세금

계열사에 인력과 용역을 원가로만 제공하면 부당행위계산 부인 대상인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 원가만 받았다면 부당행위계산 부인 대상이 될 수 있습니다. 외부에 같은 용역을 제공하는 가격이 있으면 그 가격이 시가입니다. 그런 가격이 없으면 원가에 정상 수익률을 더한 금액이 시가입니다. 다만 순수한 공동비용 분담이라면 용역 제공이 아니라 공동경비로 보아 따로 판단합니다.

네, 원가만 받았다면 부당행위계산 부인 대상이 될 수 있습니다. 외부에 같은 용역을 제공하는 가격이 있으면 그 가격이 시가입니다. 그런 가격이 없으면 원가에 정상 수익률을 더한 금액이 시가입니다. 다만 순수한 공동비용 분담이라면 용역 제공이 아니라 공동경비로 보아 따로 판단합니다.

원가를 받았는데도 왜 싸게 제공한 것이 되나요?

시가에는 원가뿐 아니라 정상적인 이익이 들어가기 때문입니다. 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호는 용역의 시가를 원가와 「원가 × 수익률」을 합한 금액으로 정합니다. 원가만 받았다면 그 수익률만큼 싸게 제공한 셈입니다.

원가는 직접비와 간접비를 모두 포함합니다. 파견 직원의 급여만 청구하면 원가조차 다 받지 못한 것입니다. 4대 보험료, 퇴직급여 충당분, 관리 인력 비용, 사무실 비용이 빠지기 때문입니다. 실무에서 가장 흔한 실수가 인건비 직접비만 청구하는 경우입니다.

예를 들어 계열사에 3명을 보내 연 급여 2억원을 청구했다고 보겠습니다. 보험료와 퇴직급여, 관리비를 더한 실제 원가가 2억4천만원이라면 원가에서 이미 4천만원이 부족합니다. 유사 용역 수익률이 10%라면 시가는 2억6천4백만원입니다. 차이 6천4백만원은 시가의 약 24%여서 비율 기준을 넘습니다.

수익률은 그 사업연도에 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사한 용역거래의 수익률입니다. 그런 거래가 없으면 특수관계 없는 제3자 사이 일반적인 용역거래의 수익률을 씁니다. 수익률은 기업회계기준에 따른 매출액에서 원가를 뺀 금액을 원가로 나눈 율입니다.

원가 산식보다 먼저 보는 기준이 있나요?

있습니다. 원가 산식은 다른 방법으로 시가를 정할 수 없을 때 쓰는 마지막 단계입니다. 먼저 그 회사가 특수관계 없는 고객에게 유사한 상황에서 계속 제공한 용역 단가가 있는지 봅니다. 외부 고객에게 시간당 15만원을 받는 컨설팅을 계열사에 8만원에 제공했다면 15만원이 기준입니다.

외부 단가가 없으면 감정가액 단계를 거칩니다. 용역에 대한 감정은 드물어 대부분 원가 산식으로 내려갑니다. 그래서 회사가 원가 자료를 얼마나 정확히 갖추었는지가 결론을 좌우합니다.

과세관청이 원가 산식을 쓸 때 고른 수익률도 다툴 수 있습니다. 비교한 외부 용역이 우리 용역과 성격이 다르면 그 수익률을 그대로 쓸 수 없습니다. 시가의 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있습니다.

공동비용 분담이면 부당행위계산 부인이 아닌가요?

여러 회사가 같은 조직이나 자산을 공동으로 운영하며 생긴 비용을 나누는 것은 공동경비입니다. 공동경비는 시행령 제48조의 분담기준으로 판단합니다. 그 기준을 넘는 분담액은 손금에 산입하지 않습니다.

특수관계가 있는 회사끼리 비용을 나눌 때는 원칙적으로 매출액이나 총자산가액 비율이 기준입니다. 공동행사비, 공동구매비처럼 시행규칙이 정한 비용은 참석인원이나 구매금액 비율을 쓸 수 있습니다. 매출액과 총자산가액 가운데 하나를 고르면 5개 사업연도 동안 계속 적용해야 합니다.

경계가 애매한 경우가 많습니다. 지주회사나 모회사의 인사·재무팀이 계열사 업무를 대신 처리하면 이것을 용역 제공으로 볼지 공동경비로 볼지가 문제 됩니다. 계약서에 용역 범위와 대가를 정했다면 용역 거래로 보아 시가를 따지게 됩니다. 공동조직으로 운영하며 비용만 나눈 구조라면 분담기준을 따집니다. 대법원 2012. 11. 29. 선고 2012두16305 판결이 그런 예입니다. 지배회사의 경영기획실이 계열사 업무를 조정·지원한 사안입니다. 법원은 그 운영비를 그룹 공동경비로 보았습니다. 그래서 매출액 비율로 나눈 몫을 넘는 부분은 손금에 넣지 않은 처분을 정당하다고 했습니다.

연결납세를 하면 예외가 있나요?

