법인세·소득세

주식회사를 협동조합으로 바꾸면 청산소득 법인세를 내야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 주식회사가 협동조합 기본법 제60조의2에 따라 협동조합으로 조직변경하면 법인세법상 청산소득 법인세를 과세하지 않습니다. 국세청은 주식회사의 협동조합 전환 사안에서 2015년 2월 개정된 비과세 규정에 따른다고 회신했고, 현행 시행령 제121조 제4호도 같은 사유를 두고 있습니다. 지금은 전환 방식이 조직변경인지, 해산 후 신설인지부터 확인하십시오.

회사를 협동조합으로 바꾸면 회사가 없어지니 해산할 때처럼 청산소득 법인세를 내야 한다고 걱정하는 경우가 많습니다. 법이 정한 조직변경 절차를 밟으면 법인의 동일성이 이어지므로 청산소득 법인세를 내지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

지역 농산물 가공품을 만드는 F주식회사의 주주 12명은 모두 생산 농가였고, 2025년 말 회사를 협동조합으로 바꾸기로 의견을 모았습니다. 회사에는 그동안 쌓인 이익잉여금 약 4억원과 장부가액보다 시가가 높은 공장 부지가 있었습니다. 대표는 협동조합으로 바꾸면 기존 회사가 해산하는 것이니 잉여금과 부지 시가 차이에 청산소득 법인세가 나오는지, 어떤 방식으로 바꿔야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

주식회사를 협동조합으로 바꾸면 청산소득 법인세를 내나요?

아니요, 주식회사가 「협동조합 기본법」 제60조의2 제1항에 따라 협동조합으로 조직변경하면 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 않습니다. 법인세법이 이 조직변경을 청산소득 비과세 사유로 정하고 있기 때문입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」 제78조는 상법에 따른 조직변경, 특별법 개정·폐지로 상법상 회사가 되는 경우, 그 밖의 법률에 따른 조직변경으로서 시행령이 정한 경우에 청산소득 법인세를 과세하지 않습니다. 시행령 제121조는 그 경우로 법무법인의 법무법인(유한) 전환 등과 함께 법인등이 협동조합 기본법 제60조의2 제1항에 따라 협동조합으로 조직변경하는 경우를 열거합니다.

청산소득 과세는 법인이 해산할 때 자산에 쌓인 미실현이익을 한꺼번에 과세하는 제도입니다. 조직변경은 권리·의무가 그대로 이어지고 실제로 자산을 처분해 이익을 실현한 것이 아니므로 과세하지 않는 것입니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 상법상 주식회사가 협동조합 기본법에 따라 협동조합으로 조직변경된 경우 청산소득 과세특례 적용 여부는 법인세법 제78조 제3호와 2015. 2. 3. 개정된 시행령 규정에 따른다고 회신했습니다(사전-2013-법령해석법인-18293, 2015. 2. 25.).

당시 쟁점은 협동조합으로 바꾼 시점이 비과세 규정이 생기기 전이었다는 점이었습니다. 개정 시행령 부칙은 공포일인 2015. 2. 3. 이후 결정·경정하는 분부터 적용하도록 했고, 국세청은 그 전에 조직을 바꿨더라도 청산소득에 대한 결정이 아직 없었다면 개정 규정에 따라 비과세된다고 보았습니다.

국세청은 사회적협동조합으로의 전환은 성격이 다르다고 덧붙였습니다. 사회적협동조합은 비영리법인이고 조직변경 근거도 협동조합 기본법 제105조의2로 따로 있어, 영리법인인 주식회사와 동일성을 유지한다고 보기 어렵다는 것입니다.

조직변경으로 인정받으려면 무엇을 갖춰야 하나요?

청산소득 비과세를 받으려면 협동조합 기본법이 정한 조직변경 절차를 그대로 밟아야 합니다. 절차를 건너뛰고 해산과 신설로 처리하면 조직변경으로 보기 어렵습니다.

• 총회 결의 - 소속 구성원 전원의 동의에 따른 총회 결의가 필요하고, 정관과 출자금 등을 함께 정합니다.
• 출자금 한도 - 기존 회사의 현존 순재산액보다 많은 금액을 협동조합 출자금 총액으로 정할 수 없습니다.
• 사내유보금 처리 - 대통령령이 정하는 사내유보금은 총회 결의로 협동조합의 적립금으로 돌릴 수 있습니다.
• 신고 - 주된 사무소 관할 시·도지사에게 신고하고, 시·도지사는 20일 안에 수리 여부를 통지합니다.

