법인세·소득세

합병으로 넘겨받은 자산을 팔아 생긴 손실 이월액도 80% 한도에 걸리나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 적격합병 뒤 피합병법인에게서 승계한 자산을 팔아 생긴 처분손실 중 그해 손금에 넣지 못한 이월액은 승계받은 사업에서 생긴 소득금액의 80%(중소기업과 회생계획 이행 기업 등은 100%) 한도 안에서만 손금에 산입됩니다. 법인세법은 손금에 넣지 못한 처분손실을 합병 전 피합병법인 사업의 결손금으로 보아 이월결손금과 같은 한도를 적용합니다. 지금은 승계 사업부문의 소득금액을 구분경리로 계산할 수 있는지부터 확인해야 합니다.

처분손실 이월액을 승계 사업 소득금액 전액에서 한 번에 빼야 하는 것은 아닙니다. 한도를 넘는 금액은 사라지지 않고 다음 사업연도로 넘어가 같은 방식으로 공제되므로, 한 해에 몰아 공제하려고 소득을 조정할 이유는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

제조업을 하는 A법인은 2022년 9월 같은 업종의 B법인을 적격합병했습니다. B법인은 2017년 약 150억원을 들여 신사업 설비에 투자했지만 사업이 계획대로 되지 않았고, A법인은 합병으로 이 설비를 넘겨받았습니다. 합병 뒤 1년이 되지 않은 2023년 4월 설비를 전부 처분하면서 60억원의 처분손실이 났습니다. 그해 승계 사업부문 소득 범위에서 20억원만 손금에 넣었고, 나머지 40억원은 이월됐습니다. A법인은 2025사업연도부터 승계 사업부문 소득이 늘어나자 이월액을 공제하려 하는데, 승계 사업 소득금액 전액에서 뺄 수 있는지 80% 한도가 걸리는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

승계자산 처분손실 이월액 공제에 80% 한도가 적용되나요?

네, 적격합병을 한 합병법인이 피합병법인에게서 승계한 자산의 처분손실 중 해당 사업연도에 손금에 넣지 못한 금액은 자산 처분 시 합병 전 피합병법인 사업에서 생긴 결손금으로 보고, 피합병법인에게서 승계받은 사업에서 생긴 소득금액의 100분의 80(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등은 100분의 100) 한도 안에서 공제합니다. 법인세법은 처분손실 이월액에 이월결손금 공제 제한 규정인 제45조 제1항과 제2항을 적용하도록 하고, 제5항은 그 결손금 공제에 80% 한도를 두고 있습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「법인세법」 제45조도 같은 구조입니다.

• 대상 손실 - 합병등기일 현재 시가가 장부가액보다 낮은 자산을 그 차액 한도 안에서, 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 처분해 생긴 손실입니다.
• 당해 연도 - 합병 전 해당 법인의 사업에서 생긴 소득금액 범위에서 손금에 산입합니다.
• 이월액 - 승계 사업 소득금액의 80%(중소기업 등 100%) 한도로 공제하고, 남은 금액은 다음 사업연도로 넘깁니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 적격합병을 한 합병법인이 피합병법인이 합병 전 보유하던 자산의 처분손실 중 그 사업연도에 손금에 넣지 못한 금액을 법인세법 제45조 제3항과 제5항에 따라 합병 전 피합병법인 사업의 결손금으로 보아, 승계받은 사업에서 생긴 소득금액의 100분의 80(중소기업과 회생계획 이행 기업 등은 100분의 100) 범위에서 손금에 산입한다고 답했습니다(사전-2023-법규법인-0518, 2023. 12. 7.). 질의한 법인은 2017년 9월 다른 법인을 흡수합병해 2012년 투자된 자산을 넘겨받았고, 2018년 4월 전부 처분해 생긴 손실 중 일부만 그해 손금에 넣은 뒤 나머지를 2023사업연도에 공제할 계획이었습니다.

판단 이유는 문리해석과 과세형평입니다. 제45조 제3항은 처분손실 이월액을 결손금으로 보아 제1항과 제2항을 적용하도록 하고, 제5항은 제1항과 제2항에 따른 결손금 공제에 80% 한도를 두고 있으므로 이월액도 같은 한도를 받는다고 읽는 것이 문언에 맞습니다. 합병을 하지 않았더라면 피합병법인 스스로도 각 사업연도 소득의 80% 안에서만 결손금을 공제했을 것이므로, 합병 뒤에도 같은 한도를 적용해야 조직개편을 하지 않은 법인과 형평이 맞는다는 점도 들었습니다. 2019년 12월 법인세법 개정 때 승계 결손금 공제 한도가 명문화된 경위도 근거가 됐습니다. 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 사전답변이어서, 비적격합병이거나 합병등기일 이후 5년이 지난 뒤 처분한 자산의 손실에는 적용되지 않습니다.

승계받은 사업의 소득금액은 어떻게 계산하나요?

