세금

합병으로 소멸한 회사의 세금과 가산세를 합병법인이 내야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 합병법인은 합병으로 소멸한 회사에 부과되거나 그 회사가 납부할 국세와 강제징수비를 승계해 냅니다. 가산세도 해당 세목의 국세이므로 함께 승계됩니다. 분할과 달리 승계 재산가액 같은 한도가 없습니다. 그래서 합병 전에 피합병법인의 세무 위험을 점검해 두어야 합니다.

네, 합병법인은 합병으로 소멸한 회사에 부과되거나 그 회사가 납부할 국세와 강제징수비를 승계해 냅니다. 가산세도 해당 세목의 국세이므로 함께 승계됩니다. 분할과 달리 승계 재산가액 같은 한도가 없습니다. 그래서 합병 전에 피합병법인의 세무 위험을 점검해 두어야 합니다.

합병법인은 소멸한 회사 세금을 어디까지 내나요?

합병법인은 소멸한 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세와 강제징수비 전부를 승계합니다. 국세기본법 제23조는 합병 후 존속하는 법인이나 합병으로 설립된 법인이 이 의무를 진다고 정합니다. 흡수합병이든 신설합병이든 같습니다.

이미 고지된 세금만이 아닙니다. 합병 전에 납세의무가 성립했지만 아직 고지되지 않은 세금도 「그 법인이 납부할 국세」에 해당합니다. 그래서 합병 뒤에 피합병법인의 과거 사업연도에 대한 세무조사가 진행되면 그 결과로 나온 세금도 합병법인이 냅니다.

분할과의 차이도 알아 둘 필요가 있습니다. 분할신설법인은 분할로 승계된 재산가액을 한도로 연대합니다. 반면 합병법인의 승계에는 이런 한도가 조문에 없습니다. 피합병법인의 순자산이 적었더라도 그 세금 전부를 합병법인이 부담할 수 있습니다.

합병법인이 승계하는 것은 납세의무 자체입니다. 피합병법인이 이미 받은 처분이나 진행 중이던 절차도 합병법인에 이어진다고 볼 수 있습니다. 예를 들어 피합병법인에 대한 압류가 있었다면 그 압류는 합병 후에도 효력을 유지한다고 볼 수 있습니다.

가산세도 합병법인이 승계하나요?

네, 가산세도 승계됩니다. 국세기본법 제47조 제2항은 가산세를 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목으로 한다고 정합니다. 법인세 신고를 잘못해 생긴 가산세는 법인세이므로 제23조의 「국세」에 포함됩니다.

부정행위로 인한 가산세도 마찬가지입니다. 피합병법인이 매출을 숨겼다면 부정과소신고가산세와 납부지연가산세가 함께 승계될 수 있습니다. 합병법인은 그 부정행위에 관여하지 않았다는 사정만으로 가산세를 피하기는 어렵습니다.

다만 가산세에는 정당한 사유에 의한 면제 규정이 있습니다. 정당한 사유가 있는지는 의무를 위반한 피합병법인을 기준으로 판단한다고 볼 수 있습니다. 가산세는 그 의무 위반에 대한 제재로 생겨 합병법인에 승계되기 때문입니다. 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없고, 승계 뒤 합병법인의 대응까지 함께 봐야 한다는 반대 논거도 있습니다. 그래서 피합병법인 당시의 신고 경위와 세무 자문 자료가 합병 후에도 중요한 증거가 됩니다.

합병으로 소멸한 회사의 마지막 법인세 신고도 놓치기 쉽습니다. 법인세법은 그 사업연도 개시일부터 합병등기일까지를 피합병법인의 1사업연도로 봅니다. 신고기한은 합병등기일이 속하는 달의 말일부터 3개월입니다. 이 신고를 빠뜨려 생기는 무신고가산세도 결국 합병법인이 부담합니다.

납부지연가산세는 시간이 지날수록 늘어납니다. 합병 전에 피합병법인에 체납이 있었다면 합병 후에도 가산세가 계속 쌓입니다. 합병 실사에서 체납 내역을 확인하고 합병 전에 정리하는 편이 부담을 줄입니다.

합병 후 그 세금을 다투려면 누가 불복하나요?

합병법인이 자기 이름으로 불복해야 합니다. 피합병법인은 합병으로 소멸했으므로 더 이상 당사자가 될 수 없습니다. 고지서도 합병법인에 송달되고 불복 기간도 합병법인이 받은 날부터 계산합니다.

