법인세·소득세

일본 법인이 중간 회사를 거쳐 한국 법인을 가져도 배당 5% 세율을 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 한·일 조세조약의 소유에는 중간 단계 법인을 거친 간접 소유도 포함되므로 일본 법인이 간접으로 25% 이상을 보유하면 배당 5% 제한세율을 따져 볼 수 있습니다. 대법원은 조약이 직접 소유를 명시하지 않았다는 이유로 소유를 직접 소유로 좁혀 해석할 수 없다고 했고, 2022년 기획재정부 해석은 중간 법인이 형식적 귀속자인지와 관계없다고 덧붙였습니다. 일본 법인이 배당의 실질귀속자인지와 배당 대상 사업연도 말 직전 6개월 동안의 간접 지분율을 먼저 확인하십시오.

5% 세율을 받으려고 중간 법인을 정리해 일본 법인이 주식을 직접 갖는 구조로 바꿀 필요는 없습니다. 간접 소유도 한·일 조세조약상 소유에 들어갑니다.

이런 상담이 많습니다

국내 부품회사 E사의 주식 100%는 외국 지주회사 F사가, F사 주식 100%는 일본 법인 G사가 가지고 있습니다. F사는 직원과 사무실 없이 E사 주식만 들고 있는 회사입니다. E사는 2026년 3월 2025 사업연도 이익으로 배당을 결의하면서, 형식상 주주가 F사이니 한·일 조세조약을 적용할 수 없다고 보고 국내 세법상 세율로 원천징수하려 했습니다. G사는 배당을 실제로 받는 쪽이 자신이니 5% 세율을 적용받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

한·일 조세조약의 「소유」에 간접 소유가 들어가나요?

네, 한·일 조세조약 제10조 제2항 가목의 「소유」에는 중간 단계 법인을 거친 간접 소유도 들어갑니다. 이 조항은 배당의 수익적 소유자인 일본 법인이 의결권 주식을 적어도 25퍼센트 「소유」하면 배당총액의 5퍼센트를 넘겨 과세할 수 없다고만 정하고, 직접 소유하라는 문언을 두지 않았습니다. 대법원은 이 점을 들어 소유의 의미를 직접 소유로 좁혀 해석할 수 없다고 판단했습니다. 다른 조약과 비교하면 차이가 분명합니다. 예를 들어 한·싱가포르 조세조약은 낮은 세율의 요건을 배당 지급 회사 자본의 최소 25퍼센트를 「직접적으로 보유」하는 회사로 정합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 한·일 조세조약은 1999. 11. 22. 발효된 협약이고 이 조항을 바꾼 개정은 없습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 배당 수취법인이 배당의 실질귀속자가 아닌 중간 단계 법인을 통해 소유하는 경우도 「소유」에 포함된다고 답했습니다(서면-2014-법령해석국조-21645, 2016. 3. 31.). 질의 사안은 내국법인 A의 지분 100%를 외국법인 B가, B의 지분 100%를 일본법인 C가 가진 구조였습니다. 국세청 사례집 검토내용은 우리나라가 맺은 다수 조약이 「직접 소유」를 명시한 것과 달리 한·일 조세조약은 「소유」라고만 정했다는 점, 조약 체결 때 직접 소유만 뜻했다면 그렇게 적었어야 한다는 점, 대법원 2012두24573 판결을 근거로 들었습니다. 이 회신은 일본 법인 C가 배당의 실질귀속자라는 사실관계를 전제로 하므로, 중간 법인 B가 실제 사업을 하며 배당을 스스로 운용한다면 결론이 달라질 수 있습니다.

2022년 해석으로 무엇이 더 분명해졌나요?

기획재정부는 2022. 5. 26. 「소유」에 중간 단계 법인을 통한 간접 소유가 포함되고, 이때 중간 단계 법인이 배당소득의 형식적 귀속자인지는 상관없다고 해석했습니다(조세정책과-408). 국세법령정보시스템은 이 해석을 유지사례로 두고 종전 해석 여러 건을 삭제사례로 정비했습니다. 조세심판원도 2021. 2. 24. 일본 법인이 중간 법인을 거쳐 청구법인 지분 25%를 간접 소유한 사안에서 5% 제한세율을 적용해야 한다고 결정했습니다(조심 2020서1263). 같은 2022년 해석은 보유 기간을 따지는 회계기간을 배당의 대상이 되는 회계기간으로 보았으므로, 간접 지분율도 그 사업연도 종료 직전 6개월 동안 25% 이상이었는지 확인해야 합니다.

일본 법인이 실질귀속자라는 것은 어떻게 보여 주나요?

