감면·공제

학교법인이 면제받은 땅을 3년 넘게 못 썼는데 사유가 풀린 뒤 취득세를 추징당하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 취득일부터 3년 동안 정당한 사유로 쓰지 못했다면 그 사유가 3년이 지난 뒤 없어졌다는 이유로 면제된 취득세를 추징할 수 없습니다. 대법원은 3년 유예기간을 법문대로 취득일·등기일부터 세야 하고 정당한 사유가 없어진 날부터 다시 셀 수 없다고 판단했습니다. 지금은 사실상 취득일과 3년 동안의 사용 지연 사유를 날짜별로 정리해 두십시오.

취득일부터 3년 안에 쓰지 못한 데 정당한 사유가 있었다면, 그 사유가 3년이 지난 뒤에 없어졌다고 해서 새로 3년을 다시 세지는 않습니다.

이런 상담이 많습니다

학교법인 C학원은 2010년 무렵 캠퍼스 확장용으로 매입한 토지를 학교부지로 쓰려 했지만, 도시관리계획 변경과 소송이 길어져 오랫동안 착공하지 못했습니다. 비과세·면제를 받았던 이 토지에 대해 구청은 2022년 「사업을 막던 사유가 없어진 날부터 3년이 지나도록 쓰지 않았다」며 취득세와 등록세를 부과했고, C학원은 일단 신고·납부한 뒤 경정청구를 했습니다. 구청은 이를 거부했고, C학원은 3년을 언제부터 세야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

취득세 면제 부동산의 3년 유예기간은 언제부터 세나요?

취득일·등기일부터 셉니다. 대법원은 비과세·면제된 부동산을 추징할 수 있는지는 취득일·등기일부터 3년 안에 해당 용도로 직접 쓰지 못한 데 정당한 사유가 있었는지로 판단해야 하고, 기산일을 법문과 달리 정당한 사유가 없어진 날로 볼 수 없다고 판단했습니다.

조세법규는 특별한 사정이 없으면 법문대로 해석하고, 합리적 이유 없이 넓히거나 유추해 해석하지 않습니다. 그래서 취득일부터 3년 동안 정당한 사유가 계속 있었다면, 그 뒤 사유가 없어졌더라도 이미 3년이 지난 이상 같은 추징사유로는 취득세를 부과할 수 없습니다. 판결은 2011. 1. 1. 전 취득분에 적용되던 구 지방세법과 구 지방세특례제한법을 해석한 것입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「지방세특례제한법」도 학교등이 해당 사업에 직접 쓰려고 취득한 부동산의 취득세를 면제하면서, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 지날 때까지 직접 사용하지 않으면 추징하도록 기산점을 취득일로 정하고 있습니다. 개별 조항에 특별한 규정이 없는 감면은 일반 추징 규정에 따라 1년이 기준입니다.

잔금을 다 치르기 전이면 아직 취득한 것이 아닌가요?

등기 전이라도 사실상 취득하면 취득한 것으로 봅니다. 사실상 취득은 대금 지급처럼 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우이고, 매매라면 사회통념상 대금의 거의 전부가 지급되었다고 볼 정도여야 합니다.

대금의 거의 전부가 지급되었는지는 남은 잔금의 액수, 전체 대금에서 차지하는 비율, 잔금이 남게 된 경위를 함께 보고 판단합니다. 이 사건에서 구청은 1차 잔금일이나 근저당권 설정일을 취득일로 보아 학교법인의 신고가 기한 후 신고라고 주장했지만, 법원은 그때 대금의 거의 전부가 지급되었다고 보기 어렵다며 받아들이지 않았습니다. 취득일이 언제인지는 유예기간 계산과 경정청구 가능 여부를 함께 바꿉니다.

부동산 일부만 위법하면 세금 전부가 취소되나요?

정당한 세액을 산출할 자료가 없으면 전부 취소될 수 있습니다. 당사자가 사실심 변론종결 때까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 내지 않아 정당한 세액을 계산할 수 없으면, 법원은 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고 직접 세액을 찾아 계산할 의무는 없습니다. 대법원은 감액경정청구 거부처분 취소소송에서도 같다고 보았습니다. 이 사건에서는 학교부지에 편입된 부분과 아닌 부분을 나눌 자료가 없어 해당 부동산 세액 전부가 취소되었습니다.

