부가가치세

홈택스에 공제로 뜬 카드 매입세액을 그대로 신고했다면 나중에 추징될 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

홈택스의 공제·불공제 표시는 가맹점 업종만 보고 나눈 것이라, 가사 지출, 승용차 유지비, 거래처 선물처럼 공제되지 않는 매입이 공제로 표시될 수 있습니다. 그대로 신고하면 부인되어 본세와 과소신고가산세 10%, 납부지연가산세가 붙고, 해명 통지 전 수정신고하면 가산세가 감면됩니다.

홈택스에 등록한 사업용 신용카드나 지출증빙 현금영수증은 매입내역이 자동으로 모이고 공제와 불공제가 미리 표시됩니다. 이 표시는 가맹점 업종과 과세 유형만 보고 나눈 것이라, 그 지출이 사업에 쓰였는지는 반영하지 못합니다. 공제로 표시된 금액을 확인 없이 그대로 신고하면 나중에 매입세액이 부인되고 가산세가 붙을 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

G씨는 생활소품 소매업을 하는 개인 일반과세자입니다. 2026. 7. 27. 2026년 제1기 부가가치세를 신고하면서 홈택스에 공제로 표시된 사업용 카드 매입을 모두 공제받았습니다. 2026. 9. 장부를 정리하다 보니 그 안에 가족 장보기 비용, 개인 승용차 주유비와 수리비, 거래처 명절 선물 구입비가 섞여 있었고, 그 매입세액은 120만원이었습니다. 아직 세무서 연락은 없는 상태에서 G씨는 지금 고치면 가산세가 얼마인지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

홈택스에서 공제로 표시되면 공제가 확정되나요?

아닙니다. 국세청도 지출증빙을 받았다고 자동으로 매입세액공제가 되는 것은 아니고, 사업 관련 지출인지 확인해 공제와 불공제를 직접 고친 뒤 신고하라고 봅니다. 카드매출전표나 현금영수증의 매입세액은 수령명세서를 내고 증빙을 보관해야 공제되며, 그 전제는 부가가치세법상 공제 대상 매입이어야 한다는 점입니다.

2026. 10. 12. 기준 현행 「부가가치세법」은 사업과 직접 관련 없는 지출, 개별소비세 과세 대상 승용차의 구입·임차·유지, 기업업무추진비 관련 지출, 면세사업 관련 매입의 매입세액을 공제하지 않습니다. 이런 지출은 결제 수단이 사업용 카드나 법인카드여도 공제되지 않고, 사업자 명의 현금영수증을 받았다는 사정도 결론을 바꾸지 못합니다.

어떤 카드 사용분이 공제되지 않나요?

대표적인 것은 가족 생활비처럼 사업과 관계없는 지출, 배기량 1,000cc 이하 경차 등을 뺀 승용차의 주유비·수리비·렌트료, 거래처 선물과 접대 식대입니다. 운수업이나 자동차판매업처럼 승용차를 직접 영업에 쓰는 업종은 승용차 관련 매입세액도 공제됩니다.

공급자 쪽 사정으로 막히는 경우도 있습니다. 목욕·이발·미용업, 전세버스를 뺀 여객운송업, 입장권을 발행하는 사업자에게서 받은 카드전표는 공제 대상이 아닙니다. 영수증만 발급하는 간이과세자의 카드전표도 공제되지 않습니다. 같은 거래에 세금계산서와 현금영수증을 함께 받아 두 번 공제했다면 하나는 부인됩니다. 공급자 업종별 불공제는 「택시비·KTX·미용실 카드 결제분 부가세를 공제받았다면 추징되나요?」에서 자세히 설명했습니다.

과세사업과 면세사업을 함께 하는 사업자는 카드 매입을 실제 쓰인 사업별로 나누고, 어느 쪽에 쓰였는지 구분할 수 없으면 총공급가액 중 면세공급가액 비율 등으로 나누어 면세 쪽 매입세액을 빼야 합니다. 이 부분은 「과세·면세 겸업인데 공통매입세액을 전부 불공제로 신고했다면 경정청구로 돌려받을 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

잘못 공제받았다면 가산세는 얼마나 붙나요?