합병 직전에 피합병법인에 고지된 세금이라면 남은 불복 기간을 합병법인이 이어서 지켜야 합니다. 합병 과정에서 서류가 이관되지 않아 고지서를 놓치는 경우가 있습니다. 합병 기준일 전후 3개월 동안의 세무서 송달 서류를 따로 확인하십시오.

부과제척기간은 피합병법인의 세금을 기준으로 계산합니다. 합병했다고 해서 제척기간이 새로 시작되지 않습니다. 오래된 사업연도분이 고지됐다면 제척기간이 지났는지부터 확인해야 합니다. 세무서가 무신고나 부정행위를 이유로 7년 또는 10년을 적용했을 수 있습니다. 그렇다면 그 요건이 피합병법인에 실제로 있었는지도 다툴 수 있습니다.

합병 전에 세금 위험은 어떻게 확인하나요?

피합병법인의 체납 여부, 신고 상태, 진행 중인 세무조사를 합병 전에 확인해야 합니다. 합병 후에는 그 결과를 모두 합병법인이 떠안기 때문입니다. 체납 여부는 피합병법인의 납세증명서로 확인할 수 있습니다.

신고 상태는 최근 5개 사업연도의 법인세·부가가치세 신고서와 세무조정계산서로 봅니다. 부정행위가 의심되는 거래가 있으면 10년까지 거슬러 올라가 살펴야 합니다. 부정행위가 있으면 부과제척기간이 10년으로 늘어나기 때문입니다.

특수관계인과의 거래, 가지급금, 현금 매출 비중, 원천징수 누락은 자주 문제 되는 항목입니다. 세무조사 통지를 받았거나 과세예고 통지를 받은 사실이 있는지도 확인하십시오. 발견한 위험은 합병 비율이나 합병 대가 조정, 배상 조항에 반영할 수 있습니다.

합병 세금 승계 대응 순서

• 실사 점검 - 합병 전 피합병법인의 체납, 미신고, 세무조사 진행 여부를 확인합니다.
• 고지 내역 확인 - 합병 후 고지된 세금의 세목, 사업연도, 가산세 구성을 정리합니다.
• 제척기간 확인 - 피합병법인 세금 기준으로 부과제척기간이 남아 있는지 계산합니다.
• 정당한 사유 검토 - 피합병법인 당시 신고 경위로 가산세 면제를 다툴지 판단합니다.
• 불복 제기 - 합병법인 이름으로 고지서를 받은 날부터 90일 안에 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 합병 전 피합병법인의 신고 상태와 세금 성립 시점, 가산세 사유에 따라 부담이 달라집니다. 법무법인 윤성은 합병 전 세무 실사와 승계 세금의 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 합병 전에 피합병법인이 받은 세무조사 통지는 어떻게 되나요?
  합병법인이 피합병법인의 납세의무를 승계하므로 조사는 합병법인을 상대로 이어질 수 있습니다. 조사 대응 자료를 합병 과정에서 빠짐없이 넘겨받아 두십시오.
• 피합병법인의 체납 때문에 합병법인 재산이 압류될 수 있나요?
  네, 합병법인이 그 국세와 강제징수비를 승계하므로 체납이 이어지면 합병법인 재산도 강제징수 대상이 될 수 있습니다. 합병 전에 체납 여부를 반드시 확인하십시오.
• 피합병법인이 받을 환급금은 어떻게 되나요?
  피합병법인의 권리와 의무는 합병법인이 포괄적으로 승계하므로 환급금도 합병법인이 받을 수 있습니다. 환급 결정 명의를 합병법인으로 바꾸어 청구하십시오.
• 합병 대가를 받은 옛 주주에게도 세금이 청구되나요?
  합병법인의 승계와 별도로 옛 주주가 직접 피합병법인 세금을 내는 규정은 제23조에 없습니다. 다만 합병 계약의 배상 조항으로 합병법인이 옛 주주에게 청구할 수는 있습니다.
• 합병 후 피합병법인 사업연도 법인세를 경정청구할 수 있나요?
  합병법인이 피합병법인의 지위를 승계하므로 법정신고기한부터 5년 안이면 경정청구를 할 수 있다고 볼 수 있습니다. 청구인은 합병법인으로 하십시오.
• 가산세만 따로 정당한 사유로 다툴 수 있나요?
  네, 본세와 별개로 가산세 부분만 정당한 사유를 들어 다툴 수 있습니다. 이때는 피합병법인 당시의 신고 경위와 세무 자문 내용을 보여 줄 자료가 필요합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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