세무조사

이전가격 사전승인(APA) 신청을 철회하면 그 내용으로 세무조사를 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

받을 수 있습니다. 2026. 2. 27.부터 정상가격 산출방법 사전승인 신청을 철회하거나 상호합의절차가 중단되어 신청 내용을 확인할 필요가 있으면 부분조사를 할 수 있게 됐습니다. 철회하면 제출 자료는 돌려받지만 조사에서 다시 요구될 수 있고, 중단 통지를 받았다면 15일 안에 일방적 사전승인 신청 여부를 정해야 합니다.

정상가격 산출방법 사전승인을 신청했다가 철회했다고 곧바로 세무조사가 나오는 것은 아닙니다. 2026. 2. 27. 신설된 부분조사 사유는 「과세관청이 해당 신청의 내용을 확인할 필요가 있는 경우」로 한정되고, 조사 범위도 그 확인에 필요한 부분으로 좁혀집니다. 다만 철회나 중단이 조사의 계기가 될 수 있는 근거가 생긴 만큼, 철회할지 일방적 사전승인으로 이어 갈지는 조사 가능성까지 놓고 정하는 편이 안전합니다.

이런 상담이 많습니다

국내 제조업체 C사는 해외 판매법인에 제품을 공급하면서 2023. 8. 2024 사업연도부터 5년간의 정상가격 산출방법을 국세청에 사전승인 신청했고, 상대국과 상호합의절차가 진행됐습니다. 그런데 2026. 9. 8. 신청 접수일부터 3년이 지나도록 합의가 이뤄지지 않아 상호합의절차를 중단한다는 통지를 받았습니다. C사는 일방적 사전승인을 신청할지, 신청을 거둬들일지 고민하던 중 2026년 개정으로 철회하면 부분조사를 받을 수 있다는 말을 들었습니다. C사 재무팀장은 철회하면 그동안 낸 자료로 조사를 받는지, 15일 안에 무엇을 정해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

2026년부터 무엇이 새로 부분조사 사유가 됐나요?

세무조사는 모든 세목을 통합해 하는 것이 원칙이고, 법이 정한 사유가 있을 때만 필요한 부분에 한정한 부분조사를 할 수 있습니다. 시행령은 2026. 2. 27. 이 사유에 정상가격 산출방법 사전승인 신청을 취소·철회하거나, 접수일부터 3년이 지나도록 합의가 안 되거나 합의가 불가능해 상호합의절차가 중단되어 과세관청이 그 신청 내용을 확인할 필요가 있는 경우를 더했습니다. 종전 시행령 사유는 주식을 시가와 다르게 거래해 이익을 나눈 혐의, 무자료·위장 거래의 긴급조사, 다른 기관이 준 자료의 처리, 조세조약상 비과세·면제 신청 확인 네 가지였습니다.

부칙은 이 사유를 시행 이후 부분조사를 실시하는 경우부터 적용하도록 했습니다. 신청이나 철회 시점이 아니라 조사 실시 시점이 기준이므로, 2026년 전에 철회한 신청도 그 뒤 실시하는 부분조사의 대상이 될 수 있는 것으로 볼 수 있습니다.

철회하면 제출한 자료는 어떻게 되나요?

신청인은 사전승인을 받기 전까지 신청을 철회할 수 있고, 철회하면 국세청은 제출된 자료를 모두 돌려줘야 합니다. 또 국세청은 신청 때 받은 자료를 사전승인 심사, 사후관리, 상대국과의 정보교환 외의 용도로 쓸 수 없습니다. 신청서에는 사업 연혁, 최근 3년 재무제표와 세무신고서, 국제거래 계약서, 정상가격 세부 산출방법이 들어가므로 철회 전에 이 내용이 과세 쟁점이 될 수 있는지 점검합니다.

그렇다고 신청 내용을 다시 들여다볼 수 없는 것은 아닙니다. 새 사유는 부분조사로 신청 내용을 확인하는 길을 연 것이어서, 조사관은 조사 과정에서 거래 구조와 이익률 자료를 새로 요구할 수 있습니다. 대신 조사대상 세목과 과세기간의 세액 계산과 관련 없는 장부의 제출은 요구할 수 없으므로, 요구 범위가 신청 내용 확인을 벗어나는지 따져 볼 수 있습니다.

상호합의가 중단되면 철회밖에 없나요?

