법인세·소득세

계열사로 옮기며 받은 퇴직금, 출자관계가 끊겨도 최종 퇴직 때 합쳐 정산되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 출자관계에 있던 계열사로 옮기면서 받은 퇴직금은 그 뒤 두 회사의 출자관계가 끊겼더라도 마지막 퇴직금을 받을 때 합쳐서 퇴직소득세를 정산할 수 있습니다. 국세청은 2025년 2월 18일 회신(서면-2023-법규소득-4505)에서 출자관계 법인으로의 전출을 이유로 맺은 근로계약은 사용자가 같은 하나의 계약이고 법 문언이 출자관계를 최종 퇴직 때까지 유지하라고 요구하지 않는다고 보았습니다. 지금은 첫 회사에서 받은 퇴직소득 원천징수영수증이 남아 있는지부터 확인해 두십시오.

첫 회사와 마지막 회사의 출자관계가 지금 남아 있는지 증명할 필요는 없습니다. 옮길 당시에 출자관계가 있었다는 사실만 확인되면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2004년 한 제조회사에 입사해 일하다가, 2009년 회사가 외국 회사와 합작법인을 세우면서 A씨가 속한 사업부가 그 합작법인으로 넘어갔습니다. A씨는 2009년 원래 회사를 퇴사하며 퇴직금을 받고 합작법인에 다시 입사했습니다. 그 뒤 원래 회사는 2018년 합작법인 지분을 모두 팔아 두 회사 사이에 출자관계가 사라졌습니다. A씨는 2025년 합작법인에서 퇴직하며 두 번째 퇴직금을 받았는데, 회사는 출자관계가 끊겼으니 2009년 퇴직금과 합쳐 정산할 수 없다고 했습니다. A씨는 16년치 퇴직금만으로 세금을 계산하면 근속연수 공제가 줄어 불리하다며 합산 정산이 되는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 출자관계가 끊긴 관계사 전출 퇴직금을 어떻게 해석했나요?

직접 또는 간접으로 출자관계에 있는 법인으로 옮기면서 받은 퇴직금은 그 뒤 출자관계가 끊겼더라도 세액정산 대상인 「대통령령으로 정하는 근로계약에서 이미 지급받은 퇴직소득」에 해당한다고 해석했습니다. 국세청은 서면-2023-법규소득-4505(2025. 2. 18.) 회신에서 세 가지 이유를 들었습니다. 첫째, 시행령은 출자관계 법인으로의 전출을 이유로 맺는 계약을 사용자가 같은 하나의 계약에 명시적으로 포함하고 있고, 정산 대상인지는 계약을 맺을 때 사용자가 같았는지로 보면 됩니다. 둘째, 법 문언은 출자관계가 최종 퇴직 때까지 유지될 것을 요구하지 않습니다. 셋째, 출자관계가 끊기는 것은 경영자와 주주의 판단이지 근로자가 관여할 수 없는 일이므로, 그에 따라 근로자의 퇴직소득 계산 방식이 달라지는 것은 맞지 않습니다. 이 회신은 전출 당시 두 법인 사이에 출자관계가 있었다는 사실관계를 전제로 하므로, 전출 당시에도 출자관계가 없었다면 결론이 달라질 수 있습니다.

퇴직소득 세액정산은 어떤 경우에 어떻게 하나요?

2026. 10. 6. 기준 현행 「소득세법」은 퇴직자가 퇴직소득을 받을 때 같은 과세기간에 이미 받은 퇴직소득이나 대통령령으로 정하는 근로계약에서 이미 받은 퇴직소득의 원천징수영수증을 제출하면, 원천징수의무자가 두 퇴직소득을 합친 금액에 대해 정산한 소득세를 원천징수하도록 정합니다. 시행령은 「대통령령으로 정하는 근로계약」을 근로제공을 위해 사용자와 맺는 계약으로서 사용자가 같은 하나의 계약이라고 정하면서, 합병·분할 등 조직변경, 사업양도, 직접·간접 출자관계 법인으로의 전출, 같은 사업자의 다른 사업장으로의 전출 사유로 맺는 계약을 여기에 포함합니다.

• 정산 세액 - 이미 지급된 퇴직소득과 이번에 지급할 퇴직소득을 합친 퇴직소득누계액에 대한 세액을 계산한 뒤 이미 지급된 퇴직소득에 대한 세액을 뺍니다.
• 근속연수 - 두 퇴직소득의 근속연수를 합산한 월수에서 겹치는 기간의 월수를 뺀 월수로 계산합니다.
• 제출 서류 - 첫 퇴직 때 받은 퇴직소득 원천징수영수증을 마지막 회사에 냅니다. 원천징수영수증은 퇴직소득을 지급한 자가 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 발급해야 합니다.
• 정산 효과 - 근속연수가 길어져 근속연수공제가 커지고 연분연승 계산에서 세 부담이 줄어드는 경우가 많습니다.

회신 이후 퇴직소득 정산 규정에서 무엇이 바뀌었나요?

