불복·환급

세무서 해명 안내문을 받고 나서 수정신고하면 가산세 감면을 못 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

해당 세금에 관해 세무서장에게서 과세자료 해명 통지를 받은 뒤 낸 수정신고는 과소신고가산세 감면을 받지 못합니다. 조사 착수를 안 뒤의 수정신고·기한 후 신고도 같습니다. 다만 수정신고와 납부를 하면 납부지연가산세는 그날까지만 붙고, 지적이 틀렸다면 해명으로 다투거나 수정신고 후 5년 안 경정청구도 가능합니다.

안내문을 받았다고 수정신고가 쓸모없어지는 것은 아닙니다. 감면은 사라지지만, 세무서가 지적한 내용이 맞다면 빨리 정리할수록 납부지연가산세가 줄고 조사로 넘어갈 여지도 줄어듭니다. 문제는 지적 내용이 틀렸는데도 서둘러 수정신고해 다툴 근거를 스스로 좁히는 경우입니다.

이런 상담이 많습니다

C씨는 2025. 4. 주택을 팔고 양도소득세를 신고했습니다. 2026. 8. 세무서에서 양도소득세 해명자료 제출 안내를 받았는데, 필요경비로 넣은 인테리어 공사비 2,000만원에 대한 증빙을 내라는 내용이었습니다. 공사업체가 폐업해 세금계산서는 없고 계좌 이체 기록만 남아 있었습니다. 아는 사람은 지금이라도 수정신고하면 가산세를 깎아 준다고 했는데, C씨는 안내문을 받은 뒤에도 감면이 되는지, 이체 기록으로 해명할 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

어떤 경우에 수정신고 감면을 받지 못하나요?

수정신고 감면과 기한 후 신고 감면은 과세표준과 세액을 경정·결정할 것을 미리 알고 신고한 경우에는 적용되지 않습니다. 시행령은 그 경우를 두 가지로 정합니다.

첫째, 해당 국세에 관해 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 수정신고서나 기한후과세표준신고서를 낸 경우입니다. 둘째, 해당 국세에 관해 관할 세무서장에게서 과세자료 해명 통지를 받고 수정신고서를 낸 경우입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「국세기본법 시행령」은 이 두 가지만 정하고 있습니다.

두 경우 모두 「해당 국세에 관하여」라는 한정이 붙어 있습니다. 안내문이나 조사 통지가 어느 세목, 어느 과세기간에 관한 것인지 먼저 확인하십시오. 2025년 양도분 해명 안내를 받았다면 그 양도분 수정신고는 감면이 없지만, 안내 대상이 아닌 다른 세목까지 같은 결론이 나는지는 안내문 기재 내용에 따라 따로 봐야 합니다.

안내문을 받았다면 수정신고를 해도 소용이 없나요?

감면이 없어도 수정신고에는 남는 효과가 있습니다. 납부지연가산세는 원래 납부기한 다음 날부터 실제 낸 날(그 전에 고지가 나오면 고지일) 전날까지 하루 10만분의 22로 붙는데, 수정신고와 함께 납부하면 그날로 멈춥니다. 세무서가 고지할 때까지 기다리면 그 사이 기간만큼 더 붙습니다.

C씨의 추가 세액이 700만원이고 해명 안내 후 60일 뒤에 고지된다면, 그 60일분 납부지연가산세 9만 2,400원은 수정신고로 줄일 수 있는 금액입니다. 반대로 과소신고가산세 10%인 70만원은 수정신고를 해도 그대로 남습니다.

해명으로 다툴지 수정신고할지는 어떻게 정하나요?

기준은 세무서가 지적한 내용이 사실인지입니다. 양도소득세에서 공사비 같은 자본적지출은 세금계산서 등 증명서류를 받아 두었거나, 실제 지출 사실이 금융거래 증명서류로 확인되면 필요경비로 인정됩니다. C씨처럼 세금계산서가 없어도 계좌 이체 기록과 공사 계약서, 시공 전후 사진으로 지출 사실을 해명할 여지가 있습니다. 이때 바로 수정신고하면 그 경비를 스스로 포기하는 셈이 됩니다.

다만 자본적지출은 자산의 내용연수를 늘리거나 가치를 현실적으로 늘리기 위한 수선비를 말합니다. 원래 상태를 유지하는 데 그친 수리비는 지출 사실이 확인돼도 필요경비로 인정되지 않을 수 있으므로, 공사 내용을 항목별로 나눠 확인하십시오.

