불복·환급

양도세 신고 6년 뒤 매수인 신고가와 다르다며 과세됐다면 제척기간이 지난 것 아닌가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신

네, 양도소득세를 제대로 신고했고 부정행위가 없다면 부과제척기간은 확정신고기한 다음 날부터 5년이고, 그 뒤에 한 과세처분은 무효입니다. 국세기본법 제26조의2 제1항은 부과제척기간을 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 정하고, 대법원 2007두24364 판결은 제척기간이 지난 뒤의 과세처분을 무효로 보았습니다. 지금은 양도한 해의 다음 연도 5월 31일을 기준으로 5년이 지났는지, 이중계약서처럼 부정행위로 볼 사정이 없는지부터 확인하십시오.

매수인이 다른 금액으로 신고했다는 이유만으로 내 신고가액이 틀렸다고 먼저 수정신고할 필요는 없습니다. 제척기간이 지났는지부터 따져야 합니다.

이런 상담이 많습니다

T씨는 2019년 10월 토지를 팔고 같은 해 12월 실제 받은 금액으로 양도소득세 예정신고를 했습니다. 매수인은 그 뒤 토지를 다시 팔면서 T씨에게서 산 가격을 더 높게 신고했습니다. 세무서는 2025년 7월 두 신고가 다르다며 T씨의 실지양도가액을 부인하고 양도소득세를 고지했습니다. T씨의 계약서와 대금 입금 내역은 신고한 금액과 일치했고, T씨는 이미 기한이 지난 것 아니냐고 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

양도소득세 부과제척기간은 언제부터 계산하나요?

확정신고기한 다음 날부터 계산합니다. 양도소득세 확정신고기한은 양도한 해의 다음 연도 5월 31일이므로 부과제척기간은 그다음 날인 6월 1일부터 셉니다. 예정신고기한은 여기서 말하는 과세표준신고기한에 들어가지 않으므로, 예정신고를 했더라도 기산일은 확정신고기한 다음 날입니다. 2026. 9. 29. 기준 현행 「국세기본법 시행령」 제12조의3 제1항 제1호가 이 기준을 정합니다.

그래서 2019년 양도분은 2020년 6월 1일부터 5년인 2025년 5월 31일에 부과제척기간이 끝납니다. 2025년 7월의 과세처분은 기간이 지난 뒤의 처분입니다.

제척기간이 지난 과세처분은 어떤 효력이 있나요?

무효입니다. 제척기간이 지나면 과세권 자체가 소멸하므로 그 뒤의 부과처분은 당연무효가 됩니다. 대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두24364 판결은 부과제척기간이 지난 뒤 이루어진 종합소득세 부과처분을 무효로 보고 원심을 파기했습니다. 이미 세금을 냈다면 부당이득으로 돌려받을 수 있습니다.

제척기간이 7년이나 10년으로 늘어나는 경우는요?

법정신고기한까지 과세표준신고서를 내지 않았다면 7년, 사기나 그 밖의 부정한 행위로 세금을 포탈했다면 10년입니다. 매수인과 짜고 실제보다 낮은 금액으로 이중계약서를 쓴 경우처럼 적극적인 부정행위가 있으면 10년 제척기간이 적용될 수 있습니다. 내 신고가액이 실제 거래금액과 일치한다는 자료가 중요한 이유입니다.

매수인 신고가와 다르면 누구 금액이 맞나요?

어느 신고가 맞는지는 계약서, 대금 입금 내역, 중개 기록 같은 객관적 자료로 정합니다. 매수인이 나중에 되팔면서 취득가액을 높게 신고했다는 사정만으로 내 양도가액이 틀렸다고 볼 수는 없습니다. 제척기간 안의 처분이라도 이 자료로 실지양도가액을 다툴 수 있습니다.

양도세 제척기간 다툼 대응 순서

• 양도일·신고일 확인 - 잔금일과 예정신고·확정신고 접수일을 확인합니다. 기산일 계산의 출발점입니다.
• 제척기간 계산 - 양도 다음 연도 6월 1일부터 5년이 지났는지 봅니다. 고지일과 비교합니다.
• 부정행위 여부 점검 - 이중계약서나 거짓 증빙이 없었는지 봅니다. 있으면 10년이 적용될 수 있습니다.
• 거래 증빙 정리 - 매매계약서, 대금 입금 내역, 중개 기록을 모읍니다. 신고가액이 실제와 같다는 증거입니다.
• 불복 또는 무효 주장 - 고지 후 90일 안에 이의신청·심사청구·심판청구를 내고, 기간이 지났으면 무효확인이나 환급 청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 매수인과 사이에 가격을 둘러싼 합의나 별도 약정이 있었거나 신고서에 누락된 부분이 있으면 적용 기간이 달라지므로 계약서와 신고 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 부과처분 불복과 무효확인 소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 예정신고를 했으면 기산일이 빨라지나요?
  빨라지지 않습니다. 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호는 중간예납·예정신고기한과 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함하지 않는다고 정합니다. 그래서 예정신고를 했더라도 부과제척기간은 확정신고기한인 다음 연도 5월 31일의 다음 날부터 계산합니다.
• 제척기간이 지난 과세는 어떻게 다투나요?
  무효를 주장합니다. 대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두24364 판결은 제척기간이 지난 뒤의 과세처분을 무효로 보았습니다. 무효확인 소송은 제소기간 제한이 없지만, 과세관청이 10년 제척기간을 주장할 수 있으므로 고지 후 90일 안에 취소를 구하는 불복도 함께 내 두는 편이 안전합니다.
• 이중계약서를 썼다면 달라지나요?
  달라질 수 있습니다. 국세기본법 제26조의2 제2항 제2호는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 경우 부과제척기간을 10년으로 정합니다. 실제보다 낮은 금액의 계약서를 따로 만들어 신고했다면 부정행위로 볼 가능성이 크고, 이때는 5년이 지나도 과세할 수 있습니다.
• 신고를 아예 안 했다면요?
  법정신고기한까지 과세표준신고서를 내지 않았다면 부과제척기간은 7년입니다. 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호의 기준입니다. 예정신고를 하지 않았더라도 확정신고를 했다면 신고한 것으로 보므로, 어느 신고를 언제 했는지 접수증으로 확인해야 합니다.
• 매수인 신고가가 더 높으면 제 신고가 틀린 건가요?
  그렇게 단정할 수 없습니다. 매수인이 되팔면서 취득가액을 높게 신고한 것은 매수인의 신고일 뿐이고, 실지양도가액은 계약서와 대금 입금 내역 같은 객관적 자료로 정합니다. 제척기간 안의 처분이라도 이 자료로 다툴 수 있으며, 양도소득세 확정신고기한은 소득세법 제110조 제1항에 따릅니다.
• 이미 낸 세금도 돌려받을 수 있나요?
  제척기간이 지난 뒤의 과세처분은 무효이므로 이미 낸 세금은 법률상 원인 없이 낸 것이 되어 돌려받을 수 있습니다. 대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두24364 판결이 제척기간 도과 처분을 무효로 본 것이 그 근거입니다. 환급을 청구하거나 부당이득 반환 소송을 검토합니다.

비슷한 상황

• 양도소득세가 예상보다 많이 나왔는데 다툴 수 있나요?
• 세금 고지서를 받았는데 언제까지 다퉈야 하나요?
• 국세가 5억원 이상이면 10년이 지나야 징수권이 소멸하나요?

이 페이지는 일반적인 절차 안내입니다. 개별 사안의 판단은 상담에서 합니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성