감면·공제

합병으로 넘겨받은 세액공제는 승계사업 세액만 따로 계산해 공제하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 적격합병으로 승계한 세액공제 이월액은 합병법인 전체 산출세액을 승계사업 소득금액 비율로 나눈 금액까지 공제합니다. 국세청은 2025년 서면-2024-법규법인-0347 회신에서 이렇게 판단했습니다. 지금은 승계사업의 소득금액을 구분경리로 따로 잡아 두었는지부터 확인해야 합니다.

승계사업 부문의 손익계산서를 따로 만들어 산출세액을 다시 계산할 필요는 없습니다. 전체 산출세액과 승계사업 소득금액 비율만 있으면 한도를 구할 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

A법인은 2024년 7월 같은 업종의 B법인을 적격합병했습니다. B법인에는 최저한세 때문에 공제받지 못하고 넘어온 통합투자세액공제 미공제액 2억원이 남아 있었습니다. A법인은 2025 사업연도 법인세를 신고하면서 승계사업 부문만 따로 과세표준과 세액을 계산해 그 범위에서만 공제했고, 공제액이 생각보다 적게 나오자 계산이 맞는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

승계한 세액공제는 어디까지 공제되나요?

적격합병을 한 합병법인은 피합병법인이 공제받지 못한 세액공제를 승계하지만, 승계받은 사업에서 생긴 소득금액에 해당하는 법인세액 범위에서만 공제합니다. 법인세법은 이 한도를 정하고, 구체적인 방법은 시행령에 맡겼습니다.

• 최저한세에 걸려 이월된 미공제액 - 승계사업 부문에 대해 계산한 최저한세액 범위에서 공제합니다. 합병법인 전체의 최저한세액을 넘을 수는 없습니다.
• 납부할 세액이 없어 이월된 미공제액 - 승계사업 부문에 대해 계산한 법인세 산출세액 범위에서 공제합니다.
• 공제 기간 - 피합병법인에 남아 있던 이월공제 잔여기간 안에 끝나는 사업연도까지 공제합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 「승계받은 사업부문에 대하여 계산한 법인세」를 합병법인 전체 산출세액을 승계사업 소득금액 비율로 안분한 금액이라고 회신했습니다(서면-2024-법규법인-0347, 2025. 8. 19.). 질의 법인은 적격합병을 진행하면서 피합병법인이 최저한세 때문에 공제받지 못한 통합투자세액공제 미공제액을 넘겨받을 예정이었습니다. 승계사업만 별도로 세액을 계산하는 안과 전체 산출세액을 소득금액 비율로 나누는 안 가운데 국세청은 뒤의 안을 택했습니다.

판단 이유는 세 가지였습니다. 첫째, 한도를 둔 목적은 승계한 공제를 합병법인 전체 세액에서 무제한 쓰지 못하게 하려는 것이지, 합병 뒤 누진세율로 전체 세액이 늘어난 만큼 한도가 함께 늘어나는 것까지 막으려는 것은 아니라고 보았습니다. 둘째, 이월결손금 공제 한도도 승계사업 소득금액을 기준으로 하므로 소득금액 비율이 승계사업의 기여도를 가장 잘 보여 준다고 보았습니다. 셋째, 승계사업만 떼어 별도로 세액을 계산하면 실무상 계산이 어렵고, 구분경리를 하지 않는 법인과 형평도 맞지 않는다고 했습니다.

이 회신은 질의 법인이 밝힌 사실관계를 전제로 한 해석입니다. 비적격합병이거나 승계한 공제의 종류가 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

안분 한도는 실제로 어떻게 계산하나요?

한도는 「합병법인 전체 산출세액 × 승계사업 소득금액 ÷ 전체 소득금액」으로 구합니다. 예를 들어 합병법인의 전체 산출세액이 10억원이고 전체 소득금액 50억원 가운데 승계사업 소득금액이 15억원이라면, 비율은 30%이고 공제 한도는 3억원입니다. 승계한 미공제액이 2억원이면 이 한도 안이므로 2억원 전부를 공제할 수 있습니다. 최저한세 때문에 이월된 금액이라면 같은 방식으로 최저한세액을 나눈 범위도 함께 확인합니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「법인세법 시행령」도 이 한도 구조를 그대로 두고 있습니다.

구분경리를 하지 않은 합병법인은 어떻게 계산하나요?

중소기업 사이의 합병처럼 구분경리 의무가 없어 회계를 나누지 않았다면, 승계사업 소득금액은 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 자산가액 비율로 안분해 구합니다. 국세청도 이 경우 사업용 자산가액 비율로 안분한 소득금액을 기준으로 산출세액을 나눈다고 설명했습니다. 합병등기일 현재 자산가액 자료를 미리 확정해 두어야 매년 같은 비율로 계산할 수 있습니다.

