부가가치세

카드·결제대행 매출이 신고보다 많다는 해명 안내를 받았다면 어떻게 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

홈택스에 조회되는 카드·결제대행 매출은 부가가치세가 포함된 금액이고 취소·환불분이 섞여 있을 수 있어 신고 공급가액과 바로 비교할 수 없습니다. 차이 원인을 나눠 소명하고 실제 누락분만 수정신고하되, 해명 안내 뒤 수정신고는 과소신고가산세 감면이 없다는 점을 알고 대응해야 합니다. 과세예고 통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다.

홈택스에서 조회되는 카드·결제대행 매출은 카드사와 결제대행업체가 낸 자료를 모은 것이어서 신고해야 할 공급가액과 처음부터 같은 숫자가 아닙니다. 차이가 있다고 모두 매출 누락은 아니고, 어디서 차이가 났는지 나누어 설명하면 상당 부분이 정리됩니다.

이런 상담이 많습니다

음식점을 운영하는 일반과세자 G씨는 2026년 제1기 부가가치세를 공급가액 1억 7,000만원으로 신고했습니다. 그런데 2026. 9. 세무서로부터 같은 기간 신용카드와 배달앱 결제대행 매출이 2억 2,000만원으로 조회되니 차이를 해명하라는 안내를 받았습니다. G씨는 결제 취소분도 있었다며, 실제로 얼마를 더 내야 하는지와 지금 수정신고를 해도 되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

카드·결제대행 매출 조회액은 왜 신고액과 다를 수 있나요?

가장 흔한 차이는 부가가치세 포함 여부입니다. 카드 결제액은 부가가치세를 포함한 금액이지만 신고하는 과세표준은 부가가치세를 뺀 공급가액이므로, 조회액에 110분의 100을 곱해 비교해야 합니다.

결제를 취소하거나 반품·환불한 금액, 결제 조건에 따라 직접 깎아 준 에누리는 공급가액에 넣지 않습니다. 카드사나 결제대행업체 자료에 취소 내역이 제대로 반영되지 않았다면 그만큼 조회액이 부풀려집니다. 카드 결제분에 대해 세금계산서를 따로 발급해 신고했다면 같은 매출이 두 번 잡혀 보일 수도 있습니다.

사업장이 둘 이상인데 카드 단말기나 결제대행 계정을 사업장 구분 없이 쓰면 다른 사업장 매출이 섞여 조회될 수 있습니다. 부가가치세는 사업장마다 신고하므로, 이때는 어느 사업장 매출인지를 결제 단말기별로 나누어 설명해야 합니다.

조회 내역 자체가 틀렸다고 보이면 신용카드 자료는 여신금융협회와 각 카드사에서, 결제대행 자료는 해당 결제대행업체에서 승인·취소 명세를 받아 대조합니다. 소명할 때도 이 명세가 기본 자료가 됩니다.

차이가 실제 누락이라면 가산세는 얼마인가요?

G씨의 조회액 2억 2,000만원을 공급가액으로 바꾸면 2억원이고, 확인된 취소분 1,000만원을 빼면 1억 9,000만원입니다. 신고한 1억 7,000만원과 비교하면 2,000만원이 누락되어 부가가치세 200만원을 더 내야 합니다.

여기에 과소신고가산세 10%인 20만원과, 법정납부기한 다음 날부터 하루 0.022%의 납부지연가산세가 더해집니다. 제1기 법정납부기한은 7. 25.이 토요일이어서 2026. 7. 27.이었으므로, 2026. 10. 20.에 낸다면 84일분 3만 6,960원입니다. 차명계좌로 대금을 받는 등 부정행위로 숨긴 매출이라면 과소신고가산세는 40%입니다. 누락한 카드 매출에 대해서는 신용카드매출전표 발행세액공제도 함께 다시 계산할 수 있습니다. 공제 요건을 갖춘 개인사업자라면 누락 공급대가 2,200만원의 1.3%인 28만 6천원을 납부세액에서 뺄 수 있습니다. 이 1.3% 공제율과 연간 1천만원 한도는 2026. 12. 31.까지 적용되고, 그 뒤에는 1%와 500만원으로 돌아갑니다.

부가가치세 매출이 바뀌면 같은 해 종합소득세의 수입금액도 함께 바뀝니다. 부가가치세만 고치고 종합소득세를 그대로 두면 다음 해에 다시 해명 안내를 받을 수 있습니다.

해명 안내를 받은 뒤 수정신고해도 되나요?

