법인세·소득세

합병으로 승계한 이월결손금 공제한도는 어느 소득을 기준으로 계산하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

피합병법인에서 넘겨받은 사업의 소득이 기준입니다. 대법원 2026. 4. 16. 선고 2025두35623 판결은 적격합병으로 승계한 이월결손금은 승계사업 소득에 공제한도 비율을 곱한 금액까지만 공제할 수 있고 합병법인 전체 소득은 기준이 될 수 없다고 보았으며, 2019년 말 신설된 법인세법 제45조 제5항을 확인적 규정으로 판단했습니다.

합병한 법인이 모두 이 판결의 영향을 받지는 않습니다. 피합병법인의 결손금을 넘겨받는 것은 적격합병인 경우이고, 공제한도가 100분의 100인 중소기업이나 회생계획을 이행 중인 기업은 어느 소득을 기준으로 삼든 대체로 결과가 같습니다. 문제는 일반 법인이 적자 법인을 합병한 뒤 승계 결손금 한도를 합병법인 전체 이익으로 넓혀 계산한 경우입니다.

이런 상담이 많습니다

중견 제조업체 A사는 2024. 7. 1. 적자가 쌓인 B사를 적격합병하면서 B사의 이월결손금 50억원을 승계했습니다. 2025 사업연도에 A사 전체 소득금액은 40억원이었고, 구분경리로 나눈 승계사업 소득은 10억원이었습니다. 신고 담당자는 전체 소득 40억원의 80%인 32억원이 한도이므로 승계사업 소득 10억원만큼은 승계 결손금으로 모두 공제할 수 있다고 보고 2026. 3. 법인세를 신고했습니다. 2026. 9. 세무서에서 공제액의 계산 근거를 내라는 안내를 받은 재무이사는 전체 소득을 기준으로 한 계산이 맞는지, 아니라면 어떻게 정리해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

제지회사 합병 사건에서 무엇이 다퉈졌나요?

원고는 지류 제조·가공·판매업을 하는 법인으로, 2017. 3. 2. 다른 제지회사를 흡수합병하면서 피합병법인의 이월결손금 86,327,141,488원을 승계했습니다. 2018·2019 사업연도에는 승계사업에서 생긴 소득(2018 사업연도 16,248,656,914원, 2019 사업연도 17,405,890,286원)에 각각 70%와 60%를 곱한 금액을 한도로 승계 결손금을 공제했습니다.

원고는 2022. 8. 18. 경정청구를 하면서, 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제13조 단서의 「각 사업연도 소득」은 원고 전체의 소득이므로 전체 소득에 70%·60%를 곱한 금액을 한도로 보고 그 안에서 제45조 제2항에 따라 승계사업 소득을 넘지 않는 만큼 공제해야 한다고 주장했습니다. 세무서는 2022. 10. 4. 당초 신고가 적법하다며 거부했고, 원심도 원고 주장을 배척했습니다.

대법원은 승계 결손금 공제한도를 어떤 소득으로 계산했나요?

승계사업에서 생긴 소득입니다. 대법원은 원고의 상고를 기각하면서 이렇게 판시했습니다.

「적격합병의 요건을 충족하는 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’에 대하여 구 법인세법 제13조 단서 조항이 정한 공제한도 비율을 곱한 한도 내에서 공제할 수 있는 것이지, 합병법인과 피합병법인의 소득을 구분하지 않고 ‘합병법인 전체의 소득금액’에 구 법인세법 제13조 단서 조항의 공제한도 비율을 곱한 액수가 공제한도가 된다고 볼 수 없다.」

결국 승계 결손금은 승계사업 소득에 공제한도 비율을 곱한 금액을 넘을 수 없습니다. 대법원은 합병법인 전체 소득 기준을 배척한 원심 판단이 정당하다고 보았습니다.

왜 합병법인 전체 소득은 기준이 될 수 없나요?

대법원은 세 가지 이유를 들었습니다. 먼저 제13조 단서는 이익이 난 해에 최소한의 법인세를 내게 하려는 규정인데, 「각 사업연도 소득」의 범위는 따로 정하지 않아 합병 특례인 제45조와 함께 읽어야 한다고 했습니다. 법규 상호 간의 해석으로 의미를 밝힐 필요가 있으면 입법 취지를 고려한 합목적적 해석이 허용된다는 대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결의 법리를 인용했습니다.

다음으로 제45조는 적자 법인이 흑자 법인을 합병하든 그 반대든, 각 결손금이 공제되는 범위를 합병 전과 같게 맞춥니다. 전체 소득을 기준으로 하면 흑자 법인의 이익까지 합쳐 한도가 정해져 합병 전후로 한도가 달라진다는 것입니다.

끝으로 제113조 제3항은 결손금을 공제받는 기간 동안 승계사업과 기존 사업을 구분경리하게 합니다. 소득은 나눠 적게 하면서 한도만 합산하는 것은 논리에 맞지 않는다고 했습니다. 적격합병으로 승계한 고용창출투자세액공제의 이월공제를 다룬 대법원 2025. 11. 6. 선고 2022두53921 판결도 같은 해석 법리를 인용했고, 이 내용은 「합병으로 넘겨받은 세액공제는 승계사업 세액만 따로 계산해 공제하나요?」에서 다뤘습니다.

2019년 말 신설된 법인세법 제45조 제5항은 확인적 규정인가요?

