법인세·소득세

주식회사가 사회적협동조합으로 바뀌면 사업연도가 이어지나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 주식회사가 사회적협동조합으로 조직을 바꾸면 종전 사업연도가 이어지지 않아 해산등기일까지를 한 사업연도로 보고 따로 신고합니다. 사회적협동조합 조직변경은 법인세법상 청산소득 과세특례 대상인 조직변경에 들어 있지 않기 때문입니다. 지금은 조직변경 근거가 제105조의2인지와 인가일·해산등기일부터 확인하십시오.

권리·의무가 그대로 이어진다고 해서 세법상 사업연도까지 자동으로 이어진다고 볼 필요는 없습니다. 사업연도가 이어지는 조직변경은 법인세법이 따로 정해 두었습니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 농산물을 가공·판매하는 농업회사법인 주식회사로, 주주들이 지역 고용과 복지에 더 집중하기로 하고 2025년 「협동조합 기본법」에 따라 사회적협동조합 B로 조직을 바꾸었습니다. 조직변경 뒤에도 사업장과 직원, 거래처는 그대로이고 법률상 권리·의무도 같은 법인으로 이어졌습니다. 회계 담당자는 1월부터 이어 온 사업연도를 연말까지 한 번에 신고해도 되는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

사회적협동조합으로 바꾸면 종전 사업연도가 이어지나요?

이어지지 않습니다. 주식회사가 사회적협동조합으로 조직을 변경하면 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 보지 않으므로, 종전 회사는 사업연도 개시일부터 해산등기일까지를 한 사업연도로 보아 따로 신고합니다.

법인세법은 사업연도 중에 해산하면 개시일부터 해산등기일까지를 1사업연도로 보되, 제78조 각 호의 조직변경은 해산에서 빼고 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 봅니다. 제78조가 정한 조직변경은 「상법」에 따른 조직변경, 특별법 개정에 따른 회사 전환, 대통령령으로 정한 다른 법률상 조직변경입니다.

사회적협동조합으로의 조직변경은 이 목록에 없습니다. 「협동조합 기본법」도 조직변경 인가를 받으면 종전 법인은 해산등기를, 사회적협동조합은 설립등기를 하도록 정하고 있어, 세법상으로는 종전 회사의 해산과 새 법인의 설립으로 다루어집니다.

일반 협동조합으로 바꾸는 경우와 무엇이 다른가요?

일반 협동조합으로 바꾸면 청산소득 과세특례와 사업연도 계속이 인정되고, 사회적협동조합으로 바꾸면 인정되지 않습니다. 법인세법 시행령은 「협동조합 기본법」 제60조의2 제1항에 따라 법인등이 협동조합으로 조직변경하는 경우를 과세특례 대상으로 열거하지만, 사회적협동조합 조직변경(제105조의2)은 열거하지 않습니다.

두 조합은 성격이 다릅니다. 일반 협동조합은 잉여금 배당이 가능하고 「상법」을 준용해 주식회사와 비슷하지만, 사회적협동조합은 배당이 금지되고 「민법」을 준용하는 비영리법인입니다. 영리법인에서 비영리법인으로 바뀌는 만큼 과세 체계도 끊어서 보는 것입니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 사전-2015-법령해석법인-0463(2016. 3. 15.)에서, 상법상 주식회사가 「협동조합 기본법」 제105조의2에 따라 사회적협동조합을 설립등기하고 종전 회사가 해산하는 경우 사회적협동조합의 사업연도는 조직변경 전 회사의 사업연도가 계속되는 것으로 볼 수 없다고 회신했습니다.

국세청은 권리·의무가 승계되어 동일성이 유지되는 듯 보이지만, 영리법인과 비영리법인은 이윤 추구와 이익 분배에서 크게 달라 같은 법인으로 보기 어렵다고 했습니다. 청산소득 과세특례는 조세특례이므로 엄격해석 원칙에 따라 열거된 조직변경에만 적용된다는 이유도 들었습니다. 회신 뒤 2018. 12. 24. 법인세법 개정으로 제78조 조직변경이면 사업연도가 계속된다는 제8조 제3항이 생겼지만, 사회적협동조합 조직변경은 여전히 그 대상이 아니어서 결론은 같습니다.

조직변경 전 회사는 무엇을 신고해야 하나요?