합병법인은 승계받은 사업과 그 밖의 사업을 구분경리해 승계 사업에서 생긴 소득금액을 계산하고, 그 금액의 80%(중소기업 등 100%)를 처분손실 이월액 공제 한도로 삼습니다. 회계를 구분해 기록하지 않은 경우에는 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 자산가액 비율로 소득금액을 안분합니다. 공제 한도는 합병법인 전체 소득이 아니라 승계 사업 소득금액을 기준으로 하므로, 승계 사업에서 결손이 나면 그해에는 공제할 금액이 없습니다.

한도를 넘겨 공제했다가 고지되면 어떻게 하나요?

세무서가 처분손실 이월액 공제 한도 초과를 이유로 법인세를 고지하면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기할 수 있습니다. 반대로 한도를 적용하지 않아도 되는 중소기업이 80% 한도로 신고해 세금을 더 냈다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 합니다. 다툼의 중심은 합병등기일 현재 자산 시가와 장부가액, 처분일, 승계 사업 소득금액 계산이므로 합병 당시 평가자료와 구분경리 장부를 준비해야 합니다.

승계자산 처분손실 이월액 공제 대응 순서

• 대상 자산 확정 - 합병등기일 현재 시가가 장부가액보다 낮았던 승계 자산과 그 차액을 평가자료로 확인합니다. 차액을 넘는 손실은 처분손실 공제 대상이 아닙니다.
• 처분 시점 확인 - 처분일이 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 속하는지 봅니다. 5년을 넘기면 이 규정의 손실이 아닙니다.
• 당해 연도 손금산입 - 처분 사업연도에 승계 사업 소득금액 범위에서 손금에 넣고, 넘는 금액을 이월액으로 기록합니다.
• 이월액 공제 - 다음 사업연도부터 승계 사업 소득금액의 80%(중소기업 등 100%) 한도로 공제하고, 남은 금액은 계속 이월합니다. 구분경리가 없으면 자산가액 비율로 안분합니다.
• 경정청구·불복 - 한도 적용이 잘못됐으면 5년 안에 경정청구하고, 세무서가 공제를 부인해 고지하면 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 합병 당시 자산 시가 평가가 적정했는지, 합병법인 자신의 결손금과 승계 결손금이 함께 있을 때 공제 순서를 어떻게 잡을지에 따라 결과가 달라지므로 합병 서류와 세무조정계산서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 경정거부처분 취소소송과 합병 세제를 둘러싼 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 중소기업이면 80% 한도가 없나요?
  중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 시행령으로 정하는 법인은 한도가 100분의 100이므로 승계 사업 소득금액 전액 범위에서 공제합니다. 다만 승계 사업 소득금액 범위라는 제한은 그대로이므로, 합병법인의 다른 사업 소득에서 처분손실 이월액을 빼는 것은 중소기업이라도 허용되지 않습니다.
• 처분손실 공제 대상 자산은 어떻게 정하나요?
  합병등기일 현재 시가가 장부가액보다 낮은 승계 자산이 대상이고, 그 차액을 한도로 합니다. 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 처분해 생긴 손실만 해당합니다. 합병 뒤 가치가 더 떨어져 생긴 손실 부분은 이 규정의 처분손실이 아니라 일반 손금 규정으로 판단합니다.
• 구분경리를 안 했으면 어떻게 계산하나요?
  회계를 구분해 기록하지 않은 경우 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 자산가액 비율로 소득금액을 안분해 승계 사업에서 생긴 소득금액을 계산합니다. 안분 결과가 실제와 크게 다르면 공제 한도가 줄어들 수 있으므로, 합병 뒤 승계 사업부문을 따로 기록해 두는 편이 안전합니다.
• 비적격합병이어도 같은 규정이 적용되나요?
  아닙니다. 처분손실 손금산입 제한 규정은 적격합병을 한 합병법인에 적용됩니다. 비적격합병은 피합병법인 자산을 시가로 양도받은 것으로 보므로 합병 전 미실현 손실이 합병 시점에 정산되고, 이월결손금 승계도 되지 않습니다. 합병이 적격 요건을 갖췄는지부터 확인해야 합니다.
• 한도를 넘어 남은 이월액은 없어지나요?
  없어지지 않습니다. 처분손실 이월액은 합병 전 피합병법인 사업의 결손금으로 보아 이월결손금과 같은 방식으로 공제하므로, 그해 한도를 넘는 금액은 다음 사업연도로 넘어가 승계 사업 소득금액의 80%(중소기업 등 100%) 범위에서 다시 공제합니다. 다만 결손금 이월공제 기간 제한은 따로 확인해야 합니다.
• 한도 계산을 잘못해 고지되면 언제까지 다투나요?
  법인세 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해야 합니다. 반대로 한도를 지나치게 좁게 적용해 세금을 더 냈다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 합병등기일 평가자료와 구분경리 장부로 공제 한도를 다시 계산한 자료를 함께 내야 합니다.
• 합병법인 자신의 결손금도 제한을 받나요?
  받습니다. 합병법인의 합병등기일 현재 결손금은 승계받은 사업에서 생긴 소득금액 범위에서는 공제하지 못하고, 합병법인 소득금액에서 승계 사업 소득금액을 뺀 금액의 80%(중소기업 등 100%)를 한도로 공제합니다. 합병 전 각 법인의 결손금이 상대방 사업의 소득과 섞이지 않도록 설계된 구조입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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