불복·환급

결손금 소급공제로 환급받은 뒤 세무조사로 결손금이 늘면 더 돌려받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 중소기업이 결손금 소급공제 환급을 신청해 받은 뒤 경정으로 그 사업연도의 결손금이 늘어났다면, 늘어난 결손금에 대해 경정청구로 추가 환급을 구할 수 있습니다. 국세청은 중간예납 특례로 환급받고 정기신고 때 정산 납부까지 한 법인의 경정청구를 인정했습니다. 지금은 결손이 발생한 사업연도의 법정신고기한부터 5년이 지났는지부터 확인해야 합니다.

소급공제 환급을 다시 처음부터 신청할 필요는 없습니다. 당초 환급신청서가 제출되어 있다면 늘어난 결손금 부분만 경정청구서에 적어 추가 환급을 구하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

부동산 개발업을 하는 중소기업 A법인은 2023 사업연도에 결손이 났습니다. 2024년 3월 법인세를 신고하면서 결손금 5억원을 직전 사업연도 소득에 소급공제해 1억원을 환급받았습니다. 2025년 세무조사에서 용역 매출의 귀속시기가 잘못됐다는 지적이 나와 2022 사업연도 소득이 늘고 그만큼 2023 사업연도 손금이 추가로 인정되면서 2023년 결손금이 8억원으로 늘었습니다. A법인은 늘어난 결손금 3억원을 소급공제해 추가로 돌려받을 수 있는지, 이미 환급신청을 한 번 했는데 다시 신청할 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

경정으로 결손금이 늘면 추가 환급을 청구할 수 있나요?

네, 당초 소급공제 환급을 신청해 받은 사업연도의 결손금이 경정으로 늘어났다면 늘어난 부분에 대해 경정청구로 추가 환급을 구할 수 있습니다. 결손금 소급공제는 중소기업이 각 사업연도에 결손금이 생긴 경우 직전 사업연도 법인세액을 한도로 환급을 신청하는 제도이고, 신고기한까지 환급신청서를 내고 결손 사업연도와 직전 사업연도를 모두 기한 안에 신고했을 때 적용됩니다. 국세청은 결손금이 이월공제가 원칙이고 소급공제는 납세자의 선택이므로 환급신청서가 제출된 경우에만 경정청구도 가능하다고 일관되게 해석해 왔습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「법인세법」 제72조도 신청을 전제로 한 구조를 그대로 두고 있으므로, 당초 신청이 있었는지가 추가 환급의 출발점입니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 결손금 소급공제 환급을 받은 뒤 정기신고 때 결손금 감소로 정산 납부까지 한 법인이라도, 신고기한 뒤 경정으로 그 사업연도 결손금이 늘어났다면 늘어난 결손금에 대해 경정청구로 추가 소급공제를 받을 수 있다고 회신했습니다(기준-2024-법규법인-0033, 2024. 9. 26.). 질의 법인은 2020년 중간예납기간에 결손이 나자 당시 「조세특례제한법」 제8조의4의 중간예납 결손금 소급공제 환급 특례로 환급을 받았고, 정기신고 때 전체 사업연도 결손금이 중간예납기간 결손금보다 줄어 환급특례 정산서를 내고 차액을 납부했습니다. 그 뒤 세무조사에서 용역 귀속시기 오류로 2019년 익금에 산입된 금액이 2020년 손금으로 추인되어 결손금이 늘자 추가 환급을 경정청구했습니다. 국세청은 정기신고 때 결손금이 줄어든 법인은 법령상 환급신청서가 아니라 정산서를 낼 수밖에 없었으므로 절차를 지킨 것이고, 전체 사업연도 기준으로 결손이 났다면 「법인세법」 제72조의 요건을 갖춘 것으로 보는 것이 합리적이라고 판단했습니다. 중간예납 때 신청하지 않고 정기신고 때 신청했다면 추가 환급이 되는데 신청 시기에 따라 결과가 달라지는 것은 불합리하다는 점도 들었습니다. 다만 그 사업연도 전체가 결손인 경우에 한정했습니다.

이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 해석입니다. 당초 환급신청서나 정산서를 전혀 내지 않았거나, 사업연도 전체로는 소득이 난 경우라면 결론이 달라질 수 있습니다.

추가 환급액은 어떻게 계산하나요?

환급액은 직전 사업연도 산출세액에서, 직전 사업연도 과세표준에서 소급공제하는 결손금을 뺀 금액에 직전 사업연도 세율을 적용한 세액을 뺀 금액입니다. 한도는 직전 사업연도 산출세액에서 공제·감면세액을 뺀 금액입니다. 2026. 1. 1.부터 적용되는 법인세율은 과세표준 2억원 이하 10%, 2억원 초과 200억원 이하는 2천만원에 2억원 초과분의 20%를 더한 금액입니다.

단순 예시 계산으로, 직전 사업연도 과세표준이 10억원이고 현행 세율로 산출세액이 1억8천만원일 때 결손금 5억원을 소급공제하면 과세표준 5억원의 세액은 8천만원이므로 환급액은 1억원입니다. 경정으로 결손금이 8억원이 되면 과세표준 2억원의 세액은 2천만원이므로 환급액은 1억6천만원이 되고, 이미 받은 1억원을 뺀 6천만원이 추가 환급 대상입니다. 소급공제 결손금이 직전 사업연도 과세표준을 넘는 부분은 소급공제 결손금으로 보지 않으므로 그 부분은 이월공제로 남습니다.

