세금

과점주주 제2차 납세의무, 회사 체납액 전부를 내야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

아니요, 과점주주는 회사 재산으로 충당하고 남은 부족액 가운데 자기 지분 비율만큼만 냅니다. 지분 60%인 주주라면 부족액의 60%가 한도입니다. 특수관계인 주식은 과점주주 판정에는 합산하지만 각자의 한도는 자기 주식 기준으로 따로 계산합니다.

아니요, 과점주주는 회사 재산으로 충당하고 남은 부족액 가운데 자기 지분 비율만큼만 냅니다. 지분 60%인 주주라면 부족액의 60%가 한도입니다. 특수관계인 주식은 과점주주 판정에는 합산하지만 각자의 한도는 자기 주식 기준으로 따로 계산합니다.

과점주주의 책임 한도는 어떻게 계산하나요?

한도는 부족한 금액을 발행주식 총수로 나누고 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수를 곱해 계산합니다. 국세기본법 제39조 단서가 정한 계산식입니다. 발행주식 총수와 소유 주식 수 모두에서 의결권이 없는 주식은 뺍니다.

예를 들어 회사 체납액이 10억원인데 회사 재산으로 4억원을 걷고 6억원이 부족하다고 해 보겠습니다. 의결권 있는 발행주식이 1만 주이고 대표가 6,000주를 가졌다면 대표의 한도는 6억원의 60%인 3억 6,000만원입니다. 대표가 남은 2억 4,000만원까지 낼 의무는 없습니다.

현행 조문은 한도의 기준을 「실질적으로 권리를 행사하는 주식 수」로 정합니다. 명의만 다른 사람 앞으로 되어 있고 실제로 권리를 행사한 주식이 있다면 그 주식도 한도 계산에 들어갈 수 있습니다. 반대로 대표 주식 6,000주 가운데 1,000주가 의결권 없는 주식이라고 해 보겠습니다. 이때 분모는 9,000주, 분자는 5,000주가 되어 한도 비율은 약 55.6%로 내려갑니다.

가족 주식까지 합쳐 한도를 계산하나요?

아니요, 각 과점주주의 한도는 그 사람이 실질적으로 권리를 행사하는 주식으로 따로 계산합니다. 특수관계인 주식은 과점주주 집단에 해당하는지를 판단할 때 합산합니다. 한도를 정할 때까지 합치는 것은 아닙니다.

대표 40%, 배우자 15%, 아들 10%인 회사를 생각해 보겠습니다. 세 사람은 합계 65%로 과점주주 집단입니다. 부족액이 6억원이면 대표는 2억 4,000만원, 배우자는 9,000만원, 아들은 6,000만원이 각자의 한도입니다.

세무서가 대표에게 집단 전체 비율 65%를 적용해 3억 9,000만원을 고지했다면 한도를 넘은 것입니다. 이 경우 초과분 1억 5,000만원을 다툴 수 있습니다. 고지서에 적용 비율이 어떻게 적혀 있는지부터 확인하십시오. 국세징수법은 제2차 납세의무자에게 보내는 납부고지서에 징수할 금액과 그 산출 근거를 적도록 정합니다. 대법원은 납세고지서의 산출근거 기재 규정을 강행규정으로 보고, 기재가 빠지면 특별한 사정이 없는 한 위법하다고 봤습니다. 그래서 한도 계산 근거가 빠진 제2차 납세의무 고지서도 위법하다고 볼 수 있습니다.

과점주주 집단 안에서도 각자의 판정 시점은 같습니다. 회사 세금의 성립일 현재 각자 가진 주식으로 한도를 계산합니다. 성립일 뒤에 가족끼리 주식을 넘겼다면 넘기기 전 지분으로 한도를 계산합니다. 그래서 고지 시점의 주주명부만 보고 판단하면 틀릴 수 있습니다.

「부족한 금액」은 무엇을 기준으로 정하나요?

부족한 금액은 회사 재산으로 그 국세와 강제징수비에 충당하고도 모자라는 금액입니다. 제2차 납세의무는 회사 재산으로 걷을 수 없는 부분을 보충하는 제도입니다. 그래서 회사 재산이 충분하다면 처음부터 제2차 납세의무가 생기지 않습니다.

대법원도 이 제도를 보충적인 납세의무로 봅니다. 대법원 2025. 9. 25. 선고 2025두33121 판결이 이 점을 설명했습니다. 법인 재산에 체납처분을 해도 조세가 부족할 때 보충적으로 납세의무를 지게 하는 제도라는 것입니다. 요건을 엄격하게 해석해야 한다고도 했습니다.

