법인세·소득세

합병 전 자문 수수료와 합병 뒤 통합 비용, 어느 회사의 손금인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

합병계약 전에 합병 여부를 판단하려고 각 회사가 낸 자문 수수료는 각자의 손금이고, 계약 뒤 통합추진단 인건비와 통합 컨설팅 비용은 존속하는 합병법인의 손금입니다. 계약 전 자문의 효익은 양쪽에, 계약 후 통합작업의 효익은 합병법인에 돌아가기 때문입니다. 지금은 비용별로 계약 체결일 전후와 지급 법인을 나눠 보십시오.

합병 비용이라고 해서 모두 존속하는 합병법인이 떠안아야 하는 것은 아닙니다. 비용이 생긴 시점이 합병계약 체결 전인지 후인지, 그 효익이 누구에게 돌아가는지에 따라 부담 법인이 갈립니다.

이런 상담이 많습니다

같은 그룹에 속한 A법인과 B법인은 2025년 초 합병을 검토하면서 각자 회계법인과 법무법인에 합병 타당성 검토를 맡겼습니다. 2025년 6월 A법인이 B법인을 흡수합병하는 계약을 맺은 뒤에는 두 회사 인원으로 통합추진단을 꾸리고 전산·인사 통합 컨설팅을 따로 발주했습니다. 그런데 통합 컨설팅 계약을 B법인 명의로 맺어 B법인이 대금을 냈고, B법인 마지막 사업연도 신고를 앞둔 재무팀은 이 비용들을 어느 법인의 손금으로 넣어야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

합병계약 전 자문 수수료는 누구의 비용인가요?

합병계약 체결 전에 합병 여부를 결정하려고 각 법인이 외부 전문기관에서 자문을 받고 낸 수수료는 그 비용을 부담한 각 법인의 손금입니다. 이 단계의 자문은 각 법인이 자기 경영 판단을 위해 사업상 필요로 받은 것이고, 그 효익도 각 법인에 돌아가기 때문입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」의 손금 요건으로 봐도 같습니다.

• 계약 주체 - 자문 계약을 맺은 법인이 누구인지 봅니다.
• 자문 성격 - 합병 여부를 판단하기 위한 검토인지, 합병 이후 통합을 위한 작업인지 봅니다.
• 제공 시기 - 합병계약 체결 전에 제공된 용역인지 봅니다.

자문 수수료가 피합병법인의 손금이 되면 피합병법인의 마지막 사업연도 소득 계산에 들어갑니다. 합병등기 전에 이미 확정된 비용이면 합병법인으로 넘기지 말고 피합병법인 신고에 반영해야 합니다.

합병계약 뒤 통합작업 비용은 누가 부담하나요?

합병계약 체결 후 통합작업을 하는 통합추진단 인건비와 관련 경비, 통합작업 외부 컨설팅 비용은 합병법인의 손금입니다. 계약으로 합병 당사자가 정해진 뒤의 통합작업은 성공적인 합병을 위한 것이고, 그 효익은 최종적으로 존속하는 합병법인에 돌아가기 때문입니다.

• 통합추진단 인건비 - 두 회사 인원이 함께 일해도 합병법인 사업과 관련된 비용입니다.
• 통합 컨설팅 비용 - 전산·인사·조직 통합처럼 합병 후 운영을 위한 비용은 합병법인 몫입니다.
• 피합병법인이 대신 낸 경우 - 합병법인이 부담할 비용을 피합병법인이 냈다면 그 부분은 피합병법인의 손금으로 보기 어렵습니다.

특수관계인 사이에서 한쪽 법인이 다른 법인 몫의 비용을 부담하면 공동경비 분담 기준을 넘은 부분은 손금불산입되고, 부당행위계산 부인 문제로 번질 수 있습니다. 계열사끼리 비용을 정산하는 계약을 따로 맺어 두었다면 그 정산 내역이 귀속을 설명하는 근거가 됩니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 특수관계 있는 법인을 흡수합병하면서 합병법인과 피합병법인이 합병계약 체결 전에 합병 의사결정을 위해 각각 외부 전문기관에 지급한 컨설팅 비용은 각 법인의 손금이고, 합병계약 체결 후 통합추진단 인건비와 통합작업 외부컨설팅 비용은 합병법인의 손금이라고 답했습니다(사전-2015-법령해석법인-0257, 2015. 8. 10.).