그렇습니다. 원고는 2019. 12. 31. 법률 제16833호로 신설된 제45조 제5항이 창설적 규정이어서 원심이 판단 근거로 삼은 것은 잘못이라고 다퉜습니다. 이 조항은 합병법인 고유 결손금은 합병법인 소득에서 승계사업 소득을 뺀 금액을, 승계 결손금은 승계사업 소득을 한도 기준으로 정합니다.

대법원은 이 조항이 합병 후 전체 소득에 비율을 적용한다는 오해를 불식시키고 각 소득금액 기준의 같은 한도를 명확히 한 확인적 규정이라고 보았습니다. 원고가 근거로 든 2020. 12. 22. 개정 제45조 제6항·제7항(기부금한도초과액)은 별개 조항이어서 결론이 달라지지 않는다고 했고, 원심 판단을 정당하다고 보았습니다. 따라서 조항 신설 전 사업연도에도 같은 기준이 적용된다고 볼 수 있습니다.

지금 법인세법으로는 승계 결손금을 어떻게 공제하나요?

현행 법인세법 제45조 제5항 제2호는 승계 결손금을 승계사업 소득의 80%(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등은 100분의 100)까지 공제하게 합니다. 2022. 12. 31. 개정으로 60%에서 80%로 바뀌었고, 2023. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도부터 적용됩니다. 상담 사례의 A사라면 한도는 10억원의 80%인 8억원이어서 2억원이 넘치고, 그 2억원은 공제기간 안에서 뒤 사업연도로 넘어갑니다.

이월결손금 공제기간은 현행 15년(사안 당시 10년)이고, 승계 결손금은 합병등기일을 사업연도 개시일로 보아 계산한 뒤 해마다 1년씩 지난 것으로 봅니다. 중소기업 간·동일사업 법인 간 합병으로 구분경리를 하지 않았다면 승계사업 소득은 합병등기일 현재 사업용 자산가액 비율로 나눕니다. 합병 전 자산의 처분손실 문제는 「합병으로 넘겨받은 자산을 팔아 생긴 손실 이월액도 80% 한도에 걸리나요?」에서 설명했습니다.

합병 이월결손금 공제 대응 순서

• 승계 결손금 확정 - 적격합병 여부, 합병등기일, 승계 결손금의 남은 공제기간을 정리합니다.
• 구분경리 점검 - 승계사업 손익을 나눠 기록했는지, 생략 가능한 합병이라면 자산가액 비율 안분이 맞는지 봅니다.
• 한도 재계산 - 사업연도마다 승계사업 소득에 80% 또는 100분의 100을 곱해 공제액과 비교합니다.
• 신고 정리 - 과다 공제는 결정 전 수정신고를, 한도보다 적게 공제했다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.
• 사후관리 - 합병 후 3년 이내의 법정 기간에 승계사업 폐지, 주식 처분, 근로자 수 감소 사유가 생기면 공제한 결손금이 익금에 산입될 수 있습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 구분경리로 나눈 승계사업 소득의 크기와 중소기업 해당 여부에 따라 공제할 수 있는 결손금이 달라집니다. 법무법인 윤성은 합병 법인의 법인세 신고 검토와 경정청구, 조세불복과 조세소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 합병으로 승계한 결손금은 합병법인 전체 이익에서 공제할 수 있나요?
  아닙니다. 대법원 2025두35623 판결은 승계 결손금의 공제한도를 피합병법인에서 넘겨받은 사업의 소득에 공제한도 비율을 곱해 정해야 하고, 합병법인 전체 소득에 비율을 곱한 금액이 한도가 되지 않는다고 보았습니다.
• 지금은 승계 결손금을 승계사업 소득의 몇 퍼센트까지 공제하나요?
  현행 법인세법 제45조 제5항은 승계사업 소득의 80%까지 공제하게 하고, 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등은 승계사업 소득 전액까지 공제합니다. 사안 당시에는 2018 사업연도 70%, 2019 사업연도 60%였습니다.
• 제45조 제5항이 생기기 전 사업연도는 전체 소득 기준으로 경정청구할 수 있나요?
  받아들여지기 어렵다고 볼 수 있습니다. 대법원은 2019. 12. 31. 신설된 제45조 제5항을 새 내용을 만든 규정이 아니라 기존 법리를 명확히 한 확인적 규정으로 보았고, 이를 근거로 든 원심 판단을 정당하다고 했습니다.
• 승계사업 소득은 어떻게 나눠 계산하나요?
  합병법인은 결손금을 공제받는 기간 동안 승계사업과 기존 사업의 자산·부채와 손익을 구분경리해야 합니다. 중소기업 사이나 같은 사업을 하는 법인 사이의 합병으로 구분경리를 하지 않았다면 합병등기일 현재 사업용 자산가액 비율로 나눕니다.
• 한도를 넘겨 공제한 결손금은 사라지나요?
  그해 공제가 부인될 뿐 결손금이 없어지지는 않습니다. 공제되지 않은 승계 결손금은 이월결손금 공제기간 안에서 뒤 사업연도의 승계사업 소득에서 다시 한도 안에서 공제할 수 있습니다.
• 합병 후 승계사업을 접으면 공제받은 결손금은 어떻게 되나요?
  적격합병 후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 승계사업 폐지, 피합병법인 주주의 주식 처분, 근로자 수 80% 미만 하락 사유가 생기면 공제한 결손금이 익금에 산입될 수 있습니다. 부득이한 사유는 예외입니다.
• 경정청구가 거부되면 언제까지 불복해야 하나요?
  거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 해야 합니다. 경정청구 후 2개월 동안 아무 통지가 없으면 그다음 날부터 청구할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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