그래서 회사에 남은 재산이 있는지가 다툼이 됩니다. 부족한지는 고지 당시 회사 재산으로 충당해도 객관적으로 모자라는지로 봅니다. 이는 과세요건이므로 세무서가 증명해야 한다고 볼 수 있습니다. 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없고, 실제 강제징수 결과로 판단해야 한다는 반대 논거도 있습니다. 매출채권, 보증금, 부동산처럼 아직 압류하지 않은 회사 재산이 있다면 부족액이 과다하게 잡혔다고 주장할 수 있습니다. 세무서가 부족액을 정할 때 어떤 재산을 고려했는지 확인해야 합니다.

회사가 다른 회사에 빌려준 돈이나 대표이사에 대한 가지급금도 회사 재산입니다. 그렇다면 대표에 대한 회사 채권부터 추심해야 한다는 주장을 사실관계에 따라 검토할 수 있습니다. 다만 대표가 그 채권의 채무자이기도 하다면 결국 같은 부담이 될 수 있다는 점도 함께 고려해야 합니다.

무한책임사원과 과점조합원은 한도가 어떻게 다른가요?

합명회사 사원과 합자회사 무한책임사원에게는 이런 한도가 없습니다. 이들은 부족한 금액 전부에 대해 제2차 납세의무를 집니다. 회사 채무에 무한 책임을 지는 사원의 지위가 세금에도 이어지는 셈입니다.

영농조합법인과 영어조합법인의 과점조합원은 과점주주와 비슷하게 출자액 비율로 한도가 정해집니다. 다만 조합원 사이에 출자 비율과 다른 손익분배비율을 정했다면 부족액에 그 손익분배비율을 곱한 금액이 한도입니다. 이 과점조합원 규정은 2024년 이후 개정으로 새로 들어왔습니다. 2024. 1. 1. 시행본에는 무한책임사원과 과점주주만 있었습니다. 조합 형태로 운영하는 농어업 법인이라면 개정 전후 어느 규정이 적용되는지 성립일로 확인하십시오.

과점주주 한도 다툼 대응 순서

• 부족액 확인 - 회사 체납액과 회사 재산 충당액, 남은 부족액을 고지서로 확인합니다.
• 회사 재산 조사 - 압류되지 않은 회사 재산이 있는지 찾아 부족액을 다시 계산합니다.
• 지분율 확인 - 의결권 없는 주식을 뺀 본인 지분율을 성립일 기준으로 계산합니다.
• 고지액 대조 - 세무서가 집단 비율이나 잘못된 지분율을 적용했는지 비교합니다.
• 불복 제기 - 한도를 넘은 부분은 고지서를 받은 날부터 90일 안에 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 회사에 남은 재산과 실질적으로 권리를 행사한 주식 수에 따라 과점주주의 한도가 달라집니다. 법무법인 윤성은 과점주주 제2차 납세의무의 한도 계산 검토와 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 가산세와 강제징수비도 한도 계산의 부족액에 들어가나요?
  네, 제2차 납세의무는 회사에 부과되거나 회사가 납부할 국세와 강제징수비가 대상이고 가산세도 국세입니다. 부족액에 포함된 가산세 내역을 함께 확인하십시오.
• 회사가 나중에 일부를 내면 제 한도도 줄어드나요?
  회사가 낸 만큼 부족한 금액이 줄어들므로 그에 따라 한도도 다시 계산될 수 있습니다. 회사 납부 내역이 생기면 세무서에 감액 여부를 확인하십시오.
• 명의신탁한 주식도 제 한도에 포함되나요?
  한도는 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수로 계산합니다. 다른 사람 명의라도 실제로 권리를 행사했다면 포함될 수 있고, 반대로 명의만 빌려준 주식은 제외를 다툴 수 있습니다.
• 과점주주가 여러 명이면 누가 먼저 내나요?
  각자 고지 당시 부족액에 자기 지분 비율을 곱한 한도 안에서 따로 책임집니다. 한도 합계가 부족액을 넘지 않으므로 다른 과점주주가 냈다고 내 한도가 줄지는 않는다고 볼 수 있습니다.
• 한도를 넘어 이미 냈다면 돌려받을 수 있나요?
  한도를 넘어 낸 금액은 잘못 낸 세금으로 볼 수 있으므로 환급을 구할 여지가 있습니다. 다만 고지 자체가 불복 기간을 넘겨 확정됐다면 먼저 경정이나 직권취소를 요청해야 할 수 있습니다.
• 합자회사 유한책임사원도 한도가 있나요?
  네, 합자회사 유한책임사원은 과점주주 규정이 적용되므로 출자액 비율에 따른 한도가 있습니다. 한도 없이 부족액 전부를 책임지는 것은 합명회사 사원과 합자회사 무한책임사원입니다.

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