불복·환급

제척기간이 지난 뒤 나온 세금, 불복기간을 놓쳐도 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

부과제척기간이 지난 뒤에 한 과세처분은 무효여서 90일 불복기간이 지났어도 무효확인소송이나 환급 청구로 다툴 수 있습니다. 대법원 2013두16975 판결로 양도세 제척기간 기산일, 10년으로 늘어나는 경우, 환급 시효를 정리했습니다.

네, 부과제척기간이 지난 뒤에 한 과세처분은 무효여서 불복기간이 지났어도 무효를 주장할 수 있습니다. 대법원은 양도 후 8년이 넘어 매수인 신고가를 근거로 한 양도소득세 부과를 무효로 보았습니다. 다만 신고 내용이 거짓이었다면 제척기간이 10년으로 늘어날 수 있어, 먼저 어느 기간이 적용되는지 따져야 합니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2019. 8. 아는 사람에게 땅을 팔고 실제 받은 2억 원으로 양도소득세를 신고했습니다. 2026. 5. 세무서는 매수인이 그 땅을 다시 팔면서 취득가액을 3억 5천만 원으로 신고했다며, A씨의 양도가액을 3억 5천만 원으로 보아 세금을 고지했습니다. A씨는 고지서를 받고 바쁜 사정으로 90일 안에 불복하지 못했고, 체납 독촉을 받은 뒤 2026. 9. 상담을 오셨습니다. A씨는 실제로 받은 돈은 2억 원이 맞는데, 이미 불복기간이 지나 그대로 내야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 제척기간이 지난 양도세 과세를 어떻게 판단했나요?

무효라고 판단했습니다. 사안의 원고는 2002. 8. 27. 토지 등을 양도하고 2002. 11. 6. 실지양도가액 2,940만 원으로 신고했습니다. 매수인은 그 토지를 다시 팔면서 2007. 6. 20. 실지취득가액을 6,720만 3천 원으로 신고했고, 세무서는 2011. 6. 3. 원고의 양도가액을 그 금액으로 보아 양도소득세 약 3,528만 원을 부과했습니다.

원심은 원고 신고가 사실에 부합해 처분에 하자는 있지만 중대·명백하지 않다며 무효가 아니라고 보았습니다. 대법원은 “국세부과의 제척기간이 도과된 후에 이루어진 과세처분은 무효이다”라는 법리를 들어, 기산일 2003. 6. 1.부터 5년이 지난 뒤의 처분이고 연장 사유도 없다며 원심을 파기환송했습니다.

제척기간이 5년이 아니라 10년이 되는 경우는 언제인가요?

신고를 하지 않았거나 부정행위로 세금을 줄인 경우입니다. 현행법은 원칙적인 부과제척기간을 5년으로 두고, 법정신고기한까지 신고서를 내지 않으면 7년, 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받으면 10년으로 정합니다. 역외거래는 이보다 깁니다.

이 사건에서 대법원이 5년을 적용한 것은 원고가 신고한 양도가액이 사실에 부합했고 특별히 연장할 사유가 없었기 때문입니다. 반대로 실제보다 낮은 가액으로 이중계약서를 쓰는 등 부정행위로 신고했다면 10년이 적용되어 결론이 달라질 수 있습니다. 그래서 신고한 가액이 실제 받은 금액이었다는 자료가 핵심입니다.

양도소득세 제척기간은 언제부터 세나요?

확정신고기한의 다음 날부터 셉니다. 양도소득세 확정신고기한은 양도한 해의 다음 연도 5월 31일이므로, 제척기간은 그다음 날인 6월 1일부터 진행합니다. 시행령은 예정신고기한을 과세표준신고기한에 넣지 않으므로, 예정신고를 했어도 기산일은 확정신고기한 다음 날입니다.

판결 사안도 2002년 양도분이어서 2003. 6. 1.부터 기산되었고, 5년이 끝난 뒤인 2011. 6. 3.의 처분은 무효가 되었습니다. 상담 사례처럼 2019년 양도분이면 2020. 6. 1.부터 5년이 진행되어 2025. 5. 31.에 끝난다고 볼 수 있습니다.

무효인 과세는 어떤 방법으로 다투나요?

무효확인소송을 내거나, 이미 낸 세금이면 환급을 청구합니다. 행정소송법은 무효등 확인소송에 취소소송의 제소기간 조항을 준용하지 않아, 90일 불복기간을 놓쳤어도 처분의 무효를 다툴 수 있습니다. 무효인 처분으로 낸 세금은 잘못 낸 세금이어서 국세환급금으로 돌려받을 대상이 됩니다.

다만 환급청구권은 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 않으면 소멸합니다. 행정소송으로 청구한 경우에는 시효 중단에 관한 특례가 있으므로 소송 제기 시점도 함께 관리해야 합니다.

제척기간 경과 과세 대응 순서

• 기산일 계산 - 양도일과 확정신고기한을 확인해 제척기간이 끝난 날을 계산합니다.
• 신고 내용 확인 - 신고한 가액이 실제 받은 금액이었다는 계약서와 입금 내역을 모읍니다.
• 불복기간 확인 - 고지서를 받은 지 90일이 지나지 않았다면 심사청구나 심판청구를 먼저 제기합니다.
• 무효 주장 - 기간이 지났다면 무효확인소송이나 환급 청구를 준비합니다.
• 환급 시효 관리 - 이미 낸 세금은 5년 안에 환급을 청구합니다.

같은 사안 유형을 질문 중심으로 다룬 「양도세 신고 6년 뒤 매수인 신고가와 다르다며 과세됐다면 제척기간이 지난 것 아닌가요?」에서 자세히 설명했습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 신고한 가액이 실제 거래가액이었는지와 신고 여부, 고지 시점에 따라 처분이 무효인지가 달라집니다. 법무법인 윤성은 제척기간 다툼과 양도소득세 불복, 무효확인소송과 환급 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 제척기간이 지난 세금을 이미 냈다면 돌려받을 수 있나요?
  네, 무효인 처분으로 낸 세금은 잘못 낸 세금으로 국세환급금 대상이 됩니다. 다만 환급청구권은 행사할 수 있는 때부터 5년이 지나면 시효로 소멸합니다.
• 예정신고를 했다면 제척기간은 예정신고기한부터 세나요?
  아닙니다. 시행령은 예정신고기한을 과세표준신고기한에 넣지 않으므로, 양도소득세는 확정신고기한의 다음 날인 다음 연도 6월 1일부터 셉니다.
• 양도세 신고를 아예 하지 않았다면 제척기간은 얼마인가요?
  법정신고기한까지 과세표준신고서를 내지 않았다면 7년입니다. 부정행위로 포탈했다면 10년이 적용되고, 역외거래는 이보다 더 깁니다. 신고했는지와 신고 내용이 사실이었는지가 기간을 가릅니다.
• 매수인이 취득가액을 높게 신고했다는 이유만으로 부정행위가 되나요?
  그것만으로 매도인의 부정행위가 되지는 않습니다. 이 판결에서도 매도인 신고가가 사실에 부합해 5년이 적용되었으므로, 실제 거래가액을 보여 주는 자료로 반박합니다.
• 무효확인소송에도 90일 제소기간이 있나요?
  행정소송법은 무효등 확인소송에 취소소송의 제소기간 조항을 준용하지 않습니다. 그래서 90일이 지났어도 무효확인을 구할 수 있지만, 환급청구권 시효는 따로 관리해야 합니다.

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