법인세·소득세

최대주주 대표만 퇴직금 배수를 20배로 정하면 손금으로 인정되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 최대주주인 대표가 스스로 의결한 규정으로 다른 임원보다 크게 차등해 과다하게 받는 퇴직금은 사회통념상 적정 범위를 넘는 부분이 손금에 들어가지 않습니다. 인건비 중 과다하거나 부당한 금액은 손금불산입되고, 자금 분여를 위한 일시적 규정은 손금 한도 기준이 되지 못하기 때문입니다. 지금은 차등을 설명할 공헌도와 근속 자료가 있는지부터 확인하십시오.

임원마다 퇴직금 배수를 다르게 정했다는 사실만으로 손금이 부인되는 것은 아닙니다. 직위와 공헌도에 따라 차등을 두는 것은 허용되고, 문제는 그 차등이 합리적 이유 없이 특정인에게 몰렸는지입니다.

이런 상담이 많습니다

화학제품 도매업을 하는 A법인은 임원이 대표이사, 이사, 감사 세 명뿐이고 대표가 주식의 85%를 갖고 있습니다. 2024년 정기주주총회에서 정관의 위임에 따라 임원 퇴직금지급규정을 새로 만들면서 대표이사는 기준금액의 20배, 다른 임원은 5배로 정했습니다. 대표의 직전 1년 급여도 다른 임원보다 크게 높았고, 2025년 대표는 급여를 연봉제로 바꾸면서 그때까지의 퇴직금을 중간정산해 받으려 했습니다. 세무대리인은 이 금액이 손금으로 인정되기 어렵다며 상담을 권했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대표만 퇴직금 배수를 높게 정하면 손금이 안 되나요?

최대주주인 대표가 임의로 퇴직금지급규정을 의결해 사회통념과 상관행에 비추어 일반적으로 적용될 것으로 보기 어려운 수준으로 차등 과다지급했다면, 그 과다 부분은 손금에 넣을 수 없습니다. 인건비 중 과다하거나 부당한 금액은 손금에 산입하지 않기 때문입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」도 같은 구조입니다.

• 차등 자체는 허용 - 공헌도, 직위, 근속연수, 업무의 중요도와 책임에 따라 배수를 달리 정할 수 있습니다.
• 판단 기준 - 차등이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 있는지 봅니다.
• 의심받는 신호 - 지배주주가 규정을 만들고 그 혜택을 받으며, 기준 급여까지 다른 임원보다 크게 높게 잡은 경우입니다.

대법원은 퇴직급여 규정이 근로의 대가가 아니라 특정 임원에게 법인 자금을 나눠 주기 위한 일시적 방편으로 만들어졌고 지급액이 근속기간이나 근무내용에 비추어 재직 중 공헌의 대가로 보기 어려울 만큼 과다한 등 특별한 사정이 있다면 그 규정은 손금 한도의 기준이 되는 퇴직급여 규정으로 볼 수 없고, 법정 산식으로 계산한 금액을 넘는 부분은 손금이 아니라고 보았습니다.

연봉제로 바꾸며 임원 퇴직금을 중간정산하면 손금인가요?

아니요, 지금은 임원이 연봉제로 바뀌었다는 이유만으로 퇴직금을 중간정산해 받으면 현실적인 퇴직으로 보지 않아 손금에 넣을 수 없습니다. 연봉제 전환 중간정산을 현실적인 퇴직으로 보던 시행령 규정이 2015. 2. 3. 삭제됐고, 현행 시행령은 임원 중간정산을 주택 구입, 3개월 이상의 질병 치료·요양, 재해 같은 사유로 한정합니다.

• 현실적 퇴직이 아닌 지급 - 실제 퇴직할 때까지 업무무관 가지급금으로 봅니다.
• 인정 사유 - 정관이나 정관에서 위임한 퇴직급여지급규정에 따라 법정 사유로 중간정산한 경우만 해당합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 대표이사 퇴직금을 기준금액의 20배, 다른 임원은 5배로 정한 규정을 의결해 지급한 사안에서, 최대주주인 대표가 임의로 규정을 의결해 사회통념과 상관행에 비추어 일반적으로 적용될 것으로 인정되지 않는 차등 과다지급이면 손금에 산입하지 않는다고 답했습니다(법규법인2012-0389, 2012. 11. 30.).