2025년 2월 28일 시행령 개정으로 정산 세액 계산 방식과 근속연수 계산 방식의 문구가 정리됐습니다. 정산 세액은 퇴직소득누계액에 대한 세액에서 이미 지급된 퇴직소득에 대한 세액을 빼는 방식으로, 근속연수는 합산 월수에서 중복 월수를 빼는 방식으로 조문에 명시됐습니다. 전출 사유를 포함하는 「사용자가 같은 하나의 계약」의 정의는 그대로이므로 회신의 결론에는 영향이 없습니다.

관계사 전출 퇴직금 정산 대응 순서

• 전출 당시 출자관계 확인 - 옮길 당시 두 회사의 지분 관계를 보여 주는 등기부, 사업보고서, 전출 발령 공문을 찾습니다. 전출 뒤 지분 매각 시점은 결론에 영향이 없습니다.
• 원천징수영수증 확보 - 첫 회사에서 받은 퇴직소득 원천징수영수증을 찾고, 없으면 첫 회사에 재발급을 요청하거나 홈택스 지급명세서 조회로 확보합니다.
• 회사에 정산 요청 - 마지막 회사에 영수증과 이 회신을 제시하고 합산 정산을 요청합니다.
• 경정청구 - 회사가 정산 없이 원천징수했다면 원천징수세액 납부기한이 지난 후 5년 안에 관할 세무서에 경정청구를 합니다.
• 심판청구 - 경정청구가 거부되면 그 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 전출 당시 출자관계가 간접 출자였거나 전출이 아니라 자발적 이직이었다면 발령 공문과 지분 구조를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 퇴직소득세 정산과 경정청구를 둘러싼 조세불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 출자관계가 끊긴 뒤 퇴직하면 합산 정산이 안 되나요?
  됩니다. 국세청은 서면-2023-법규소득-4505(2025. 2. 18.) 회신에서 출자관계 법인으로의 전출을 이유로 받은 퇴직금은 그 뒤 출자관계가 끊겨도 세액정산 대상이라고 했습니다. 법 문언이 출자관계를 최종 퇴직 때까지 유지하라고 요구하지 않고, 지분 변동은 근로자가 관여할 수 없는 일이기 때문입니다.
• 사용자가 같은 하나의 계약이란 무엇인가요?
  근로제공을 위해 사용자와 맺는 계약으로서 사용자가 같은 하나의 계약을 말하고, 합병·분할 등 조직변경, 사업양도, 직접·간접 출자관계 법인으로의 전출, 같은 사업자의 다른 사업장 전출 사유로 맺는 계약을 포함합니다. 전출 당시 출자관계가 있었다면 회사가 바뀌어도 하나의 계약으로 봅니다.
• 합산 정산을 하면 세금이 얼마나 줄어드나요?
  두 퇴직소득을 합친 누계액에 대한 세액에서 이미 낸 세액을 빼는 방식이고, 근속연수는 두 기간을 합산한 월수에서 겹치는 월수를 뺀 월수로 계산합니다. 근속연수가 길어질수록 근속연수공제가 커지므로 세 부담이 줄어드는 경우가 많습니다. 실제 금액은 두 퇴직금과 근속 월수로 계산해야 합니다.
• 첫 회사 원천징수영수증이 없으면 어떻게 하나요?
  정산은 이미 받은 퇴직소득의 원천징수영수증을 원천징수의무자에게 제출하는 방식으로 하므로 영수증이 필요합니다. 퇴직소득을 지급한 자는 지급일이 속하는 달의 다음 달 말일까지 영수증을 발급할 의무가 있으니 첫 회사에 재발급을 요청하고, 홈택스 지급명세서 조회로도 확인할 수 있습니다.
• 회사가 정산을 거절하면 어떻게 하나요?
  근로자가 직접 경정청구를 할 수 있습니다. 퇴직소득만 있어 확정신고를 하지 않은 원천징수대상자도 원천징수세액의 납부기한이 지난 후 5년 안에 관할 세무서에 경정을 청구할 수 있습니다. 첫 퇴직 원천징수영수증과 전출 당시 출자관계 자료를 붙이고, 세무서가 거부하면 그 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구로 다툽니다.
• 전출 당시 출자관계는 무엇으로 증명하나요?
  전출 당시 두 회사의 법인등기부, 사업보고서나 감사보고서의 지분 현황, 전출 발령 공문으로 증명합니다. 시행령은 직접 출자뿐 아니라 간접 출자관계 법인으로의 전출도 포함하므로 모회사를 거친 지분 관계도 해당합니다. 전출 뒤의 지분 매각 시점은 결론에 영향이 없습니다.
• 자발적으로 이직한 경우에도 합산되나요?
  이 회신은 회사 결정으로 사업부가 이전되어 관계사로 전출한 경우를 전제로 합니다. 출자관계가 없는 회사로 스스로 옮겼다면 사용자가 같은 하나의 계약이 아니므로 합산 정산 대상이 아닙니다. 같은 과세기간에 두 퇴직소득을 받은 경우는 별도 규정으로 합산합니다.

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