법인세·소득세

해외 페이퍼컴퍼니를 거쳐 수입했다면 세무서는 어떻게 과세하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

해외 중간법인에 사람·사무실·의사결정이 없고 물품과 주문이 그대로 국내 회사와 공급처 사이에서 오갔다면, 세무서는 그 법인을 거친 거래를 직접 수입으로 보고 부풀린 매출원가를 부인할 수 있습니다. 국세기본법 제14조의 실질과세에 따라 해외 계좌에 남은 차액은 귀속자에 따라 주주 배당이나 임원 상여로 처분되어 소득세까지 나옵니다. 지금은 해외 법인의 직원·사무실·계약서와 해외 계좌 돈이 어디로 갔는지부터 확인하세요.

해외에 법인을 세워 거래에 넣었다는 사실만으로 세금이 나오지는 않습니다. 세무조사 안내를 받았다고 해외 법인을 서둘러 청산하거나 현지 장부를 정리할 필요도 없습니다. 그 법인이 실제로 한 일을 보여 줄 당시 기록이 사라지면 오히려 실체를 증명할 길이 막힙니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 산업용 센서 부품을 수입하는 회사의 대표이사이자 주식 60%를 가진 주주이고, 대학 동기 B씨는 임원을 맡지 않은 40% 주주입니다. 2021년 A씨 이름으로 동남아의 한 나라에 법인을 세운 뒤, 유럽 제조사 부품을 그 법인에서 15% 비싸게 사들인 것처럼 인보이스를 받아 왔습니다. 부품은 제조사가 국내로 바로 보냈고, 해외 법인 계좌에 쌓인 차액은 A씨 생활비와 B씨 개인 계좌로 나뉘어 나갔습니다. 2025년 세관 조사 때 회사 PC 자료가 통째로 복제됐고, 2026년 9월 지방국세청 세무조사 사전통지가 왔습니다. A씨는 세관 압수가 위법하면 세무조사도 무효인지, 세금이 누구에게 얼마나 나오는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

해외 중간법인의 실체는 무엇으로 판단하나요?

법원은 해외 법인이 스스로 사업을 할 사람과 설비를 갖췄는지, 실제 영업과 의사결정이 그곳에서 이루어졌는지, 그 법인에 들어온 돈이 어디에 쓰였는지를 함께 봅니다. 2026. 10. 8. 기준 현행 「국세기본법」은 제3자를 거치거나 여러 단계 거래를 거쳐 세법 혜택을 부당하게 받으려 한 경우 경제적 실질에 따라 당사자가 직접 거래한 것으로 보도록 정합니다. 대법원은 교차증여를 직접 증여로 재구성한 증여세 사건(구 상속세 및 증여세법 제2조 제4항)에서, 거래를 재구성하려면 그 거래 형식이 처음부터 조세회피 수단에 불과해야 하고 조세 경감 외에 사업상 필요가 있었는지와 그 형식에 따른 손실·위험 부담이 있었는지를 종합해 판단해야 한다고 보았습니다. 법인세 사건에 그대로 옮겨진다고 단정할 수는 없지만, 같은 취지의 국세기본법 조항을 해석할 때 참고되는 기준입니다.

서울행정법원 2021. 11. 9. 선고 2019구합82301 판결(항소기각, 상고 심리불속행기각으로 확정)은 해외 중간법인을 거친 수입을 위장거래로 보았습니다. 중간법인은 인적·물적 설비가 없었고, 국내 회사 사무실에서 공급처 인보이스를 바탕으로 중간법인 명의 인보이스를 새로 만들었으며, 주문서는 예전처럼 국내 회사가 공급처에 직접 보냈고, 물품도 중간법인을 거치지 않았습니다. 중간법인 계좌에 남은 돈은 주주 배당과 리베이트로 나갔을 뿐 그 법인의 사업에 쓰인 내역이 없었습니다. 판결은 중간법인을 거치기 전보다 같은 공급처 물품의 수입신고 단가가 높아진 사실도 인정했습니다.

실체가 부인되면 국내 회사에는 어떤 세금이 나오나요?

국내 회사가 공급처에서 직접 산 것으로 보므로, 중간법인에 더 준 금액만큼 매출원가가 과다계상된 것이 되어 법인세가 다시 계산됩니다. 해외 법인과의 수입 거래는 국제거래여서 역외거래에 해당하고, 부과제척기간은 원칙적으로 7년입니다. 인보이스를 새로 만들어 매입가격을 부풀린 것이 부정행위로 인정되면 제척기간은 15년으로 늘고, 그 법인세와 관련해 소득처분된 금액의 소득세에도 같은 기간이 적용됩니다. 부정행위 과소신고가산세도 역외거래에서 생긴 부분은 100분의 60이고, 법인은 부정행위로 과소신고한 수입금액의 1만분의 14와 비교해 큰 금액이 적용됩니다.