국세청은 계약 전 자문은 각 법인의 경영 판단에 따른 것으로 효익이 양쪽에 귀속되고, 계약 후 통합작업은 존속하는 합병법인에 효익이 귀속된다는 점을 이유로 들었습니다. 다만 개별 비용이 어느 쪽에 해당하는지는 자문 계약 내용, 용역의 성격, 제공 시기를 종합해 사실판단할 사항이라고 덧붙였습니다. 사실관계가 다르면 결론도 달라질 수 있습니다.

합병 비용 귀속 대응 순서

• 비용 목록 작성 - 합병 관련 지출을 계약 체결 전과 후로 나누고 계약 주체·지급 법인을 표로 정리합니다.
• 용역 성격 확인 - 자문 계약서와 결과 보고서로 의사결정용 검토인지 통합작업인지 구분합니다.
• 귀속 법인 조정 - 다른 법인 몫을 대신 낸 비용은 정산 계약을 맺거나 세무조정으로 바로잡습니다.
• 수정신고·경정청구 - 피합병법인 최종 사업연도 신고에 잘못 넣었다면 수정신고를, 빠뜨렸다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.
• 불복 - 손금 부인 결과통지에는 30일 안에 과세전적부심사, 납부고지서에는 90일 안에 심판청구로 대응합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 연결납세 법인이거나 합병이 무산돼 비용만 남은 경우에는 계약서와 의사결정 경위를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 합병·분할 관련 법인세 불복과 과세전적부심사를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 합병이 무산되면 자문 수수료는 손금이 되나요?
  합병 여부를 판단하려고 각 법인이 사업상 필요로 받은 자문의 수수료는 합병이 성사되지 않아도 그 법인의 사업 관련 비용으로 손금 요건을 따질 수 있습니다. 자문 계약서와 검토 결과 보고서로 사업상 필요를 보여 주어야 합니다.
• 피합병법인이 통합 컨설팅비를 냈다면 어떻게 되나요?
  통합작업 비용은 합병법인 몫이므로 피합병법인이 냈다면 피합병법인의 손금으로 인정받기 어렵습니다. 특수관계 법인 사이라면 분담 기준을 넘은 부분이 손금불산입되고 부당행위 문제가 될 수 있어 정산 여부를 확인해야 합니다.
• 통합추진단에 피합병법인 직원이 있으면요?
  합병계약 체결 후 통합작업을 하는 인원의 인건비와 관련 경비는 그 소속과 관계없이 합병법인의 사업과 관련된 비용으로 봅니다. 다만 그 직원이 피합병법인 고유 업무를 함께 했다면 업무 비율로 나눌 근거를 남겨야 합니다.
• 피합병법인 마지막 신고에 잘못 넣었다면요?
  세무서가 경정하기 전이라면 과세표준수정신고서를 내 바로잡을 수 있습니다. 합병 후 존속하는 합병법인은 소멸한 피합병법인이 낼 국세를 납부할 의무를 지므로, 합병 뒤에는 합병법인이 이 문제를 정리하게 됩니다.
• 계약 전후 판단은 무엇을 기준으로 하나요?
  합병계약 체결일을 기준으로 용역이 제공된 시기와 용역의 성격을 함께 봅니다. 계약 전에 맺은 자문 계약이라도 실제 용역이 계약 후 통합작업이면 합병법인 몫으로 볼 수 있으므로 계약 내용과 제공 시기를 함께 확인합니다.
• 합병법인 비용을 빠뜨렸다면 돌려받을 수 있나요?
  통합작업 비용을 합병법인 손금에 넣지 않고 신고했다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다.
• 손금 부인 고지를 받으면 언제까지 다투나요?
  납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 해야 합니다. 이의신청은 선택 절차입니다. 고지 전 결과통지 단계라면 30일 안에 과세전적부심사를 먼저 청구할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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