취득세·보유세

감면받은 공장을 담보신탁했더니 직접 사용하지 않았다며 취득세를 추징하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

담보신탁만으로는 매각으로 보지 않고, 2026. 1. 1. 시행 개정법은 담보신탁의 위탁자를 직접 사용의 주체에 더했습니다. 담보신탁 중 위탁자가 지은 건물도 위탁자 취득으로 보아 감면을 적용합니다. 추징 과세예고통지를 받았다면 30일 안에 과세전적부심사로 다툴 수 있습니다.

공장이나 사옥을 감면받아 취득한 뒤 대출을 받으려고 담보신탁을 하는 일은 흔합니다. 신탁등기를 하면 등기부상 소유자가 신탁회사로 바뀌어, 지방자치단체가 감면 요건인 「직접 사용」을 회사가 아닌 신탁회사 기준으로 보아 추징하는 일이 있었습니다. 2026년부터는 담보신탁의 위탁자도 직접 사용의 주체에 들어갔으므로, 회사가 그대로 감면 용도로 쓰고 있었다면 다툴 근거가 분명해졌습니다. 다만 모든 신탁이 아니라 담보신탁만 해당하고, 적용 시기에도 한계가 있어 계약서와 사용 자료부터 확인해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

C사는 2025. 4. 7. 지방 산업단지에 공장을 신축해 산업용 건축물 감면을 받고 취득세를 냈습니다. 2025. 11. 운영자금 30억원을 빌리면서 공장을 신탁회사에 담보신탁하고 신탁등기를 마쳤지만, 생산은 그대로 C사가 해 왔습니다. 그런데 2026. 9. 21. 시청에서 직접 사용 기간이 2년이 되기 전에 소유권을 신탁회사에 넘겼고 그 뒤에는 소유자가 직접 쓰지 않았다며 감면세액을 추징하겠다는 과세예고통지를 받았습니다. C사 대표는 담보로 맡긴 것뿐인데 추징이 맞는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

담보신탁하면 감면받은 부동산을 판 것으로 보나요?

감면을 받은 부동산을 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하면 추징합니다. 그러나 지방세법상 취득세가 부과되지 않는 신탁재산의 소유권 이전, 즉 위탁자에게서 수탁자에게 신탁으로 넘어가는 것은 매각·증여에서 제외됩니다. 담보신탁 자체만으로는 판 것으로 보지 않습니다. 따라서 과세예고통지가 신탁등기를 매각으로 본 것이라면 이 점부터 바로잡아야 하고, 그다음 쟁점은 신탁 뒤의 사용을 누구 기준으로 보느냐입니다.

신탁회사 명의가 된 뒤에도 회사가 쓰면 직접 사용인가요?

2025년까지 직접 사용은 소유자(신탁등기를 한 경우 수탁자 포함)가 사업 목적에 맞게 쓰는 것으로 정해져 있어, 위탁자가 쓰는 것이 직접 사용인지를 두고 다툼이 생겼습니다. 2026. 1. 1. 시행 개정법은 소유자에 「제185조에 따른 위탁자」를 더했습니다. 신탁등기를 한 담보신탁이라면 위탁자가 감면 용도로 쓰는 것도 직접 사용으로 볼 수 있습니다.

여기서 담보신탁은 수탁자가 위탁자의 채무이행을 담보하기 위해 위탁자의 부동산을 맡아 운용하는 신탁입니다. 관리신탁이나 개발형 토지신탁처럼 담보 목적이 아닌 신탁은 여전히 수탁자를 기준으로 봅니다. 신탁계약서의 목적 조항과 우선수익자 지정 내용이 핵심 자료가 되고, 위탁자가 부동산을 계속 점유·사용·관리한다는 조항이 있으면 더 유리합니다.

담보신탁 중에 새 건물을 지으면 누가 감면을 받나요?

담보신탁한 토지에 위탁자가 건물을 지으면 보존등기는 신탁회사 명의로 하는 경우가 많습니다. 개정법은 위탁자가 신탁재산을 개발·조성·건축해 수탁자가 부동산을 취득하는 경우, 위탁자가 취득한 것으로 보아 지방세특례제한법의 취득세 감면을 적용합니다. 산업단지에서 산업용 건축물을 새로 짓는 회사라면 수도권 밖은 50%, 인구감소지역은 75%의 경감을 회사 기준으로 따질 수 있습니다.

이 규정은 2026. 1. 1. 이후 납세의무가 성립하는 경우부터 적용됩니다. 그 전에 신탁회사 명의로 취득한 건물은 종전 기준에 따라 수탁자를 기준으로 판단될 수 있습니다.