다만 해외 법인 명의를 썼다는 사실만으로 부정행위가 되지는 않습니다. 제척기간에서 말하는 부정행위는 「조세범 처벌법」 제3조 제6항의 행위이고, 거짓 증빙·거짓 문서의 작성과 수취, 거래의 조작이나 은폐가 여기에 들어갑니다. 대법원은 조세포탈 사건에서 명의위장에 허위 계약서 작성, 대금의 허위 지급, 허위 장부 작성 같은 적극적 행위가 더해져야 부정한 행위가 된다고 보았습니다(대법원 2018. 11. 9. 선고 2014도9026 판결, 구 조세범 처벌법 사안, 유죄 부분 파기환송). 그래서 중간법인 명의 인보이스를 국내에서 새로 만들었는지, 현지에서 실제 거래에 맞춰 발행했는지가 15년 적용을 다투는 출발점입니다.

해외 계좌에 남은 차액은 누구의 소득으로 처분되나요?

회사 밖으로 나간 차액은 실제로 받은 사람에 따라 처분됩니다. 귀속자가 임원이 아닌 주주이면 배당, 임원이나 직원이면 상여, 귀속이 불분명하면 대표자에게 귀속된 것으로 보아 상여로 처분합니다. 배당으로 처분된 금액은 배당소득, 상여로 처분된 금액은 근로소득이 되어 받은 사람에게 종합소득세가 나옵니다.

대법원은 출자자가 회사에서 빠져나간 소득을 확정적으로 자기에게 귀속시켰다면 주주총회 결의나 배당가능이익, 지분비율과 관계없이 배당소득으로 볼 수 있다고 했습니다. 해외 법인의 1인 주주에 관한 형사 사건에서 원심 판단을 유지한 부분이고, 그 판결의 유죄 부분은 부정행위 판단을 이유로 파기환송됐습니다. 위 2019구합82301 판결 사안에서도 국내 회사의 실질주주에게는 배당, 대표자와 이사에게는 상여로 처분한 것이 유지됐습니다. A씨 사례라면 임원이 아닌 주주 B씨가 받은 돈은 배당, 대표이사 A씨가 쓴 돈은 상여로 처분될 수 있습니다.

세관 압수가 위법이면 세무조사도 무효가 되나요?

그렇지 않을 수 있습니다. 세무조사 대상 선정 사유 없이 조사해 과세하면 원칙적으로 위법하지만, 선정 사유인 '탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료'는 조사의 단서가 될 자료면 되고 형사재판 수준의 증명력까지 요구되지 않는다고 본 확정 판결이 있습니다. 위 2019구합82301 판결은 세관이 영장의 대상·방법 제한을 어기고 전자정보를 통째로 복제해 그 압수가 위법했고, 그 때문에 형사사건에서 관세법위반 일부가 무죄로 확정된 사안이었습니다. 법원은 압수물과 이를 토대로 만든 신문조서는 조사대상 선정 자료로 쓸 수 없다고 하면서도, 중간법인을 거치기 전후의 수입단가 차이 같은 나머지 자료만으로 혐의가 충분하다며 세무조사와 과세를 유지했습니다.

대법원은 조사대상 선정 사유 없이 자료를 수집해 과세하면 특별한 사정이 없는 한 그 처분이 위법하다고 봅니다. 그래서 세관 압수의 위법을 다투는 일과 세무조사 대응은 따로 준비합니다. 세무조사 단계에서는 조사관이 어떤 자료로 대상을 선정했는지, 그 자료가 압수물에서 나온 것인지를 확인하고, 압수물을 뺀 자료로도 혐의가 서는지를 따집니다.