종전 회사는 사업연도 개시일부터 해산등기일까지의 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 신고해야 합니다. 청산소득 과세특례가 적용되지 않으므로 해산에 따른 청산소득에 대한 법인세 신고 대상인지도 따져야 하고, 이 신고는 청산소득 금액이 없어도 해야 합니다.

청산소득은 해산에 의한 잔여재산 가액에서 해산등기일 현재 자본금과 잉여금 합계액을 뺀 금액으로 계산하고, 잔여재산가액확정일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 신고합니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」상 조직변경으로 승계되는 자산을 어떤 가액으로 잔여재산에 넣을지는 결산 자료를 보고 정해야 하므로, 인가 신청 전에 계산해 보는 것이 안전합니다. 새로 설립된 사회적협동조합은 비영리법인으로서 수익사업 개시 신고를 하고 그 뒤 수익사업 소득을 신고합니다.

사회적협동조합 조직변경 세무 대응 순서

• 조직변경 경로 확인 - 사회적협동조합인지 일반 협동조합인지, 근거 조문이 제105조의2인지 제60조의2인지 먼저 확인합니다. 세법상 결과가 여기서 갈립니다.
• 결산 일정 맞추기 - 인가일과 해산등기일을 기준으로 종전 회사의 의제 사업연도 결산을 준비합니다.
• 법인세 신고 - 해산등기일까지의 소득은 법인세 과세표준 및 세액신고서로, 청산소득은 청산소득에 대한 법인세과세표준 및 세액신고서로 각각 기한 안에 신고합니다.
• 새 법인 등록 - 사회적협동조합은 비영리법인의 수익사업 개시신고서를 내고 수익사업 회계를 따로 기록합니다.
• 사후 정정 - 사업연도를 이어서 한 번에 신고했다면 수정신고를 검토하고, 과세되면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 잔여재산 가액과 이월결손금 처리에 따라 세액이 크게 달라지므로 결산서와 조직변경 서류를 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인 조직변경·해산에 따른 법인세 문제와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 일반 협동조합으로 바꾸면 사업연도가 이어지나요?
  네. 「협동조합 기본법」 제60조의2 제1항에 따라 회사가 협동조합으로 조직변경하는 경우는 청산소득 과세특례 대상인 조직변경이어서 조직변경 전 사업연도가 계속되는 것으로 봅니다. 사회적협동조합과 결론이 다릅니다.
• 상법상 조직변경도 같은가요?
  주식회사가 유한회사로 바뀌는 것처럼 「상법」에 따라 조직변경하는 경우는 청산소득에 대한 법인세를 과세하지 않고 사업연도도 계속됩니다. 법인세법 제78조 각 호에 열거된 조직변경만 이 효과가 있습니다.
• 사회적협동조합은 영리법인인가요?
  아닙니다. 사회적협동조합은 잉여금 배당이 금지되는 비영리법인으로 과세되어, 수익사업에서 생긴 소득만 법인세 대상입니다. 그래서 영리법인이던 종전 회사와 세법상 같은 법인으로 보지 않습니다.
• 해산등기는 언제까지 해야 하나요?
  사회적협동조합으로 조직변경한 경우 인가를 받은 날부터 14일 이내에 본점 소재지에서 종전 법인은 해산등기를, 사회적협동조합은 설립등기를 해야 합니다. 해산등기일이 종전 회사의 의제 사업연도 종료일이 됩니다.
• 청산소득은 어떻게 계산하나요?
  해산에 의한 잔여재산 가액에서 해산등기일 현재 자본금 또는 출자금과 잉여금의 합계액을 뺀 금액입니다. 해산등기일 현재 이월결손금은 잉여금 범위에서 자기자본 총액과 상계해 계산합니다.
• 청산소득이 없어도 신고해야 하나요?
  네. 청산소득에 대한 법인세 납부의무가 있는 법인은 청산소득 금액이 없는 경우에도 잔여재산가액확정일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 신고해야 합니다. 재무상태표를 함께 냅니다.
• 이미 사업연도를 이어서 신고했다면요?
  의제 사업연도로 나누어 다시 신고해야 하는지 수정신고를 검토합니다. 세무서가 바로잡아 과세하면 납부고지서를 받은 날부터 90일 이내에 심판청구로 다툴 수 있지만, 조직변경 경로 자체는 다투기 어렵습니다.

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