수정신고는 할 수 있습니다. 다만 과세자료 해명 통지를 받고 낸 수정신고는 과소신고가산세 감면에서 빠집니다. 안내를 받기 전이었다면 법정신고기한이 지난 후 1개월 안 90%, 3개월 안 75%, 6개월 안 50%처럼 시기에 따라 감면받을 수 있었습니다.

해명 안내에 답하지 않고 두면 세무서는 조회된 금액을 기준으로 과세예고 통지를 하거나 세무조사로 이어갈 수 있습니다. 안내문의 제출 기한 안에 원인별 설명을 내는 것이 출발점입니다.

그렇다고 수정신고가 무의미한 것은 아닙니다. 스스로 낸 날까지만 납부지연가산세가 계산되므로, 누락이 분명한 부분은 빨리 수정신고하고 차이 사유가 있는 부분은 소명서로 설명하는 방식으로 나누는 것이 좋습니다.

소명을 받아들이지 않으면 어떻게 다투나요?

해명 안내 단계에서 세무서가 소명을 받아들이지 않으면 과세예고 통지가 옵니다. 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구해 취소분·이중계산분을 다시 다툴 수 있습니다. 세금이 고지된 뒤에는 고지를 받은 날부터 90일 안에 이의신청·심사청구·심판청구 중 하나를 고릅니다.

과세전적부심사에서는 해명 단계에서 낸 차이표를 그대로 다시 내기보다, 세무서가 받아들이지 않은 항목을 골라 카드사 취소 명세나 사업장별 단말기 내역처럼 객관적 자료로 보강하는 것이 좋습니다. 결론은 청구를 받은 날부터 30일 안에 나와야 합니다.

카드 매출 해명 안내 대응 순서

• 매출 명세 확보 - 카드사·여신금융협회, 결제대행업체에서 승인·취소 내역을 받습니다.
• 차이 원인 분류 - 부가가치세 포함, 취소·환불, 세금계산서 중복, 다른 기간 귀속으로 나눕니다.
• 누락분 수정신고 - 실제 누락으로 확인된 금액은 부가가치세와 종합소득세를 함께 수정신고합니다.
• 소명서 제출 - 나머지 차이는 증빙을 붙여 안내문 기한 안에 설명합니다.
• 과세전적부심사·불복 - 과세예고 통지 후 30일, 고지 후 90일 안에 변호사와 다툴 방법을 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 결제 자료와 장부가 어디서 어긋났는지, 숨기려는 행위가 있었는지에 따라 추가 세액과 가산세율이 달라집니다. 법무법인 윤성은 매출 누락 해명과 소명서 작성, 과세전적부심사와 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 카드 매출 조회액과 신고액이 왜 다른가요?
  카드 결제액은 부가가치세가 포함된 금액이고 신고 과세표준은 공급가액이라 110분의 100을 곱해 비교해야 합니다. 결제 취소·환불, 세금계산서와 중복된 매출, 결제대행 자료 오류도 차이를 만듭니다.
• 조회 내역이 틀렸다면 어디서 확인하나요?
  신용카드 자료는 여신금융협회와 각 카드사에서, 결제대행 자료는 해당 결제대행업체에서 승인·취소 명세를 받아 확인할 수 있습니다. 이 명세를 장부와 대조한 차이표가 소명의 기본 자료가 됩니다.
• 누락이 맞다면 가산세는 얼마인가요?
  누락 세액의 10% 과소신고가산세와 법정납부기한 다음 날부터 하루 0.022%의 납부지연가산세가 붙습니다. 차명계좌 등 부정행위로 숨긴 매출이라면 과소신고가산세가 40%로 올라갑니다.
• 해명 안내 뒤에 수정신고하면 감면되나요?
  과세자료 해명 통지를 받고 낸 수정신고는 과소신고가산세 감면을 받지 못합니다. 다만 수정신고하고 낸 날까지만 납부지연가산세가 계산되므로 누락이 분명한 부분은 빨리 고치는 것이 낫습니다.
• 부가세만 고치면 되나요?
  부가가치세 매출이 바뀌면 같은 해 종합소득세나 법인세의 수입금액도 달라집니다. 부가가치세만 수정하고 소득세를 그대로 두면 다음 해에 다시 해명 안내를 받을 수 있으므로 함께 수정합니다.
• 소명이 받아들여지지 않으면요?
  과세예고 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 세금이 고지된 뒤에는 고지를 받은 날부터 90일 안에 이의신청·심사청구·심판청구 중 하나를 고릅니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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