부가가치세

협동조합이 중소기업중앙회 공제 가입을 대신 받으면 수수료에 부가세가 붙나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

현행 시행령 기준으로는 중소기업중앙회의 공제사업 계약 체결을 대리하는 용역이면 수수료에도 부가가치세가 면제됩니다. 2012년 국세청 회신은 회원모집 위탁을 과세로 보았지만 그 뒤 시행령에 계약 체결 대리 용역이 면세로 명시됐습니다. 지금은 위탁계약서에 계약 체결 권한이 들어 있는지부터 확인하십시오.

협동조합이 받는 위탁수수료라는 이유만으로 모두 과세 매출로 처리할 필요는 없습니다. 공제 계약 체결을 대리하는 용역인지, 모집 안내에 그치는 용역인지를 먼저 나눕니다.

이런 상담이 많습니다

지역 업종별 B협동조합은 2023년부터 중소기업중앙회와 위탁계약을 맺고 조합원 회사들의 공제 가입을 받아 왔습니다. 조합 직원이 가입 상담을 하고 청약서를 받아 중앙회에 넘기면 건당 수수료를 받는 방식입니다. 조합은 예전 해석을 근거로 이 수수료를 과세로 신고해 왔는데, 2026년 세무 검토에서 지금은 면세일 수 있다는 말을 들었습니다. 조합은 지금까지 낸 부가가치세를 돌려받을 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

중소기업중앙회 공제사업 자체는 부가가치세가 면제되나요?

네, 중소기업중앙회가 「중소기업협동조합법」에 따라 주무관청 인가를 받아 하는 공제사업은 부가가치세가 면제되는 금융·보험 용역에 포함됩니다. 공제료를 받고 약정한 사고가 생기면 공제금을 주는 구조가 보험업과 같기 때문입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법 시행령」은 금융·보험업이 아닌 사업을 하는 자가 주된 사업에 부수해 금융·보험 용역과 같거나 비슷한 용역을 제공하면 면세되는 금융·보험 용역으로 봅니다. 중앙회의 공제사업이 이 규정에 해당합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 중소기업중앙회의 공제사업은 부가가치세가 면제되지만, 협동조합이 중앙회로부터 위탁받아 보증공제 회원모집 업무를 하는 것은 면제되지 않는다고 회신했습니다(법규부가2012-171, 2012. 8. 17.).

검토 의견은 회원모집 용역이 공제사업의 본질적 요소를 담고 있지 않은 부수 업무라고 보았습니다. 당시 시행령은 보험중개·대리는 면세 금융·보험 용역에 넣었지만 공제 계약 대리에 관한 규정은 따로 없었습니다. 이 회신은 2012년 당시 법령과 질의한 위탁 구조를 전제로 한 해석이라, 지금 법령과 계약 내용이 다르면 결론도 달라집니다.

2012년 회신 뒤 무엇이 바뀌었나요?

회신 뒤 시행령 개정으로 「중소기업협동조합법」에 따른 중소기업중앙회의 공제사업 계약 체결을 대리하는 용역이 면세 금융·보험 용역으로 명시됐습니다. 그래서 지금은 협동조합 등이 중앙회를 대신해 공제 계약을 체결하는 용역이면 수수료도 면세됩니다.

• 2012년 회신 - 위탁받은 회원모집 업무는 과세
• 현행 시행령 - 공제사업 계약 체결을 대리하는 용역은 면세
• 판단 기준 - 계약 체결 대리에 해당하는지가 과세와 면세를 가릅니다

보험업에서 보험대리점의 대리 용역이 면세되는 것과 같은 방향으로 정리된 것입니다. 개정 규정은 그 시행 뒤 공급한 용역부터 적용되므로, 오래된 연도분은 당시 법령을 따로 확인해야 합니다.

회원 모집만 하고 계약 체결은 하지 않으면 어떻게 되나요?

계약 체결을 대리하지 않고 공제 상품을 알리거나 가입 희망자를 소개만 하는 용역이면 면세 규정에 바로 해당한다고 보기 어렵습니다. 위탁계약서의 업무 범위와 실제 업무 흐름으로 판단합니다.

