취득세·보유세

직원 이름으로 둔 주식을 되돌렸더니 구청이 과점주주 취득세를 매겼다면요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

직원 명의 차명주식을 실제 주인 이름으로 되돌린 것은 다른 주주에게서 주식을 새로 산 것이 아니어서, 설립 때부터 실제로 지배했다면 과점주주 취득세를 다툴 수 있습니다. 과점주주인지는 주주명부가 아니라 주주권을 실제로 행사했는지로 판단하지만, 명의신탁이었다는 사실은 납세자가 객관적 자료로 증명해야 합니다. 지금은 설립 때 주금을 낸 계좌와 배당금이 들어간 계좌부터 확인해야 합니다.

명의신탁해지약정서를 처음 명의를 빌린 날짜로 거슬러 올라가 새로 만들 필요는 없습니다. 날짜를 소급해 쓴 계약서는 오히려 믿기 어려운 자료로 취급되므로, 실제로 작성한 날짜를 적고 그때까지의 사정은 금융자료로 보여 주는 편이 낫습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2007년 식품 제조회사를 세우면서 자본금 1억 원을 모두 혼자 냈습니다. 설립을 맡은 법무사가 지분을 한 사람에게 몰면 나중에 세금 부담이 생길 수 있다고 해서, 주주명부에는 A씨 45%, 공장장 B씨 30%, 거래처 지인 C씨 25%로 올렸습니다. B씨와 C씨는 배당을 받거나 주주총회에 나온 적이 없습니다. 2025년 A씨가 두 사람과 명의신탁해지약정서를 쓰고 주식을 모두 자기 명의로 바꾸자, 2026년 여름 구청이 A씨가 최초로 과점주주가 되었다며 회사 공장 토지·건물 장부가액에 대한 취득세를 고지했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

차명주식을 되돌린 것도 주식을 새로 취득한 것인가요?

남의 이름을 빌려 주식을 사들이고 주주권을 실제로 행사해 오다가 명의를 자기 앞으로 되돌린 것은 다른 주주로부터 주식을 취득한 것으로 보지 않습니다. 대법원 2000. 2. 22. 선고 99두10872 판결(파기환송)은 다른 사람 명의로 주식을 사서 주주권을 행사해 오다 명의를 바꾼 사안에서, 명의신탁 해지로 명의를 되돌린 날을 취득일로 본 원심을 파기했습니다. 2026. 10. 8. 기준 현행 「지방세법」도 주식을 취득해 과점주주가 되면 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보되, 법인 설립 때 발행한 주식을 취득해 과점주주가 된 경우는 취득으로 보지 않습니다.

과점주주인지는 주주명부로 판단하나요?

아니요, 과점주주인지는 주주명부상 명의가 아니라 의결권 등 주주권을 실제로 행사해 회사 운영을 지배하는지를 기준으로 판단합니다. 대법원 2019. 3. 28. 선고 2015두3591 판결도 주주명부에 과점주주에 해당하는 주식을 취득한 것으로 적혀 있더라도 그 주식의 권리를 실질적으로 행사해 법인 운영을 지배할 수 없었다면 간주취득세를 낼 의무가 없다고 했습니다. 그래서 설립 때부터 자본금 전부를 내고 주주권을 혼자 행사했다면, 설립 당시부터 이미 과점주주였고 명의를 되돌려도 지배하는 주식 비율은 그대로입니다. 광주지방법원 2022. 4. 21. 선고 2021구단10760 판결(확정)은 직원들이 출자도 배당도 받지 않았고 설립을 맡은 법무사가 과점주주 세금 때문에 지분을 나누라고 조언했다고 증언한 사안에서, 환원 전후로 대표의 실질 지분 비율에 변동이 없다며 취득세 부과를 취소했습니다.

수원지방법원 2018. 3. 20. 선고 2017구합68623 판결(확정)도 대표 계좌에서 주식 인수대금이 나갔고 직원 명의자는 의결권을 행사한 적이 없으며, 주주권확인 판결과 명의자의 확인서가 있다는 점을 들어 지분 증가분 취득세를 취소했습니다.

예전보다 지분이 늘지 않았다면 취득세가 없나요?

이미 과점주주였던 사람의 지분이 늘어난 경우에는 늘어난 부분만 취득으로 보고, 늘어난 뒤의 비율이 이전에 가장 높았던 비율보다 높지 않으면 취득세를 부과하지 않습니다. 광주지방법원 2021. 10. 27. 선고 2019구단10781 판결(확정)은 분할로 생긴 회사의 주식 100%를 처음부터 실질적으로 가진 대표가 명의를 되돌려 받은 뒤의 비율이 96.63%로 오히려 줄었다는 이유로 부과를 취소했습니다. 이 판결은 명의신탁을 늦게 주장한 것이 신의성실의 원칙에 어긋난다는 구청 주장도 받아들이지 않았습니다.

명의신탁을 인정받지 못하면 어떻게 되나요?

명의신탁이었다는 사실은 납세자가 증명해야 하므로, 객관적인 자료가 없으면 환원이 아니라 새로운 취득으로 보아 취득세가 부과됩니다. 대법원 2017. 7. 11. 선고 2017두38058 판결(파기환송)은 인수대금을 누가 냈는지 알기 어렵고, 명의신탁계약서를 몇 년 뒤 날짜를 소급해 작성했으며, 명의자가 감사와 상무이사로 회사 의사결정에 관여한 사안에서 명의 회복으로 본 원심을 파기했습니다. 자금 출처, 명의자와의 관계, 명의를 올린 경위와 목적, 주주권 행사 과정을 모두 엄격하게 따져야 한다고 했습니다.

