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수 비율만큼 책임을 지웁니다. 명의 회복으로 취득세를 피하는 논리가 체납 회사의 제2차 납세의무에서는 그대로 책임의 근거가 됩니다.

과점주주 취득세 대응 순서

• 고지서 확인 - 구청이 최초 과점주주로 봤는지, 지분 증가분으로 봤는지와 적용한 비율을 확인합니다.
• 설립 당시 자금 추적 - 주금 납입 계좌와 증자 대금 출처를 정리해 처음부터 실질주주였음을 보입니다.
• 주주권 행사 기록 - 의결권 행사, 배당 수령, 명의자의 경영 관여 여부를 정리합니다.
• 판결·조정 보완 - 판결문이나 조정조서만 내지 말고 그 바탕이 된 증거를 함께 제출합니다.
• 연관 세금 점검 - 같은 증거가 명의신탁 증여세나 회사 체납세금의 제2차 납세의무로 이어지는지 함께 검토합니다.
• 불복 청구 - 고지를 받은 날부터 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 설립 당시 누가 주금을 냈는지, 명의자가 주주권을 행사한 적이 있는지에 따라 결론이 달라집니다. 같은 판례를 직원 명의 환원 사례에 맞춰 풀어 쓴 내용은 「직원 이름으로 둔 주식을 되돌렸더니 구청이 과점주주 취득세를 매겼다면요?」에서, 명의를 빌려준 쪽의 다툼은 「이름만 빌려준 주식 때문에 과점주주 취득세 고지서를 받았다면 다툴 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다. 과점주주 판례 전체 흐름은 「과점주주 제2차 납세의무·간주취득세, 차명주식 판례는 어떻게 판단하나요?」에 정리했습니다. 법무법인 윤성은 과점주주 취득세 이의신청·심판청구와 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 차명주식을 실명으로 돌렸는데 과점주주 취득세 대상인가요?
  처음부터 주금을 내고 주주권을 행사한 실제 주인이라면 원칙적으로 대상이 아닙니다. 대법원 1999. 12. 28. 선고 98두7619 판결은 실질주주가 주주명부상 명의를 회복한 것은 주주로부터 주식을 취득한 것이 아니라고 보았습니다.
• 부동산 명의신탁 해지는 취득세가 나오는데 주식은 왜 다른가요?
  과점주주 규정의 주식 취득은 그 자체가 취득세 과세대상이 아니라 법인 재산을 취득한 것으로 보는 요건이기 때문입니다. 98두7619 판결은 부동산 명의신탁 해지와 같은 선에서 볼 수 없다고 했습니다.
• 조정으로 주식을 되찾았는데 구청이 새로 취득했다고 합니다.
  조정이나 판결만으로 결론이 나지는 않습니다. 대법원 2017. 6. 15. 선고 2014두10943 판결 사안은 설립 자금 전부를 실제로 낸 사람이 누구인지 증거로 확인되어 명의 회복으로 인정되었고, 제1심은 조정 결정만으로는 부족하다고 보았습니다.
• 이미 과점주주인데 직원 명의 주식을 되찾으면 증가분 취득세가 나오나요?
  직원이 주주권을 행사한 적이 없다면 실질 비율은 그대로여서 증가분이 없습니다. 대법원 2018. 11. 9. 선고 2018두49376 판결은 비율 증가도 주주권을 실질적으로 행사하는 주식을 기준으로 판단해야 한다고 했습니다.
• 2017년 전원합의체 판결 뒤로 명의자가 주주라서 과세된다는데 맞나요?
  2018두49376 판결은 원심이 근거로 든 2015다248342 전원합의체 판결이 과점주주 취득세 쟁점과 직접 관련이 없다고 보았습니다. 그 판결은 회사와 주주 사이의 법리입니다. 세법에서는 여전히 실질 기준으로 판단합니다.
• 배우자 이름으로 둔 주식 때문에 회사 체납세금을 내라고 할 수 있나요?
  실질적으로 권리를 행사한 주식으로 보면 그럴 수 있습니다. 대법원 2003. 9. 26. 선고 2002두4723 판결은 처 명의로 둔 주식까지 원고의 실질 소유로 보아 제2차 납세의무를 인정했습니다.
• 차명주식을 팔기로 계약만 했는데도 회사 체납세금의 제2차 납세의무를 지나요?
  대금 일부만 받고 명의변경 서류를 넘기지 않았다면 질 수 있습니다. 대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두8418 판결은 그 정도로는 주주 지위를 잃었다고 보기 어렵고, 납세의무 성립일에 주주권을 행사할 수 있는 지위면 차명분까지 합해 과점주주로 본다고 했습니다.
• 과점주주 취득세 고지는 언제까지 다퉈야 하나요?
  고지를 받은 날부터 90일 안에 시·도지사에게 이의신청을 하거나 조세심판원에 심판청구를 해야 합니다. 이의신청을 먼저 거쳤다면 그 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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• 제2차 납세의무 고지를 받은 차명 주주, 이름만 빌려줬다는 건 누가 증명하나요?

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