합병 후 3년 안에 승계사업을 그만두면 어떻게 되나요?

적격합병 뒤 3년 이내의 범위에서 시행령이 정한 기간 안에 승계받은 사업을 폐지하거나 주식을 처분하는 등 사후관리 사유가 생기면, 승계해 공제받은 세액공제액을 그 사업연도 법인세에 더해 내야 합니다. 그 사업연도부터는 승계한 공제를 더 적용받지 못합니다. 한도 계산이 맞더라도 사후관리 요건을 지키지 못하면 공제 자체가 되돌려지므로, 합병 뒤 사업 구조를 바꿀 계획이 있으면 시점을 먼저 따져 보아야 합니다.

합병 승계 세액공제 한도 대응 순서

• 승계 내역 확정 - 피합병법인의 미공제액이 최저한세 때문인지, 납부할 세액이 없어서인지 나눕니다. 어느 쪽이냐에 따라 한도 기준이 최저한세액과 산출세액으로 갈립니다.
• 소득금액 비율 산정 - 구분경리한 승계사업 소득금액을 전체 소득금액으로 나눕니다. 구분경리를 하지 않았다면 합병등기일 현재 사업용 자산가액 비율을 씁니다.
• 한도 재계산 - 전체 산출세액에 비율을 곱해 한도를 구하고, 이미 신고한 공제액과 비교합니다. 적게 공제했다면 경정청구 대상이 됩니다.
• 경정청구 - 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 관할 세무서장에게 청구합니다. 거부되면 거부처분을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.
• 사후관리 점검 - 합병 후 사업 폐지·주식 처분·고용 감소 계획이 있으면 추징 여부를 먼저 계산합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 승계사업과 기존 사업이 섞여 소득금액을 나누기 어렵거나 비적격합병이 섞인 경우에는 합병계약서와 세무조정계산서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 경정청구와 경정거부처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 비적격합병이어도 세액공제를 승계하나요?
  승계 규정은 적격합병을 한 합병법인에 대해 정해져 있습니다. 법인세법은 적격합병을 한 합병법인이 피합병법인의 결손금과 감면·세액공제 등을 승계한다고 규정하므로, 적격요건을 갖추지 못한 합병이라면 승계 자체를 주장하기 어렵습니다. 적격요건 충족 여부부터 확인해야 합니다.
• 최저한세 미공제액은 한도가 따로 있나요?
  있습니다. 최저한세액에 미달해 공제받지 못하고 이월된 금액은 승계사업 부문에 대해 계산한 최저한세액 범위에서 공제하고, 그 금액은 합병법인 전체의 최저한세액을 넘을 수 없습니다. 국세청 회신의 안분 방식은 이 승계사업 부문 금액을 계산할 때 함께 참고할 수 있습니다.
• 구분경리를 안 했으면 소득금액은 어떻게 나누나요?
  회계를 나누어 기록하지 않았다면 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 자산가액 비율로 승계사업 소득금액을 안분합니다. 국세청도 구분경리 의무가 면제된 법인은 이 비율로 나눈 소득금액을 기준으로 산출세액을 안분한다고 설명했습니다.
• 승계한 공제는 언제까지 쓸 수 있나요?
  피합병법인에게 남아 있던 이월공제 잔여기간 안에 끝나는 사업연도까지 공제할 수 있습니다. 합병으로 기간이 새로 시작되지 않으므로, 피합병법인이 그 공제를 처음 이월한 연도와 남은 기간을 먼저 확인해야 합니다.
• 공제를 적게 받았으면 돌려받을 수 있나요?
  법정신고기한까지 신고했다면 그 기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 승계사업만 떼어 별도 세액으로 한도를 계산해 공제를 덜 받았다면, 회신 방식으로 다시 계산한 한도와 차액을 근거로 청구합니다. 세무서가 거부하면 거부처분을 다툴 수 있습니다.
• 합병 후 사업을 접으면 공제가 취소되나요?
  적격합병 뒤 3년 이내의 범위에서 정한 기간 안에 승계사업을 폐지하거나 주식을 처분하는 등 사유가 생기면, 승계해 공제받은 세액을 그 사업연도 법인세에 더해 내고 그 뒤로는 승계한 공제를 적용받지 못합니다. 사업 재편 계획이 있으면 시점을 먼저 따져야 합니다.
• 경정청구가 거부되면 언제까지 다퉈야 하나요?
  경정청구 거부도 처분이므로 거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 제기해야 합니다. 기한을 넘기면 다툴 길이 좁아지므로 통지서 수령일을 기록해 두고, 안분 계산표와 구분경리 자료를 함께 제출할 수 있게 준비합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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