• 청약서 접수와 체결 권한 - 조합이 중앙회 이름으로 청약을 받고 계약을 성립시킬 권한이 있으면 대리에 가깝습니다.
• 안내와 소개만 - 홍보물 배포, 가입 희망자 명단 전달에 그치면 과세 여지가 남습니다.
• 수수료 산정 방식 - 체결 건수에 따라 받는지, 소개 건수에 따라 받는지도 판단 자료가 됩니다.

이미 과세로 신고한 수수료는 돌려받을 수 있나요?

계약 체결 대리 용역인데 과세로 신고했다면 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 다만 그동안 받은 쪽인 중앙회와 세금계산서를 주고받았다면 수정세금계산서 처리도 함께 맞춰야 합니다.

면세 용역에 세금계산서를 발급한 경우 처음 발급한 내용대로 붉은색 글씨나 음의 표시로 수정세금계산서를 발급합니다. 공급자와 공급받는 자의 신고를 같이 고쳐야 하므로 중앙회와 먼저 정산 방향을 협의합니다.

공제 계약 대리 수수료 부가세 대응 순서

• 위탁계약서 확인 - 업무 범위에 계약 체결 권한이 있는지, 청약 접수와 공제료 수납을 누가 하는지 봅니다.
• 연도별 법령 확인 - 각 공급 시기에 계약 체결 대리 면세 규정이 시행 중이었는지 확인합니다.
• 신고 방향 정하기 - 면세 대상이면 계산서를 발급하고, 이미 발급한 세금계산서는 수정세금계산서로 정리합니다.
• 환급 청구 - 과세기간별로 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서를 내고 위탁계약서와 업무 기록을 붙입니다.
• 거부 시 불복 - 경정청구가 거부되면 통지를 받은 날부터 90일 이내 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 위탁계약에 모집·체결·사후관리가 섞여 있으면 업무별로 대가를 나눌 수 있는지 계약서를 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 금융·보험 용역 면세를 둘러싼 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 노란우산공제 같은 공제사업도 금융·보험 용역인가요?
  중소기업중앙회가 법에 따라 인가를 받아 하는 공제사업은 공제료를 받고 약정한 사고에 공제금을 주는 구조여서 면세 금융·보험 용역과 같거나 비슷한 용역으로 볼 수 있습니다. 개별 공제 상품마다 근거 법률과 구조를 따로 확인합니다.
• 보험대리점 수수료도 면세인가요?
  네. 보험업법에 따른 보험업에는 보험중개·대리가 포함되므로 보험대리점이 받는 대리 수수료는 면세 금융·보험 용역에 해당합니다. 공제 계약 대리 면세 규정도 같은 방향으로 마련된 것입니다.
• 가입 희망자 소개만 하고 받는 돈은 어떻게 되나요?
  계약 체결을 대리하지 않고 소개나 홍보에 그치는 용역은 면세 규정에 바로 해당한다고 보기 어렵습니다. 위탁계약서의 업무 범위와 수수료 산정 방식으로 대리 해당 여부를 판단합니다. 체결 건수 기준 수수료인지도 함께 봅니다.
• 면세라면 세금계산서 대신 무엇을 발급하나요?
  면세 용역을 공급하는 사업자는 세금계산서가 아니라 계산서를 발급합니다. 이미 세금계산서를 발급했다면 처음 내용대로 붉은색 글씨나 음의 표시를 해 수정세금계산서를 발급해 정리합니다.
• 과세로 낸 부가세는 몇 년 치까지 돌려받나요?
  법정신고기한까지 신고했다면 각 과세기간의 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있습니다. 확정신고기한은 과세기간이 끝난 후 25일이므로 그날부터 기간을 셉니다. 과세기간마다 따로 계산합니다.
• 경정청구가 거부되면 어떻게 다투나요?
  경정청구 거부 통지를 받은 날부터 90일 이내에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 위탁계약서와 업무 기록으로 계약 체결 대리 용역임을 보여 주는 것이 쟁점이 됩니다. 이의신청은 거쳐도 되고 거치지 않아도 됩니다.

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