반대로 결손금이 줄어들면 어떻게 되나요?

환급받은 뒤 경정으로 결손금이 줄어들면 과다 환급된 세액에 이자상당액을 더한 금액을 결손 사업연도의 법인세로 징수합니다. 이자는 당초 환급세액 통지일의 다음 날부터 징수 세액 고지일까지 하루 10만분의 22의 비율로 붙되, 과다 환급에 정당한 사유가 있으면 「국세기본법 시행령」의 이자율을 적용합니다. 직전 사업연도의 과세표준이나 세액이 달라진 경우에는 세무서가 당초 환급세액을 바로 경정해 추가 환급하거나 차액을 징수합니다. 중소기업이 아닌 법인이 환급받은 경우에도 환급세액 전부를 징수하므로, 환급 신청 전에 중소기업 요건을 확인해야 합니다.

결손금 소급공제 추가 환급 대응 순서

• 당초 신청 확인 - 결손 사업연도 신고 때 소급공제법인세액환급신청서를 냈는지, 특례 정산서를 냈는지 신고 서류로 확인합니다. 신청 없이 이월공제를 택했다면 경정청구로 소급공제를 새로 선택하기 어렵습니다.
• 경정 내역 정리 - 세무조사 결과통지서와 경정 결의 내용으로 결손 사업연도의 결손금이 얼마나 늘었는지, 직전 사업연도 소득이 함께 바뀌었는지 정리합니다.
• 환급액 재계산 - 직전 사업연도 산출세액과 공제·감면세액을 기준으로 한도를 계산하고, 늘어난 결손금을 반영한 환급액에서 기환급액을 뺍니다.
• 경정청구 - 결손 사업연도 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구서를 내고, 거부 통지를 받으면 받은 날부터 90일 안에, 2개월 안에 아무 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지 전이라도 심판청구 등 불복을 검토합니다.
• 사후 점검 - 이후 다른 경정으로 결손금이 줄어들 가능성과 이자상당액 징수 위험을 함께 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 중간예납 특례처럼 한시 규정으로 환급받았거나 직전 사업연도까지 함께 경정된 경우에는 당시 신고서·정산서·경정결의서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 경정거부처분에 대한 조세불복과 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 환급신청을 안 했으면 경정청구로 받을 수 있나요?
  어렵습니다. 국세청은 결손금은 이월공제가 원칙이고 소급공제는 납세자가 선택하는 것이므로, 신고기한까지 환급신청서를 낸 경우에만 환급과 경정청구가 가능하다고 해석해 왔습니다. 회신 사안도 중간예납 때 환급신청을 하고 정기신고 때 정산서를 낸 법인이어서 절차를 지킨 것으로 보았습니다.
• 소급공제는 어떤 법인이 받을 수 있나요?
  중소기업에 해당하는 내국법인만 받을 수 있고, 결손이 난 사업연도와 그 직전 사업연도의 법인세를 모두 신고기한 안에 신고한 경우에만 적용됩니다. 중소기업이 아닌 법인이 환급받으면 환급세액에 이자상당액을 더해 징수되므로, 매출액 기준 등 중소기업 요건을 먼저 확인해야 합니다.
• 환급 한도는 어떻게 정해지나요?
  직전 사업연도의 법인세 산출세액에서 토지등 양도소득에 대한 법인세와 공제·감면된 세액을 뺀 금액이 한도입니다. 소급공제하는 결손금이 직전 사업연도 과세표준보다 크면 넘는 부분은 소급공제 결손금으로 보지 않고 이월공제 대상으로 남습니다.
• 직전 사업연도 세금이 함께 경정되면 어떻게 되나요?
  당초 환급세액 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액이나 과세표준이 달라지면 세무서가 바로 당초 환급세액을 경정해 추가로 환급하거나 과다 환급분을 징수해야 합니다. 직전 사업연도 소득이 늘어난 경우에는 소급공제 한도도 함께 늘어나므로 두 사업연도를 같이 계산해야 합니다.
• 결손금이 줄면 이자는 얼마나 붙나요?
  경정으로 결손금이 줄어 환급세액이 과다해지면 과다 환급세액에 당초 환급세액 통지일의 다음 날부터 징수 세액 고지일까지 하루 10만분의 22의 비율로 계산한 이자상당액을 더해 징수합니다. 과다 환급에 정당한 사유가 있으면 국세기본법 시행령의 이자율을 적용합니다.
• 2020년 중간예납 특례는 지금도 있나요?
  없습니다. 회신 사안의 특례는 2020년 중간예납기간 결손금에 대해 한시적으로 소급공제 환급을 허용한 것이었고, 현행 조세특례제한법 제8조의4는 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도의 결손금을 직전 2개 과세연도 세액 한도로 환급하는 특례로 바뀌었습니다. 지금은 법인세법 제72조의 일반 소급공제가 기준입니다.
• 경정청구가 거부되면 어떻게 하나요?
  세무서가 거부하면 그 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 제기할 수 있고, 경정청구를 받은 날부터 2개월 안에 아무 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지 전이라도 불복할 수 있습니다. 당초 환급신청 사실과 경정으로 늘어난 결손금을 서류로 보일 수 있을 때 다툴 실익이 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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