감면·공제

이전기관 따라 이주한 공무원, 집 지을 땅도 취득세 감면되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

이주 공무원·이전공공기관 임직원이 집을 지으려고 산 나대지에는 주택 취득세 감면이 적용되지 않습니다. 취득 당시 주거용 건축물이 없고, 뒤에 집을 지어도 소급 감면이나 후발적 경정청구가 어렵다는 대법원 2018두34428 판결과 현행 감면 요건을 정리했습니다.

아니요, 이주 공무원이 집을 지으려고 나대지를 산 경우 그 토지 취득에는 주택 취득세 감면이 적용되지 않습니다. 취득 당시 주거용 건축물이 없으므로 주택을 취득한 것이 아니고, 뒤에 집을 지어 1가구 1주택이 되어도 토지 취득 때로 거슬러 감면되지 않는다는 것이 대법원 판단입니다. 토지분 취득세를 돌려받으려고 후발적 경정청구를 준비할 실익도 크지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨 부부는 행정중심복합도시로 이전한 부처에 근무하는 공무원으로, 2025. 5. 단독주택을 지으려고 주거전용 택지를 분양받아 취득세를 신고·납부했습니다. 2026. 4. 전용면적 100제곱미터 주택을 완공해 보존등기를 마치고 그 집에서 살기 시작했습니다. 같은 기관 동료는 아파트를 사며 취득세를 감면받았는데, A씨 부부는 토지분 취득세를 전액 냈습니다. A씨는 집을 다 지어 1가구 1주택이 되었으니 토지 취득세도 감면 비율만큼 돌려받을 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

이주 직원 취득세 감면은 누가 어떤 주택에 받나요?

혁신도시 등으로 옮긴 이전공공기관을 따라 이주하는 임직원, 행정중심복합도시로 옮긴 중앙행정기관 등을 따라 이주하는 공무원 등이 대상입니다. 이들이 그 지역에 살려고 주택을 취득해 1가구 1주택이 되면 전용면적 85제곱미터 이하는 면제, 85제곱미터 초과 102제곱미터 이하는 75% 경감, 102제곱미터 초과 135제곱미터 이하는 62.5% 경감합니다.

여기서 주택은 주택법 제2조 제1호의 주택, 즉 세대가 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조의 건축물과 그 부속토지를 말합니다. 감면을 받은 뒤 정당한 사유 없이 취득일부터 3개월 안에 상시거주를 시작하지 않거나, 3년 미만 거주한 상태에서 팔거나 임대하면 감면세액을 추징합니다.

대법원은 나대지 취득을 어떻게 판단했나요?

공무원 부부는 2016. 3. 2. 실수요자 주거전용 택지인 나대지를 지분으로 나누어 취득하고 취득세를 신고·납부했습니다. 곧 건축허가를 받아 2층 주택을 지었고, 2016. 7. 25. 보존등기를 마친 날 토지 취득세의 62.5%를 돌려 달라고 경정청구했습니다. 원심은 집을 지어 부득이한 사정이 사라졌으니 후발적 경정청구 사유가 있다고 보았습니다.

대법원은 “위 토지를 취득할 당시는 주거용으로 사용될 수 있는 건축물의 부속토지를 취득한 것이 아니므로, 위 토지의 취득에 관하여 ‘주택’의 취득에 관한 이 사건 조항이 적용된다고 볼 수는 없다.”라고 판단했습니다. 취득세는 재화 이전 사실에 과세하는 유통세이므로 뒤의 신축이 이미 성립한 토지 납세의무에 영향을 주지 않고, 후발적 경정청구 사유도 아니라고 보아 원심을 파기환송했습니다.

현행 감면 조항에서도 같은 결론인가요?

같은 결론으로 보는 것이 자연스럽습니다. 판결이 적용한 구 조항은 기한만 연장되어 지금 제81조 제3항에 그대로 있고, 주택의 뜻을 지방세법 제104조 제3호와 주택법 제2조 제1호에 맡기는 정의 규정도 같습니다. 행정중심복합도시건설청 소속 공무원은 2019. 12. 31. 이전에 소속된 경우로 대상이 좁혀졌습니다.