부인된 매입세액만큼 부가가치세를 더 내고, 과소신고가산세 10%와 납부지연가산세가 붙습니다. 납부지연가산세는 법정납부기한 다음 날부터 납부일(그 전에 납부고지가 나오면 고지일) 전날까지 하루 10만분의 22이고, 고지서의 납부기한까지 내지 않으면 미납세액의 3%가 더해지며 고지세액이 150만원 이상이면 그 뒤로 월 1만분의 67씩 붙습니다. 장부를 꾸미거나 거짓 증빙을 만든 부정행위로 판단되면 과소신고가산세는 40%가 됩니다. 잘못 공제한 매입세액 때문에 환급까지 받았다면 초과환급신고가산세가 같은 비율로 붙고, 납부지연가산세는 환급받은 날의 다음 날부터 계산합니다.

G씨가 2026. 10. 15.에 수정신고하고 납부한다면 신고기한이 지난 지 3개월 안이므로 과소신고가산세 12만원의 75%가 감면되어 3만원이 남습니다. 납부지연가산세는 7. 28.부터 10. 14.까지 79일분으로 약 2만 856원입니다. 가산세보다 큰 것은 본세 120만원이므로, 일찍 고칠수록 부담이 줄어듭니다.

세무서 안내를 받은 뒤 고치면 무엇이 다른가요?

세무서로부터 과세자료 해명 통지를 받은 뒤 수정신고하거나 세무조사 착수를 알고 수정신고하면 과소신고가산세 감면을 받지 못합니다. 같은 금액을 고쳐도 시점에 따라 가산세가 달라지는 셈입니다.

이미 해명 통지나 세무조사 결과 통지를 받았다면, 부인 대상으로 묶인 지출 가운데 실제로 사업에 쓴 것을 가려내는 것이 중요합니다. 업무용 차량을 직접 영업에 쓰는 업종인지, 직원 복리후생 식대인지, 판매용 상품 매입인지에 따라 공제 여부가 달라집니다.

카드 매입세액 추징 대응 순서

• 매입내역 분류 - 사업용 카드와 지출증빙 현금영수증 내역을 사업 지출, 가사 지출, 승용차, 접대, 면세 관련으로 나눕니다.
• 증빙 보강 - 사업 지출로 볼 건은 거래 목적을 보여 주는 견적서, 납품 기록, 차량 운행 기록을 붙여 둡니다.
• 수정신고 - 해명 통지 전이라면 잘못 공제한 매입세액을 빼고 수정신고해 가산세 감면을 받습니다.
• 해명자료 제출 - 세무서가 해명을 요구하면 건별 분류표와 증빙으로 사업 관련성을 소명합니다.
• 과세전적부심사·심판청구 - 부인 범위가 넓다면 과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를, 납부고지 뒤에는 90일 안에 심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지출의 실제 용도와 업종, 차량의 종류에 따라 공제 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 매입세액 부인에 대한 해명자료 작성, 수정신고 검토, 과세전적부심사와 조세심판 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 홈택스에서 공제로 표시된 건 그대로 신고해도 되나요?
  공제 표시는 가맹점 업종과 과세 유형으로 나눈 것이라 사업 관련 여부는 반영하지 못합니다. 국세청도 사업 지출인지 확인해 공제와 불공제를 고친 뒤 신고하라고 봅니다.
• 사업용 카드로 결제한 개인 승용차 주유비도 공제되나요?
  배기량 1,000cc 이하 경차 등을 뺀 승용차의 구입·임차·유지 매입세액은 공제되지 않습니다. 운수업처럼 차량을 직접 영업에 쓰는 업종만 예외입니다.
• 거래처 선물을 사업용 카드로 샀는데 공제되나요?
  거래처 선물과 접대 식대는 기업업무추진비 관련 지출이라 매입세액이 공제되지 않습니다. 직원 복리후생 목적이라면 공제 여부가 달라지므로 용도를 자료로 남겨 두어야 합니다.
• 잘못 공제받은 걸 알았는데 가산세는 얼마인가요?
  부인된 매입세액에 과소신고가산세 10%와 하루 10만분의 22의 납부지연가산세가 붙습니다. 해명 통지 전에 수정신고하면 기간에 따라 과소신고가산세가 90%부터 10%까지 감면됩니다.
• 세무서 해명 안내를 받은 뒤 수정신고하면 감면되나요?
  과세자료 해명 통지를 받은 뒤 낸 수정신고는 과소신고가산세 감면 대상에서 빠집니다. 감면을 받으려면 통지 전에 고쳐야 합니다.
• 미용실이나 택시비 카드전표도 공제되나요?
  목욕·이발·미용업, 전세버스를 뺀 여객운송업, 입장권 발행 사업자에게서 받은 카드전표는 매입세액공제 대상이 아닙니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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