면제 부동산 취득세 추징 대응 순서

• 취득일 확정 - 매매계약서, 대금 지급 내역, 등기일을 맞춰 사실상 취득일을 확정합니다. 3년 유예기간과 경정청구 기간이 여기서 출발합니다.
• 정당한 사유 자료 정리 - 도시계획 결정, 인허가 지연, 소송 진행 등 취득일부터 3년 동안 직접 사용하지 못한 사유를 날짜별로 모읍니다. 3년 동안 사유가 이어졌는지가 추징 여부를 가릅니다.
• 적용 조문 확인 - 취득 시점의 비과세·감면 조문과 추징 규정이 무엇인지 확인합니다. 2011. 1. 1. 전 취득분은 구 지방세법이 적용될 수 있습니다.
• 경정청구 또는 이의신청 - 이미 납부했다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 하고, 부과 고지를 받았다면 불복 기간 안에 이의신청이나 심판청구를 합니다. 2개월 안에 답이 없으면 다음 절차로 넘어갑니다.
• 면적별 세액 자료 준비 - 일부 필지나 일부 면적만 다투는 경우 부분별 과세표준을 나눈 자료를 냅니다. 자료가 없으면 법원 판단 범위가 달라집니다.

여기까지는 일반 기준이고, 취득 당시 감면 조문이 다른 법률에 있었거나 수익사업에 일부를 쓴 경우에는 당시 법령과 사용 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 취득세 부과처분과 경정청구 거부처분에 대한 조세심판과 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 3년 유예기간은 언제부터 세나요?
  취득일·등기일부터 셉니다. 대법원 2024. 5. 30. 선고 2021두58059 판결은 비과세·면제된 부동산의 추징 여부를 취득일·등기일부터 3년 안에 해당 용도로 직접 쓰지 못한 데 정당한 사유가 있었는지로 판단해야 하고, 정당한 사유가 없어진 날을 기산일로 볼 수 없다고 했습니다.
• 3년이 지난 뒤 사유가 풀리면 다시 3년을 주나요?
  새로 3년이 시작되지 않습니다. 같은 판결은 취득일부터 3년 동안 정당한 사유가 인정되면 그 뒤 사유가 없어졌더라도 이미 3년이 지난 이상 같은 추징사유로 취득세를 부과할 수 없다고 보았습니다. 다만 다른 추징사유, 예컨대 수익사업 사용이나 매각은 따로 봐야 합니다.
• 현행법에서도 학교 부동산은 3년 기준인가요?
  네, 학교등의 부동산은 3년입니다. 현행 지방세특례제한법 제41조 제1항 제2호는 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 지날 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않으면 면제된 취득세를 추징하도록 정합니다. 조문에 따로 정하지 않은 감면은 제178조 제1항 제1호에 따라 1년이 기준입니다.
• 잔금이 조금 남았으면 아직 취득 전인가요?
  남은 잔금이 얼마인지에 따라 다릅니다. 지방세법 제7조 제2항은 등기를 하지 않았어도 사실상 취득하면 취득으로 보고, 판례는 매매에서 사회통념상 대금의 거의 전부가 지급된 때를 사실상 취득으로 봅니다. 미지급 잔금의 액수와 비율, 남게 된 경위를 함께 따집니다.
• 경정청구는 언제까지 할 수 있나요?
  법정신고기한이 지난 후 5년 안에 할 수 있습니다. 지방세기본법 제50조 제1항은 신고한 과세표준과 세액이 신고해야 할 금액을 넘으면 경정을 청구할 수 있다고 정하고, 지방세법에 따른 결정이나 경정이 있으면 그 사실을 안 날부터 90일 안에(5년 안으로 한정) 청구해야 합니다.
• 경정청구에 답이 없으면 어떻게 하나요?
  2개월이 지나면 불복 절차로 넘어갈 수 있습니다. 지방세기본법 제50조 제3항은 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결정·경정하거나 이유 없다고 통지하도록 정하고, 제4항은 그 기간 안에 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 이의신청, 심판청구 등을 할 수 있다고 정합니다.
• 일부 면적만 위법해도 전부 취소될 수 있나요?
  정당한 세액을 계산할 자료가 없으면 그렇습니다. 같은 판결은 당사자가 변론종결 때까지 정당한 세액을 뒷받침하는 자료를 내지 않으면 법원은 처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 감액경정청구 거부처분 취소소송에서도 같다고 보았습니다. 다투는 쪽은 면적별 세액 자료를 미리 준비해 두는 편이 좋습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 감면받은 땅의 일부만 목적사업에 쓰면 취득세는 얼마나 추징되나요?
• 대학이 교원 숙소로 쓸 오피스텔을 사면 취득세가 면제되나요?
• 분양할 시설을 지었는데 직접 사용이 아니라며 취득세 감면을 부인하면요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기