중간 법인이 명의만 가진 회사이고 배당을 실제로 지배·관리하는 쪽이 일본 법인이라는 점을 자료로 보여야 합니다. 세법은 소득의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있으면 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 합니다. 중간 법인의 인력·사무실·의사결정 구조, 배당금이 일본 법인으로 넘어간 자금 흐름이 판단 자료가 됩니다. 원천징수 단계에서는 실질귀속자인 일본 법인 명의의 제한세율 적용신청서와 실질귀속자 증명 서류를 원천징수의무자에게 내야 5%가 적용됩니다.

간접 소유 배당 원천징수 대응 순서

• 지배구조도 작성 - 일본 법인부터 국내 법인까지 단계별 지분율과 취득일을 한 장에 정리합니다. 배당 대상 사업연도 종료 직전 6개월 동안 간접 지분이 25% 이상인지 봅니다.
• 실질귀속자 자료 확보 - 중간 법인의 인력·사무실·이사회 기록과 배당금 송금 내역을 모읍니다. 중간 법인이 도관에 불과하다는 점을 보여 주는 자료입니다.
• 제한세율 적용신청서 제출 - 실질귀속자인 일본 법인 명의로 신청서와 증명 서류를 배당 지급 전에 원천징수의무자에게 냅니다. 원천징수세액은 원천징수한 달의 다음 달 10일까지 납부됩니다.
• 경정청구 - 높은 세율로 원천징수됐다면 5년 안에 차액에 대해 경정을 청구합니다. 지배구조도와 실질귀속자 자료를 함께 냅니다.
• 거부 시 심판청구 - 경정청구가 거부되면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 중간 법인이 실제 사업을 하거나 단계마다 지분율이 100%에 못 미치는 구조라면 실질귀속자와 간접 지분율 계산을 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 외국법인 배당 원천징수에 관한 법인세 경정청구와 부과처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 중간 법인이 형식상 주주면 일본 조약을 못 쓰나요?
  아니요, 기획재정부는 2022년 해석에서 한·일 조세조약의 소유에 중간 단계 법인을 통한 간접 소유가 포함되고, 중간 법인이 배당소득의 형식적 귀속자인지는 상관없다고 했습니다. 다만 일본 법인이 배당의 수익적 소유자여야 합니다.
• 다른 나라 조세조약도 간접 소유가 인정되나요?
  조약마다 다릅니다. 한·싱가포르 조세조약처럼 배당 지급 회사 자본을 직접적으로 보유할 것을 요건으로 적은 조약은 간접 소유로 낮은 세율을 받기 어렵습니다. 적용할 조약의 배당 조항 문언을 먼저 확인해야 합니다.
• 중간 법인이 실제 사업을 하면 어떻게 되나요?
  중간 법인이 인력과 사무실을 갖추고 배당을 스스로 운용한다면 그 중간 법인이 실질귀속자로 판단될 수 있습니다. 그 경우에는 중간 법인 거주지국과 맺은 조세조약으로 세율을 따지게 되므로 한·일 조세조약 5%는 적용되지 않습니다.
• 간접 지분은 언제 기준으로 25%를 보나요?
  조약은 이윤배분이 발생한 회계기간의 종료 직전 6월 동안 소유할 것을 요구합니다. 2022년 기획재정부 해석은 이 회계기간을 배당의 대상이 되는 회계기간으로 보므로, 배당 재원이 된 사업연도 하반기 6개월 동안 간접 지분이 25% 이상이어야 합니다.
• 높은 세율로 이미 떼인 세금은 어떻게 하나요?
  원천징수된 날이 속하는 달의 다음 달 11일부터 5년 안에 원천징수의무자의 납세지 관할 세무서장에게 경정을 청구할 수 있습니다. 실질귀속자인 일본 법인이나 원천징수의무자가 청구하고, 지배구조도와 실질귀속자 자료를 붙입니다.
• 신청서를 안 내면 어떤 세율로 원천징수되나요?
  실질귀속자인 외국법인이 제한세율 적용신청서와 증명 서류를 내지 않으면, 외국법인의 국내원천 배당소득에 대한 국내 세법상 세율인 지급금액의 100분의 20으로 원천징수됩니다. 이후 요건을 갖춘 사실은 경정청구로 주장해야 합니다.
• 경정청구가 거부되면 어떻게 다투나요?
  거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 쟁점은 일본 법인이 실질귀속자인지와 배당 대상 사업연도 말 기준 간접 지분율이므로 단계별 주주명부와 자금 흐름 자료를 함께 냅니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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