불복·환급

작년에 더 낸 세금, 새로 받은 세금고지서와 상계할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신

민법상 상계 대신 국세환급금 충당 제도로 같은 효과를 낼 수 있고, 새로 고지된 세금에 충당하려면 납세자가 동의하면 됩니다. 국세기본법은 잘못 낸 세금을 국세환급금으로 결정한 뒤 납부고지된 국세에 충당하도록 정하되, 고지된 국세에 충당할 때는 납세자의 동의를 요건으로 합니다. 지금은 작년 착오 납부 내역과 새 고지서의 세목·납부기한을 함께 정리해 세무서에 충당을 신청하십시오.

새 고지서의 세금을 일단 전액 내고 작년 환급금은 따로 돌려받는 방식을 꼭 택할 필요는 없습니다. 충당에 동의하면 대등액만큼 납부한 것으로 처리됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2025년 5월 종합소득세 중간예납분을 내면서 계좌이체를 두 번 해 380만원을 더 냈습니다. 2026년 8월 부가가치세 수정 고지로 520만원의 납부고지서를 받은 A씨는 작년에 더 낸 380만원을 빼고 140만원만 내면 되는지 묻습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

환급받을 세금과 새로 낼 세금을 서로 없앨 수 있나요?

충당 제도로 가능합니다. 세무서장은 납세자가 잘못 냈거나 초과해 낸 금액이 있으면 즉시 국세환급금으로 결정해야 하고, 그 환급금을 납부고지된 국세, 체납된 국세, 자진납부하는 국세에 충당해야 합니다. 충당은 국가가 줄 환급금과 납세자가 낼 세금을 대등액에서 소멸시키는 것이어서 상계와 같은 효과를 냅니다.

2026. 9. 29. 기준 현행 「국세기본법」은 납부고지로 내는 국세와 자진납부하는 국세에 충당할 때는 납세자가 동의하는 경우에만 충당하도록 정합니다. 따라서 새 고지서의 세금에 작년 환급금을 쓰려면 충당에 동의한다는 의사를 세무서에 밝혀야 합니다. 체납된 국세에는 동의 없이 충당됩니다.

착오로 더 낸 세금은 어떻게 환급받나요?

세무서에 착오납부 환급을 청구합니다. 착오납부나 이중납부로 인한 환급청구는 대통령령이 정하는 절차를 따릅니다. 충당하고 남은 금액은 환급금 결정일부터 30일 안에 납세자에게 지급해야 합니다.

신고납부한 세금을 계산 착오로 많이 냈다면 착오납부가 아니라 경정청구 대상일 수 있습니다. 신고 내용 자체가 틀렸는지, 납부 과정에서만 금액이 틀렸는지에 따라 절차가 달라지므로 납부 경위를 먼저 확인해야 합니다.

지방세도 같은 방식으로 처리되나요?

비슷합니다. 지방자치단체의 장은 과오납한 지방세를 지방세환급금으로 결정하고, 납세고지에 따라 납부하는 지방세, 체납액, 신고납부하는 지방세에 충당해야 합니다. 국세와 지방세는 과세 주체가 달라서 국세 환급금을 지방세에 충당하거나 그 반대로 할 수는 없고, 각각의 체계 안에서만 충당이 이루어집니다.

지방세환급금에 관한 권리도 국세와 같이 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 않으면 시효로 소멸합니다. 구청에서 환급 안내문을 받았다면 그것만 믿고 기다리지 말고 직접 환급이나 충당을 청구하는 편이 안전합니다.

충당 신청은 언제까지 해야 하나요?

새 고지서의 납부기한 전에 해야 합니다. 충당이 처리되지 않은 상태에서 지정납부기한이 지나면 내지 않은 세액의 100분의 3과 기간에 따른 금액이 납부지연가산세로 붙을 수 있습니다. 충당 동의서를 기한 전에 접수하고, 처리 결과를 확인한 뒤 남은 세액을 기한 안에 내는 순서가 안전합니다.

환급금 충당 신청 순서

• 착오 납부 내역 확인 - 작년에 더 낸 세금의 세목, 금액, 납부일을 영수증으로 정리합니다.
• 환급 사유 구분 - 착오납부인지 신고 오류인지 구분합니다. 신고 오류라면 경정청구가 필요합니다.
• 새 고지서 확인 - 새로 고지된 세금의 세목, 금액, 납부기한을 확인합니다.
• 충당 동의 신청 - 세무서에 환급금을 새 고지세액에 충당해 달라고 서면으로 신청합니다.
• 차액 처리 - 충당 후 남는 세금은 기한 안에 내고, 남는 환급금은 지급받습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 환급금에 압류가 걸려 있거나 다른 체납액이 있어 충당 순서가 문제 되는 경우에는 체납 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 국세 환급과 경정청구, 과세처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 고지서 세금을 환급금만큼 빼고 내도 되나요?
  안 됩니다. 납세자가 임의로 상계하고 적게 내면 차액이 체납으로 처리되어 가산세가 붙을 수 있습니다. 국세기본법 제51조 제2항에 따라 세무서장이 환급금을 충당해야 납부한 것으로 되므로, 먼저 충당 동의를 신청하고 처리 결과를 확인한 뒤 남은 금액을 내야 합니다.
• 충당에 꼭 제 동의가 필요한가요?
  납부고지된 국세와 자진납부하는 국세에 충당할 때는 필요합니다. 국세기본법 제51조 제2항 단서가 이 두 경우 납세자가 동의할 때만 충당하도록 정하기 때문입니다. 반대로 체납된 국세에는 동의 없이 충당되므로, 체납이 있으면 환급금이 먼저 그쪽으로 쓰입니다.
• 충당하고 남은 환급금은 언제 받나요?
  국세기본법 제51조 제6항에 따라 충당한 뒤 남은 금액은 국세환급금 결정일부터 30일 안에 납세자에게 지급해야 합니다. 계좌를 신고해 두면 그 계좌로 입금됩니다. 지급이 늦어지면 환급가산금 계산이 맞는지도 함께 확인하십시오.
• 착오로 더 낸 세금은 언제까지 돌려받을 수 있나요?
  국세기본법 제54조 제1항에 따라 행사할 수 있는 때부터 5년입니다. 이 기간이 지나면 환급청구권이 소멸하므로, 착오 납부를 알게 되면 바로 환급이나 충당을 신청하는 것이 좋습니다. 세무서의 환급 안내만으로는 시효가 중단되지 않습니다.
• 지방세 환급금도 충당되나요?
  됩니다. 지방세기본법 제60조 제2항은 지방세환급금을 납세고지에 따라 납부하는 지방세, 체납액, 신고납부하는 지방세에 충당하도록 정합니다. 다만 국세와 지방세 사이에는 충당이 이루어지지 않으므로 각각 따로 처리해야 합니다.
• 신고를 잘못해서 많이 낸 경우도 같은가요?
  다릅니다. 신고 내용 자체가 틀려 세금을 많이 냈다면 착오납부가 아니라 경정청구로 세액을 먼저 바로잡아야 환급금이 생깁니다. 국세기본법 제51조 제1항의 환급 결정은 세액이 확정된 뒤 이루어지므로, 신고서와 납부 내역을 대조해 어느 쪽인지 먼저 확인해야 합니다.

비슷한 상황

• 잘못 낸 세금을 돌려받을 때 이자도 붙나요?
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