해외 페이퍼컴퍼니 경유 수입 과세 대응 순서

• 거래 흐름 재구성 - 주문서, 인보이스, 선하증권, 대금 송금 경로를 날짜순으로 나란히 놓습니다. 물품과 주문이 중간법인을 거치지 않았다면 그 단계의 기능을 따로 증명해야 합니다.
• 해외 법인 실체 자료 확보 - 현지 임대차계약서, 직원 급여 기록, 이사회 의사록, 현지 신고서를 모읍니다. 자료가 현지에 있으면 조사 초기에 확보 일정을 잡습니다.
• 차액 사용처 정리 - 해외 계좌에서 나간 돈을 받은 사람과 명목별로 나눕니다. 이 표가 배당·상여·기타소득 처분의 범위를 정합니다.
• 조사 단서 확인 - 조사 사전통지서의 조사 사유와 세관 압수 경위를 대조합니다. 압수물 외 자료로 혐의가 서는지 검토합니다.
• 결과통지 후 불복 - 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구하거나, 고지와 소득금액변동통지를 받은 뒤 90일 안에 이의신청·심사청구·심판청구를 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 해외 법인이 실제로 맡은 기능과 차액의 귀속자는 계약서·송금 내역·현지 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 해외 법인 거래에 관한 법인세·종합소득세 부과처분 취소소송과 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 해외 법인이 현지에서 세금을 냈으면 실체가 인정되나요?
  그것만으로는 어렵습니다. 법원은 현지 납세보다 그 법인이 스스로 사업할 사람과 설비를 갖췄는지, 영업과 의사결정이 그곳에서 이루어졌는지, 들어온 돈이 그 법인 사업에 쓰였는지를 봅니다. 2019구합82301 판결 사안에서도 원고들은 현지 세금을 내며 정상 운영 중이라고 주장했지만, 법원은 인적·물적 설비와 자금 사용처를 근거로 위장거래로 판단했습니다.
• 해외 법인이 물류나 품질검사를 실제로 했다면요?
  결론이 달라질 수 있습니다. 대법원은 교차증여 증여세 사건에서 거래를 재구성하려면 그 형식이 처음부터 조세회피 수단에 불과해야 하고 사업상 필요와 손실·위험 부담 여부를 함께 보아야 한다고 했습니다. 법인세 사건에도 참고되는 기준이므로, 중간법인이 재고를 보관하거나 대금 회수 위험을 졌다면 그 기록으로 실체를 주장하고, 그때는 마진이 적정한지가 쟁점이 될 수 있습니다.
• 주주총회 배당 결의가 없었는데도 배당소득인가요?
  그럴 수 있습니다. 대법원은 출자자가 회사에서 빠져나간 소득을 확정적으로 자기에게 귀속시켰다면 특별한 사정이 없는 한 주주총회 결의 여부, 배당가능이익의 존부, 지분비율에 따라 지급됐는지와 관계없이 배당소득으로 볼 수 있다고 했습니다. 실제로 돈을 받은 주주라면 결의가 없었다는 사정만으로 배당 처분을 피하기 어렵습니다.
• 차액을 회사로 돌려놓으면 상여 처분을 피하나요?
  조사 통지 전이라면 가능성이 있습니다. 수정신고기한 안에 부당하게 빠져나간 금액을 회수하고 익금에 넣어 신고하면 사내유보로 처분합니다. 다만 세무조사 통지를 받았거나 조사 착수를 알게 된 뒤, 또는 수사 과정에서 사외유출이 확인된 뒤에 회수한 경우는 경정을 미리 안 것으로 보아 이 혜택이 없습니다.
• 소득금액변동통지는 누구에게 오나요?
  원칙적으로 회사에 옵니다. 세무서장이나 지방국세청장은 법인세를 결정·경정하면서 배당·상여·기타소득으로 처분한 금액을 결정일 또는 경정일부터 15일 안에 소득금액변동통지서로 회사에 알리고, 처분을 받은 주주나 임원에게는 통지했다는 사실을 알립니다. 회사 소재지가 분명하지 않으면 처분받은 사람에게 직접 통지합니다.
• 몇 년 전 수입 거래까지 과세될 수 있나요?
  해외 법인과의 수입 거래는 역외거래여서 부과제척기간이 원칙적으로 7년입니다. 역외거래에서 부정행위로 법인세를 포탈한 것으로 인정되면 15년이 되고, 그 법인세와 관련해 배당·상여로 처분된 금액의 소득세도 같은 기간이 적용됩니다. 인보이스를 새로 만든 경위가 부정행위인지가 제척기간 다툼의 출발점입니다.
• 세관 압수 다툼 결과를 기다렸다가 대응해도 되나요?
  기다리기만 하면 위험합니다. 세관 압수가 위법으로 판단되어도 세무조사는 압수물 외의 자료로 탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있으면 유지될 수 있습니다. 세무조사 단계에서 조사 대상 선정 근거를 확인하고, 해외 법인 실체와 차액 귀속자에 관한 소명은 형사 절차와 별도로 준비해야 합니다.
• 국내 회사 주식을 남의 이름으로 뒀다면 어떻게 되나요?
  명의신탁 증여세가 함께 검토됩니다. 2019. 1. 1. 이후 증여로 보는 분은 실제소유자가 납세의무자이고, 조세회피 목적이 없었다는 증명은 이를 주장하는 쪽이 해야 합니다. 2019구합82301 판결은 동종업체에 근무 중이라 명의를 빌렸다는 주장을, 명의자도 같은 업체에 근무했다는 이유로 받아들이지 않았습니다. 명의를 빌린 이유를 보여 줄 당시 자료가 있는지 먼저 확인합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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