신탁 중 일부를 임대하거나 담보가 실행되면 어떻게 되나요?

위탁자 기준이 적용되더라도 직접 사용은 사업 목적에 맞게 스스로 쓰는 것이어야 합니다. 감면 조항이 임대를 목적 사업으로 정한 경우가 아니면 임대해서 쓰게 하는 것은 직접 사용이 아니므로, 신탁 뒤 공장 일부를 다른 회사에 빌려주었다면 그 부분은 추징될 수 있습니다.

대출을 갚지 못해 신탁회사가 공장을 처분하면 소유권이 제3자에게 넘어가므로 매각에 해당할 수 있습니다. 직접 사용한 기간이 2년 미만이면 감면세액에 이자상당액까지 더해 추징되고, 추징 사유가 생긴 날부터 60일 안에 신고·납부해야 합니다. 담보 실행이 예상된다면 사용 기간부터 계산해 두는 것이 좋습니다.

2026년 전에 감면받은 부동산에도 새 기준이 적용되나요?

C사처럼 2025년에 감면받고 신탁한 부동산이 2026년 이후 추징 여부를 판단받는 경우, 개정된 직접 사용 정의가 적용되는지는 부칙 문언상 분명하지 않습니다. 회사로서는 추징 사유가 성립했는지를 판단하는 시점이 2026년 이후라는 점, 실제 사용 실태가 신탁 전후로 같다는 점을 함께 주장할 수 있습니다. 사례의 C사는 취득 뒤 바로 가동을 시작했고 신탁 전후로 생산을 멈춘 적이 없으므로, 신탁을 매각으로 볼 수 없다는 점과 위탁자의 계속 사용을 함께 주장할 수 있습니다. 개정 전 기준이 적용되더라도 신탁의 실질과 사용 실태를 들어 다툴 여지가 있으므로 자료를 갖춰 대응합니다.

담보신탁 감면 추징 대응 순서

• 통지 확인 - 과세예고통지서에서 추징 사유가 매각인지 직접 사용 미달인지 확인합니다.
• 신탁계약 정리 - 담보신탁인지 보여 주는 목적 조항, 우선수익자, 대출약정을 모읍니다.
• 사용 실태 - 신탁 전후 생산 실적, 인력, 전기 사용량으로 계속 사용을 입증합니다.
• 과세전적부심사 - 통지를 받은 날부터 30일 안에 청구합니다.
• 불복 - 고지를 받으면 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 신탁의 목적과 신탁등기 여부, 신탁 전후의 실제 사용 실태에 따라 추징 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 신탁 부동산의 지방세 감면 추징에 대한 과세전적부심사와 이의신청·심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 감면받은 공장을 담보신탁하면 판 것으로 보나요?
  보지 않습니다. 취득세가 부과되지 않는 신탁재산의 소유권 이전은 감면 추징 사유인 매각·증여에서 제외됩니다. 다만 신탁 뒤에도 감면 용도로 계속 쓰고 있는지는 따로 판단하므로 사용 자료를 갖춥니다.
• 신탁회사 명의인데 회사가 쓰면 직접 사용인가요?
  2026. 1. 1. 시행 개정법은 직접 사용의 주체에 담보신탁의 위탁자를 더했습니다. 신탁등기를 한 담보신탁이라면 위탁자인 회사가 감면 목적에 맞게 쓰는 것도 직접 사용으로 볼 수 있습니다.
• 모든 신탁에 위탁자 기준이 적용되나요?
  아닙니다. 수탁자가 위탁자의 채무이행을 담보하기 위해 부동산을 맡아 운용하는 담보신탁만 해당합니다. 관리신탁이나 개발형 토지신탁 등은 종전처럼 수탁자를 기준으로 직접 사용을 판단합니다.
• 담보신탁한 땅에 지은 건물이 신탁회사 명의면 감면은요?
  위탁자가 신탁재산을 개발·조성·건축해 수탁자가 취득한 경우 위탁자가 취득한 것으로 보아 취득세 감면을 적용합니다. 2026. 1. 1. 이후 납세의무가 성립한 경우부터 적용됩니다.
• 2025년에 감면받은 공장도 새 기준으로 다툴 수 있나요?
  개정된 직접 사용 정의가 2026년 전 감면분에 적용되는지는 부칙상 분명하지 않습니다. 추징 판단 시점과 신탁 전후 같은 사용 실태를 함께 주장하고, 개정 전 기준으로도 실질을 들어 다툴 수 있습니다.
• 추징 과세예고통지를 받으면 언제까지 다투나요?
  감면세액을 추징할 때는 미리 과세예고통지를 해야 하고, 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 고지 뒤에는 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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