해명자료는 지적 항목마다 지출일, 금액, 받은 사람, 공사 내용을 한 줄로 정리하고 그 옆에 이체 기록과 계약서 쪽수를 붙이면 세무서가 대조하기 쉽습니다. 제출한 자료의 사본과 접수 기록은 과세예고통지 이후 다툼에 그대로 쓰이므로 따로 보관해 두십시오.

세무서 지적이 맞고 다툴 근거가 없다면, 해명 기한 안에 수정신고와 납부를 마쳐 납부지연가산세를 줄이는 편이 낫습니다. 일부만 맞다면 맞는 부분만 수정신고하고 나머지는 해명자료로 다투는 방법도 있습니다.

수정신고한 뒤에도 다시 다툴 수 있나요?

수정신고한 세액도 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에는 경정청구 대상입니다. 서둘러 수정신고했다가 나중에 증빙을 찾았다면 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 다만 스스로 신고한 세액을 뒤집는 것이어서 입증 부담은 납세자에게 있습니다.

해명이 받아들여지지 않아 과세예고통지를 받았다면 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 고지 뒤에는 90일 안에 심판청구로 다툽니다.

과세전적부심사를 청구하면 세무서는 결정이 날 때까지 고지를 미룹니다. 그 사이에도 납부지연가산세는 붙지만, 결정·통지 기간을 넘겨 결과가 늦게 오면 늦어진 기간에 붙은 납부지연가산세의 50%를 줄여 줍니다. 다툼이 길어질 때의 가산세 부담을 미리 계산해 두십시오.

해명 안내 후 수정신고 대응 순서

• 안내문 대상 확인 - 세목·과세기간·지적 항목과 제출기한을 적어 둡니다.
• 지적 내용 사실 확인 - 지적된 경비나 거래가 실제로 있었는지, 대체 증빙이 있는지 정리합니다.
• 해명과 수정신고 나누기 - 맞는 부분은 수정신고와 납부로, 다툴 부분은 해명자료로 나눕니다.
• 제출기한 안에 함께 제출 - 해명자료와 수정신고서를 기한 안에 내고 접수 기록을 보관합니다.
• 과세예고통지 대응 - 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사 청구 여부를 변호사와 검토합니다.
• 고지 후 불복·경정청구 - 고지 후 90일 안 심판청구, 수정신고분은 5년 안 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 안내문이 어느 세목·과세기간에 관한 것인지, 지적 항목에 대체 증빙이 있는지에 따라 수정신고와 해명 가운데 유리한 쪽이 달라집니다. 법무법인 윤성은 해명자료 대응, 과세전적부심사와 조세심판 청구, 수정신고 후 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 해명 안내문을 받으면 수정신고 감면이 전부 사라지나요?
  해당 국세에 관해 과세자료 해명 통지를 받고 낸 수정신고는 경정할 것을 미리 알고 한 것으로 보아 과소신고가산세 감면을 하지 않습니다. 안내문 대상이 어느 세목·과세기간인지에 따라 범위가 정해지므로 안내문 기재 내용부터 확인하십시오.
• 세무조사 사전통지를 받은 뒤 수정신고하면 어떻게 되나요?
  세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 낸 수정신고서나 기한후과세표준신고서는 감면 대상이 아닙니다. 조사 대상 세목과 기간의 신고 누락은 감면 없이 정리되고, 납부지연가산세를 멈추는 효과만 남습니다.
• 감면이 없는데 수정신고를 하는 이유가 있나요?
  수정신고와 함께 납부하면 납부지연가산세가 그날까지만 계산됩니다. 고지를 기다리면 그 기간만큼 하루 10만분의 22씩 더 붙으므로, 지적 내용이 맞다면 일찍 정리하는 편이 부담이 적습니다.
• 세금계산서가 없는 공사비는 경비로 인정받을 수 없나요?
  자본적지출은 세금계산서 등 증명서류를 받아 두었거나 실제 지출 사실이 금융거래 증명서류로 확인되면 필요경비로 인정됩니다. 계좌 이체 기록과 공사 계약서가 있다면 수정신고 전에 해명 자료로 정리해 보십시오.
• 수정신고를 한 뒤 증빙을 찾으면 돌려받을 수 있나요?
  수정신고한 세액도 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에는 경정청구를 할 수 있습니다. 다만 스스로 신고한 내용을 뒤집는 것이므로 새로 찾은 증빙으로 지출 사실을 구체적으로 입증해야 합니다.
• 해명이 받아들여지지 않으면 다음 절차는 무엇인가요?
  세무서는 과세예고통지를 보내고, 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 고지가 나온 뒤에는 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 하는 등의 방법으로 다툽니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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