사회적협동조합으로 바꾸는 경우는 협동조합 기본법 제105조의2에 따른 조직변경이라 법인세법 시행령 제121조가 열거한 비과세 사유에 들어 있지 않습니다. 이 경우에는 청산소득 과세 여부를 따로 검토해야 합니다.

협동조합 조직변경 청산소득 대응 순서

• 방식 결정 - 조직변경인지, 해산 후 신설인지, 일반 협동조합인지 사회적협동조합인지 먼저 정합니다.
• 순재산 확인 - 결의 전 재무상태표로 현존 순재산액과 출자금 한도를 계산합니다.
• 결의와 신고 - 구성원 전원 동의 총회 결의서와 정관을 갖춰 시·도지사에게 신고합니다. 인허가가 필요한 사업이면 먼저 받습니다.
• 세무 신고 정리 - 조직변경 뒤 「사업자등록 정정신고서」로 법인 형태와 상호를 바꾸고, 해산 방식을 택했다면 「청산소득에 대한 법인세과세표준 및 세액신고서」 대상인지 확인합니다.
• 경정청구·불복 - 비과세 대상인데 청산소득 법인세가 과세되었다면 「과세표준 및 세액의 경정청구서」를 내거나 고지를 받은 날부터 90일 안에 「조세심판청구서」를 냅니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 결의 방식과 전환 대상 조합의 종류에 따라 결론이 달라질 수 있어 결의서와 정관을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인의 해산·조직변경에 따른 법인세 부과처분의 조세불복과 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 사회적협동조합으로 바꾸면 어떻게 되나요?
  사회적협동조합 전환은 협동조합 기본법 제105조의2에 따른 조직변경이라 법인세법 시행령 제121조의 비과세 사유에 열거되어 있지 않습니다. 비영리법인이 되는 전환이므로 청산소득 과세 여부를 따로 검토해야 합니다.
• 회사를 해산하고 협동조합을 새로 세우면 같은가요?
  아니요. 해산 후 신설은 협동조합 기본법 제60조의2의 조직변경이 아니어서 비과세 특례를 적용받기 어렵습니다. 해산하면 잔여재산 가액에서 자기자본 총액을 뺀 금액이 청산소득이 됩니다.
• 주주 한 명이라도 반대하면 조직변경할 수 없나요?
  협동조합으로의 조직변경은 소속 구성원 전원의 동의에 따른 총회 결의가 필요합니다. 반대하는 주주가 있다면 그 지분 정리부터 해야 조직변경 절차를 밟을 수 있습니다. 결의서에 동의 사실을 분명히 남겨 둡니다.
• 회사에 쌓인 이익잉여금은 어떻게 되나요?
  대통령령이 정하는 사내유보금은 총회 결의로 협동조합의 적립금으로 돌릴 수 있습니다. 출자금 총액은 기존 회사의 현존 순재산액을 넘을 수 없으므로 출자금과 적립금을 나눠 정합니다. 결의 직전 재무상태표로 순재산액을 확인합니다.
• 조직변경 신고 후 언제 효력이 생기나요?
  시·도지사는 신고를 받은 날부터 20일 안에 수리 여부를 통지해야 하고, 그 기간 안에 통지하지 않으면 다음 날 신고를 수리한 것으로 봅니다. 수리 통지일을 기준으로 등기와 세무 정리를 진행합니다.
• 유한회사도 협동조합으로 바꿀 수 있나요?
  네. 상법에 따라 설립된 유한책임회사, 주식회사, 유한회사와 다른 법령에 따라 설립된 영리법인이 모두 협동조합으로 조직변경할 수 있고, 같은 비과세 규정이 적용됩니다. 다만 같은 법 제60조의2의 절차를 그대로 밟아야 합니다.
• 청산소득 법인세가 이미 고지됐다면 어떻게 하나요?
  조직변경 요건을 갖췄는데도 해산으로 보아 과세됐다면 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다. 직접 신고·납부했다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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