있습니다. 연결법인끼리 시행규칙의 요건을 갖추어 용역을 제공하면 부당행위 유형에서 빠집니다. 요건은 두 가지입니다. 용역 거래가격 때문에 연결법인세액이 달라지지 않아야 합니다. 용역을 시작한 사업연도부터 끝낸 사업연도까지 계속 연결납세방식을 적용하는 법인 사이의 거래여야 합니다.

둘째 요건을 놓치기 쉽습니다. 용역 도중에 연결납세 적용을 멈추거나 자회사를 연결집단에서 빼면 예외가 적용되지 않습니다. 여러 해에 걸친 장기 용역이라면 연결 범위가 바뀔 계획이 있는지 먼저 확인해야 합니다. 연결 조정항목 배분처럼 시행규칙이 정한 사유로 세액이 달라진 것은 변동이 없는 것으로 봅니다.

연결납세를 하지 않는 계열사라면 이 예외가 없습니다. 지분을 전부 가진 자회사라도 연결납세를 선택하지 않았다면 일반 기준을 따릅니다. 또한 시가와의 차이가 3억원 미만이고 시가의 5% 미만이면 부인되지 않습니다. 용역 대가는 매월 반복되므로 사업연도 전체 금액으로 점검해야 합니다.

부인된 금액은 이익을 받은 계열사가 국내 법인이면 기타 사외유출로 처분됩니다. 그래서 개인 소득세 문제는 생기지 않지만 우리 회사의 법인세는 늘어납니다. 상대 계열사가 이미 낸 비용을 고쳐 주는 절차가 없으므로 그룹 전체로는 세 부담이 커집니다.

계열사 용역 대가 대응 순서

• 용역 범위 정의 - 계열사에 제공하는 인력·업무 범위를 계약서에 적고, 공동경비 구조와 구분합니다.
• 원가 집계 - 인건비뿐 아니라 보험료, 퇴직급여, 관리비, 사무실 비용 같은 간접비까지 배부합니다.
• 외부 단가·수익률 확인 - 같은 용역의 외부 단가가 있으면 그 단가를, 없으면 유사 용역 수익률을 찾습니다.
• 대가 산정과 정산 - 원가에 수익률을 더한 대가를 정하고 연 단위로 정산합니다.
• 차이 점검 - 실제 대가와 시가의 차이가 3억원 또는 5% 이상인지 사업연도마다 계산합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 외부 단가의 유무와 원가 집계 범위에 따라 시가가 달라집니다. 법무법인 윤성은 계열회사 사이 용역·공동경비 구조의 부당행위계산 부인 검토와 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 계열사에 직원을 보내고 급여를 우리가 계속 주면 어떻게 되나요?
  계열사 업무를 하는 직원의 급여를 우리 회사가 부담하면 용역을 무상으로 제공한 것이 됩니다. 급여 등 원가에 정상 수익률을 더한 금액을 받아야 시가에 맞습니다.
• 반대로 계열사 용역을 비싸게 사면 어떻게 되나요?
  시가보다 높은 대가로 용역을 제공받은 것이어서 같은 기준으로 부인됩니다. 시가를 넘는 대가는 손금에서 빠지고 익금에 산입됩니다. 시가는 같은 순서로 판단합니다.
• 연결납세를 하는 자회사에 무상으로 용역을 줘도 되나요?
  연결법인세액 변동이 없는 등 시행규칙 요건을 갖추면 부당행위 유형에서 빠집니다. 다만 연결납세를 포기하거나 취소되면 그 뒤 거래는 일반 기준으로 돌아갑니다.
• 공동경비 분담 기준을 넘게 냈으면 어떻게 되나요?
  기준을 넘는 금액은 손금에 산입하지 않습니다. 매출액이나 총자산가액 비율 가운데 회사가 고른 기준으로 다시 계산해 초과분을 가려냅니다. 선택한 기준은 5개 사업연도 동안 유지됩니다.
• 해외 계열사에 경영지원 용역을 원가로 주면 같은 기준인가요?
  아니요, 국제거래에는 원칙적으로 법인세법 제52조가 적용되지 않습니다. 국제조세조정에 관한 법률의 정상가격 규정으로 판단합니다. 비교 대상과 산출 방법이 따로 정해져 있습니다.
• 용역 대가를 연말에 한꺼번에 정산해도 되나요?
  연말 정산 자체는 문제가 없습니다. 다만 정산 기준을 계약서에 미리 정해 두어야 합니다. 세무조사 뒤에 사후 정산하면 정상 거래로 인정받기 어려울 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 자회사 프로구단 적자를 모회사가 메워 준 지원금, 계열사와 나눠 손금 처리하나요?
• 완전자회사의 자산 매각손실을 모회사가 보전해 주면 손금이 되나요?
• 주주에게 빌린 후순위 차입금 이자율이 높으면 부당행위계산 부인되나요?
• 회사가 대표 대신 풋옵션 주식을 비싸게 사면 부당행위계산 부인 대상인가요?
• 회사에 주식을 계약일 시가로 팔았는데 잔금 때 값이 오르면 부당행위인가요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기