국세청은 기준금액 배수 차이에 기준 급여 차이까지 더하면 실질 차이가 약 8배에 이른다는 점을 지적하면서도, 차등에 합리적 이유가 있으면 사회통념상 적정하다고 본 사례도 있으므로 사실판단할 사항이라고 덧붙였습니다. 이 회신은 연봉제 전환 중간정산이 현실적 퇴직으로 인정되던 시기의 해석이어서, 지금은 중간정산 단계에서부터 결론이 달라집니다.

대표 퇴직금이 개인 세금에서도 문제 되나요?

네, 손금 문제와 별개로 임원 퇴직소득에는 소득세법상 한도가 있어 이를 넘는 금액은 퇴직소득이 아니라 근로소득으로 과세됩니다. 2020. 1. 1. 이후 근무기간분은 퇴직 전 3년 평균 급여의 10분의 1에 근무기간과 2배를 곱한 금액이 기준입니다.

대표 퇴직금 차등 지급 대응 순서

• 규정 경위 확인 - 퇴직금지급규정을 언제 누가 의결했는지, 종전 규정과 비교해 얼마나 올렸는지 정리합니다.
• 차등 근거 정리 - 대표의 공헌도, 근속연수, 경영 성과, 다른 비슷한 규모 법인의 지급 수준 자료를 모읍니다.
• 지급 사유 점검 - 실제 퇴직인지, 법정 사유의 중간정산인지 확인하고 해당하지 않으면 지급 시기를 다시 검토합니다.
• 과세전적부심사 - 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사청구서를 내 차등의 합리성을 다툽니다.
• 심판청구 - 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 규정을 퇴직 직전에 만들었거나 기준 급여를 갑자기 올렸다면 손금 부인 범위가 넓어질 수 있으므로 의결 경위와 급여 이력을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 임원 퇴직금 손금 부인과 법인세 부과처분 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 임원별로 퇴직금 배수를 다르게 정해도 되나요?
  네, 임원의 공헌도, 직위, 근속연수, 업무의 중요도와 책임에 따라 배수를 달리 정할 수 있습니다. 다만 그 차등이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 있어야 하므로 차등 근거를 규정과 의사록에 남겨 두어야 합니다.
• 정관 위임 규정이 없으면 한도는 얼마인가요?
  정관이나 정관에서 위임한 퇴직급여지급규정이 없으면 퇴직 전 1년 동안 지급한 총급여액의 10분의 1에 근속연수를 곱한 금액까지만 손금이 됩니다. 규정이 자금 분여용으로 판단돼도 이 산식이 기준이 됩니다.
• 퇴직 직전에 급여를 올리면 어떻게 되나요?
  대법원은 특정 임원에게 자금을 나눠 주려고 퇴직 직전 월 급여를 합리적 이유 없이 올렸다면 인상 전 월 급여를 기초로 계산한 금액만 퇴직급여로 손금이 된다고 보았습니다. 급여 인상의 이유를 문서로 남겨 두어야 합니다.
• 임원은 어떤 사유로 중간정산할 수 있나요?
  정관이나 정관에서 위임한 퇴직급여지급규정에 따라 무주택 세대주 임원의 주택 구입, 임원이나 가족의 3개월 이상 질병 치료·요양, 천재지변 등 재해 같은 사유가 있어야 현실적인 퇴직으로 봅니다. 연봉제 전환은 이 사유가 아닙니다.
• 현실적 퇴직이 아닌데 준 퇴직금은 어떻게 되나요?
  현실적으로 퇴직하지 않은 임원에게 준 퇴직급여는 실제 퇴직할 때까지 업무무관 가지급금으로 봅니다. 그 결과 인정이자 익금산입과 지급이자 손금불산입 문제가 생길 수 있으므로 지급 전에 사유를 확인해야 합니다.
• 손금이 인정돼도 대표가 낼 세금이 늘 수 있나요?
  네, 임원 퇴직소득이 소득세법상 한도를 넘으면 초과분은 근로소득으로 과세됩니다. 2020년 이후 근무기간분은 퇴직 전 3년 평균 급여의 10분의 1에 근무기간과 2배를 곱한 금액이 기준이어서 높은 배수는 개인 세금도 키웁니다.
• 손금 부인 통지를 받으면 언제까지 다투나요?
  세무조사 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있고, 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 이의신청은 선택 절차이고, 다툼의 중심은 차등의 합리적 이유입니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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