따라서 감면을 받으려면 주거용 건축물과 부속토지를 함께 취득하는 방식, 예컨대 아파트나 완공된 단독주택을 사는 방식이어야 합니다. 직접 지은 주택 건물의 취득세는 토지와 별개 취득이므로 감면 대상인지 따로 확인해야 합니다. 주택 해당 여부를 다툰 다른 사안은 「이주가 끝나고 단수된 재건축 아파트를 취득해도 주택 취득세율이 적용되나요?」에서 자세히 설명했습니다.

아파트를 사면서 감면을 빠뜨렸다면 돌려받을 수 있나요?

요건을 갖춘 주택이었다면 돌려받을 수 있습니다. 취득세를 신고기한까지 신고했다면 신고한 세액이 정당한 세액보다 많은 경우에 해당해, 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 시·군·구에 경정청구를 할 수 있습니다. 청구를 받은 곳은 2개월 안에 결과를 알려야 하고, 알리지 않으면 그다음 날부터 이의신청이나 심판청구를 할 수 있습니다.

다만 경정청구로 감면을 받은 뒤에도 거주 요건과 처분 제한은 똑같이 적용됩니다. 청구서에는 소속 기관의 이전 사실, 본인이 따라 이주한 사실, 전입일과 주택 수를 증명하는 자료를 붙여야 합니다.

이주 직원 주택 취득세 감면 대응 순서

• 대상자 확인 - 소속 기관이 이전계획에 따른 이전기관인지, 본인이 따라 이주하는 임직원·공무원인지 확인합니다.
• 취득 방식 결정 - 건물과 부속토지를 함께 사는지, 땅만 사서 짓는지에 따라 감면 범위를 비교합니다.
• 면적·주택 수 점검 - 전용면적 구간과 취득 뒤 1가구 1주택이 되는지 계산합니다.
• 거주 요건 관리 - 취득일부터 3개월 안에 전입하고 3년 이상 계속 거주할 계획을 세웁니다.
• 경정청구·불복 기한 - 감면을 빠뜨렸다면 신고기한부터 5년 안에 경정청구하고, 거부되면 90일 안에 불복합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 취득 당시 건축물이 주거용으로 쓸 수 있는 상태였는지, 1가구 1주택 해당 여부와 거주 기간에 따라 감면과 추징이 달라집니다. 법무법인 윤성은 지방세 감면 요건 검토와 취득세 경정청구, 추징 처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 혁신도시 이전기관 직원도 같은 취득세 감면을 받나요?
  네. 이전공공기관을 따라 이주하는 소속 임직원도 감면 대상자에 들어갑니다. 그 지역에 살려고 주택을 취득해 1가구 1주택이 되어야 하고 전용면적 구간에 따라 감면율이 다릅니다.
• 전용면적 135제곱미터를 넘는 집도 감면되나요?
  감면되지 않습니다. 감면은 85제곱미터 이하 면제, 102제곱미터 이하 75% 경감, 135제곱미터 이하 62.5% 경감까지만 정해져 있습니다.
• 감면받은 집에 3년이 안 되어 전세를 놓으면 어떻게 되나요?
  정당한 사유 없이 상시거주 기간 3년 미만인 상태에서 임대를 포함한 다른 용도로 쓰면 감면세액이 추징됩니다. 파견근무 등 정당한 사유는 자료로 입증해야 합니다.
• 집을 다 지은 뒤 토지 취득세를 후발적 경정청구로 돌려받을 수 있나요?
  어렵습니다. 대법원은 주택 신축이 이미 성립한 토지 취득세 납세의무에 영향을 주지 않아 후발적 경정청구 사유가 아니라고 보았습니다.
• 인사발령으로 다른 곳에서 근무하느라 감면을 못 받았다면요?
  감면 대상 기관 소속이었으나 취득 때 인사발령으로 다른 기관에서 근무해 감면을 못 받은 사람이 3년 안에 근무를 마치고 복귀하면 감면 적용 시 세액과의 차액을 환급합니다.
• 이 감면은 언제까지 취득한 주택에 적용되나요?
  현행 조항은 2028. 12. 31.까지 취득하는 주택에 적용합니다. 그 뒤 연장 여부는 법 개정에 달려 있으므로 취득 시점의 조문을 확인해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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