반대로 명의신탁을 증명하면 그 증거가 증여세 문제로 이어질 수 있습니다. 남의 이름으로 주식을 올린 것은 명의신탁 증여의제 대상이 될 수 있으므로, 취득세를 다투기 전에 증여세 부과제척기간과 조세회피 목적도 함께 따져야 합니다.

과점주주 취득세 대응 순서

• 설립 당시 자료 확보 - 주금 납입 계좌, 정관, 설립 등기 서류, 설립을 맡은 법무사나 세무사의 기록을 모읍니다. 설립 때부터 실질 지분이 얼마였는지가 첫 쟁점입니다.
• 주주권 행사 기록 정리 - 배당금이 누구 계좌로 갔는지, 주주총회 의사록에 누가 서명했는지, 명의자가 임원으로 일했는지 확인합니다. 명의자가 경영에 관여했다면 설명 자료를 따로 준비합니다.
• 지분 비율 계산 - 특수관계인을 포함한 실질 지분 비율을 설립 때부터 연도별로 표로 만듭니다. 환원 뒤 비율이 이전에 가장 높았던 비율을 넘는지 확인합니다.
• 명의자 진술 확보 - 명의자의 사실확인서와 명의신탁해지약정서를 실제 작성일로 받습니다. 필요하면 증인으로 나와 줄 수 있는지도 확인합니다.
• 불복과 증여세 점검 - 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 하고, 같은 증거가 증여세 과세로 이어질 위험을 함께 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 설립 뒤 증자나 주식 양수로 지분이 바뀌었거나 명의자가 중간에 바뀐 경우는 주식등변동상황명세서와 계좌 내역을 대조해 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 과점주주 취득세 부과처분에 대한 조세심판과 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 설립 때부터 내가 100%였다면 취득세가 없나요?
  설립 때 발행한 주식을 취득해 과점주주가 된 경우는 취득으로 보지 않습니다. 설립 때부터 자본금 전부를 내고 주주권을 혼자 행사했다는 점이 증명되면, 명의를 되돌려도 새로 과점주주가 된 것이 아니어서 취득세를 다툴 수 있습니다. 다만 출자 계좌와 명의자의 진술 같은 객관적 자료가 있어야 합니다.
• 배우자 명의 주식도 지분 계산에 들어가나요?
  들어갑니다. 과점주주는 주주 1명과 그 특수관계인의 소유주식 합계가 발행주식 총수의 100분의 50을 넘으면서 그 권리를 실질적으로 행사하는 사람들입니다. 배우자 같은 친족은 특수관계인이므로 그 지분을 합쳐 계산합니다. 직원이나 지인 명의 주식은 실제로 누가 권리를 행사했는지에 따라 달라집니다.
• 명의자가 이사로 일했으면 불리한가요?
  불리하게 작용할 수 있습니다. 대법원 2017두38058 판결은 명의자가 감사와 상무이사로 회사 의사결정에 실질적으로 관여했는데도 실제소유자가 그 주식의 주주권을 행사했다는 객관적 자료가 없다는 점을 들었습니다. 명의자가 임원이었다면 그 주식에 대한 의결권을 누가 행사했는지를 따로 설명해야 합니다.
• 지분이 잠시 줄었다가 다시 늘면 과세되나요?
  이미 과점주주였던 사람의 비율이 늘면 그 증가분을 취득으로 봅니다. 다만 늘어난 뒤의 비율이 이전에 가졌던 가장 높은 비율보다 높지 않으면 취득세를 부과하지 않습니다. 과점주주에서 벗어났다가 다시 과점주주가 된 경우에는 그 이전 과점주주였던 때보다 비율이 높아진 부분만 과세합니다.
• 뒤늦게 명의신탁을 주장하면 신의칙 위반인가요?
  그렇게 보지 않은 판결이 있습니다. 광주지방법원 2019구단10781 판결은 대표가 처음 과점주주가 될 때 취득세를 내지 않다가 환원 과정에서 명의신탁을 주장한 것만으로 신의성실의 원칙에 어긋난다고 보기 어렵다고 했습니다. 납세자에 대한 신의칙 적용은 매우 제한적이어야 한다는 대법원 판례를 따랐습니다.
• 명의자가 증여세를 냈다면 도움이 되나요?
  명의신탁 사실을 보여 주는 자료가 될 수 있습니다. 수원지방법원 2017구합68623 판결은 명의자가 명의신탁 증여의제에 따른 증여세를 신고하고 실제소유자의 돈으로 납부한 사정을 명의신탁 인정 근거 중 하나로 들었습니다. 다만 증여세 자체는 별도의 세금 부담이므로 취득세와 함께 득실을 따져야 합니다.
• 취득세를 고지받으면 어디에 불복하나요?
  이의신청을 거치지 않고 바로 조세심판원에 심판청구를 할 수 있고, 기한은 고지를 받은 날부터 90일입니다. 이의신청을 먼저 했다면 그 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다. 심판청구가 기각되면 행정소송으로 다툽니다. 기한을 넘기면 다툴 기회를 잃습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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