아닙니다. 상호합의절차가 중단되면 국세청은 15일 안에 그 사실을 알리고, 신청인은 통지를 받은 날부터 15일 안에 상대국 합의 없이 국내에서만 승인받는 일방적 사전승인을 서면으로 신청할 수 있습니다. 이 경우 국세청은 신청일부터 2년 안에 승인 여부를 정합니다. 15일을 넘기면 처음 신청을 철회한 것으로 보므로, C사는 2026. 9. 23.까지 결정해야 합니다.

다만 시행령 문언상 상호합의절차의 중단 자체도 부분조사 사유에 들어 있습니다. 일방적 사전승인을 신청하면 심사가 이어진다는 실익이 있지만, 조사 가능성이 완전히 없어진다고 보기는 어렵습니다. 상대국에서 이중과세가 생길 위험과 국내 조사 위험을 함께 비교해 정합니다.

부분조사는 몇 번까지, 어디까지 받을 수 있나요?

이 사유를 포함해 탈세 제보, 거래상대방 조사 등으로 하는 부분조사는 같은 세목과 같은 과세기간에 2회를 넘을 수 없습니다. 하지만 부분조사를 받은 뒤 그 조사에 포함되지 않은 부분을 조사하는 것은 금지되는 재조사의 예외여서, 나중에 같은 연도에 통합조사를 받을 수도 있습니다. 부분조사 이후의 재조사는 「특정 항목만 부분조사를 받았는데, 같은 해 다른 항목을 또 조사받을 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

조사를 시작하기 20일 전에는 조사대상 세목, 기간, 사유를 알리는 사전통지를 받습니다. 조사 결과 통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다.

사전승인 철회·중단 대응 순서

• 통지 확인 - 중단·합의 통지를 받은 날을 기준으로 15일, 2개월 기한을 계산합니다.
• 선택지 비교 - 일방적 사전승인 신청과 철회 두 경우의 조사 위험과 이중과세 위험을 비교합니다.
• 자료 정리 - 신청 때 낸 자료와 이후 실제 거래 결과의 차이를 미리 확인합니다.
• 조사 범위 점검 - 부분조사 통지를 받으면 사유와 범위가 신청 내용 확인에 한정되는지 봅니다.
• 불복 준비 - 결과 통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를, 고지 뒤에는 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 철회 사유와 신청 내용, 실제 거래 결과가 승인 신청한 방법과 얼마나 다른지에 따라 조사 범위와 결과가 달라집니다. 법무법인 윤성은 이전가격 사전승인과 상호합의, 이전가격 세무조사 대응과 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 사전승인 신청을 철회하면 바로 세무조사가 나오나요?
  바로 나오는 것은 아닙니다. 2026. 2. 27. 신설된 사유는 철회나 상호합의 중단으로 과세관청이 신청 내용을 확인할 필요가 있을 때 부분조사를 할 수 있게 한 것이고, 조사 범위도 그 확인에 필요한 부분으로 한정됩니다.
• 2025년에 철회한 신청도 해당되나요?
  부칙은 이 영 시행 이후 부분조사를 실시하는 경우부터 적용한다고 정했습니다. 철회 시점이 아니라 조사 실시 시점이 기준이어서, 시행 전에 철회한 신청도 그 뒤의 부분조사 대상이 될 수 있는 것으로 볼 수 있습니다.
• 철회하면 낸 자료는 돌려받나요?
  돌려받습니다. 신청인은 사전승인 전까지 철회할 수 있고, 철회하면 국세청은 제출된 자료를 모두 반환해야 합니다. 신청 자료는 심사, 사후관리, 상대국과의 정보교환 외의 용도로 쓸 수 없습니다.
• 상호합의가 중단되면 어떻게 해야 하나요?
  중단 통지를 받은 날부터 15일 안에 일방적 사전승인을 서면으로 신청할 수 있고, 국세청은 신청일부터 2년 안에 결정합니다. 15일 안에 신청하지 않으면 처음 신청을 철회한 것으로 봅니다.
• 합의 내용 통지를 받고 답을 안 하면 어떻게 되나요?
  통지를 받은 날부터 2개월 안에 동의 여부를 서면으로 내지 않으면 동의하지 않은 것으로 보고, 처음 사전승인 신청도 철회한 것으로 봅니다. 철회로 보면 부분조사 사유가 될 수 있습니다.
• 부분조사를 받고 나면 같은 해 다시 조사받지 않나요?
  부분조사는 같은 세목·과세기간에 2회를 넘을 수 없지만, 부분조사에 포함되지 않은 부분을 조사하는 것은 금지되는 재조사의 예외입니다. 그래서 뒤에 같은 연도의 통합조사를 받을 수도 있습니다.

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